Complete genome sequences of Azoarcus sp. TSPY31 and TSNA42 potentially having biosynthetic ability to produce indigo

김해선,차선호,석호영,박년호,우정희,Kim, Hae-Seon,Cha, Sun Ho,Suk, Ho Young,Park, Nyun-Ho,Woo, Jung-Hee The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.3

유류 오염된 해양 갯벌에서 분리한 다환방향수소족(PAHs)을 분해하는 균주들로부터 인디고로 생물전환 활성을 가진 것으로 예측되는 Azoarcus sp. TSPY31과 TSNA42 균주를 동정하였다. 이 두 균주의 유전체 분석을 실시한 결과, 모두 하나의 완전한 chromosome으로 구성되며, TSPY31은 총 4,572,082 bp에 G + C 함량은 63.2%로 이루어져 있고, TSNA42는 4,886,934 bp에 G + C 함량은 62.8%이었다. 이 두 균주 모두 인돌을 인디고로 전환하는 효소인 styrene monooxygenase를 각각 2 copy씩 보유하고 있는 것으로 확인되었다. Azoarcus are known to contain bacterial strains usually found in contaminated areas. Two strains of Azoarcus sp., TSPY31 and TSNA42, were isolated from oil-contaminated marine tidal flats, and their genomic structures were analyzed. The genomes of both TSPY31 and TSNA42 were composed of a single complete chromosome of 4,572,082 bp (G + C content: 63.2%) and 4,886,934 bp (G + C content: 62.8%), respectively. Both genomes were found to contain two copies of styrene monooxygenases that are predicted to be responsible for converting indole to indigo.

Complete genome sequence of an indigo producing strain Yangia sp. TSBP01, isolated from oil-contaminated sediment

김해선,차선호,석호영,박년호,우정희,Kim, Hae-Seon,Cha, Sun Ho,Suk, Ho Young,Park, Nyun-Ho,Woo, Jung-Hee The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.3

Yangia sp. TSBP01, isolated from tidal flat sediment contaminated by the oil spill, is known to convert indole to indigo via an intermediate called indoxyl. Our analysis revealed that Yangia sp. TSBP01 contained the genome of 5,165,974 bp (G + C content: 66.5%) being composed of two chromosomes and five plasmids. This strain had genes encoding several oxygenases such as indole oxygenase directly involved in the conversion of indole to indoxyl. 유류 누출 사고로 오염된 해양 갯벌에서 분리된 Yangia sp. TSB01은 인돌을 인디고로 생물전환 할 수 있는 특성이 있다. 미생물에서 인디고는 산화효소에 의해 인돌로부터 인독실을 거쳐 생성된다. Yangia sp. TSBP01의 유전체는 2개의 chromosome과 5개의 plasmid로 구성되어 있으며, 총 5,165,974 bp의 크기에 G + C 함량은 66.5%이다. TSBP01는 인디고를 생성하는데 관여하는 indole oxygenase를 보유하고 있다.

메타프로테오믹스의 미생물생태학적 응용

김종식,우정희,김준태,박년호,김충곤,Kim, Jong-Shik,Woo, Jung-Hee,Kim, Jun-Tae,Park, Nyun-Ho,Kim, Choong-Gon 한국미생물학회 2010 미생물학회지 Vol.46 No.1

미생물 군집과 기능연구를 위한 최근의 새로운 분석기술의 발전은 다양한 유전 관련 정보를 제공해왔다. mRNA를 포함하는 핵산을 기초로 한 연구를 뛰어넘어서 메타프로테오믹스는 미생물 군집의 유전형 및 표현형의 특징적인 정보를 보다 정교하게 제공할 수 있다. 이미 서로 다른 미생물 생태계인 해수, 인간의 배설물, 활성 슬러지, 산성 광산 폐수 생물막, 토양 등에 메타프로테오믹스 기술이 유용하게 사용되었다. 이들 연구는 여러 측면에서 상당히 다르지만 미생물 군집의 구조, 기능, 생리, 상호관계, 생태, 진화적 측면을 결정적으로 상호 연결한다는 것을 밝혀냈다. 본 총설은 메타프로테오믹스에 대한 현재까지의 가장 최신의 정보를 요약하여 제공함으로써 메타프로테오믹스에 대한 정확한 이해와 활용을 통해 다방면의 메타프로테오믹스가 가능하도록 하고자 하였다. New technologies are providing unprecedented knowledge into microbial community structure and functions. Even though nucleic acid based approaches provide a lot of information, metaproteomics could provide a high-resolution representation of genotypic and phenotypic traits of distinct microbial communities. Analyzing the metagenome from different microbial ecosystems, metaproteomics has been applied to seawater, human guts, activated sludge, acid mine drainage biofilm, and soil. Although these studies employed different approaches, they elucidated that metaproteomics could provide a link among microbial community structure, function, physiology, interaction, ecology, and evolution. These approaches are reviewed here to help gain insights into the function of microbial community in ecosystems.

