N과 X를 포함하는 DNA 서열을 위한 효율적인 지역정렬 알고리즘

김진욱(Jin Wook Kim) 한국정보과학회 2010 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.16 No.3

지역정렬(local alignment) 알고리즘은 주어진 두 서열에서 서로 유사한 부분 문자열을 찾아내는 알고리즘이다. DNA 서열은 A, C, G, T 외에 N과 X도 가질 수 있는데, N과 X는 DNA로부터 염기배열 정보를 뽑아낼 때 실험적인 이유로 혹은 다른 이유로 일부 배열 정보를 잃어버린 경우에 사용된다. 본 논문에서는 A, C, G, T 이외에 N과 X를 모두 갖는 DNA 서열의 affine gap penalty metric에 대한 지역정렬을 찾는 효율적인 알고리즘을 제시한다. 이는 N만 처리할 수 있는 Kim-Park 알고리즘을 N과 X를 모두 처리할 수 있도록 성공적으로 확장한 결과이며, 더불어 새로운 문자가 추가되더라도 바로 적용이 가능한 일반화된 결과이다. A local alignment algorithm finds a substring pair of given two strings where two substrings of the pair are similar to each other. A DNA sequence can consist of not only A, C, G, and T but also N and X where N and X are used when the original bases lose their information for various reasons. In this paper, we present an efficient local alignment algorithm for two DNA sequences including N and X using the affine gap penalty metric. Our algorithm is an extended version of the Kim-Park algorithm and can be extended in case of including other characters which have similar properties to N and X.

가토의 두개골 결손부에 이식한 human DBM ($Grafton^{(R)}$)의 효과

김진욱,박인숙,이상한,김진수,장현중,권대근,김현수,Kim, Jin-Wook,Park, In-Suk,Lee, Sang-Han,Kim, Chin-Soo,Jang, Hyun-Jung,Kwon, Tae-Geon,Kim, Hyun-Soo 대한악안면성형재건외과학회 2006 Maxillofacial Plastic Reconstructive Surgery Vol.28 No.2

In oral and maxillofacial surgery, bone graft is very important procedure for functional and esthetic reconstruction. So, many researcher studied about bone graft material like autogenous bone, allograft bone and artificial bone materials. The purpose of this study is to evaluate the quantity of bone generation induced by $Grafton^{(R)}$ graft, human allogenic demineralized bone matrix. Total 24 sites of artificial bony defects prepared using trephin bur(diameter 8 mm) on parietal bone of six adult New Zealand White rabbits. Experimental group had six defect sites which grafted $Grafton^{(R)}$(0.1 cc). Active control group had nine defect sites, into which fresh autogenous bone harvested from own parietal bone was grafted and passive control group had nine defect sites without bone graft. After six weeks postoperatively, the rabbits were sacrificed. The defects and surrounding tissue were harvested and decalcified in 10% EDTA, 10% foamic-acid. Specimens were stained with H&E. New bone area percentage in whole defect area was measured by IMT(VT) image analysis program. Quantity of bone by $Grafton^{(R)}$ graft was smaller than that of autograft and larger than that of empty defects. In histologic view $Grafton^{(R)}$ graft site and autograft site showed similar healing progress but it was observed that newly formed bone in active control group was more mature. In empty defect, quantity and thickness of new bone formation was smaller than in $Grafton^{(R)}$-grafted defect. $Grafton^{(R)}$ is supposed to be a useful bone graft material instead of autogenous bone if proper maintenance for graft material stability and enough healing time were obtained.

3급 아민 함유 아크릴수지 도료 개발 및 물성

김진욱,이동찬,최중소,Kim, Jin-Wook,Lee, Dong-Chan,Choi, Joong-So 한국화학공학회 2017 Korean Chemical Engineering Research(HWAHAK KONGHA Vol.55 No.5

본 연구에서는 3종류의 아크릴 단량체 n-butyl acrylate (BA), methyl methacrylate (MMA), n-butyl methacrylate (BMA)와 3급 아민을 함유하는 2종류의 dimethylaminoethyl methacrylate (DMAEMA)와 diethylaminoethyl methacrylate(DEAEMA)를 이용하여 라디칼중합에 의하여 3급 아민 함유 아크릴수지를 합성하여 이를 새로운 도료를 개발하는데 사용하였다. 또한 개발된 도료를 경화시키기 위한 경화제로는 에폭시기를 포함한 ${\gamma}$-glycidoxypropyl trimethoxysilane(GPTMS) 이나 ${\gamma}$-glycidoxypropyl triethoxysilane (GPTES)을 사용하였다. 합성된 3급 아민을 포함한 아크릴수지를 기본으로 백색도료를 제조한 후, 경화제로 경화시켜 각각의 도막에 대하여 물성을 측정하고 고찰하였다. 그 결과, 본 연구에서 개발한 3급 아민 함유 아크릴수지 도료는 건조환경에서 접착력에서 다양한 소재에서 모두 우수하게 나타났으며, 내후성 또한 우수한 결과로 나타났다. Acrylic resins containing tertiary amine were synthesized by a radical polymerization of monomers including n-butyl acrylate (BA), methyl methacrylate (MMA), n-butyl methacrylate (BMA) and dimethylaminoethyl methacrylate (DMAEMA), and diethylaminoethyl methacrylate (DEAEMA) containing tertiary amine. Synthesized acrylic resins were applied to develope coatings of acrylic resins containing tertiary amine. And ${\gamma}$-glycidoxypropyl trimethoxysilane (GPTMS) or ${\gamma}$-glycidoxypropyl triethoxysilane (GPTES) was used as hardener. Developed coatings were white colored ones to use titanium dioxide and were hardened with hardener for measuring their physical properties. Measured physical properties were basic properties, adhesivity and weatherability. As a result, developed acrylic resins coatings containing tertiary amine showed excellent adhesivity on various substrates and also showed the same result on weatherability on dry weather condition.

