국내 홀스타인 젖소의 다형질 평가모형을 이용한 유생산형질에 대한 유전모수 추정

당창권,박경도 경상대학교 농업생명과학연구원 2018 농업생명과학연구 Vol.52 No.4

본 연구는 홀스타인 젖소 201,327두의 1산에서 5산까지의 검정기록 총 388,747개를 이용하여 유생산 형질에 대한 유전모수를 추정하고자 수행되었다. 1산차의 검정기록이 전체자료의 51.8%를 차지하였으며, 산차가 증가할수록 검정기록의 수는 현저히 감소하였다. 1산차의 유량, 유지방량과 유단백량에 대한 유전력은 각각 0.28, 0.26과 0.23으로 추정되었으며, 산차가 증가할수록 유전력은 일괄적으로 감소 하였다. 유량, 유지방량, 유단백량에서 산차간 유전상관계수의 범위는 0.83~1.00, 표현형상관계수의 범위는 0.21~0.51로 유전상관계수보다 항상 낮게 추정되었다. 연간 표현형 개량량은 유량, 유지방량과 유단백량에서 각각 121.50kg, 4.45kg과 4.65kg, 연간 유전적 개량량은 각각 13.70kg, 0.33kg과 0.36kg이었다. This experiment was conducted to estimate the genetic parameters for milk production traits in Holstein dairy cattle using a total of 388,747 test records collected from 201,327 heads of cattle from first to fifth lactation. The first lactation records accounted for 51.8% of the total records, while 2.9% of them were from the fifth lactation records. The estimates of heritability for the milk, fat and protein yields in the first lactation were 0.28, 0.26 and 0.23, respectively, and decreased consistently with increasing the parity. The coefficients of genetic correlation for milk production traits among parities were in the range of 0.83~1.00, and were higher than those of phenotypic correlations(0.21~0.51). The annual phenotypic gains for milk, fat and protein yields were 121.50 kg, 4.45 kg and 4.65 kg, respectively, while the annual genetic gains were 13.70 kg, 0.33 kg and 0.36 kg, respectively.

한우 성장형질 유전모수 추정

당창권,이승환,김형철,전기준,홍성구,양보석 강원대학교 동물자원공동연구소 2012 동물자원연구 Vol.23 No.1

평창지역 거세출하우 자료를 이용한 유전모수 추정

당창권(Chang-Gwon Dang),김형철(Hyeong-Cheol Kim),장선식(Sun-Sik Jang),이정묵(Jeong-Mook Lee),홍영훈(Yeong-Hun Hong),전기준(Gi-Jun Jeon),연성흠(Seong-Heum Yeon),강희설(Hee-Seol Kang),양보석(Bo-Suk Yang),홍성구(Seong-Koo Hong),이준헌(J 충남대학교 농업과학연구소 2013 농업과학연구 Vol.40 No.4

The objective of this study was to establish genetic evaluation systems with carcass data collected by 68 individual farms from 2007 to 2011 in Pyeongchang area of Kangwon province. All the possible of environment effects were corrected by analysis of variance (ANOVA) to estimate more accurate genetic parameters. Heritabilities and genetic correlations were estimated from carcass data collected from Hanwoo steers(n=10,441) born in Pyeongchang region from 2005 to 2008. Traits evaluated included carcass weight (CWT), eye muscle area (EMA), back fat thickness (BF) and marbling score (MS). As for the mean value and standard deviation for carcass traits, CWT, EMA, BF and MS were 424.5, 92, 13.7 and 5.7. Parameters were estimated using a multiple trait animal model and derivative-free restricted maximum likelihood procedures. Estimated heritabilities for CWT, EMA, BF and MS were 0.30, 0.21, 0.42 and 0.42, respectively. Genetic correlation of CWT with EMA, BF and MS were estimated to 0.24, 0.36 and 0.07, respectively. Genetic correlation of EMA with BF and MS was -0.27 and 0.61, respectively.

