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김선신,(Sun-Sin Kim)최용근(Yong-Keun Choi),오영민(Youngmin Oh) 한국연안방재학회 2016 한국연안방재학회지 Vol.3 No.1
In this study, hydraulic characteristics of horizontal ocean circulation block was examined through hydraulic experiments. Hydraulic experiments including 12 wave cases, 5 current cases and 60 wave-current cases were carried out to propose useful empirical formula. Outgoing current speed is increased as the wave height higher rather than wave period under the wave only condition. The water level at the front of the water circulation block is going up and going down at the rear side under the current only condition.
유전체 상호간의 BLAST 최대 히트(best-hit)를 사용하여 서열화가 완성된 다수의 유전체로부터 Orthologous 단백질그룹을 자동적으로 클러스터링하는 기법
김선신,이충세,류근호,Kim Sun-Shin,Rhee Chung-Sei,Ryu Keun-Ho 한국정보처리학회 2006 정보처리학회논문지D Vol.13 No.2
서열화가 완성된 유전체의 수가 최근에 빠르게 상승하고 있지만, 상동성에 의한 단백질 기능을 예측하는 방법은 충분히 연구되고 있지 않다. 서열화가 완성된 다수의 유전체로부터 유전체 상호간의 BLAST 최대 히트(best-hit)를 사용하여 OPCs(Orthologous Protein Clusters)를 만드는 일은 성공적으로 연구되어 왔다. 그러나 OPCs를 수작업으로 구축하는 것은 시간과 노력이 많이 드는 일이다. 이 논문에서 우리는 서열화가 완성된 다수의 유전체로부터 OPs(Orthologous Proteins)를 클러스터링하는 자동화 방법을 제시하고, 해당 클러스터링의 타당성을 수학적으로 증명 한다. Though the number of completely sequenced genomes quickly grows in recent years, the methods to predict protein functions by homology from the genomes have not been used sufficiently. It has been a successful technique to construct an OPCs(Orthologous Protein Clusters) with the best reciprocal BLAST hits from multiple complete-genomes. But it takes time-consuming-processes to make the OPCs with manual work. We, here, propose an automatic method that clusters OPs(Orthologous Proteins) from multiple complete-genomes, which is, to be extended, based on INPARANOID which is an automatic program to detect OPs between two complete-genomes. We also Prove all possible clustering mathematically.
다종의 유전체로부터 탐지된 Ortholog 군집에 대한 분석
김선신(Sun Shin Kim),오정수(Jeongsu Oh),이범주(Bum Ju Lee),김태경(Tae Kyung Kim),정광수(Kwang Su Jung),이충세(Chung Sei Rhee),김영창(Young Chang Kim),조완섭(Wan Sup Cho),류근호(Keun Ho Ryu) 한국정보과학회 2008 정보과학회논문지 : 데이타베이스 Vol.35 No.2
새로운 유전체 주석달기와 유전체 진화에 대한 연구를 위해서 올소로그(Ortholog)를 탐지하는 일은 매우 유용하다. 이전에 제안한 연구에서, 우리는 여러 종의 유전체로부터 올소로그 클러스터를 자동적으로 구축하는 방법을 제안하였다. 이 방법은 단지 두 종의 결과를 생성하는 InParanoid를 여러 종으로 확장하고 이와 동일한 질을 가진 결과를 산출한다. 한편, 새롭게 서열이 밝혀진 유전자의 기능을 보다 정확히 예측하기 위해, 패럴로그(Paralog)가 가급적 적게 포함되는 올소로그 클러스터를 구축하는 것이 중요한 문제가 될 수 있다. 이 논문에서, 우리는 임계값을 사용하여 보다 순수한 올소로그 클러스터를 구축하는 방법에 대하여 조사하였다. 우리는 20개의 원핵생물의 데이타셋으로부터 올소로그 클러스터를 구축하였다. 우리의 올소로그 클러스터를 COG(Clusters of Orthologous Group) 및 KO(Kegg Orthology)와 비교하였을 때, 약 90%의 유사도를 가지며 임계값의 증가와 더불어 증가하는 경향이 있다. It is very useful to predict orthologs for new genome annotation and research on genome evolution. We showed that the previous work can be extended to construct OCs(Ortholog Clusters) automatically from multiple complete-genomes. The proposed method also has the quality of production of InParanoid, which produces orthologs from just two genomes. On the other hand, in order to predict more exactly the function of a newly sequenced gene it can be an important issue to prevent unwanted inclusion of paralogs into the OCs. We have, here, investigated how well it is possible to construct a functionally purer OCs with score cut-offs. Our OCs were generated from the datasets of 20 procaryotes. The similarity with both COG(Clusters of Orthologous Group) and KO(Kegg Orthology) against our OCs has about 90% and inclines to increase with the growth of score cut-offs.
