mRMR과 수정된 입자군집화 방법을 이용한 다범주 분류를 위한 최적유전자집단 구성

이선호,Lee, Sunho 한국통계학회 2020 응용통계연구 Vol.33 No.6

표본의 다범주 표현형을 예측하는데 사용되는 최적의 유전자집단이란 적은 수의 유전자로 표현형을 정확히 예측할 수 있는 유전자들의 모임이다. 특이발현유전자를 검색하는 통계량은 이미 여러 가지가 있고, K-평균 군집화를 곁들여 중복성이 적은 특이발현유전자들을 선택 가능하다. 이들을 바탕으로 적은 수로 정확하게 다범주 분류가 가능한 유전자집단을 구성할 수 있도록 수정한 입자최적화 방법을 제안한다. 널리 알려진 ALL 248례와 SRBCT 83례를 이용하여 제안된 방법으로 최적유전자집단을 찾을 수 있음을 보였다. The aim of this research is to find an optimal gene set that provides highly accurate multi-class classification with a minimum number of genes. A two-stage procedure is proposed: Based on minimum redundancy and maximum relevance (mRMR) framework, several statistics to rank differential expression genes and K-means clustering to reduce redundancy between genes are used for data filtering procedure. And a particle swarm optimization is modified to select a small subset of informative genes. Two well known multi-class microarray data sets, ALL and SRBCT, are analyzed to indicate the effectiveness of this hybrid method.

유전자집합분석에서 순열검정의 대안

이선호,Lee, Sunho 한국통계학회 2018 응용통계연구 Vol.31 No.2

The analysis of gene sets in microarray has advantages in interpreting biological functions and increasing statistical powers. Many statistical methods have been proposed for detecting significant gene sets that show relations between genes and phenotypes, but there is no consensus about which is the best to perform gene sets analysis and permutation based tests are considered as standard tools. When many gene sets are tested simultaneously, a large number of random permutations are needed for multiple testing with a high computational cost. In this paper, several parametric approximations are considered as alternatives of the permutation distribution and the moment based gene set test has shown the best performance for providing p-values of the permutation test closely and quickly on a general framework. 마이크로어레이 자료의 유전자집합분석은 개별유전자분석에 비해 검정력도 높일 수 있고 결과 해석이 쉬워서 이에 대한 연구가 활발히 진행되어 왔다. 표현형에 따라 유의한 차이를 보이는 유전자집합의 검색은 검정통계량들이 유도된 배경에 따라 결과에 차이를 보이지만 대체적으로 t-통계량의 제곱합을 이용한 순열검정이 제일 무난한 방법으로 여겨진다. 그러나 유전자집합분석에서 다중검정은 필수이고 많은 집합들의 유의성에 변별력을 주기 위해서는 순열검정에서 생성하는 치환표본의 수가 많이 필요하고 시간이 오래 걸린다는 문제점이 있다. 순열검정을 대신할 모수적 방법들을 검토한 결과, 적률을 이용한 근사가 각 집합의 유의확률 계산시간도 훨씬 단축하며 순열검정에서 구한 유의확률과 크기와 순위가 거의 일치함을 확인하였다.