유전 및 육종 : 한우 씨수소의 근교계수와 유효집단크기의 추정

당창권 ( Chang Gwon Dang ),이중재 ( Jung Jae Lee ),김내수 ( Nae Soo Kim ) 한국동물자원과학회(구 한국축산학회) 2011 한국축산학회지 Vol.53 No.4

본 연구는 지금까지 보증 및 후보씨수소로 선발된 씨수소에 대하여 연도별 평균 근교 및 혈연계수를 추정하고 씨수소의 유효집단크기를 추정하여 현재 한우개량 체계의 문제를 도출하여 발전된 대안을 제시하고자 실시하였다. 분석에 이용된 자료는 한우개량사업소로부터 1983년부터 2008년까지 1,128두의 당?후대검정 씨수소자료와 한국종축개량협회로부터 3,760두에 대한 혈통자료를 받아 이용하였다. 보증 및 후보씨수소의 평균 근교계수는 0.04에서 0.97%의 분포로 추정되었으며, 평균 혈연계수는 0.10에서 6.82%의 분포로 추정되었다. 유효집단 크기는 1983년부터 2008년까지 26년간 평균 근교비율을 이용하였을 때 220두로 추정되었다. 근교수준은 최근 2년간 급격히 증가하였고, 평균 혈연계수 역시 점차 증가하는 추세이다. 유효집단크기도 최근 5년의 근교비율로 추정하였을 때 47두로 작게 추정되었다. 보증씨수소 선발시 후대검정우의 도체성적에 의한 유전능력평가 자료의 활용뿐만 아니라, 근교 및 혈연계수를 고려하고 한우의 유전적 다양성의 보존과 근교를 피하기 위하여 현행의 보증씨수소 두수를 증가시켜 유효집단크기를 높여야 될 필요성이 있다고 사료된다. This study was carried out to estimate average inbreeding coefficients, relatedness and effective population size of breeding bulls and to suggest optimal alternatives on problems of current Hanwoo improvement system. Data on proven and young bulls were obtained from 1,128 heads of Livestock Improvement Main Center from 1983 to 2008. Pedigree information on proven and young bulls was obtained from 3,760 heads of Korea Animal Improvement Association. Average inbreeding coefficients and average relatedness of proven and young bulls were estimated at the range of 0.04-0.07%, 0.10-6.82%, respectively. Effective population size was estimated for 220 heads from the average rate of inbreeding of last 26 years. Average inbreeding coefficient is rising rapidly for the last two years as well as average relatedness. Effective population size was estimated for 47 heads for the last five years. These results suggest that selection criteria of proven bulls should include not only genetic evaluation of carcass performance from progeny-test, but also inbreeding and relationship coefficients, in order to maintain genetic variability of Hanwoo. In addition, effective population size should be increased by increasing the number of proven bulls.

