대장암에서 PCR-SSCP와 DHPLC를 이용한 p53 돌연변이의 검출

박상범,한상만,남윤형,장원철,Sang-Bum Park,Sang-Man Han,Youn-Hyoung Nam,Won-Cheoul Jang 대한화학회 2003 대한화학회지 Vol.47 No.5

p53 유전자의 변이는 다양한 인체암 중 가장 일반적인 유전자적 변화로 알려져 있으며, 양성에서 악성 대장암으로 전이되는 과정에서 연관이 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 PCR-SSCP와 DHPLC를 이용하여 대장암 환자의 조직에서 p53 유전자의 엑손 5-8에서 돌연변이를 분석하였다. SSCP에서는 50개의 샘플중 엑손 5에서 C13109>T 형태의 돌연변이가 7례가(14%) 발견되었고, DHPLC에서는 C13109>T 7례와 C13202>A, C13204>G 형태의 돌연변이 2례, 모두 9례의(18%) 변이가 검출되었다. DHPLC 분석법을 이용하여 SSCP에서 발견하지 못했던 2례(4%)의 변이를 더 발견하였다. 최종적으로 염기서열분석법을 통해 위의 결과를 확인하였고, p53 돌연변이 검출법으로 SSCP보다 DHPLC가 더 감도가 좋고 효과적인 검출법임을 확인하였다. Structural alteration of p53 and overexpression of p53 protein are the most common genetic abnormalities in various kinds of human cancer. Mutations in the p53 tumor-suppressor gene are usually associated with an advanced development of colorectal cancer characterized by the transition from the adenoma to carcinoma stage. Mutations in exons 5-8 of the p53 gene were analyzed by the polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism(PCR-SSCP) and denaturing high performance liquid chromatography(DHPLC). SSCP analysis detected 7 mutations(C13109>T) in 50 colorectal cancer samples(14%) at exon 5, and DHPLC analysis detected 7 mutations (C13109>T) and 2 mutation(C13202>A, C13204>G) in 50 colorectal cancer samples(18%) at exon 5. All of 9 mutations were proved by sequencing analysis. We conclude that DHPLC is a highly sensitive and specific method for p53 gene mutations.

한국인 베체트 환자의 분자유전학적 연구

박상범,남윤형,박수민,이상현,안영창,조민호,김종규,최재구,김성규,장원철,Park, Sang-Bum,Nam, Youn-Hyoung,Park, Su-Min,Lee, Sang-Hyun,Ahn, Young-Chang,Cho, Min-Ho,Kim, Jong-Gyu,Choi, Jae-Gu,Kim, Seong-Kyu,Jang, Won-Cheoul 대한화학회 2007 대한화학회지 Vol.51 No.6

베체트 병은 여러 장기에서 발생하는 만성 염증성 질환이다. 베체트병에서 염증은 T-helper type 1 (Th1) 림프구에서 분비된 싸이토카인에 의해 유도된다. 베체트병의 발병원인이나 기전에 대해 확실히 밝 혀지지는 않았으나 유전적인 소인이 있는 사람에서 감염 등 환경적인 요인이 면역 반응에 이상을 일으켜 질병의 여러 증상이 발현된다. 주조직복합체(major histocompatibility complex, MHC)와 non-MHC gene 등 다양한 유전자들이 베체트병의 병인으로 관여한다. 이 연구에서는 HLA-B51, IL-18, SLC11A1, TNF-α의 유 전적 다형성이 한국인 베체트병의 감수성에 관여하는지를 확인하였다. 실험 결과, HLA-B51이 베체트병과 가장 연관성이 큰 유전인자로 나타났지만, HLA 분자가 베체트병의 직접접인 병인인지는 확실하지 않다. IL- 18은 베체트병 환자와 대조군 간에 연관성은 없었으나 안구병변을 가지고 있는 환자에서 -137 G/G 유전자 형이 높게 나타났다. SLC11A1 유전자에서 (GT)n의 다형성의 allele 3과 genotype allele 3/ allele 3이 한국 인 베체트병의 방어 효과를 갖는 것으로 추정된다. TNF-α gene의 유전자 다형성은 베체트병 감수성에 있 어서의 연관성을 찾지 못하였다. Behcet's disease (BD) is a chronic inflammatory disorder, involving several organs. Inflammation in the disease is thought to be mediated by cytokines derived from T-helper type 1 (Th1) lymphocytes. Although the exact pathogenesis for BD is not completely understood, it has been suggested that the disease is triggered in genetically susceptible individuals by environmental factors, such as microbial agents. It is noted that multiple genes, including MHC (major histocompatibility complex) and non-MHC genes, are implicated in the pathogenesis of BD. This study tries to determine whether HLA-B51, IL-18, SLC11A1 and TNF-α polymorphisms are associated with susceptibility to Behcet's disease in Koreans. As a results, HLA-B51 was a genetic factor with the strongest association with BD. But it is still uncertain whether this HLA molecule is directly involved in the pathogenesis of BD. Although the IL-18 gene polymorphisms were not associated with a susceptibility to BD in the Korean population, the patients carrying the GG genotype at position 137 had a higher risk of developing the ocular lesions. This study suggests that the allele 3 and the genotype allele 3 / allele 3 of 5'-promoter (GT)n polymorphism in the SLC11A1 gene may have a protective effect for the development of BD in the Korean population. There were no evidences for genetic association conferred by the TNF-α gene with respect to susceptibility to BD.

