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질량스펙트럼의 펩타이드 분자량 오차범위 재해석에 의한 단백질 동정의 성능 향상
권경훈,김진영,박건욱,이정화,백융기,유종신,Gwon, Gyeong-Hun,Kim, Jin-Yeong,Park, Geon-Uk,Lee, Jeong-Hwa,Baek, Yung-Gi,Yu, Jong-Sin 한국생물정보시스템생물학회 2006 Bioinformatics and Biosystems Vol.1 No.2
In proteomics research, proteins are digested into peptides by an enzyme and in mass spectrometer, these peptides break into fragment ions to generate tandem mass spectra. The tandem mass spectral data obtained from the mass spectrometer consists of the molecular weights of the precursor ion and fragment ions. The precursor ion mass of tandem mass spectrum is the first value that is fetched to sort the candidate peptides in the database search. We look far the peptide sequences whose molecular weight matches with precursor ion mass of the mass spectrum. Then, we choose one peptide sequence that shows the best match with fragment ions information. The precursor ion mass of the tandem mass spectrum is compared with that of the digested peptides of protein database within the mass tolerance that is assigned by users according to the mass spectrometer accuracy. In this study, we used reversed sequence database method to analyze the molecular weight distribution of precursor ions of the tandem mass spectra obtained by the FT LTQ mass spectrometer for human plasma sample. By reinterpreting the precursor ion mass distribution, we could compute the experimental accuracy and we suggested a method to improve the protein identification performance. 프로테오믹스에서 얻는 탄뎀 질량 스펙트럼은 효소로 가수분해된 펩타이드의 전구이온(precursor ion) 분자량과 펩타이드에 에너지를 가하여 생성된 이온조각(fragment ion)들의 분자량값들로 구성된다. 탄뎀 질량스펙트럼의 전구이온 분자량은 단백질 서열 데이터베이스에서의 검객 과정에서 가장 먼저 고려하는 값이다. 단백질 검색 프로그램은 단백질 서열 중에 스펙트럼의 전구이온으로부터 계산된 분자량과 일치하는 펩타이드 서열들을 찾아내고, 이들 중의 하나를 이온조각들의 분자량 정보를 이용해서 선택한다. 이 때에 전구이온의 분자량은 사용자가 지정한 오차범위 내에서 일치하는 감을 검색하는데, 이때의 오차범위는 질량분석기의 정확도에 따라 결정된다. 본 논문에서는 인간 혈액의 혈장시료로부터 FT LTQ 질량분석기를 통해 얻어진 탄뎀 질량 스펙트럼에서 전구이온 분자량의 분포를 역순서열을 이용하여 분석하였다. 전구이온 분자량의 분포를 재해석하여 실험값의 정확도를 보정하고 단백질 동정의 성능을 향상시키는 방법을 모색하였다.
MIF (Molded-In Foaming) 공정에 적합한 고분자 기재의유변학적 특성 연구
김민근 ( Ming Eun Kim ),송형용 ( Hyeong Yong Song ),김동건 ( Dong Gun Kim ),김효준 ( Hyo Jun Kim ),박건욱 ( Geon Uk Park ),유재근 ( Jae Keun Yu ),현규 ( Kyu Hyun ) 한국고무학회 2014 엘라스토머 및 콤포지트 Vol.49 No.4
MIF (Molded-In Foaming) 공법의 발포 거동에 적합한 고분자 기재를 선정하기 위해 SBC (K-resin KK38)와 SBS (KTR 101와 KTR 301)의 유변물성을 측정하였다. SBS의 유변물성 (G``, G, η*)은 155 oC와 170 oC의경우 시간에 따라 유변물성 값의 변화가 거의 없으나, 185 oC와 200 oC의 경우에는 시간에 따라 증가하는 것을볼 수 있었다. 특히, KTR 301의 유변물성 값이 시간에 따라 큰 폭으로 증가하였다. 시간에 따른 유변물성 상승의정확한 원인을 확인하기 위해 155 oC와 200 oC에서 1800s 이후의 KTR 301의 비선형 유변물성을 진폭에 대해측정하였다. 155 oC에서는 일반적인 수지와 같은 한 번의 박화(thinning)현상이 관찰되나 200 oC에서는 두 번의박화현상이 관찰되었고 (Payne effect), 이는 고온에서 SBS가 겔화에 의한 경화가 일어난다고 볼 수 있다. 따라서이러한 유변물성으로부터 MIF 공법에 요구되는 특성(발포 초기 낮은 점도와 발포 완료 이후 높은 점도)에 적합한고분자 기재는 SBS KTR 301임을 확인할 수 있었다. In order to select polymer matrix for MIF (Molded-In Foaming) process, in this study, we investigated rheological properties of commercial polymers, SBC (Styrene-Butadiene Copolymers, K-resin KK38) and SBS (Styrene-Butadiene-Styrene, KTR 101 and KTR 301). In time sweep test, the rheological properties (G`, G, η*) of SBS at 155and 170 oC display almost constant value as a function of time from 0 s to 1800 s. On contrast, the rheological properties of SBS at 185 and 200 oC exponentially increase as a function of time. It could be due to gelation of SBS at high temperature conditions. These increment of rheological properties are not observed in SBC. From LAOS (large amplitude oscillatory shear) test, the nonlinear rheological properties of SBS at 155 and 200 oC after 1800 s are compared. The nonlinear rheological properties at 155 oC show simple strain thinning behavior such as linear homo polymer, however, the nonlinear rheological properties at 200 oC show 2 times strain thinning behavior (Payne effect). It well match with the gelation of SBS at 200oC. From rheological studies, it is confirmed that the proper polymer matrix for MIF process (low rheological properties at initial time and high rheological properties after process) is SBS KTR 301.