국내 Holstein 젖소의 유생산 형질과 유방 및 지제 선형심사 형질에 대한 유전모수 추정

원정일,당창권,임현주,정연섭,임석기,윤호백 경상대학교 농업생명과학연구원 2016 농업생명과학연구 Vol.50 No.1

본 연구는 국내 Holstein 젖소의 유생산 및 선형심사 형질의 유전적 특성을 파악하기 위해 실시하였 다. 자료는 2009년 1월부터 2013년 4월까지 분만한 1산차인 Holstein 젖소 10,218두의 능력검정 자료 와 유방 및 지제의 선형심사 자료를 이용하였고, 능력검정 자료 및 선형심사 자료는 각각 농협중앙회 젖소개량사업소 및 사)한국종축개량협회에서 수집한 자료이며, 사)한국종축개량협회의 33,436두에 대한 혈통정보를 분석에 활용하였다. 각 형질의 유전모수 추정은 Animal Model에 근거하여 개발 된 WOMBAT package를 이용하였으며, 추정된 유전분산 및 잔차분산을 이용하여 유전력을 계산하였다. 유량(MY), 유지방량(FY), 유단백량(PY), 유지방율(FP), 유단백율(PP) 및 체세포지수(SCS)의 유전력은 각각 0.128, 0.144, 0.100, 0.273, 0.333 및 0.090이었으며, 유방깊이(UD), 유방질(UT), 정중제인대 (MS), 앞유방 붙음성(FUA), 앞유두 위치(FTP), 뒷유방 높이(RAH), 뒷유방 너비(RAW), 뒷유두 위치 (RTP), 유두길이(FTL), 발굽기울기(FA), 뒤꿈치 깊이(HD), 뼈질(BQ), 옆에서 본 뒷다리(RLSV), 뒤에 서 본 뒷다리(RLRV) 및 보행성(LC)에 대해 각각 0.179, 0.066, 0.104, 0.109, 0.127, 0.099, 0.059, 0.069, 0.154, 0.014, 0.010, 0.052, 0.065, 0.175 및 0.031로 추정되었다. MY와 UD, UT, FTP, RAW, FTL, FA 및 RLSV의 유전상관은 각각 0.334, 0.271, 0.445, 0.544, 0.076, -0.281 및 –0.228 이었고, PP와 MS, FTP, RTP, FTL, FA, BQ, RLSV, RLRV 및 LC의 유전상관은 각각 -0.147, -0.182, -0.262, -0.136, 0.355, 0.311, 0.135, 0.233 및 0.143으로 나타났다. 특히, MY는 RAW와 가장 높은 정의상관(0.544)을 나타낸 반면, SCS는 LC와 가장 높은 부의상관(-0.603)을 나타냈다. FP 는 대부분의 유방 선형심사형질과 부의상관 관계를 나타낸 반면, FP는 지제 선형심사형질과 정의상관 (0.056~0.355) 관계를 나타냈다. This study was conducted to estimate genetic parameters for milk production and linear type traits in Holstein dairy cattle in Korea. The data including milk yields, fat yields, protein yields, fat percent, protein percent, somatic score and 15 linear type traits for 10,218 first parity cows collected by Dairy Cattle Improvement Center, National Agricultural Cooperative, Korea, which were calving from January 2009 to April 2013. Genetic and error (co)variances between twotraits selected form 19 traits were estimated using bi-trait pairwise analyses with WOMBAT package. The estimated heritabilities for milk yield(MY), fat yield(FY), protein yield(PY), fat percent(FP), protein percent(PP), somatic cell score(SCS), udder depth(UD), udder texture(UT), median suspensory(MS), fore udder attachment(FUA), front teat placement (FTP), rear attachment height(RAH), rear attachment width(RAW), rear teat placement(RTP), front teat length(FTL), foot angle(FA), heel depth(HD), bone quality(BQ), rear legs side view(RLSV), rear legs rear view(RLRV) and locomotion(LC) were 0.128, 0.144, 0.100, 0.273, 0.333, 0.090, 0.179, 0.066, 0.104, 0.109, 0.127, 0.099, 0.059, 0.069, 0.154, 0.014, 0.010, 0.052, 0.065, 0.175 and 0.031, respectively. Among the genetic correlations, UD, UT, FTP, RAW, FTL, FA and RLSV with MY were -0.334, 0.271, 0.445, 0.544, 0.076, -0.281 and -0.228, respectively, and MS, FTP, RTP, FTL, FA, BQ, RLSV, RLRV and LC with PP were -0.147, -0.182, -0.262, -0.136, 0.355, 0.311, 0.135, 0.233 and 0.143, respectively. Especially, MY had the highest positive genetic correlation with RAW (0.544), while SCS had the highest negative genetic correlation with LC (-0.603). FP had negative genetic correlation with most udder traits, whereas, FP had positive genetic correlation with leg and hoof traits (0.056 – 0.355).

우리나라 Holstein 능력검정 젖소 집단의 혈통구조 및 근교계수 분석

원정일,당창권,임현주,정연섭,임석기,이정구,김종복,조미례,민홍립,윤호백 경상대학교 농업생명과학연구원 2016 농업생명과학연구 Vol.50 No.2