특이발현과 특이공발현을 고려한 유의한 유전자 집단 탐색

이선호,Lee, Sunho 한국통계학회 2016 응용통계연구 Vol.29 No.3

서로 상관있는 유전자들의 발현조절이 질병이나 종양의 발생에 영향을 미치기 때문에 단일유전자 분석 대신 공통의 생물학적 요소를 지닌 유전자 집단 분석이 각광을 받게 되었고 생물학적으로 좀더 설명하기 쉬운 결과를 얻게 되었다. 표현형에 따라 유의한 차이를 보이는 유전자 집단을 찾는 여러 방법들이 있지만, 대부분의 방법들이 집단에 속한 유전자들의 표현형에 따른 발현의 차이를 탐색하거나 유전자들 사이의 공발현 구조가 다른지 탐색하는 것이다. 본 연구에서는 특이발현과 특이공발현의 차이를 모두 고려하는 탐색방법을 제시하였고 p53이란 유전자 자료와 모의자료를 이용하여 제시한 방법의 성능을 알아 보았다. Gene set analysis utilizing biologic information is expected to produce more interpretable results because the occurrence of tumors (or diseases) is believed to be associated with the regulation of related genes. Many methods have been developed to identify statistically significant gene sets across different phenotypes; however, most focus exclusively on either the differential gene expression or the differential correlation structure in the gene set. This research provides a new method that simultaneously considers the differential expression of genes and differential coexpression with multiple genes in the gene set. Application of this NEW method is illustrated with real microarray data example, p53; subsequently, a simulation study compares its type I error rate and power with GSEA, SAMGS, GSCA and GSNCA.

Selenocysteine을 포함한 폴리펩티드의 단동위질량을 결정하는 알고리즘의 실험적 분석

이선호(Sunho Lee),김진욱(Jin Wook Kim),박근수(Kunsoo Park),백은옥(Eunok Paek),박희진(Heejin Park) 한국정보과학회 2013 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.19 No.5

생물학에서 특정 단백질을 구성하는 아미노산 서열을 결정하는 것은 핵심적인 일이다. 이를 위해 펩타이드의 단동위질량을 결정하는 것은 매우 중요한 문제이다. 하지만 Selenocysteine(Sec)이 가지고 있는 특이 성질 때문에 기존의 알고리즘으로 Sec를 포함한 펩타이드의 단동위질량을 결정하는 것은 쉽지 않다. J. W. Kim et al.은 Sec의 특성을 고려하여 새로운 모델을 제시하고 그에 맞는 알고리즘을 보였다. 이 논문에서는 실험을 통해 J. W. Kim et al.이 제안한 알고리즘을 실제 프로그램으로 구현하여 실행할 때 고려해야할 주요 파라미터 및 함수에 대한 분석을 수행한다. In biology, finding an amino acid sequence is fundamental to analyze proteins. Therefore, determining monoisotopic masses for polypeptides is a significant problem. However, determining monoisotopic mass for a selenopeptide which contains selenocysteines(Sec) is difficult, since a selenocysteine has distinct characteristics. J. W. Kim et al. presented an algorithm to determine monoisotopic masses of selenocysteine-containing polypeptides based on a theoretical model for an isotopic distribution of a selenopeptide. In this paper, we analyze the experiments of the algorithm according to critical parameters and score functions which are considered in implementing steps or execution time.

Local chaining 알고리즘의 단점 및 개선 방법

이선호(Sunho Lee),박근수(Kunsoo Park) 한국정보과학회 2004 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.31 No.1A

Chaining 알고리즘은 주어진 match 정보로부터 좋은 match 조합을 찾아내는 일종의 alignment 알고리즘으로 유전체 서열을 비교하는데 다양하게 응용되고 있다. 특히 서열 전체를 비교하는 대신 부분 서열을 비교 할 때 사용할 수 있는 local chaining 알고리즘이 제안되었는데 본 논문은 이 기본적인 알고리즘이 Smith-Waterman 알고리즘과 유사하며 따라서 비슷한 단점을 가지고 있음을 지적한다. 그리고 이를 해결하기 위해X-drop과 정규화된 점수를 고려하는 두 가지 기법을 적용하고 실험을 통해 개선 효과를 보인다.

