Genome sequence of the strain RR3-28 isolated from a seawater recirculating aquaculture system and related to the genus Nitratireductor

노은수,김영삼,이다은,김경호,Noh, Eun Soo,Kim, Young-Sam,Lee, Da-Eun,Kim, Kyoung-Ho The Microbiological Society of Korea 2017 미생물학회지 Vol.53 No.1

해수순환여과양식시스템에서 분리된 Nitratireductor 속과 관련된 균주 RR3-28의 전체 유전체 서열을 해독하였다. 그 유전체는 3,357,577 bp, 58.6% G+C 함량을 가진 하나의 원형의 염색체로 구성되었다. 유전체 분석을 통해 21개의 탈질대사 관련 유전자와 하나의 온전한 프로파지도 확인되었다. Complete genome sequences were retrieved from the strain RR3-28 that was isolated from a seawater recirculating aquaculture system and related to the genus Nitratireductor. The genome sequence consists of a single, circular chromosome of 3,357,577 bp with 58.6% G+C content. The genome was identified to contain twenty-one genes related to denitrification and one intact prophage.

극동산 뱀장어(Anguilla japonica)의 친자확인을 위한 유전자 마커 개발

노은수,신은하,박경현,김은미,김영옥,유용운,김신권,남보혜 한국수산과학회 2022 한국수산과학회지 Vol.55 No.5

The Japanese eel Anguilla japonica is a highly valued research object that is important for aquaculture in Asia, including the Republic of Korea. However, few studies have been conducted analyzing parentage using microsatellite markers derived from the Japanese eel. We acquired Japanese eel genome data using next generation sequencing technology, and constructed a draft genome comprising 1,087 Mbp. Using the Simple Sequence Repeat Identification Tool program, 444,724 microsatellites were identified. Of these, 1,842 microsatellites located in the 3' untranslated region, which are stably inherited, were finally selected. Ninety-six primers were selected to validate polymorphism at these microsatellites, and 9 primers were finally identified for multiplex analysis. Using multiplex polymerase chain reaction with three different fluorescence chemistries, we performed parentage analysis of an artificial Japanese eel population. CERVUS software was used to calculate the logarithm of the odds (LOD) scores and the confidence of the parentage assignments. The results presented here show that 83 out of 85 paternity cases were assigned at 95% confidence to a candidate father and mother with LOD scores ranging from 4.79 to 28.2. This study provided a microsatellite marker-based assay for parentage analysis of Japanese eels, which will be useful for selective breeding and genetic diversity studies.

Method for the Differentiation of Nine Species of Sebastes with Fluorescence Melting Curve Analysis and Dual-labeled Probes

노은수,김영삼,김은미,박중연,강정하 한국바이오칩학회 2017 BioChip Journal Vol.11 No.3

Substitution of a high-value fish species and their products with a low-value species has recently emerged as a problem in the fishery industry, and the need for development of analysis tools for the identification of different species has been discussed globally. The genus Sebastes is the most species-rich of the family Scorpaenidae, and many of the species of Sebastes are commercially and ecologically important, particularly in the North Pacific. They exhibit high morphological similarity among species, and are difficult to distinguish visually. In this study, we selected nine common Sebastes species (S. pachycephalus, S. fasciatus, S. inermis, S. oblongus, S. owstoni, S. hubbsi, S. schlegeli, S. vulpes, and S. thompsoni) for development of a differentiation assay. Fluorescence melting curve analysis (FMCA) was used to distinguish the nine species of Sebastes with single locked nucleic acids (LNA). Dual-labeled probes were designed from the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I gene to detect each species and hybridize with the target sequence. In addition, we successfully multiplex analyzed three species of Sebastes using the fluorescent dyes FAM, HEX, and Cy5. The LNA-based FMCA method we developed is a powerful tool for the identification of nine different species of Sebastes.