피험자내 설계에 의한 회전축자료의 비교연구

김진욱,Kim, Jinuk 한국통계학회 2013 응용통계연구 Vol.26 No.6

실험에서 처리 간 평균반응의 비교를 위해서 많이 사용되는 방법은 분산분석이다. 반응변수가 왓슨분포로부터 추출된 것이라 가정한 축자료의 경우에 평균방향의 비교를 위한 분석방법은 많지 않다. 본 연구의 목적은 운동역학에서 관절의 운동을 기술하기 위해서 많이 사용되는 회전축의 평균방향 비교를 위해서 분산분석을 수행하는 것이다. 이는 피험자내 설계에 의한 분산분석으로 피험자내 요인이 하나인 경우와 두 개의 경우로 나누어 분석하였다. 실제 분석에 사용된 자료는 슬관절의 굴곡/신전 회전축과 주관절의 굴곡/신전, 회내/회외 회전축이다. 본 연구를 통해 관절회전운동의 적절한 비교분석을 수행할 수 있었으며 이러한 분석방법은 다양한 실험설계에 의한 축자료에 적용시킬 수 있을 것이다. The axis of rotation in biomechanics is a major tool to investigate joint function; therefore, many methods to estimate the axis of rotation have been developed. However, there exist several problems to describe, estimate, and test the axis statistically. The axis is directional data(axial data) and it should not be analyzed with traditional statistics. A proper comparative method should be considered to compare axis estimating methods for the same given data ANOVA (analysis of variance) is a frequently used statistical method to compare treatment means in experimental designs. In case of the axial data response assumed to come from Watson distribution, there are a few ANOVA method options. This study constructed ANOVA models for within-subjects designs of axial data. Two models (one within-subjects factor and two within-subjects factors crossed design) were considered. The empirical data used in this study were instantaneous axes of rotation of flexion/extension at the knee joint and the flexion/extension and pronation/supination at the elbow joint. The results of this study can be further applied to the various analysis of experimental designs.

특집칼럼 _ 학교 건축 혁신 - 학교는 그 마을에서 제일 좋은 건축이어야 한다

김진욱,Kim, Jinwook 대한건축사협회 2020 建築士 Vol.618 No.-

건축담론 - 왜 건축은 서비스산업인가?

김진욱,Kim, Jinwook 대한건축사협회 2020 建築士 Vol.617 No.-

환경 친화형 하이솔리드 아크릴수지의 합성과 아크릴 우레탄 도료의 경화 특성

김진욱,이동찬,최중소,Kim, Jin-Wook,Lee, Dong-Chan,Choi, Joong-So 한국화학공학회 2017 Korean Chemical Engineering Research(HWAHAK KONGHA Vol.55 No.5

본 연구에서는 n-butyl acrylate (BA), methyl methacrylate (MMA), 2-hydroxypropyl methacrylate (HPMA) 및 acetoacetoxyethyl methacrylate(AAEM) 단량체를 부가 중합시켜 고형분이 75%인 아크릴수지를 합성하였다. 이때, 아크릴수지의 유리전이온도($T_g$)를 20, 30, $40^{\circ}C$로, 수산기가(OH value)를 60, 90, 120으로 변화시켰다. 그 결과, 아크릴수지의 점성도는 $T_g$와 수산기가가 증가할수록 증가하였다. 합성된 아크릴수지는 높은 가교밀도를 갖도록 설계되어 고탄력성과 고내구성을 유지하였다. 가교된 아크릴수지는 블록이소시아네이트(Desmodur BL-3175)와 경화 반응시켜 아크릴 우레탄 투명 도료를 제조하는데 사용되었다. 도료에 대하여 점성도, 접착성, 연필경도 및 $60^{\circ}$ 경면광택도 등의 측정을 통해 물리적 특성을 분석하였고, 아크릴 우레탄 투명 도료는 코일코팅용 상도 도료로서 적용되기 위하여 시편으로 제조되어 다양한 특성이 평가되었다. 제조된 도료는 접착력이 뛰어났고, $60^{\circ}$ 경면광택도와 연필경도에서 우수한 특성을 나타내었으며, 환경 친화적이었다. In this study, acrylic resins with solids content of 75% were prepared by addition polymerization of n-butyl acrylate (BA), methyl methacrylate (MMA), 2-hydroxypropyl methacrylate (HPMA) and acetoacetoxyethyl methacrylate (AAEM) monomers. At this time, the glass transition temperature ($T_g$) of the acrylic resin was changed to 20, 30 and $40^{\circ}C$, and the hydroxyl value (OH value) was changed to 60, 90 and 120. As a result, the viscosity of acrylic resin increased with increasing $T_g$ and hydroxyl (OH) value. The synthesized acrylic resin was designed to have a high cross-link density to maintain high elasticity and high durability. The crosslinked acrylic resin was used to prepare an acrylic urethane clear coating by curing reaction with a block isocyanate (Desmodur BL-3175). The physical properties of the clear paints were analyzed by measuring viscosity, adhesion, pencil hardness and $60^{\circ}$ specular gloss. Acrylic urethane clear coatings were prepared as specimens and evaluated for various properties to be applied as top coatings for coil coating. The prepared coatings were excellent in adhesion, excellent in $60^{\circ}$ specular gloss and pencil hardness, and eco-friendly.

