Prediction of phosphorylation sites using multiple kernel learning

김종경(Jong Kyoung Kim),최승진(Seungjin Choi) 한국정보과학회 2007 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.34 No.2B

Phosphorylation is one of the most important post translational modifications which regulate the activity of proteins. The problem of predicting phosphorylation sites is the first step of understanding various biological processes that initiate the actual function of proteins in each signaling pathway. Although many prediction methods using single or multiple features extracted from protein sequences have been proposed, systematic data integration approach has not been applied in order to improve the accuracy of predicting general phosphorylation sites. In this paper, we propose an optimal way of integrating multiple features in the framework of multiple kernel learning. We optimally combine seven kernels extracted from sequence, physico-chemical properties, pairwise alignment, and structural information. Using the data set of Phospho.ELM, the accuracy evaluated by 5-fold cross-validation reaches 85% for serine, 85% for threonine, and 81% for tyrosine. Our computational experiments show significant improvement in the performance of prediction relative to a single feature, or to the combined feature with equal weights. Moreover, our systematic integration method significantly improves the prediction preformance compared with the previous well-known methods.

The Role and Value of Packaging in Global Food Supply Chain

Jong-kyoung Kim(김종경),Eun-Jae Lee(이은재) 국제e-비즈니스학회 2012 e-비즈니스 연구 Vol.13 No.5

단백질의 세포내 소 기관별 분포 예측을 위한 서열 기반의 특징 추출 방법

김종경(Jong Kyoung Kim),최승진(Seungjin Choi) 한국정보과학회 2005 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.32 No.1

Predicting the cellular location of an unknown protein gives valuable information for inferring the possible function of the protein. For more accurate prediction system, we need a good feature extraction method that transforms the raw sequence data into the numerical feature vector, minimizing information loss. In this paper, we propose new methods of extracting underlying features only from the sequence data by computing pairwise sequence alignment scores. In addition, we use composition based features to improve prediction accuracy. To construct an SVM ensemble from separately trained SVM classifiers, we propose specificity based weighted majority voting. The overall prediction accuracy evaluated by the 5-fold cross-validation reached 88.53% for the eukaryotic animal data set. By comparing the prediction accuracy of various feature extraction methods, we could get the biological insight on the location of targeting information. Our numerical experiments confirm that our new feature extraction methods are very useful forpredicting subcellular localization of proteins.

연구논문 / 절화 수출용 T 형 포장상자 개발

김종경(Jong Kyoung Kim),김수일(Su Il Kim),하영선(Young Sun Ha) 한국식품저장유통학회 ( 구 한국농산물저장유통학회 ) 2000 한국식품저장유통학회지 Vol.7 No.2

지역통상정보 : 국제물류환경에서 순환물류용기의 경제성 분석 시뮬레이션

김종경 ( Jong Kyoung Kim ),이은재 ( Eun Jae Lee ) 한국통상정보학회 2013 통상정보연구 Vol.15 No.2

자동차 공급망은 자동차기업들이 글로벌화되어 아웃소싱이 일반화되고 해외생산기지를 구축함에 따라 지속적으로 복잡하게 되었다. 자동차산업에서 순환물류용기 (RPC: Returnable Plastic Container)의 사용은 물류효율과 비용절감 측면에서 매우 일반화되어 있으나 주로 내수용으로 활용하고 있으며 국제무역용으로는 절대적인 운송거리가 길고 운영관리가 복잡해져 크게 활용되지 않고 있다. 이 연구는 시뮬레이션을 통하여 1회용기와 반복사용이 가능한 순환물류용기를 pooling system으로 적용하는 경우 기업에 미치는 경제적 영향을 비교하였다. 결론적으로 미국과 같은 장거리 국제물류에서는 순환물류용기의 사용이 어려우나 중국과 일본과 같이 비교적 단거리 국제무역에서는 pooling 시스템의 도입으로 경제적으로 타당한 것으로 나타났다. 이 연구결과는 국제공급망 환경에 따라 경제적으로 최적의 포장방법과 형태의 변화가 필요함을 밝혔다. 다만, 국제무역상 발생하는 통관상의 복잡함, 관세, 국내와 해외 물류환경의 상이로 인한 효울성 저하 등의 문제는 하기 위해서는 보다 많은 연구가 필요하다. The automotive supply chain is increasingly complex as automakers seek more profitable solutions with global out-sourcing and manufacturing strategies. In the automotive industry, using returnable plastic containers (RPCs) is very common for domestic operations, but for internationally, it has not been considered by many companies because of issues such as overall distance and difficulty of control. The results of this simulation can help to analyze the interactive and coherent behavior of packing and supply chain systems. The data obtained from the model can be applied to make substantial decisions for choosing the most profitable packaging types, at the same time as it can lead to designing an optimum supply chain for RPCs used in international supply chains.