국내 공연예술의 문제점과 개선방안 모색

이선호(SunHo Lee) 한국음악교육공학회 2008 음악교육공학 Vol.- No.6

Musical, one of art genres, well-known for typical modern art in the 20st century and receiving much love and attention from the audience, has just 100 year-short history. But, this musical can be cited as one of performance art forms to encompass every art genre in our humankind history, combine scientific rationalism with popularism most remarkable in contemporary civilization, and mirror contemporary cultural needs, to a most adequate level. This research thesis aims at focusing on musical performance of domestic performance art fields, finding out the real problems surrounding the performance, and seeking ways to reinforce such problems, for the purpose of offering data helpful in reinforcing domestic musical performance. Most of all, the research thesis has raised the ongoing situations, volume and wide-spread problems surrounding industrial market in domestic performance art. Subsequently, this thesis has taken up problems surrounding high musical performance cost, an absence of special theatres, actors and staffs, and a lack of performance production process and contents including a short of government s sustained supports. Against this backdrop, it is of importance that the government should make the active improvements to build new special theatres and create high-quality performance production environment and content, as well as foster culture and tourism industry, establish links with broadcasting image media, and expand an educational climate to communicate with the local field and spot, under the government s steadfast attention and supports. It is most urgent that the government should perceive the values of culture industry and performance art, and it should spare no pains to gain relevant resources. If such problems are improved, one by one, the musical cultural performance industry would not just create national profits, but also it would exert ripple-effects on national and cultural competitiveness, serving as the most paramount industry in the 21st century.

한국에서 환경오염이 보건비 지출에 영향을 미쳤는가?: 광역자치단체의 패널자료를 이용한 실증분석

이선호 ( Lee Sunho ),황진영 ( Hwang Jinyoung ) 한국보건사회연구원 2011 保健社會硏究 Vol.31 No.4

본 연구는 1999~2008년 기간 우리나라 16개 광역자치단체의 불균형 패널자료를 이 용해 환경오염 배출량 혹은 배출시설 수가 보건비 지출에 미친 영향을 실증적으로 분석 했다. 이때 환경오염 변수는 대기오염 4개 항목, 소음 및 진동 배출시설 수 및 수질오염 3개 항목으로 나타냈으며, 보건비 지출은 `GRDP 대비 민간 보건비 지출 비율`과 `GRDP 대비 정부 보건복지 및 환경 지출 비율`의 두 가지로 구분했다. 실증분석 결과 환경오염 변수는 GRDP 대비 민간 보건비 지출 비율에 통계적으로 유의한 음(-)의 영 향을 미친 것으로 추정됐으며, 소음 및 진동 배출시설 수는 GRDP 대비 민간 보건비 지출 비율과 함께 정부 보건복지 및 환경 지출 비율에 대해서도 통계적으로 유의한 음 의 영향을 미친 것으로 관측됐다. 또한 모든 실증분석 모형에서 GRDP 대비 민간 및 정부의 보건비 지출 비율에 대해 소득수준은 통계적으로 매우 유의한 음의 영향, 그리 고 인구밀도와 노년층 인구비율은 양의 영향을 미친 것으로 나타났다. 이상의 결과는 우리나라 지역에서 GRDP 성장이 보건비 지출 증가보다 빠르게 진행됐음을 의미한다. 또한 실증분석 결과는 GRDP 대비 정부의 보건비 지출 비율이 환경적 요인보다 소득 수준이나 인구학적 요인에 의한 정치적 과정을 통해 결정됐을 가능성을 시사한다. In this paper, we examine the impact of environmental pollution on health care expenditure in Korea using unbalanced panel data on 16 regional governments over the period 1999-2008. To denote the degree of environmental pollution, we used 4 sectors of air pollution, the number of noise and vibration generating facilities, and 3 sectors of water pollution. In addition, total health care expenditure is divided into 2 categories, such as private and public expenditures as a percentage of GRDP. It is found that the estimated coefficients of environmental pollution have statistically significant and negative impacts on the ratio of private health care expenditure to GRDP without model specifications. The number of noise and vibration generating facilities has a statistically significant and negative impact on both private and public health care expenditures. Hence, we can infer that the growth of GRDP was faster than the increment of health care expenditure in the Korean economy. Furthermore, the results suggest the possibility that public health care expenditure can be determined by the political process that can be affected by income level and demographic factors rather than environmental factors.

