Mechanisms for Hfq-Independent Activation of rpoS by DsrA, a Small RNA, in Escherichia coli

Kim, Wonkyong,Choi, Jee Soo,Kim, Daun,Shin, Doohang,Suk, Shinae,Lee, Younghoon Korean Society for Molecular and Cellular Biology 2019 Molecules and cells Vol.42 No.5

Many small RNAs (sRNAs) regulate gene expression by base pairing to their target messenger RNAs (mRNAs) with the help of Hfq in Escherichia coli. The sRNA DsrA activates translation of the rpoS mRNA in an Hfq-dependent manner, but this activation ability was found to partially bypass Hfq when DsrA is overproduced. The precise mechanism by which DsrA bypasses Hfq is unknown. In this study, we constructed strains lacking all three rpoS-activating sRNAs (i.e., ArcZ, DsrA, and RprA) in $hfq^+$ and $Hfq^-$ backgrounds, and then artificially regulated the cellular DsrA concentration in these strains by controlling its ectopic expression. We then examined how the expression level of rpoS was altered by a change in the concentration of DsrA. We found that the translation and stability of the rpoS mRNA are both enhanced by physiological concentrations of DsrA regardless of Hfq, but that depletion of Hfq causes a rapid degradation of DsrA and thereby decreases rpoS mRNA stability. These results suggest that the observed Hfq dependency of DsrA-mediated rpoS activation mainly results from the destabilization of DsrA in the absence of Hfq, and that DsrA itself contributes to the translational activation and stability of the rpoS mRNA in an Hfq-independent manner.

미생물 건전성 지표를 이용한 중소형 하수처리장 스마트 시스템 구축사례 연구

김연권 ( Kim Younkwon ),김원경 ( Kim Wonkyong ),조재원 ( Cho Jaewoon ) 한국물환경학회 2023 공동춘계 학술발표회 논문집 Vol.2023 No.0

하수에서 응집제 주입률 자동제어 시스템(CAST)을 이용한 MF 분리막의 막 오염에 관한 응집 전처리 효과에 관한 연구

김원경 ( Wonkyong Kim ),성윤경 ( Yunkyong Sung ),유흥성 ( Hungsung Yoo ),박용진 ( Yongjin Park ) 한국수처리학회 2015 한국수처리학회지 Vol.23 No.4

A combined system of coagulation and membrane processes was investigated in this study for coagulation pretreatment on the fouling of microfiltration membrane in treating municipal wastewater. Coagulant dosing is traditionally based on jar-tests or operator experience, resulting in either overdosing or insufficient dosing. For reliable purity and accuracy, on-line coagulant control instrumentation is necessary. In this study, we assess the feasibility of a new coagulant dose control instrument, the online charge-based automatic titration system, charge analyzing system with titrator (CAST), to control membrane fouling in microfiltration (MF) process. This paper presents a 100 m3/d pilot for effect of coagulation pretreatment and organic matters (UV254, PO4-P) removal using a coagulation/MF process. To confirm the coagulation effect, the CAST unit was also compared with a control method where coagulants were applied at a constant rate using In-Line Mixer device. For the extension of filtration time required to reach TMP in MF process, the application of CAST unit by applying a CAST Factor can be more useful and effective for reducing CIP cycle time, and energy, water, and chemical consumption than a control unit due to the rapid and accuracy calculation of coagulant dosage.

도시개발 시나리오에 따른 농업지역의 생태계서비스 변화 분석 - 3기 신도시 남양주 왕숙1지구를 대상으로 -

김수경 ( Sukyoung Kim ),최재연 ( Jaeyeon Choi ),박찬 ( Chan Park ),송원경 ( Wonkyong Song ),김수련 ( Suryeon Kim ) 한국환경영향평가학회 2021 환경영향평가 Vol.30 No.2