Tree-Dependent Components of Gene Expression Data for Clustering

김종경(Jong Kyoung Kim),최승진(Seungjin Choi) 한국정보과학회 2006 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.33 No.1

Tree-dependent component analysis (TCA) is a generalization of independent component analysis (ICA), the goal of which is to model the multivariate data by a linear transformation of latent variables, while latent variables fit by a tree-structured graphical model. In contrast to ICA, TCA allows dependent structure of latent variables and also consider non-spanning trees (forests). In this paper, we present a TCA-based method of clustering gene expression data. Empirical study with yeast cell cycle-related data, yeast metabolic shift data, and yeast sporulation data, shows that TCA is more suitable for gene clustering, compared to principal component analysis (PCA) as well as ICA.

추상회화를 응용한 현대 한국화 표현연구

윤준성(Yoon, jun-seong), 김종경(Kim, jong-kyoung) 조선대학교 조형미술연구소 2012 조형미술논문집 Vol.12 No.2

현대미술은 19세기부터 시작된 미술이다. 비구상미술, 추상미술 이러한 양식들은 현대미술 속에 존재하는 각각의 양식이다. 현대미술의 가장 큰 특징 중 하나는 표현하고자 하는 화가 개인의 사상과 감정이 담겨있다. 그렇기에 정형화되어있는 색감과 형태로만 보는 것이 아니라 빛을 어떤 식으로 응용하였는지, 색감은 어떤 느낌과 터치를 살렸는지, 형태는 어떤 식으로 구성했는지, 왜 이렇게 표현을 해야 했는지 등 모든 의문점을 가지고 접근해보는 것이 이해하기 좋을 것이다. 회화라는 용어가 무척 생소하다. 한국화, 서양화, 판화 등 각각의 고유성을 지니고 있는 장르를 떠나, 하나로 통합된 단어 즉 현대미술에 접근한 조형언어라 생각한다. 고정관념을 탈피하고 서양에서 시발점이 된 추상미술을 현대한국화적인 느낌으로 받아들이고 응용하기 위해 다양한 표현기법을 생각해 보는 게 본 연구의 목적이다. 이에 본 연구에서는 추상미술이 어떤 식으로 발생했으며, 세계 속으로 퍼지게 된 계기 및 한국에서의 추상미술 이론적 배경을 알아보며 현대한국화가 앞으로 나아가야 할 발전방향을 모색해보는데 의의를 갖는다. Keywords : 추상미술, 현대한국화 Abstract art, Modern korean painting,