본 연구는 우리나라의 Holstein 능력검정 암소집단의 혈통자료를 이용하여 근교계수 및 혈통구조를 분석함으로써 Holstein 집단의 유전적 다양성 정도를 알아보고자 실시하였다. 2002년부터 2012년 사 이에 태어난 Holstein 400,029두에 대한 능력검정 자료 및 509,740두에 대한 혈통정보를 이용하여 분석하였다. 국내 지역별로 혈통완성도를 분석한 결과, 선조 3대까지의 조상을 알고 있는 개체의 비율 은 경기, 강원, 충남, 충북, 경북, 경남, 전남, 전북, 제주 및 우리나라 전체에 대해 각각 55.18, 23.49, 47.83, 53.62, 56.38, 51.35, 26.58, 49.41, 56.90 및 63.20%로 나타났다. 한편, 출생년도 별 평균근교계수는 2002년부터 2012년까지의 년도별 평균 및 전체에 대해 각각 0.43, 0.44, 0.58, 0.64, 0.78, 0.93, 1.08, 1.23, 1.46, 1.77, 2.03 및 0.93%로 추정되었다. 또한 아비에서 딸소까지 평균 세 대간격은 8.15년으로 나타났으며, 어미에서 딸소까지 평균 세대간격은 4.20년으로 나타났다. 근교계수 및 세대간격을 이용하여 추정한 국내 능력검정 젖소 집단의 유효집단크기는 2004, 2009 및 2012년에 대해 각각 56.5, 51.3 및 32.2두로 추정되어 시간이 지남에 따라 유효집단의 크기가 감소하는 것으로 추정되었다. The study was aimed to analyze pedigree structure and inbreeding coefficients for performance tested Holstein cows in Korea. A total of 400,029 Holstein cows data which born between 2002 and 2012 were obtained from Dairy Cattle Improvement Center of National Agricultural Cooperative Federation(NACF). Their related pedigrees, as obtained from Korean Animal Improvement Association(KAIA), consisted of 509,740 animals. Pedigree depth of the cows were traced back to 3 generations earlier. The percentage of cows with fully identified ancestors in various provinces of Korea were 55.18%(Gyeonggi-do), 23.49%(Gangwon-do), 47.83%(Chungcheongnam-do), 53.62%(Chungcheongbuk-do), 56.38%(Gyeongsangbuk-do), 51.35% (Gyeongsangnam-do), 26.58%(Jeollanam-do), 49.41%(Jeollabuk-do), and 56.90%(Jeju-do), whereas, it was about 63.20% as a whole in Korea. The average inbreeding coefficients showed increment across the consecutive years of birth such as, 0.43(2002), 0.44(2003), 0.58(2004), 0.64(2005), 0.78(2006), 0.93(2007), 1.08(2008), 1.23(2009), 1.46(2010), 1.77(2011), and 2.03 (2012). However, this coefficient was 0.93 in overall Korean population. An average generation interval for sire to daughter genetic path was 8.15 years; which was about 4.20 years considering dam to daughter genetic path. The estimated effective population sizes ( ) were 56.5, 51.3, and 32.2 animals born in 2004, 2009, and 2012, respectively. These results indicated that an increased rate of inbreeding has led to a significant reduction in the  over the decade.

한우 체척 검정개월령에 따른 단·다형질 개체모형의 육종가 및 정확도 비교연구

이수현,당창권,최연호,박미나,이승수,이영창,이재구,장혁기,이도현,윤호백,최태정 한국동물유전육종학회 2021 한국동물유전육종학회지 Vol.5 No.4