현재 도시개발은 택지공급의 안정화를 위하여 지속적으로 진행되고 있다. 도시개발에 따른 토지이용 변화는 생태계서비스에 영향을 미치므로 다양한 도시 공간구조를 고려한 생태계서비스 평가의 중요성이 대두되고 있다. 그러나 도시개발에 의한 농업지역의 생태계서비스 변화를 고찰한 연구는 미흡한 실정이다. 따라서 본 연구는 도시개발에 따른 농업지역의 생태계서비스 변화를 분석하고, 향후 도시계획 단계의 의사결정 지원에 활용 가능성을 검토하는데 목적이 있다. 이를 위해 남양주 왕숙1지구를 대상으로 도시개발 전과 개발 후에 대한 시나리오를 설정하였으며, InVEST 모델을 활용하여 생태계서비스 변화를 비교분석하였다. 도시개발 이전의 생태계서비스 분석결과, 서식처 질과 수자원공급량은 시간의 흐름에 따라 증가하는 양상이 나타난 반면, 탄소고정량과 작물생산량은 감소하는 것으로 나타났다. 도시개발 이후의 생태계서비스 분석결과, 시나리오별 생태계서비스는 모든 항목이 2018년 대비 감소하는 것으로 확인되었다. 도시개발 시나리오 가운데 압축도시는 수자원공급량의 가치가 가장 낮게 도출된 반면, 서식처 질, 탄소고 정량, 작물생산량의 가치는 가장 높게 도출되었다. 이러한 본 연구의 결과를 통하여 압축도시는 생태계서비스 측면에서 긍정적인 도시개발 시나리오로 판단되며, 향후 도시개발 및 관리계획 수립단계에서 정책적 의사결정 지원을 위한 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다. Urban development is continuously being carried out to stabilize housing supply. The importance of ecosystem services assessments considering the various urban spatial structures is emerging as land use change in the wake of urban development has impact on the provision of ecosystem services. However, few studies are available as to the effects of land use transition in agricultural land due to urban development on ecosystem services. The purpose of this study is to examine the applicability of decision-making in the urban planning process by analyzing the impact of land use change on ecosystem services due to urban development. Therefore, the scenario was set on before and after the city development, targeting Namyangju Wangsuk Zone 1 and InVEST model was used to compare and analyze changes in value of ecosystem services. Analysis results of ecosystem services before the urban development, it turned out that habitat quality and water yield increased over time but carbon storage and crop production decreased. Analysis results of ecosystem services after the urban development indicated that all items in ecosystem services by scenario decreased more than in 2018. Among the scenarios of urban development, compact city had the lowest value of water resource supply but had the highest value in terms of habitat quality, carbon storage amount, and crop production. The study results demonstrate that the compact city has positive effects on ecosystem services and is expected to be used as the basic data for supporting policy decision-making in the establishment of future urban development and management plans.

도시녹지 유형별 박새과 둥지 재료 특성 연구

김경태 ( Kyeong-tae Kim ),이현정 ( Hyun-jung Lee ),김휘문 ( Whee-moon Kim ),김성열 ( Seoung-yeal Kim ),송원경 ( Wonkyong Song ) 한국환경생태학회 2021 한국환경생태학회지 Vol.35 No.3