전통회화에서 사용되는 붓에 관한 고찰

강요상(Kang, yo-sang), 김종경(Kim, jong-kyoung) 조선대학교 조형미술연구소 2013 조형미술논문집 Vol.13 No.2

붓의 역사와 전통은 현대에 이르기까지 동. 서양회화가 붓을 사용하여 표현하는 방법과 붓의 재료는 끊임없이 발전을 해왔으며, 여러 용도의 붓이 만들어 졌다는 것을 알 수 있다. 붓과 재료를 사용 하는데 있어 서구 지향적인 생활방식과 교육이 자리 잡으면서 서구의 화풍과 동서양의 복합적인 화풍이 우세한 반면 전통적인 화풍이 쇠퇴되는 추세이다. 작가들의 작품제작에 있어서도 서구 또는 일본의 재료들에 비해 전통재료가 등한시 되는 경향이 있다. 본 논고에서 전통 회화에서 사용되는 여러 재료 중 회화에서 기본적인 붓에 대해 살펴보고 현대적 의의를 기술하고자 한다. 이에 붓의 기원에 대해 살펴보고, 붓의 재료 및 붓털의 성질에 따라 쓰이는 붓의 용도에 대해 살펴보도록 하겠다. 그리고 우리나라의 붓과 붓털의 쓰임새을 살펴보고, 붓이 만들어지기까지 붓의 제조방법 및 보관법을 정리하고, 붓의 활용방안과 앞으로 나아가야 할 발전 방향에 대해 모색하고자 한다. Keywords : 붓, 붓털, 현대적 활용방안 brush, brush hair, modern utilization

종합병원의 간호업무환경이 간호사의 직무배태성, 소진에 미치는 영향

김종경(Jong Kyung Kim),김명자(Myung Ja Kim),김세영(Se Young Kim),유미(Mi Yu),이경아(Kyoung A Lee) 한국간호행정학회 2014 간호행정학회지 Vol.20 No.1

본 연구는 종합병원 간호사들이 지각한 간호업무환경, 직무배태성, 소진을 조사하고, 간호업무환경이 간호사의 직무에 대한 태도에 미치는 영향을 파악하고 간호사 인력관리를 위한 자료를 제공하기 위해서 시행되었다. 방법: 전국 7개 지역 13개 종합병원에 근무하는 간호사 563명을 대상으로 자료를 수집하였다. 자료는 SPSS와 Microsoft Excel 프로그램을 이용하여 분석되었다. 결과: 간호업무환경의 평균은 2.62, 직무배태성은 2.97, 소진은 3.61이었다. 간호업무환경은 직무배태성(r = .70, p < .001)과 양의 상관관계를 보였고, 소진(r = -.49, p < .001)과는 음의 상관관계를 갖는 것으로 나타났다. 소진에 영향을 미치는 간호업무환경 세부요인들로는 간호만족과 보람, 병원의 지원적 환경과 환자간호 관련 환경, 근무표 만족, 관리자 리더십, 간호업무를 위한 지원환경, 컴퓨터 문제가 있었다. 간호업무환경 세부요인들 중 간호만족과 보람, 병동 내 폭력, 병원의 지원적 환경, 환자간호 관련 환경은 소진에 영향을 미치는 것으로 나타났다. 결론: 간호사들이 직무배태성을 향상시키고 소진을 조절할 수 있도록 간호업무환경을 평가하고 향상시킬 필요가 있다. 간호업무환경의 개선을 통해 이직의도를 줄이는 방안을 모색하는 추후연구가 수행되어져야 한다. The aim of this study was to investigate and identify work environment, job embeddedness, and burnout among general hospital nurses in Korea. Methods: The participants were 563 clinical nurses working in 13 general hospitals across the country. Data were analyzed using SPSS and Microsoft Excel programs. Results: Mean scores were 2.62 for nurses` work environment, 2.97 for job embeddedness, and 3.61 for burnout. Nurses` work environment showed a positive correlation with job embeddedness (r=.70, p<.001), but a negative correlation with burnout (r=-.49, p<.001). Subcategories of nurses` work environment that predicted job embeddedness included satisfaction and happiness, hospital support for the work environment, patient care environment, satisfaction with work schedule, manager leadership, supportive environment for nurses` work, and computer problems. Subcategories of nurses` work environment that predicted burnout included satisfaction and happiness, violence within ward, hospital support for work environment, and patient care environment. Conclusion: Findings from this study indicate the need to evaluate and improve the work environment for nurses to increase job embeddedness and control burnout. Future studies should explore ways in which turnover intention can be decreased by changing nurses` work environment.

연구논문 / 포장식품의 유통기한 표시기법에 대한 소비자 심리 연구

하영선(Young Sun Ha),김종경(Jong Kyoung Kim),박인식(In Sik Park) 한국식품저장유통학회 ( 구 한국농산물저장유통학회 ) 1998 한국식품저장유통학회지 Vol.5 No.4