한우는 국가단위 검정체계에서 개량되고 있는 한국 고유품종이다. 한우의 평가형질 중 체척은 개체의 신체부위를 10부위로 구분하여 개체의 성장 척도로 활용하는 형질이다. 2021년 하반기 기준의 검정체계는 18개월령에 측정된 후대검정우의 체척성적을활용하고 있으나 이는 검정체계 상 어느 종료시점에도 해당되지 않는다. 그 외에 당대검정에서도 체척 성적을 수집한다는 점에서 모든 자료를 활용하지 못하고 있다. 따라서 본 연구에서는 체척 수집개월령 및 모형에 따른 유전모수와 육종가, 정확도를 비교하고 개선된 평가결과를 제공할 수 있는 방안을 모색, 정보를 제공하기 위하여 수행되었다. 활용된 자료는 총 13370두의 당후대검정우의 보정된 12개월령 체중과 12, 18개월령 체척 10부위 성적이며 혈통자료는 84936두의 자료를 활용하였고 단형질, 다형질평가모형으로 나누어 총 6개의 평가그룹 간 비교를 실시하였다. 유전모수 추정에는 수집개월령을 불문하고 모형을 기준으로 볼 때 단형질모형 전체형질의 유전력평균이 0.27, 다형질모형이 0.28의 수준을 보였다. 육종가의 상관결과로는 단형질, 다형질모형 간에 0.87 수준을, 12개월령 당대성적이 추가된 육종가와 12개월령 후대성적만 활용된 상관결과는 0.72 수준으로 파악되었다. 정확도는 전체형질의 평균을 기준으로 12, 18개월령 후대검정 단형질모형에서 각각 63% 수준으로 최저 정확도를, 12개월령 당후대검정 성적을 모두 활용한 다형질모형에서는 74%로 전체 평가그룹 간 가장 높은 정확도를 확인하였다. 연도별 씨수소들의 육종가의 경향은 12개월령 당후대검정 단형질모형으로 평가된 육종가 평균을 제외하고 전체 형질에 대해 전반적으로 높은육종가 경향을 보였다. 결론적으로, 본 연구는 12개월령 당후대검정 성적을 모두 활용하여 다형질모형을 적용한 평가결과의 이점을 투영하려 하였으며 평가결과를 개선할 수 있는 방안의 정보를 제공할 수 있을 것으로 보인다. Hanwoo cattle is one indigenous breed that have been improving its genetic performance through national evaluation system. 10 categories of Body measurement are one of evaluation trait in Hanwoo population that depicts indirect growth performance. Recent national evaluation system in 2021 have been using body measurement traits measured at 18 month that is not belong to any of the proper test period(e.g. 12, 24 month). Though body measurement traits measured at 12 month are abundant due to not only progeny but performance test animals, evaluation system that using traits measured at 18 month is still remained. Accordingly, this study focused on the data by measured points and models by single and multiple trait for informing to improve genetic evaluation of national evaluation system. Total 13370 animals from performance and progeny test animals and total of 84936 pedigree records were used. Evaluation group were allocated into 6 in total by 3 measured points and 2 models, and compared by each group. Where regarding only single and multiple trait model, mean of heritability for all traits is depicted as 0.27 and 0.28 in single and multiple trait model respectively. Correlation of breeding value between single and multiple trait model for each measured points was 0.87, while body measurement at 12 month which dataset includes performance test animals and traits at 12 month without performance test animals were shown 0.72 correlation. Accuracy of estimated breeding value was the least when single trait model with body measurement at 12 month and 18 month without performance test animals were used (63%). Multiple trait model using body measurement at 12 month with performance test were recorded as the highest accuracy at 74%, among the evaluation groups. Genetic trend in sires that have at least 6 progenies was in similar pattern annually for all evaluation group except single trait model with performance test animals that measured 12 month body measurement. The group using multiple trait model with traits at 12 month which have performance test records were higher for all traits than other groups. In short, this study was aimed to draw the advantages of multiple trait model using body measurement at 12 month including performance test animals.

Comparison of genome-wide association and genomic prediction methods for milk production traits in Korean Holstein cattle

이석현,당창권,최연호,도창희,조광현,김종주,김유삼,이중재 아세아·태평양축산학회 2019 Animal Bioscience Vol.32 No.7

Objective: The objectives of this study were to compare identified informative regions through two genome-wide association study (GWAS) approaches and determine the accuracy and bias of the direct genomic value (DGV) for milk production traits in Korean Holstein cattle, using two genomic prediction approaches: single-step genomic best linear unbiased prediction (ss-GBLUP) and Bayesian Bayes-B. Methods: Records on production traits such as adjusted 305-day milk (MY305), fat (FY305), and protein (PY305) yields were collected from 265,271 first parity cows. After quality control, 50,765 single-nucleotide polymorphic genotypes were available for analysis. In GWAS for ss-GBLUP (ssGWAS) and Bayes-B (BayesGWAS), the proportion of genetic variance for each 1-Mb genomic window was calculated and used to identify informative genomic regions. Accuracy of the DGV was estimated by a five-fold cross-validation with random clustering. As a measure of accuracy for DGV, we also assessed the correlation between DGV and deregressed-estimated breeding value (DEBV). The bias of DGV for each method was obtained by determining regression coefficients. Results: A total of nine and five significant windows (1 Mb) were identified for MY305 using ssGWAS and BayesGWAS, respectively. Using ssGWAS and BayesGWAS, we also detected multiple significant regions for FY305 (12 and 7) and PY305 (14 and 2), respectively. Both single-step DGV and Bayes DGV also showed somewhat moderate accuracy ranges for MY305 (0.32 to 0.34), FY305 (0.37 to 0.39), and PY305 (0.35 to 0.36) traits, respectively. The mean biases of DGVs determined using the single-step and Bayesian methods were 1.50±0.21 and 1.18±0.26 for MY305, 1.75±0.33 and 1.14±0.20 for FY305, and 1.59±0.20 and 1.14±0.15 for PY305, respectively. Conclusion: From the bias perspective, we believe that genomic selection based on the application of Bayesian approaches would be more suitable than application of ss-GBLUP in Korean Holstein populations.