SSCP와 DHPLC에 의한 β₂-교감신경수용체 유전자의 돌연변이 분석

박상범,한상만,남윤형,장원철,Park, Sang-Bum,Han, Sang-Man,Nam, Youn-Hyoung,Jang, Won-Cheoul 한국분석과학회 2004 분석과학 Vol.17 No.1

현재 일반적으로 많이 사용되는 single strand conformation polymorphism (SSCP)나 denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)같은 돌연변이 검출법은 많은 시간과 비용, 그리고 노동력이 소모된다는 단점과 실험자의 실험에 대한 숙련도에 의해 실험 결과가 달라지는 한계점을 가지고 있다. 이런 단점들을 보완하기 위하여 ion-pair reversed phase chromatography (IP-RPC)방식을 이용한 denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC)방법을 사용하여 기관지 천식 (bronchial asthma)을 조절하는 베타2-교감신경수용체 유전자의 돌연변이를 검출하였다. 80명의 천식 환자의 혈액에서 genomic DNA를 추출하여 중합효소연쇄반응 (polymerase chain reaction)을 이용해 증폭하고, 그 산물을 SSCP와 DHPLC로 분석하였다. 그 결과, 베타2-교감신경수용체 유전자에서 SSCP는 80명의 sample 가운데 19개 (23.75%)의 돌연변이를 검출하였고, DHPLC는 25개 (31.25%)의 변이를 검출하였다. 돌연변이 검출법으로 DHPLC 분석법이 SSCP보다 더 빠르고 효과적인 방법임을 확인하였다. Up to now, methods for the detection of genetic alterations as single strand conformation polymorphism (SSCP) or denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) have been used. It is too labor-intensive and expensive to serve for routine analysis. Moreover, lower in its sensitivity and specificity being also strongly dependent on the experience of the investigater. To improve these problems, we analysed mutation of ${\beta}_2$-adrenergic receptor gene that controls bronchial asthma by denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC) according to ion-pair reversed phase chromatography (IP-RPC). We extracted genomic DNA from 80 asthma patients and then amplified DNA using PCR and analysed PCR product by SSCP and DHPLC. As a result, we analysed mutation frequency is 19 (23.75%) on SSCP and 25 (31.25%) on DHPLC in ${\beta}_2$-adrenergic receptor gene. We conclude that DHPLC is a fast and simple screening method rather than SSCP analysis.

뇨중 파라쿼트(paraquat)측정용 진단 시험지의 개발

박상범,장원철,김종완,Park Sang-Bum Park,Won-Cheoul Jang,Jong-Wan Kim 대한화학회 2003 대한화학회지 Vol.47 No.4