16S rRNA 유전자의 454 파이로서열 분석을 이용한 해삼(Apostichopus japonicas)과 새우(Litopenaeus vannamei)의 장내 세균의 다양성 연구

노은수,김영삼,김동현,김경호,Noh, Eun Soo,Kim, Young-Sam,Kim, Dong-Hyun,Kim, Kyoung-Ho 한국미생물학회 2013 미생물학회지 Vol.49 No.3

16S rRNA 유전자를 대상으로 454 파이로서열 분석법을 이용하여 해삼(Apostichopus japonicus)과 새우(Litopenaeus vannamei)의 장내 세균의 다양성을 분석하였다. 해삼의 경우, 대부분의 서열은 두 개의 속과 연관성이 있는 것으로 나타났다. 하나는 Fusobacteria 문의 Propionigenium 속이며, 다른 하나는 Bacteroidetes 문의 Flavobacteriaceae 과에 속하는 미분류 속이었다. 새우는 해삼에 비해 다양한 속들을 포함하고 있었으며 Lactococcus, Leuconostoc, Prochlorococcus, Vibrio 속들과 Flavobacteriaceae, Rhodobacteraceae, Desulfobulbaceae, Helicobacteraceae 과와 Mycoplasmatales 목에 속하는 미분류 속들을 포함하고 있었다. 해삼과 새우의 속들의 절반 이상이 환경에서 비배양적으로 얻어진 서열만 존재하는 미분류된 속인 것으로 확인되었다. 대용량 454 파이로서열 분석법을 통하여 해삼과 새우의 장내 세균의 다양성을 밝힐 수 있었으며, 그 결과 해삼과 새우는 아직까지 밝혀지지 않는 새로운 미생물을 많이 포함하고 있는 것을 알 수 있었다. Bacterial diversities in the guts of sea cucumbers (Apostichopus japonicus) and shrimps (Litopenaeus vannamei) were investigated using barcoded or tag-encoded 454 pyrosequencing of 16S rRNA genes. In sea cucumbers, most of sequences were related to two genera, the genus Propionigenium in the phylum Fusobacteria and an unclassified genus in the family Flavobacteriaceae of phylum Bacteroidetes. Shrimps showed various kinds of genera including Lactococcus, Leuconostoc, Prochlorococcus, and Vibrio as well as the unclassified genera in the families, Flavobacteriaceae, Rhodobacteraceae, Desulfobulbaceae, and Helicobacteraceae and in the order Mycoplasmatales. Unclassified genera containing environmental sequences only are more than half of genera from sea cucumbers and shrimps. Sea cucumbers and shrimps could be unexplored sources of novel microbes and the bacterial diversity of them was revealed by high throughput 454 pyrosequencing.

Rapid Differentiation of seven species of Anguilla using PNA clamping-based asymmetric PCR with fluorescence melting curve analysis

노은수,강현숙,김은미,박중연,최태진,강정하 한국바이오칩학회 2018 BioChip Journal Vol.12 No.1

Differentiation of the genus Anguilla is important for phylogenetic studies, ecological monitoring, and food forensics. Although various methods have been developed to identify these species, current methods are time-consuming and limit the number of species that can be detected. The aim of this study was to develop a rapid and convenient method to identify the genus Anguilla. To differentiate among seven commercially important species of Anguilla (A. japonica, A. anguilla, A. rostrata, A. celebensis, A. pacifica, A. marmorata, and A. bicolor pacifica), fluorescence melting curve analysis (FMCA) with peptide nucleic acid (PNA) probes were used. One primer set was designed to amplify the mitochondrial cytochrome b gene, and seven PNA probes were designed to identify each species from the cyt b gene. The PNA probes were labeled with four different fluorescent reporter dyes (FAM, HEX, Texas Red, Cy5) for multiplex analysis using two tubes. Based on FMCA, each PNA probe showed the highest Tm value when it was 100% complementary to the target sequence. In conclusion, the PNA-based FMCA method is suitable for differentiating among seven species of Anguilla and should be applicable in various fields, such as global marketing and scientific research.