전 세계적으로 진행된 급속한 도시화는 조류를 비롯한 야생동물 서식환경에 부정적인 영향을 야기하였다. 도시에 정착한 야생조류는 변화한 주변 환경에 적응하고 있으며, 대표적으로 박새과 조류는 도시주변에서 구하기 쉬운 재료를 이용하여 둥지를 만드는 것으로 알려져 있다. 본 연구는 도시에 설치된 인공새집을 이용하는 박새과 조류의 둥지 재료를 분석할 목적으로 수행되었다. 연구를 위해 연구진은 충남 천안시에 있는 도시공원(22개)과 산림(11개) 내 총 33개의 인공새집을 설치하였다. 도시공원에서 4개(18.19%), 도시산림에서 5개(45.46%)의 인공새집이 이용되었으며, 둥지를 수거해 둥지 재료를 둥지별, 종별, 도시녹지 유형별로 비교했다. 이소 전 둥지를 포기한 박새 한쌍을 제외한 8개의 둥지가 재료 분석에 활용되었고 수거한 둥지는 건조과정을 거친 후 자연재료(식물성재료, 동물성재료, 이끼, 흙)와 인공재료(솜, 종잇조각, 플라스틱, 비닐 및 합성 섬유)로 분류한 뒤 각각의 무게를 측정하였다. 분류 결과, 모든 둥지에서 이끼(50.65%)의 구성 비율이 높았고 흙(21.43%), 인공재료(13.95%), 식물성재료(5.78%), 동물성재료(4.57%), 기타(3.59%) 순서로 파악되었다. 도시녹지 내 모든 둥지에서 인공재료가 사용된 특징이 있었다. 또한, 박새는 곤줄박이보다 식물성 재료를 약 5.16% 더 사용했으나 유의한 수준이 아니었다(t=2.17, p=0.07). 도시산림에서는 식물성 재료와 흙을 가장 선호하였으며, 도시공원은 이끼, 동물성, 인공 재료 순으로 이용되었다. 이 중 식물성 재료 사용은 도시공원과 도시산림 간에 유의한 차이를 보였다(t=3.07, p<0.05). 도시지역과 같이 인공재료에 대한 접근성이 높은 서식환경에서는 일부 자연재료의 역할을 인공재료가 대체하였다. 본 연구는 도시생태계 인공새집 내 둥지 재료 유형을 분석한 기초연구로 박새과 종 보전 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 판단된다. Rapid urbanization around the world has negatively affected wildlife habitats, including birds. Wild birds settled in the city are adapting to the changed surroundings, and are typically known to make nests using materials that are easy to find around the city. This study was conducted for the purpose of analyzing the nesting materials on the Paridae using artificial bird nests installed in cities. In this study, the researchers established a total of 33 artificial bird nests in urban parks (22) and forests (11) in Cheonan-si, Chungcheongnam-do. Then we collected 4 artificial bird nests in urban parks (18.19%) and 5 in urban forests (45.46%) to compare the characteristics of bird nest materials by the nest, species, and urban green area types. Eight nests, excluding a nest abandoned by a pair of Paridae, were used for the material analysis. The collected nests were dried, and classified into natural materials (vegetable materials, animal materials, moss, and soil) and artificial materials (cotton, paper pieces, plastics, vinyl, and synthetic fibers), and then each nest was weighed. The classification result shows that the portion of moss (50.65%) was the highest in all nests, followed by soil (21.43%), artificial material (13.95%), vegetable material (5.78%), animal material (4.57%), and others (3.59%) in that order. Artificial materials were used in all nests in urban green areas. Moreover, although the Paridae used about 5.16% more vegetable material than the Parus varius, it was not significant (t=2.17, p=0.07). Plant materials and soil were most preferred in urban forests, and moss, animal, and artificial materials were widely used in that order in urban parks. There was a significant difference in the use of vegetable materials between urban parks and urban forests (t=3.07, p<0.05*). In the habitats like urbanized and dry areas, where artificial materials are highly accessible, artificial materials replaced some roles of natural materials. This study is a basic study for the analysis of the types of materials used in artificial bird nests to understand the habitat system of urban ecosystems. It can be used as the basic data for ecological studies and conservation of the Paridae species.

Retrovirus-Mediated Gene Transfer and Expression of EGFP in Chicken

Koo, Bon Chul,Kwon Mo Sun,Choi, Bok Ruyl,Lee, Hoon Tack,Choi, Ho-Jun,Kim, Jin-Hoi,Kim, Nam-Hyung,Jeon, Iksoo,Chang, Wonkyong,Kim, Teoan 충남대학교 형질전환복제돼지연구센터 2004 논문집 Vol. No.8

Here, we successfully demonstrate expression of the EGFP (enhanced green fluorescence protein) gene in chickens using replication-defective MLV (murine leukemia virus)-based retrovirus vectors encapsidated with VSV-G (vesicular stomatitis virus G glycoprotein). The recombinant retrovirus was injected beneath the blastoderm of non-incubated chicken embryos (stage X). After 12 days incubation, all of the eight living embryos assayed were found to express this vector-encoded EGFP gene, which was under the control of the RSV (Rous Sarcoma Virus) promoter, in diverse organ tissues, including head, beak, neck, wing, hock, tail, toes, heart, amnion, and yolk sac. Surprisingly, despite the presumed cytotoxicity of EGFP, some embryos hatched and survived and these had prominent green fluorescent spots, both in internal organs and externally.