Paraquat는 가장 효과적이고 널리 사용되는 제초제이지만 인간에게 매우 유독한 물질이다. 중독환자에 있어 뇨중 농도는 가장 중요한 인자중의 하나로 알려져 있으나 일반 검사실에서 이를 위한 정량검사는 거의 시행되지 않고 있다. 본 연구에서는 sodium dithionite를 이용하여 뇨중의 paraquat의 농도를 측정하는 새로운 방법의 진단 시험지를 개발하였다. 이 이차유도성 방식을 사용하여 paraquat의 농도를 측정한 결과 $0.5{\%}$ borate 완충용액(pH 8.0), 유도체 0.25 M $Na_2S_2O_4,\0.1~0.8{\%}$ PolyVinyl Pyrrolidone(PVP) 안정제, $1{\%}$ decanol의 구성비로 만들어진 진단시험지의 반응 색상이 안정하며 표준 비색표에 의한 육안적인 감별은 물론 화학 자동분석기에서의 응용성이 좋았다. Paraquat is an effective and widely used herbicide, but it is also very toxic to humans. It is well-known that urine paraquat concentration is one of the most important prognostic indicator for paraquat-poisoning. Quantitative analysis of paraquat, however, are not generally used in clinical laboratories. In this work, a new test strip to detect paraquat concentration using sodium dithionite in urine was developed. Using these second-derivative method, the test strip prepared in $0.5{\%}$ borate buffer (pH 8.0), 0.25 M $Na_2S_2O_4,\0.1~0.8{\%}$ PVP, and $1{\%}$ decanol showed not only better color reaction but also an excellent application possibility to be used in automatic analyzer.

DHPLC를 이용한 β₂-교감신경수용체 유전자에서의 돌연변이 분석

박상범,오충훈,김종완,장원철,Park, Sang-Bum,Oh, Chung-Hun,Kim, Jong-Wan,Jang, Won-Cheoul 한국분석과학회 2002 분석과학 Vol.15 No.3

본 연구에서는 ion-pair reversed-phase high performance liquid chromatography (IP-RP-HPLC)방식을 이용한 denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC)방법을 사용하여 기관지 천식을 조절하는 ${\beta}_2$-교감신경수용체 유전자의 돌연변이를 검출하였다. 50명의 천식 환자의 혈액에서 genomic DNA를 추출하여 중합효소연쇄반응 (polymerase chain reaction, PCR)을 이용해 증폭하고, 그 산물을 DHPLC로 분석한 결과, 50개의 시료 가운데 15개 (30%)의 돌연변이를 검출하였다. 최종적으로 유전자 염기서열결정법을 통해 DHPLC의 돌연변이 검출률이 정확함을 확인하였다. We analysed mutation of ${\beta}_2$-adrenergic receptor gene that controls bronchial asthma by denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC) according to ion-pair reversed-phase high performance liquid chromatography (IP-RP-HPLC). We extracted genomic DNA from 50 asthma patients, amplified DNA using PCR, and analysed PCR product by DHPLC. As a result, we obtained that mutation frequency was 15 (30%) among 50 cases. Consequently DHPLC mutation detection was confirmed that the result of direct sequencing was coincide exactly.

설계경기 - 남해 독일문화 체험센터

박상범,Park, Sang-Beom 대한건축사협회 2012 建築士 Vol.2012 No.8

새집증후군 막아주는 친환경 나무벽지 개발 - 산림청 국립산림과학원, 탄화보드의 유해물질 흡수.차단효과 이용 인테리어용 나무벽지 개발

박상범,Park, Sang-Beom 한국산림경영인협회 2008 山林經營 Vol.190 No.-

목타르 혼합 페놀수지접착제의 접착성능

박상범(Sang-Bum Park),김수원(Su-Won Kim),박병대(Byung-Dae Park),한태형(Tae-Hyung Han),강은창(Eun-Chang Kang),박종영(Jong-Young Park),문성필(Sung-Phil Mun) 한국산림바이오에너지학회 2005 산림바이오에너지 Vol.24 No.1

목탄의 제조 과정 중 얻어지는 목타르의 활용방안을 모색코자 페놀수지에 목타르를 혼합하여 합판을 제조하여, 물리적, 기계적 및 포름알데히드 방출성능을 조사하였다. 목타르를 혼합하여 제조된 합판의 경우, 목타르를 혼합하지 않은 합판에 비해 물리적, 기계적인 면에서 별다른 감소를 보이지 않았으며, 인장전단 접착력은 비내수, 내수 모두 목타르의 혼합으로 인하여 오히려 향상되는 것으로 나타났다. 또한 포름알데히드 방출량에서도 목타르의 첨가는 방출량을 감소시키는 것으로 나타났다. This study was performed to find a new use of wood tar from the manufacturing process of wood charcoal. Plywoods made of phenol adhesives mixed with wood tar were manufactured, and physical, mechanical properties and formaldehyde emission were investigated. Plywoods made of phenol adhesives mixed with wood tar were almost same as an original phenol adhesive in physical and mechanical properties and tensile-shear adhesive strength of the plywood was higher than the original one in both non-waterproof and waterproof tests. Formaldehyde emission was lower as the amount of wood tar increased in phenol adhesive.

