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- 저자 : 김승창(Seung Chang Kim) (검색결과 4 건)
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성염색체상의 MS 마커를 이용한 한국재래소의 유전적 특징
김승창 ( Seung-chang Kim ),조창연 ( Chang-yeon Cho ),최성복 ( Seong-bok Choi ),이지웅 ( Ji-woong Lee ),김재환 ( Jae-hwan Kim ) 한국국제농업개발학회 2015 韓國國際農業開發學會誌 Vol.27 No.5
이 연구의 목적은 성염색체 특이적 초위성체마커의 대립 유전자 다양성과 빈도를 조사하여 한국 재래소 3품종의 (칡소,한우 그리고 제주흑우) 유전적 근연관계 및 특징을 조사하여 우리 고유 유전자원으로서의 가치를 구명하고자 하였다. 한국재래소 3품종은 30개의 초위성체 마커에서 선별된 4개의 초위성체 마커(INRA30, TGLA325, UMN0905 및 UMN0929)를 이용하여 식별하였다. 대립 유전자의 다양성, 대립 유전자빈도, 이형접합도 그리고 다형 정보량(PIC)을 산출 하였다. 칡소, 제주 흑우와 한우에 대한 관찰 이형접합도의 평균은 각각0.541, 0.406 및 0.61이었고 PIC의 평균은 각각 0.542, 0.377그리고 0.6이었다. 제주흑우의 경우 칡소나 한우에 비해 낮은 이형접합도와 PIC를 보여준다. 이들 4개의 초위성체 마커를 이용하여 칡소, 제주흑우 그리고 한우의 품종을 구별에 이용할 수 있다. 이러한 결과들로 볼 때 한국 재래소 3품종은 가축유전자원으로서 중요한 가치를 지니고 있으며 이들 품종의 보존, 관리 및 활용에 중요한 기초자료로 이용될 것으로 사료된다. This study aimed to identify allele variability and determine the frequencies of microsatellite(MS) markers specific to bovine sex chromosomes in Korean native cattle (KNC; Chikso, Hanwoo and Jeju Black). The three KNC breeds were characterized using 4 MS markers (INRA30, TGLA325, UMN0905 and UMN0929), and allelic richness, allele frequency, heterozygosity and polymorphism information content (PIC) per locus were calculated. The mean observed heterozygosity and PIC values for Chikso, Jeju Black and Hanwoo were 0.541 and 0.542, 0.406 and 0.377, and 0.61 and 0.6, respectively. The heterozygosity and the PIC values of Jeju Black breed were smaller than those of Chikso and Hanwoo. Thus, these genetic parameters were used for the characterization of the breeds and for determining their genetic relationships. The findings of this study might be useful for the conservation, management, and utilization of KNC breeds as genetic resources.
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한우 지방산결합단백질 4(FABP4) 유전자 조절영역내 단일염기변이(SNP)와 도체형질간 연관성 분석
이승환(Seung Hwan Lee),김남국(Nam Kuk Kim),김승창(Seung Chang Kim),최봉환(Bong Hwan Choi),허강녕(Kang Neung Heo),이창수(Chang Soo Lee),김언현(Oun Hyun Kim),이준헌(Jun Heon Lee),김형철(Hyeong Cheul Kim),홍성구(Seong Koo Hong) 충남대학교 농업과학연구소 2011 농업과학연구 Vol.38 No.4
The aim of this study was to identify the polymorphism on fatty acid binding protein (FABP4) gene promoter region and its association with carcass traits in Hanwoo. We performed PCR-direct sequencing of FABP4 promoter region to identify single nucleotide polymorphism (SNPs) using unrelated 24 Hanwoo bulls. Four SNPs (-298A>G, -472A>G, -887A>G, -862A>G) were detected in the promoter region and genotyped on 583 Hanwoo steers. A linear mixed model revealed an association of three SNPs (-298A>G, -472A>G and ?862A>G) with carcass weight and marbling score in dominance model (P<0.05). The animals with AA genotypes for the three SNPs were heavier carcass weight (5 kg) than animals with GG genotypes in the statistical analysis. For the marbling score, the AA genotype was lower effect of marbling score (0.21) than GG genotypes. In conclusion, this study indicates an important role for three SNPs detected in promoter region of FABP4 in determining carcass weight and marbling score in Hanwoo.