무인항공기 이미지 기반 부유사농도 점 관측자료 2D 확장
김선신(Kim, Sun-Sin),김동호(Kim, Dong Ho),유홍렬(Ryu, Hong Ryul),서승철(Seo, Seung Chul),김태균(Kim, Tai-Kyun) 한국연안방재학회 2019 한국연안방재학회 학술발표대회 논문집 Vol.2019 No.1
하천이나 해안으로 유입된 부유사는 수질 및 생태학적으로 많은 문제를 발생시키고 있어 지속적인 모니터링을 수행하고 있다. 본 연구에서는 OBS를 수면에 설치하여 관측하는 방법과 무인항공로 취득한 이미지를 분석하여 점 관측자료를 2D 관측자료로 확장하는 방법을 제시하고 적용성을 확인하였다.
성인에서 기관지과민성과 폐기능의 지표로서 High-Sensitivity C-Reactive Protein의 의미
김민혜 ( Min Hye Kim ),김세훈 ( Sae Hoon Kim ),강혜련 ( Hye Ryun Kang ),박흥우 ( Heung Woo Park ),장윤석 ( Yoon Seok Chang ),김동희 ( Dong Hee Kim ),조상헌 ( Sang Heon Cho ),민경업 ( Kyung Up Min ),김유영 ( You Young Kim ),김선신 대한천식알레르기학회 2009 천식 및 알레르기 Vol.29 No.2
Background: Bronchial hyperresponsiveness is a characteristic feature of asthma and closely related with airway inflammation in part. Serum high-sensitivity C-reactive protein (hs-CRP) is a very sensitive marker for systemic inflammation, and several studies has reported the association between hs-CRP and bronchial hyperresponsiveness. Objective: The objectives of this study are to evaluate the association between hs-CRP and bronchial hyperresponsiveness or lung function in healthy Korean subjects. Method: A total of 7,709 subjects underwent methacholine bronchial provocation tests in Seoul National University Hospital health care Gangnam center from October 2003 to January 2009. Among them, 508 subjects were positive for the methacholine bronchial provocationtest. Another 508 subjects negative for the test were enrolled as control, who were matched for age, sex and body mass index. We reviewed the medical records and compared serum hs-CRP levels and the results of the methacholine bronchial provocation test and pulmonary function tests. Result: Bronchial hyperresponsiveness was more frequently observed in subjects with higher hs-CRP levels (group IV). (24.6% vs. 14.8%) than in subjects with lower hs-CRP levels (group I). There was a negative correlation with hs-CRP levels and FEV1, FVC or FEV1/FVC. Conclusion: There was a negative association between serum hs-CRP levels and bronchial hyperresponsiveness or lung function. (Korean J Asthma Allergy Clin Immunol 2009;29:112-116)
목욕 후 발생하는 두드러기를 주소로 내원한 피부 비반세포증
박창한 ( Chang Han Park ),김경묵 ( Kyung Mook Kim ),김희규 ( Hee Gyu Kim ),손성욱 ( Seoung Wook Son ),김상헌 ( Sang Heon Kim ),박흥우 ( Heung Woo Park ),장윤석 ( Yoon Seok Chang ),김선신 ( Sun Sin Kim ),김윤근 ( Yoon Keun Kim ) 대한천식알레르기학회 2005 천식 및 알레르기 Vol.25 No.4
Mastocytosis is a rare disease characterized by pathologically increased mast cells in various tissues. Cutaneous mastocytosis, the most common manifestation of the mastocytosis, is confined to the skin without involvement of the other organs. Cutaneous mastocytosis is mostly found in children. It usually presents as symmetrically distributed red-brown macules or papules. Wheals and erythema may often develop with pruritus if mechanical irritations such as stroking (Darier`s sign), heat or sudden change of temperature are given to the skin lesions. Clinical symptoms include flushing, urticaria, angioedema, anaphylaxis, peptic ulcer disease, abdominal pain, diarrhea and bone pain caused by the release of mast cell mediators. We report a case of adult-onset cutaneous mastocytosis that presented as generalized urticaria developed after hot bath. (Korean J Asthma Allergy Clin Immunol 2005;25:328-332)
김선신(Kim, Sun-Sin),김무종(Kim, Mu-Jong),정종민(Jeong, Jong-Min),정진용(Jeong, Jin-Yong),유제선(Yoo, Je-Seon),심재설(Shim, Jea-Seol) 한국연안방재학회 2018 한국연안방재학회 학술발표대회 논문집 Vol.2018 No.1
스테레오 이미지를 이용한 파랑 관측기법은 WASS(Wave Acquisition Stereo System)라는 이름으로 이탈리아 ISMAR-CNR팀과 국제 공동연구로 수행하고 있으며 현재 신안 가거초 종합해양과학기지에 WASS를 구축하고 연구를 수행하고 있다. 본 연구에서는 WASS 소개와 파랑관측 결과를 제시하였다.