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로컬 서열 정렬과 트리거 기반의 단백질 버전 정보 관리 기법
정광수,박성희,류근호,Jung Kwang-Su,Park Sung-Hee,Ryu Keun-Ho 한국정보처리학회 2005 정보처리학회논문지D Vol.12 No.1
하나의 아미노산 서열의 기능이 밝혀지면, 그와 유사한 서열 구조를 가지고 있는 서열의 기능도 유추해 낼 수 있다. 또한 기능이 밝혀진 단백질의 아미노산 서열을 변화시키거나 유용한 단백질을 만드는 것도 가능하다. 이 과정에서 하나의 원본 단백질 서열에 대하여 다른 서열 구성을 가지고 있는 여러 가지 단백질 서열이 생겨 날 수 있다. 여기서, 원본 단백질을 변화시켜 만든 단백질 버전 서열과 단백질의 주석정보를 저장 및 관리하는 체계적인 기법이 요구된다. 따라서 이 논문에서는 로컬 서열 정렬 기법을 적용한 단백질 아미노산 서열의 버전관리 기법과 트리거를 적용한 단백질 주석데이터의 이력 관리 기법을 제시하였다. 제안된 기법을 통하여 원본 서열과 버전서열의 유사도 측정 및 버전 관리의 자동화와 저장 공간을 감소시킬 수 있다. 또한 단백질 정보의 이력을 저장하고 서열 변화 정보를 분석하여 돌연변이 연구에 의한 유용한 단백질 개발 및 신약 개발이 가능하다. After figuring out the function of an amino acid sequence, we can infer the function of the other amino acids that have similar sequence composition. Besides, it is possible that we alter protein whose function we know, into useful protein using genetic engineering method. In this process. an original protein amino sequence produces various protein sequences that have different sequence composition. Here, a systematic technique is needed to manage protein version sequences and reference data of those sequences. Thus, in this paper we proposed a technique of managing protein version sequences based on local sequence alignment and a technique of managing protein historical reference data using Trigger This method automatically determines the similarity between an original sequence and each version sequence while the protein version sequences are stored into database. When this technique is employed, the storage space that stores protein sequences is also reduced. After storing the historical information of protein and analyzing the change of protein sequence, we expect that a new useful protein and drug are able to be discovered based on analysis of version sequence.
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정광수 한국과학철학회 2009 과학철학 Vol.12 No.2
I will analyze imagination and creativity of both science and art; and, based on the features, will advocate the commensurability of science with art. However, I will contrast the features of science with those of art using the concepts of logical possibility and empirical possibility, etc., either. And, contrasting truth that is the intended value of scientific activity and its outcome beauty that is the intended value of artistic activity of its outcome, I will maintain the limit of the commensurablity of science with art. 과학과 예술이 ‘상상력’과 ‘창의성’이라는 공통적 특징을 바탕으로 ‘공약가능’하다는 것을 깊이 있게 분석, 주장할 것이다. 그렇지만 과학과 예술 각각이 갖는 그 특징의 대조적 측면을 ‘논리적 가능성’, ‘경험적 가능성’ 개념 등을 토대로 밝힐 것이다. 아울러 과학과 예술행위의 지향가치, ‘진리성’, ‘미’ 그리고 각각의 결과물이 갖는 대조적 측면을 세밀히 분석함으로써 과학과 예술이 갖는 그 공약가능성의 ‘한계’를 주장할 것이다.
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LOCK을 확장한 3차원 단백질 구조비교 및 분석시스템의 설계 및 구현
정광수,한욱,박성희,류근호,Jung Kwang Su,Han Yu,Park Sung Hee,Ryu Keun Ho 한국정보처리학회 2005 정보처리학회논문지D Vol.12 No.2
단백질의 구조는 단백질의 기능과 밀접한 연관을 가지고 있으며 단백질 구조비교는 단백질의 모티프와 패밀리를 결정하고 나아가서 그들의 기능을 파악하는데 매우 중요한 역할을 한다. 이 논문에서는 단백질 구조데이터 및 관련된 문헌 데이터의 통합된 데이터베이스를 구축하고 웹 환경에서 질의된 단백질과 유사성 비교를 진행하여 그 결과 및 연관된 문헌데이터를 검색하여 체계적으로 정보를 제공하는 단백질 분석시스템을 제안한다. 제안 시스템을 구축하기 위하여 현재까지 가장 큰 단백질 구조데이터의 저장소인 Protein Data Bank의 플랫파일 데이터에 대해 분석을 진행하고 여기에서 단백질의 구조비교 알고리즘에 필수적인 구조데이터정보를 추출하여 새로운 구조비교에 사용되는 엔트리 플랫 파일을 만들어서 데이터베이스를 구축한다 이러한 엔트리에 연관된 분석정보 데이터는 데이터베이스 스키마를 작성하여 문헌정보 데이터베이스를 구축한다. 따라서 사용자가 인터넷을 통하여 진행한 질의는 구조비교엔진을 통하여 유사부분과 RMSD값이 계산되고 이와 연관된 문헌정보의 검색이 진행된 후 체계적으로 출력화면에 보여준다. 제안 시스템은 기존의 구조비교시스템보다 빠른 검색을 지원하고 더 훌륭한 분석환경을 제공한다. Protein structure is highly related to its function and comparing protein structure is very important to identify structural motif, family and their function. In this paper, we construct an integrated database system which has all the protein structure data and their literature. The structure queries from the web interface are compared with the target structures in database, and the results are shown to the user for future analysis. To constructs this system, we analyze the Flat-File of Protein Data Bank. Then we select the necessary structure data and store as a new formatted data. The literature data related to these structures are stored in a relational database to query the my kinds of data easily In our structure comparison system, the structure of matched pattern and RMSD valure are calculated, then they are showed to the user with their relational documentation data. This system provides the more quick comparison and nice analyzing environment.
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정광수 범한철학회 2005 汎韓哲學 Vol.38 No.3
컴퓨터 관련 첨단 정보기술의 오용과 남용으로 발생하는 프라이버시 침해 문제를 분석 검토한다. 우선 “프라이버시”가 무엇을 의미하고, 컴퓨터 관련 정보기술의 발달과 그것의 관련성이 무엇인가를 밝힐 것이다. 이어서 첨단 정보기술사회의 프라이버시 침해 사례들 - 개인 정보 수집, 유출 및 조작, 해킹, 스파이웨어, 고용인 감시 등 -이 왜 도덕적으로 부당한가를 보일 것이다. I will analyze invasion of privacy arising from the misuse and overuse of advanced information-technology related computers. First of all, I will make the meaning of privacy clear and then show the relationship between the advance of information-technology related computers and privacy. And, I will show why such cases of invasion of privacy in advanced information-technology society as collection, outflow and manipulation of personal data, hacking, spyware and employee surveillance are not able to be justified morally.
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스콜라
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