목타르계 페놀접착제의 제조 및 접착성능

박상범(Sang-Bum Park),김수원(Su-Won Kim),박병대(Byung-Dae Park),한태형(Tae-Hyung Han),강은창(Eun-Chang Kang),박종영(Jong-Young Park),문성필(Sung-Phil Mun) 한국산림바이오에너지학회 2005 산림바이오에너지 Vol.24 No.1

목탄의 제조과정에서 발생되는 목타르의 신용도를 찾고자 목타르를 이용한 레졸형 페놀수지접착제를 제조하여, 합판에 대한 접착력 시험을 실시하였다. 소나무타르계 접착제는 미첨가 페놀접착제와 비교했을 때, 고형분, 점도와 같은 수지의 물성은 유사하였으며, 인장 전단 접착력에서도 비내수, 내수 모두 페놀접착제에 비해 크게 떨어지지 않았다. 그러나, 참나무타르계 접착제의 경우에서는 수지물성도 페놀수지와는 다른 물성을 보였으며, 내수접착력은 페놀접착제의 접착력에 비해 절반 정도의 낮은 접착력을 보였다. 포름알데히드 방출량은 목타르의 첨가량이 많을수록 많이 방출되었다. To find a new use of wood tar which is obtained from the manufacturing process of wood charcoal, a resol type of phenol adhesive using wood tar was made and some adhesion tests on plywood were examined. Phenol adhesive synthesized with pine tar was almost same as an original phenol adhesive in physical properties such as solid content and viscosity and tensile-shear adhesive strength of plywood made of phenol adhesive synthesized with pine tar was not much lower than the original one in non-waterproof and waterproof tests. Phenol adhesive synthesized with oak tar, however, was different from original phenol adhesive in physical properties. Adhesive strength of plywood made of oak tar was 50% lower than the original one on waterproof tests. The amount of emitted formaldehyde increased as the amount of wood tar increased.

하이브리드 Fuzzy Transform을 이용한 흑색 플라스틱 분류기 설계

박상범(Sang-Beom Park),오성권(Sung-Kwun Oh) 한국지능시스템학회 2017 한국지능시스템학회논문지 Vol.27 No.5

본 연구에서는 각 재질에 따라 흑색 플라스틱을 선별하기 위한 패턴 분류기를 설계한다. Fuzzy Transform과 주성분 분석법을 결합한 Hybrid fuzzy transform을 전처리 알고리즘으로 사용한다. LIBS 분광기를 이용해 획득한 스펙트럼의 입력변수는 Fuzzy transform방법을 이용해 축소한다. Inverse fuzzy transform의 도움으로, Fuzzy transform으로 얻어진 스펙트럼은 노이즈가 줄어든 스펙트럼으로 재구성된다. 노이즈가 줄어든 스펙트럼은 주성분 분석법을 사용해 다시 입력변수를 축소시켜준다. 두 번 전처리된 스펙트럼은 FCM 클러스터링 기반 방사형 기저함수 신경회로망 분류기의 입력변수로 사용한다. 결론부의 연결가중치는 Linear, Modified quadratic을 사용한다. 그리고 퍼지추론법을 사용해 제안된 분류기의 분류율을 보여준다. 본 논문에서 제시한 전처리 방법의 우수성을 입증하기 위해 PCA, Fuzzy transform으로 축소된 입력 데이터를 기반으로 weka 3.8 데이터 마이닝 소프트웨어 사용하여 얻은 분류성능을 비교한다. In this study, pattern classifier is designed for sorting black plastics for each material. Hybrid fuzzy transform, which is combined by fuzzy transform and principal component analysis, is used as preprocessing algorithm. The input variables of spectra which are obtained using LIBS spectrometer are reduced through fuzzy transform method. With the aid of inverse fuzzy transform, spectra obtained by fuzzy transform are reconstructed to original spectrum with less noise. The input variables of spectra that reduced the noise are shrank again by means of principal component analysis. The input variables of spectra that were preprocessed two times are used as the input variables of FCM clustering-based radial basis function neural networks(RBFNNs) classifier. The connection weights of the conclusion part are used as linear and modified quadratic functions. And the classification rate of the proposed classifier is shown using fuzzy inference method. To prove the excellence of the preprocessing method which is suggested in this study, classification performance is compared by using weka 3.8 data mining software based on the input data that reduced from PCA and Fuzzy transform respectively.