폭염재난에 대응하는 Cooling Center 시설 및 운영기준에 관한 연구

김진욱,Kim, Jin-Wook 한국방재학회 2008 한국방재학회논문집 Vol.8 No.4

폭염을 포함한 기후변화에 의한 사망자가 2000년의 경우 15만 명에 달하였으며 외부환경 변화에 대응하는 인간은 자연적인 체온 조절기능이 감소되고 냉난방기에 의한 인공적인 환경조절 의존도가 높아지고 있다. 자연재해로서의 폭염에 대한 대응책으로서 우리나라에서도 2007년부터 폭염지수를 예보하고 이에 따른 폭염경보를 발령하고 있으며 각종 산업현장에서도 이에 대한 대응방안을 마련하고 있다. 그러나 결국 이러한 폭염재해대책은 소극적인 방법으로 시민 개개인에게 최종적인 폭염대응을 책임지게 하고 있는 것이다. 이를 보완하기 위해서 보다 체계적이고 능동적인 폭염 대응 시스템의 구축이 필요한 것으로 사료된다. 본 연구에서는 이러한 폭염의 대응방법으로서 쿨링센터의 체계적인 설치와 운영에 대한 대안을 제시하고자 한다. 특히 쿨링센터가 단순한 대피처로서의 역할이 아니라 폭염재난에 있어서 긴급재난통제소와 같은 역할을 수행하는 것을 제안한다. Including heat wave, Climate change caused 150,000 casualty in 2000 and heat waves are meteorological events that pose a serious threat to human health. A heat wave is defined as "a period of abnormally and uncomfortably hot and usually humid weather". There is a need for the prevention of health effects due to weather and climate extremes. This study intends to propose the necessity of Response System to correspond to extreme heat. And this research focused on Cooling Center manual of facility and maintenance for extreme heat disaster. It would be useful to be planned based on community and to be taken a role as an E.O.C.(Emergency Operating Center). As a conclusion elderly watching system and the requirements regional cooling center facility was proposed.

다중모드 광대역 Tonpilz 트랜스듀서의 설계 및 제작

김진욱,김회용,노용래,Kim, Jinwook,Kim, Hoeyong,Roh, Yongrae 한국음향학회 2013 韓國音響學會誌 Vol.32 No.3

본 논문에서는 광대역 Tonpilz 트랜스듀서를 설계하고, 설계 결과의 타당성을 실험적으로 검증하였다. 광대역 주파수 특성을 이루기 위해서 전면추의 flapping 모드를 트랜스듀서의 종방향 공진 모드와 결합시켰으며, 유한요소 해석과 유전자 알고리즘을 이용하여 주어진 설계조건, 구동조건 하에서 가장 넓은 송신 비대역폭(fractional bandwidth)을 확보할 수 있는 트랜스듀서의 최적 구조를 설정하였다. 최적화된 구조는 단일모드 트랜스듀서에 비해 월등히 넓은 -6 dB 송신 비대역폭을 나타내었다. 설계 결과의 타당성을 검증하기 위하여 도출된 최적 구조대로 트랜스듀서 시험편을 제작하여 주파수 특성을 측정하였으며, 측정결과는 설계 결과와 잘 일치하였다. In this paper, we designed a wideband Tonpilz transducer, and verified the validity of the design through experiments. The wide frequency bandwidth was achieved by coupling the fundamental longitudinal mode of the transducer with a flapping mode of the head mass. Structure of the Tonpilz transducer was optimized by means of the finite element method and genetic algorithm to achieve the widest fractional bandwidth under design constraints. The optimized structure showed a far wider -6 dB fractional bandwidth of transmitting responses than that of single mode transducers. For verification of the design result, we manufactured a transducer prototype of the designed structure and characterized its performance, which showed good agreement with the design results.

제4차 건설사업정보화(CALS) 기본계획

김진욱,박하준,Kim, Jin-Uk,Park, Ha-Jun 한국건설관리학회 2013 건설관리 : 한국건설관리학회 학회지 Vol.14 No.1