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MS 마커를 활용한 지역별 오계 유전자원의 다양성 및 유연관계 분석
노희종(Hee-Jong Roh),김관우(Kwan-Woo Kim),이진욱(Jin-Wook Lee),전다연(Da-Yeon Jeon),김승창(Seung-Chang Kim),전익수(Ik-Soo Jeon),고응규(Yeoung-Gyu Ko),이준헌(Jun-Heon Lee),김성희(Sung-Hee Kim),백준종(Jun-Jong Baek),오동엽(Dong-Yep Oh) 한국가금학회 2018 韓國家禽學會誌 Vol.45 No.3
본 연구는 연산오계(천연기념물 제265호)와 이를 기원으로 하는 5개 지역별 오계 집단의 유전적 특성 및 차별성을 분석하기 위해 25개의 초위성체(MS) 마커를 이용하여 총 9개 집단 243수를 대상으로 유전자형을 분석하였다. 마커별 다형성 분석 결과, 총 153개의 대립유전자가 확인되었으며, Hexp와 PIC의 경우 MCW0145에서 각각 0.640, 0.570으로 가장 높았고, Hobs는 MCW0252에서 0.607로 가장 높은 값을 나타내었다. 반면, LEI0166에서 Hexp, Hobs, PIC가 각각 0.248, 0.204, 0.202로 가장 낮았다. 집단간 유전거리 분석 결과로는 9개 집단중 YSO 집단과 SUO 집단이 가장 가까운(0.073) 반면, LG 집단과 CBO 집단 사이에서 가장 먼(0.937) 것으로 확인되었다. 집단의 실제 구조를 확인하기 위한 집단별 균일도를 분석한 결과, 공시된 9개의 집단은 3개의 집단으로 구분했을 때 최적의 K값(7.96)을 얻을 수 있었으며, 5개의 오계 집단(YSO, ARO, CBO, CNO, SUO) 및 LG 집단과 CN․RIR 집단은 각각 1, 2, 3번 군집에 분포하고 있는 것으로 나타났다. 한편, GBO 집단의 경우 1번과 3번 클러스터에 걸쳐서 분포하고 있는 것으로 보아 사육과정에서 타집단과의 교잡이 일어났을 것으로 추정된다. 이러한 결과를 통해 추후 오계 유전자원에 대한 국가 수준의 유전적 특성평가 및 관리의 기초 자료로 유용하게 활용될 것으로 기대된다. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity and relationships of Ogye populations in Korea. A total of 243 genomic DNA samples from 6 Ogye population (Yeonsan Ogye; YSO, Animal Genetic Resources Research Center Ogye; ARO, Chungbuk Ogye; CBO, Chungnam Ogye; CNO, Gyeongbuk Ogye; GBO, Seoul National University Ogye; SUO) and 3 introduced chicken breeds (Rhode Island Red; RIR, White Leghorn; LG, Cornish; CN) were used. Sizes of 25 microsatellite markers were decided using GeneMapper Software(v 5.0) after analyzing ABI 3130XL. A total of 153 alleles were observed and the range was 2 to 10 per each locus. The mean of expected and observed heterozygosity and PIC (Polymorphism Information Content) value was 0.53, 0.50, 0.46 respectively. The lowest genetic distance (0.073) was observed between YSO and SUO, and the highest distance (0.937) between the RIR and CBO. The results of clustering analysis suggested 3 clusters (ΔK=7.96). Excluding GBO population, 5 Ogye populations (YSO, ARO, CBO, CNO, SUO) were grouped in same cluster with high genetic uniformity (0.990, 0.979, 0.989, 0.994, 0.985 respectively). But GBO population was grouped in cluster 1 with low genetic uniformity (0.340). The results of this study can be use to basic data for the genetic evaluation and management of Ogye populations in Korea.
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한우, 칡소 및 제주 흑우 Calpain-Calpastatin 유전자 다양성
이승환,김승창,조수현,최봉환,Aditi Sharma,임다정,당창권,장선식,김재환,고문석,양보석,강희설 충남대학교 농업과학연구소 2013 농업과학연구 Vol.40 No.2
The aim of study was to investigate genetic diversity for the calpain/calpastatin gene in three Hanwoo breeds [(Brown (n=62), Brindle (n=81) and Jeju Black (n=30)]. Random samples from three breeds of Hanwoo were selected and genotyped for the 7 SNPs of calpain/calpastatin using TaqMan method. Allele frequencies were investigated for CAPN1/CAST gene. Allele frequency of CAST2 SNP was 0.75, 0.59 and 0.22 for Brown, Brindle and Jeju black, respectively. The CAST3 revealed allele frequency of 0.59 and 0.57 in Brown and Jeju Black, while it showed very low allele frequency (0.07) in Brindle. In particular, favorable allele (G allele) for the CAPN1-2 SNP which was shown a strong association with tenderness in Taurine and Indicine cattle revealed 16% and 17% higher allele frequency in Brown Hanwoo (0.82) comparing Brindle (0.66) and Jeju Black Hanwoo (0.65). AMOVA demonstrated that among population variance occupied only 10% of total variance and among individual variance was 0%, while within individual variance was 90% of total variance. This result showed that population effect contributed very small portion of genetic to these three Hanwoo breeds, while within individual variance contributed large portion of genetic diversity within these Hanwoo breeds. In conclusion, three Hanwoo breeds (Brown, Brindle and Jeju black) showed a genetically homogeneous based on the 7 SNPs of CAPN1/CAST gene and it came from same ancestor to form modern Hanwoo breed.
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