경부하에서 위상천이 풀브릿지 DC-DC 컨버터의 동작 분석

이선호(Sunho Lee),박정욱(Jung-Wook Park) 전력전자학회 2018 전력전자학술대회 논문집 Vol.2018 No.7

위치기반 서비스 및 증강현실을 이용한 유비쿼터스 박물관 (U-Seum)의 설계 및 구현

이선호 ( Sunho Lee ),이우식 ( Wooski Lee ),김남기 ( Namgi Kim ),전준철 ( Junchul Chun ) 한국인터넷정보학회 2012 인터넷정보학회논문지 Vol.13 No.4

본 논문에서는 LBS(Location Based Service)와 모바일 증강현실 기술을 적용한 U-seum(유비쿼터스 박물관) 시스템의 설계 및 구현결과를 제시하였다. 유비쿼터스 환경의 스마트 공간에서의 모바일 서비스는 다양한 분야로 확장되고 있다. 본 연구에서는 LBS 기반의 Wi-Fi를 이용한 위치 추적기술과 모바일 증강현실 기술을 활용한 모바일 기반 박물관 관람 서비스인 U-seum을 설계 개발하였다. 위치추적에 널리 사용되는 GPS 기술은 송신자와 수신자 사이에 Line-of-Sight를 요구하기 때문에 박물관과 같은 실내에서는 사용하기 어렵다는 단점을 가지고 있다. 따라서 본 논문에서는 실내 위치추적에 적합한 Wi-Fi 신호의 세기를 이용한 거리를 측정을 적용하여 세계적인 유네스코 문화유산인 화성 박물관 내에서 실시간 체험형 관광 서비스를 개발하고 실제 필드에서 성능 테스트를 수행하였다. U-Seum은 박물관내에서 스마트폰 사용자가 특정 지점에 다다르면 AP를 통한 푸시 서비스를 통하여 박물관내 유물을 설명하는 모바일 증강현실 서비스, 게임 서비스 및 관광 통계정보 등을 제공한다. U-Seum은 화성문화재단의 협조를 받아 화성 박물관에서 실제 구현 실행되었으며 개발된 서비스의 우수성 및 확장성을 입증하였다. This paper presents a design and implementation of U-Seum(Ubiquitous Museum) system based on the LBS(Location Based Service) and mobile augmented reality technique. The mobile services under the smart space of the ubiquitous environments have been expanded in the various fields. In this study, we introduce U-Seum which supports tourists in the museum. U-Seum is developed by use of the position tracking technique based on Wi-Fi and mobile augmented reality. The GPS which is widely used in the position tracking has a difficulty to be utilized in the inside of the building because it requires the Line-of-Sight between a sender and a receiver. Therefore, in this paper, we develop a realtime tour-supported service through experience and evaluate the performance of the system in the world famous UNESCO`s Hwa-Seong Museum by measuring the distance from the Wi-Fi signal which is suitable to track the position interior of the museum. U-Seum provides various push services such as mobile augmented reality service for explanation of the artifacts of the museum, game services and the statistics information of the tourist when the tourist approach a specific AP. U-Seum is developed in the Haw-Seong Museum by the support of the Swon Haw-Seong Cultural Foundation. With a field test, we prove that the excellence and expandability of the system.

이동형 저장매체를 위한 보안솔루션의 설계 및 구현

이선호 ( Sunho Lee ),이임영 ( Imyoung Lee ) 한국정보처리학회 2009 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.16 No.1

현재 많은 사용자를 확보 하고 있는 USB메모리의 분실 및 도난을 통한 개인 정보 유출 사건이 증가하고 있다. 이를 방지하기 위해서 보안USB를 이용하는 사용자가 증가하고 있지만 사용의 불편함 및 보안 취약점으로 인한 문제점이 발견되고 있다. 본 논문에서는, 기존의 보안USB의 보안영역 제공 방식을 분석하고, FAT32(File Allocation Table) 파일시스템의 구조를 이용해 보다 높은 수준의 보안을 제공하며, 보다 사용하기 쉽고 높은 확장성을 제공하는 보안영역을 설계 및 구현 하는데 목표를 두고 있다.