GIS 기법을 이용한 광미댐 수문 분석

송원경(Wonkyong Song),허승(Sung Heo),김태혁(Tae-Heok Kim) 한국암반공학회 2008 터널과지하공간 Vol.18 No.5

광미적치장 수문 분석은 강우에 의한 유출량 합과 배수처리량을 단순 비교하는 댐과 달리 지하 배수시설 뿐만 아니라 지상배수시설과 비상배수시설 등 여러 종류의 배수처리 시설이 복합적으로 운영되기 때문에 유출량과 배수량을 시공간적으로 비교하여야 한다. 본 연구에서는 이와 같이 다단계 배수시설로 구성된 구 상동광산의 신광미적치장의 배수처리 능력을 GIS 기법을 이용하여 분석하였다. 분석 결과, 배수시설이 정상 작동할 경우 100년 빈도 1시간 확률강우량인 80.31 ㎜/hr의 강우강도로 1시간 동안 비가 내리더라도 범람의 위험성은 없는 것으로 예측되었다. 그러나 모든 배수시설이 작동하지 않는다면 총 강우량이 251.1 ㎜에 도달할 때 광미댐은 범람의 위험성이 있는 것으로 예측되었다. Hydraulic analysis in a dam that has a single outlet of water can be made through a simple comparison between the total precipitation and the volume of discharged water. In case of tailing dams this estimation could yield an error because several drainage facilities are worked independently as well as simultaneously. In this research, a capability of the drainage system in the tailing dam of the old Sangdong Mine was analysed by the means of GIS technic. As a result of this study, it was expected that in the normal working condition of the whole drainage system, the flooding of water over the dam should not occur in spite of the consecutive precipitation during one hour with an intensity of 80.31 ㎜/hr, a probable precipitation within 100 years. It was, however, revealed that, if the drainage system did not work completely, the water could flood over the dam when the total precipitation reached 251.1 ㎜.

녹색기술을 실현한 교면재포장 및 콘크리트포장 보수공법(SMAT-CON공법)

정원경(Wonkyong Jung),김기헌(Kiheun Kim) 한국콘크리트학회 2013 콘크리트학회지 Vol.25 No.3

기초지자체 기후변화 대응을 위한 도시회복력 평가 및 증진방안: 수원시를 대상으로

김은영 ( Eunyoung Kim ),정경민 ( Kyungmin Jung ),송원경 ( Wonkyong Song ) 한국환경영향평가학회 2018 환경영향평가 Vol.27 No.4

기후변화에 의한 이상기후로 도시에서의 피해가 증가하고 있으며 이에 대한 대응방안으로 회복력에 대한 관심이 증가하는 추세이다. 본 연구에서는 향후 가뭄, 폭염, 폭우 등의 기후 영향에 대응하기 위해 수원시의 현재 도시 회복력 수준을 평가하고 도시차원에서 회복력을 높이기 위한 방안을 검토하였다. 도시 회복력을 평가하기 위해서 취약계층, 의료서비스 접근성, 인력양성 등의 사회적 회복력과 주거안정, 고용안정, 수입균등, 경제적 다양성 등의 경제적 회복력 지표가 선정되었다. 또한, 주거취약성, 이재민 수용능력, 하수체계 등의 도시인프라 회복력과 보호자원, 지속성, 재해위험 노출 등의 생태적 회복력 평가 지표가 선정되었다. 선정된 지표를 토대로 수원시와 구별 도시 회복력 수준을 평가하였으며 도시 회복력을 높이기 위한 정책 방향을 제시하였다. 향후 회복력 있는 도시 실현을 위해서는 지자체 차원에서 도시 정책 및 계획 수립 시 회복력 개념 및 회복력 있는 도시를 위한 목표가 반영되어야 하며, 이를 실행할 수 있는 이행모니터링이 마련되어야 한다. As the damage caused by the abnormal climate due to climate change is increasing, the interest in resilience is increasing as a countermeasure to this. In this study, the resilience of Suwon city was examined and the plan to improve the resilience were derived against climate impacts such as drought, heatwave, and heavy rain. Urban resilience is divided into social resilience (e.g. vulnerable groups, access to health services, and training of human resources), economic resilience (e.g. housing stability, employment stability, income equality, and economic diversity), urban infrastructure resilience (e.g. residential vulnerability, capacity to accommodate victims, and sewage systems), and ecological resilience (e.g. protection resources, sustainability, and risk exposure). The study evaluated the urban resilience according to the selected indicators in local level. In this study, the planning elements to increase the resilience in the urban dimension were derived and suggested the applicability. To be a resilient city, the concept and value of resilience should be included in urban policy and planning. It is critical to monitor and evaluate the process made by the actions in order to continuously adjust the plans.

Optimization of sewage sludge dewatering conditioning using an online charge analyzing system titrator (CAST)

Seonjoo Kang,WonKyong Kim,Yunkyong Sung,HungSung Yoo 대한환경공학회 2015 대한환경공학회 학술발표논문집 Vol.2015 No.10