전복류(Genus Haliotis)의 분류를 위한 단일염기변이 기반 기계학습분석

노은수 ( Eun Soo Noh ),김주원 ( Ju-won Kim ),김동균 ( Dong-gyun Kim ) 한국수산과학회 2021 한국수산과학회지 Vol.54 No.4

Climate change is affecting the evolutionary trajectories of individual species and ecological communities, partly through the creation of new species groups. As population shift geographically and temporally as a result of climate change, reproductive interactions between previously isolated species are inevitable and it could potentially lead to invasion, speciation, or even extinction. Four species of abalone, genus Haliotis are present along the Korean coast-line and these species are important for commercial and fisheries resources management. In this study, genetic mark-ers for fisheries resources management were discovered based on genomic information, as part of the management of endemic species in response to climate change. Two thousand one hundred and sixty one single nucleotide poly-morphisms (SNPs) were discovered using genotyping-by-sequencing (GBS) method. Forty-one SNPs were selected based on their features for species classification. Machine learning analysis using these SNPs makes it possible to differentiate four Haliotis species and hybrids. In conclusion, the proposed machine learning method has potentials for species classification of the genus Haliotis. Our results will provide valuable data for biodiversity conservation and management of abalone population in Korea.

소셜 네트워크 서비스 사용 목적에 따른 상호작용 요소 사용경험 차이

노은수(Eunsu Noh),최정민(Jungmin Choi) 한국HCI학회 2023 한국HCI학회 학술대회 Vol.2023 No.2

소셜 네트워크 서비스(SNS)는 다양한 정보와 사회적 관계가 오고 가는 플랫폼으로 많은 사람들이 활발하게 사용하고 있다. SNS에서는 다양한 상호작용 요소들을 제공하며, 이는 사용자들의 원활한 네트워킹에 중요한 역할을 한다. 본 연구에서는 SNS의 사용목적을 관계성, 정보성, 유희성으로 나눠 목적에 따라 상호작용 요소 사용경험에 어떤 차이가 생기는지를 알아보고자 했다. 이를 위해 설문조사를 실시하여 인스타그램, 페이스북, 트위터 각각에 대해 사용 목적과 상호작용 요소사용경험에 대해 물었다. 조사 결과, SNS 의 사용목적에 따라 주로 사용하는 상호작용 요소의 종류와 사용하는 빈도에 차이가 있었다. 관계성과 유희성을 목적으로 할 때 ‘능동적 참여’와 ‘공유 및 확산’ 요소들이 더욱 사용된다는 점에서 SNS에 관계, 유희적 성격을 포함하는 것이 정보 확산과 재생산 측면에서 더욱 활발한 플랫폼이 될 수 있음을 유추할 수 있었다. 트위터는 ‘내 프로필 관리’와 ‘프로필에 게시물 고정’의 사용빈도가 유독 높게 나타났는데, 트위터와 같은 새로운 관계를 만드는 SNS 플랫폼에 사용자의 개성을 표현하는 상호작용 요소들을 더 적극적으로 제공하는 것이 관계 형성에 긍정적일 가능성이 있었다. 다른 플랫폼의 ‘좋아요’에 비해 구체적인 감정을 표현가능한 페이스북 ‘좋아요’사용 빈도는 유독 낮았다. 이는 클릭수 및 옵션 증가가 영향을 준 것으로 추측되는데, SNS의 관계성 목적에 디테일한 감정표현은 장점이 될 수 있다는 점에서 향후에 보다 편리하고 효율적인 감정표현 방식을 찾을 필요가 있어 보인다.

다중 PCR 분석법을 이용한 참조기, 부세, 흑조기 및 긴가이석태의 신속한 종판별법 개발

노은수(Eun Soo Noh),이미난(Mi-Nan Lee),김은미(Eun-Mi Kim),박중연(Jung Youn Park),노재구(Jae Koo Noh),안철민(Cheul Min An),강정하(Jung-Ha Kang) 한국생명과학회 2017 생명과학회지 Vol.27 No.7