Antimicrobial activity and protective effect of Geranium thunbergii against oxidative DNA damage via antioxidant effect

권태형,이수진,박재호,김태완,박정자,박년호,Kwon, Tae-Hyung,Lee, Su-Jin,Park, Jae-Ho,Kim, Taewan,Park, Jung-Ja,Park, Nyun-Ho The Korean Society of Food Preservation 2017 한국식품저장유통학회지 Vol.17 No.5

본 연구에서는 현초의 식품소재 적용과 기능성 소재의 개발을 위해 현초 에틸 아세테이트 분획물을 이용하여 활성산소종의 소거활성과 산화적 DNA 손상 보호효과 및 항균활성에 대해 검증하였다. 현초를 메탄올로 추출하여 얻어진 추출물에 대해 n-hexane, chloroform, ethyl acetate, n-butanol, water의 용매를 이용하여 순차분획을 실시하였고, 얻어진 결과물에 대하여 다양한 항산화 측정 방법을 통하여 항산화 효능을 측정한 결과 에틸 아세테이트 분획물의 경우 DPPH 라디칼 소거능, ABTS 라디칼 소거능 및 환원력에서 효과가 높게 측정 되었으며, $50{\mu}g/mL$의 농도에서 각각 80.88%, 80.12%, 28%를 저해하는 것으로 측정되었다. 이러한 항산화 효능과 함께 산화적 DNA 손상 보호효과를 검증하였고 농도별로 억제하는 경향을 나타냈다. 또한 식품 소재 및 다양한 첨가 소재로 이용하기 위하여 항균활성을 측정하였으며, 에틸 아세테이트 분획물에서 연구에 사용된 모든 균주에 대하여 저해 활성을 보였다. 이러한 활성을 가진 현초 에틸 아세테이트 분획물의 활성물질을 검증하기 위하여 phenolic compound 및 flavonoid 대조군을 이용하여 LC 분석을 하였다. 그 결과 ellagic acid와 gallic aicd가 검출 되었으며 각각 55.14 mg/g, 5.42 mg/g 측정 되었다. 이는 결과적으로 현초는 다양한 식품소재로서의 활용될 수 있으며, 본 논문은 기능성 물질로 활용을 위한 기초자료가 될 것으로 사료 된다. This study aimed to investigate the various biological activities of Geranium thunbergii such as antimicrobial activity and protective effect against oxidative damage. To evaluate its antioxidant and antimicrobial activities, we first performed methanol extraction; this methanol extract was further partitioned using various solvents. And then, its antioxidant activity was measured using various assays including total phenolic content and protection against oxidative DNA damage, and antimicrobial activities were examined using minimum inhibiting concentration (MIC) test, and paper disc method. In addition, high-performance liquid chromatography was performed to analyze the major chemical components of ethyl acetate fraction. The G. thunbergii fraction with ethyl acetate exhibited higher antioxidant and antimicrobial activities than the other fractions. The results showed that G. thunbergii ethyl acetate fraction at $50{\mu}g/mL$ had strong DPPH and ABTS radical scavenging activities of 80.88% and 80.12%, respectively. In addition, the ethyl acetate fraction protected DNA from the oxidative damage induced by ferrous ion and hydroxyl radicals and showed high antimicrobial activity with diameter of inhibition zones ranging from 13.33 to 15.67 mm. High-performance liquid chromatography analysis revealed the major phenolic compounds of G. thunbergii to be ellagic acid and gallic acid. These results suggest that G. thunbergii might protect DNA against oxidative stress induced by reactive oxygen species and can be utilized as a natural source of antioxidant and antimicrobial agent in the food industry.

동해 연안해역에서 분리한 해양효모의 분자계통학적 해석

진일석 ( Il-seok Chin ),김용환 ( Yong-hwan Kim ),윤원갑 ( Won-kap Yun ),박년호 ( Nyun-ho Park ),김종식 ( Jong-shik Kim ) 한국환경농학회 2017 한국환경농학회 학술대회집 Vol.2017 No.-

BACKGROUND: Yeasts are used in a variety of industries. However, most industries are biased toward Saccharomyces cerevisiae ; so we sought to explore non-conventional yeasts (NCY). This study aimed to isolate yeasts from seawater collected from the East Sea of Korea and to analyze the NCY. METHODS AND RESULTS: We first collected seawater and performed pure isolation using four kinds of medium (GPY, DOB+CSM, DG18, and SCG). In total, 314 strains and 17 genera were isolated by ITS sequencing, including Aureobasidum pullulans (236 strains), Cryptococcus (19 strains), Cystobasidium (18 strains), and Rhodotorula (9 strains). Upon in-depth analysis, A. pullulans, the most dominant genus (236 strains), was divided into Group II (147 strains), Unknown I (8 strains), and Unknown II (49 strains). CONCLUSION: In this study, a total of 314 strains were isolated from seawater; many of these yeasts have been found and reported in seawater previously. In-depth analysis of A. pullulans, showed the dominance of Group I (21 strains) and Group II (147 strains) We also discovered Unknown I (8 strains) and Unknown II (49 strains), which have not been reported previously.