우리나라 Holstein 경산우의 분만간격과 비유곡선모수와의 상관관계

원정일,당창권,임석기,임현주,윤호백 경상대학교 농업생명과학연구원 2016 농업생명과학연구 Vol.50 No.5

본 연구는 분만간격과 비유곡선 모수들 간의 상관관계를 규명하기 위하여 농협중앙회 젖소개량사업 소에서 진행하고 있는 유우군 능력검정사업에 참여하고 있는 홀스타인 젖소로부터 조사한 착유기록 36,505개를 분석하였는데, 분석에 이용된 착유기록은 모두 2011년부터 2013년 사이에 분만한 경산우 로부터 조사하였다. 비유곡선 모수는 Wood 모형을 적용하여, SAS 9.2 NLIN Procedure를 이용해 추 정하였다. 분만년도-계절(봄, 여름, 가을, 겨울)효과와 산차(2, 3, 4산차)의 효과를 고정효과로 한 다 형질 일반선형모형으로 SAS(GLM procedure)를 이용하였다. 분만간격, 305일 유량, 비유곡선모수(A, b, c), 비유지속성, Peak 일시 및 Peak기 유량에 대해 분만년도-계절과 산차의 효과는 모두 유의적 으로 나타났다(p<0.05). Wood 모형으로 추정한 비유곡선 함수는 2, 3 및 4산차에 대해 각각 yt = 24.66t0-175e-0.00302t, yt = 24.69t0-192e-0.00334t 및 yt = 24.22t0.200e-0.00341t으로 추정되었다. 분만간격과 305일 유량, 모수값 A, b, c, 비유지속성, Peak 일시 및 Peak기 유량과의 표현형상관(잔차상관)은 각 각 0.093, -0.014, 0.028, -0.046, 0.099, 0.085 및 0.052으로 나타났다. 분만간격이 길어지면 비유 곡선의 상향경사도, 비유지속성, Peak 일시, Peak기 유량은 증가하고, 비유곡선의 하향경사도는 감소 하여, 305일 유량은 증가할 것으로 판단된다. This study was aimed to identify the phenotypic relationships between calving interval and lactation curve parameters in Korean Holstein cow. The data of 36,505 lactation records was obtained from the Dairy Herd Improvement program run by Dairy Cattle Improvemnet Center of National Agricultural Federation of Korea. All lactation records were collectied from the multiparous cows calving between 2011 to 2013. The estimated lactation curves were drawn using Wood model based on actual milk yield records, and NLIN Procedure of SAS program (ver. 9.2). General linear multivariate models for calving interval, 305-d milk yield, lactation parameters(A, b, c), persistency, peak day, and peak yield included fixed effects of calving year-season (spring, summer, fall and winter) and parity(2, 3 and 4). For calving interval, 305-d milk yield, lactation parameters(A, b, c), persistency, peak day and peak yield, all two fixed effect(calving year-season, parity) were significant(p<0.05). The estimated lactation functions using Wood model for 2, 3, and 4 parity were yt = 24.66t0-175e-0.00302t, yt = 24.69t0-192e-0.00334t, and yt = 24.22t0.200e-0.00341t, respectively. Phenotypic correlation (partial residual correlation) between calving interval and 305-d milk yield, A, b, c, persistency, peak day, and peak yield were 0.093, -0.014, 0.028, -0.046, 0.099, 0.085, and 0.052, respectively. To conclude, if calving interval increase then ascent to peak, persistency, peak day and peak yield are increase, and descent after peak is decrease. So, total 305-d milk yield is increase.

이달의 사양관리 - 4월 사양관리

기광석,당창권,Gi, Gwang-Seok,Dang, Chang-Gwon 한국낙농육우협회 2016 낙농·육우 Vol.36 No.4