참조기는 민어과에 속하는 우리나라의 중요한 산업 어종 중 하나이다. 최근 과도한 남획과 해양 환경의 변화로 참조기의 어획량이 줄어들자 일부 유통과정에서 유사어종인 부세, 흑조기 및 긴가이석태를 참조기로 둔갑시키는 사례가 빈번하게 발생하고 있다. 이에 본 연구에서는 종 특이 primer를 사용하여 참조기, 부세, 흑조기 및 긴가이 석태를 신속하게 분석할 수 있는 방법을 마련하였다. 약 1,400 bp의 미토콘드리아 COI 유전자 분석을 통하여 종간 특이성을 나타내는 단일염기다형성 유전자를 탐색하였으며, PCR 증폭산물의 크기를 고려하여 4개의 종 특이적 정방향 primer를 제작하였다. 단일 PCR을 이용한 종간 교차반응을 통하여 최적의 PCR 조건을 확립하였으며, 이후 제작된 4개의 정방향 primer를 혼합하여 4종에 대한 다중 PCR 반응을 진행하였다. 증폭된 산물은 전기영동을 통해 크기에 따라 1,540 bp, 1,013 bp, 470 bp 그리고 182 bp로 분리되었으며, 각각 참조기, 흑조기, 부세, 긴가이석태로 명확하게 판별이 가능하였다. PCR 민감도 측정에서도 모든 종에서 0.1 ng/μl의 농도까지 검출 가능함을 확인하였다. 따라서, 본 연구에서 개발된 참조기와 유사어종에 대한 종특이 다중 PCR 분석법은 정확도와 민감도가 우수하여, 불법 유통가능성이 있는 제품에 대한 신속하고 정확한 판별로 식품안전관리에 효과적으로 활용될 것이라 사료된다. In order to rapidly identify four drums species, Larimichthys polyactis, L. crocea, Atrobucca nibe, and Pseudotolithus elongates, a highly efficient and quick method has been developed using multiplex polymerase chain reaction (PCR) with species-specific primers. Around 1.4 kbp of the mitochondrial COI gene sequences from the four drums species were aligned, and species-specific forward primers were designed, based on the single nucleotide polymorphism (SNP). The optimal conditions for PCR amplification were selected through cross-reactivity, using a gradient PCR method. The PCR results demonstrated species-specific amplification for each species at annealing temperatures between 50 and 62℃. Multiplex species-specific PCR (MSS-PCR) amplification reactions with four pairs of primers were performed for sixteen specimens of each species. MSS-PCR lead to a species-specific amplification of a 1,540 bp fragment in L. polyactis, 1,013 bp in A. nibe, 474 bp in L. crocea, and 182 bp in P. elongates, respectively. The four different sizes of each PCR product can be quickly and easily detected by single gel electrophoresis. The sensitivity of the MSS-PCR of the DNA was up to 0.01 ng/μl as a starting concentration for the four different species tested. These results suggest that MSS-PCR, with species- specific primers based on SNP, can be a powerful tool in the rapid identification of the four drums species, L. polyactis, L. crocea, A. nibe, and P. elongates.

다중 PCR 분석법을 이용한 참서대과 어종의 신속하고 정확한 종판별 분석법 개발

노은수(Eun Soo Noh),강현숙(Hyun Sook Kang),안철민(Cheul Min An),박중연(Jung Youn Park),김은미(Eun Mi Kim),강정하(Jung Ha Kang) 한국생명과학회 2016 생명과학회지 Vol.26 No.9