동해 연안해역에서 분리한 해양효모의 분자계통학적 해석

진일석 ( Il-seok Chin ),김용환 ( Yong-hwan Kim ),윤원갑 ( Won-kap Yun ),박년호 ( Nyun-ho Park ),김종식 ( Jong-shik Kim ) 한국환경농학회 2017 한국환경농학회지 Vol.36 No.2

BACKGROUND:Yeasts are used in a variety of industries. However,most industries are biased toward Saccharomyces cerevisiae ; so we sought to explore non-conventional yeasts (NCY). This study aimed to isolate yeasts from seawater collected from the East Sea of Korea and to analyze the NCY. METHODS AND RESULTS:We first collected seawater and performed pure isolation using four kinds of medium (GPY, DOB+CSM,DG18, and SCG). In total, 314 strains and 17 genera were isolated by ITS sequencing, including Aureobasidium pullulans (236 strains), Cryptococcus (19 strains), Cystobasidium (18 strains), and Rhodotorula (9 strains). Upon in-depth analysis, A. pullulans, the most dominant genus (236 strains), was divided into Group II (147 strains), Unknown I (8 strains), and Unknown II (49 strains). CONCLUSION: In this study, a total of 314 strains were isolated from seawater; many of these yeasts have been found and reported in seawater previously. In-depth analysis of A. pullulans, showed the dominance of Group I (21 strains) and Group II (147 strains).We also discovered Unknown I (8 strains) and Unknown II (49 strains), which have not been reported previously.

우렁쉥이 추출물의 항산화 및 리파아제 저해활성 효과

권태형(Tae-Hyung Kwon),김진기(Jin-Ki Kim),김태완(Tae-Wan Kim),이진욱(Jin-Wook Lee),김준태(Jun-Tae Kim),서현주(Hyun-Ju Seo),김민정(Min-Jeong Kim),김충곤(Choong-Gon Kim),전득산(Deuk-San Jeon),박년호(Nyun-Ho Park) 한국식품과학회 2011 한국식품과학회지 Vol.43 No.4

본 연구에서는 동해안에 서식하는 우렁쉥이의 식품산업의 소재와 기능성을 알아보기 위하여 우렁쉥이 추출물을 이용하여 이들로부터 활성산소종의 소거활성, 즉 항산화제와 비만 예방의 효능제로서 생리활성을 살펴보고자 하였다. 우렁쉥이의 에탄올, 메탄올, 물 추출물을 이용하여 폴리페놀 및 플라보노이드 함량을 측정한 결과 에탄올 추출물과 메탄올 추출물이 물 추출물보다 약1.5배 높게 나타났고 플라보노이드 함량 또한 약 8배 이상 높게 나타났다. 항산화 효능을 측정한 결과 DPPH 라디칼 소거능에서는 메탄올 추출물이 1176.99 μg/mL로 가장 높았으며 물 추출물에 비해 약 2배정도 높은 효능을 보였다. ABTS 라디칼 소거능 활성을 측정한 결과 875.07 μg/mL로 메탄올 추출물이 가장 높은 효능을 보였고 DPPH 라디칼 소거능 활성과 유사한 경향을 보였다. 환원력 측정은 메탄올 추출물 31.7%, 에탄올 추출물 32.2% 그리고 물 추출물 26.4%의 순으로 나타났으며 금속 봉쇄력의 경우는 물 추출물이 가장 높은 활성을 보였다. 폴리페놀 함량이 높은 물질이 항산화 효능과의 상관관계가 있음을 알 수 있었고 지방 분해 측정 결과 에탄올 추출물이 6004.76 μg/mL, 메탄올 추출물이 12021.56 μg/mL로 측정되었으며 에탄올 추출물에는 지방 분해 억제 효과가 있는 것으로 생각된다. 결과적으로 우렁쉥이는 항산화 효과와 비만예방 개선과 다양한 식품 소재로의 활용 가능성이 있을 것으로 사료되며, 이러한 결과가 실제로 체내에서 적용되는지는 in vivo 연구를 통하여 살펴볼 필요가 있는 것으로 사료된다. Halocynthia roretzi is one of the most important cultured marine species on the southern coast of Korea. Samples were extracted using methanol (ME), ethanol (EE) and water (WE) to evaluate the antioxidant activities and antilipase activity in Halocynthia roretzi extracts. Antioxidant potentials of the samples were determined by poly-phenol content, flavonoid content, free radical scavenging activity, reducing potential, and chelating activity. The ME showed significant scavenging activity (1176 μg/mL IC50 for DPPH, and 895 μg/mL IC50 for ABTS assay). The IC50 for lipase inhibition activity was 12,021, 6,004, and 14,979 μg/mL in the ME, EE, and WE, respectively. In conclusion, Halocynthia roretzi extracts exhibited antioxidant activities and anti-lipase activity. These results suggest that Halocynthia roretzi extracts can be potentially used as a source of antioxidant and antiobesity agents.