본 연구에서는 국산 참서대과 어류 5종(개서대, 참서대, 칠서대, 박대, 용서대) 및 수입산 참서대과(Cynoglossidae) 어류 5종(기니개서대, 긴개서대, 큰비늘개서대, 큰입개서대, 세네갈 개서대)을 대상으로 분자생물학적 방법을 이용한 신속하고 정확한 종판별법을 검토하였다. 참서대과 어류 10종에 대한 최적의 종 특이 프라이머를 선정하기 위하여 약 1,500 bp의 COI 유전자를 분석하였으며, 종간 특이적인 단일염기다형성 유전자가 3’ 말단에 위치하도록 프라이머를 제작하였다. 제작된 10종에 대한 종특이 정방향 프라이머는 동일한 PCR조건과 전기영동을 통해 육안으로 식별이 가능할 정도의 PCR 산물의 상대적인 크기를 고려하였다. 다중 PCR 분석을 위해 종특이 정방향 프라이머는 모두 혼합되어 사용되었으며, 그 결과 세네갈개서대(208 bp), 용서대(322 bp), 큰입개서대(493 bp), 큰 비늘개서대(754 bp), 박대(874 bp), 칠서대(952 bp), 참서대(1,084 bp), 긴개서대(1,198 bp), 개서대(1,307 bp), 기니개서대(1,483 bp)에 해당하는 종 특이적인 증폭을 확인하였다. 또한 이들의 PCR 민감도를 측정한 결과 0.1~1.0 ng/μl의 농도까지 검출이 가능한 것을 확인 하였다. 본 연구에서 확인된 참서대과 어류 10종에 대한 종특이 프라이머는 특이도 및 민감도가 우수하며 향후 수산물의 수출입 및 유통 관리에 사용이 이루어진다면 정확한 종명 표기가 가능하여 국민 먹거리 안전을 위한 효과적인 방법이 될 것이다. A highly efficient, rapid, and reliable multiplex polymerase chain reaction based method for distinguishing ten species of genus Cynoglossus (C. senegalensis, C. abbreviates, C. macrolepidotus, C. arel, C. semilaevis, C. interruptus, C. joyneri, C. lingua, C. robustus, and C. monodi) is described. The species-specific primer sets were designed base on the cytochrome oxidase subunit I gene (1,500 bp). The optimal PCR conditions and primers were selected for ten of Cynoglossus species to determine target base sequences using single PCR. Multiplex PCR using the ten pairs of primers either specifically amplified a DNA fragment of a unique size or failed, depending on each species DNA. The length of amplification fragment of 208 bp for C. senegalensis, 322 bp for C. abbreviates, 493 bp for C. macrolepidotus, 754 bp for C. arel, 874 bp for C. semilaevis, 952 bp for C. interruptus, 1,084 bp for C. joyneri, 1,198 bp for C. lingua, 1,307 bp for C. robustus, and 1,483 bp for C. monodi with the species-specific primers, visualized by agarose gel electrophoresis, allowed perfectly distinction of the Cynoglossus species. The multiplex PCR assay can be easily performed on multiple samples and attain final results in less than 6 hours. This technique should be a useful addition to the molecular typing tools for the tentative identification of Cynoglossus species.

1형 당뇨 관리를 위한 모바일 앱 정보 시각화 요소 연구

노은수(Eunsu Noh),최민경(Choi Minkyeong),이혜인(Lee Hyein),박나연(Park Na Yeon),김원섭(Wonsup Kim),최정민(Jungmin Choi) 한국HCI학회 2024 한국HCI학회 학술대회 Vol.2024 No.1

본 연구에서는 혈당 관리에 활용되는 다양한 시각화 요소를 정의하고, 이를 앱 화면 UI로 구성하여 어떤 시각화 요소가 환자에게 더 유용한 정보로 인식되는지 사용자 평가를 통해 실증적으로 확인하고자 한다. 이를 위해 관련 문헌조사와 혈당 관리 모바일 앱 사례 조사를 바탕으로 당뇨 관리 앱의 정보 시각화 요소를 혈당 모니터링 그래프, 혈당 수치 정보, 진단 및 코칭 메시지, 디지털트윈 시뮬레이션 등 4가지로 정의하고. 이 요소들의 효과적 전달을 위한 앱 화면 UI 디자인을 제시하였다. 화면 UI 사용자 평가를 통해 정보전달의 용이성과 선호도 등을 확인하였고, 조사결과 1형 당뇨 환자들이 혈당관리를 위해 가장 중요하게 생각하는 정보는 혈당 상태를 보여주는 숫자와 혈당 상승/하강 추세를 알려주는 시각 정보라는 점을 파악하였다. 또한 진단 및 코칭 메시지와 디지털트윈 시뮬레이션도 직관적 정보제공과 필요한 대응 가이드 측면에서 긍정적으로 평가되었다. 본 연구는 궁극적으로 1형 당뇨환자의 보다 효과적, 효율적 혈당 관리를 가이드하기 위한 모바일 앱 개발 연구의 일환으로 수행되었으며, 본 연구결과는 유용하고 직관적인 정보 시각화 UI 개발의 기초자료로 활용될 것이다.