미래를 현실로 만드는 바이오인포매틱스

이대상,Lee, Dae-Sang 한국유전체학회 2010 유전체소식 Vol.10 No.2

미생물 유전체 프로젝트 수행을 위한 Base-Calling 오류 감지 프로그램 및 알고리즘 개발

이대상,박기정,Lee, Dae-Sang,Park, Kie-Jung 한국미생물학회 2007 미생물학회지 Vol.43 No.4

In this paper, we have developed base-calling error detection program and algorithm which show the list of the genes or sequences that are suspected to contain base-calling errors. Those programs detect dubious bases in a few aspects in the process of microbial genome project. The first module detects base-calling error from the Phrap file by using contig assembly information. The second module analyzes frame shift mutation if it is originated from real mutation or artifact. Finally, in the case that there is control microbial genome annotation information, the third module extracts and shows the candidate base-calling error list by comparative genome analysis method. 미생물 유전체 프로젝트를 수행하는 과정에서 발생하는 base-calling 오류를 포함하는 것으로 의심되는 유전자나 염기서열의 리스트를 보여 주는 프로그램을 개발하였다. 이 프로그램의 모듈들은 base-calling 오류로 의심되는 염기들의 후보군을 유전체 프로젝트를 수행하는 주요 단계에서 감지할 수 있도록 하였다. 이들 프로그램들은 초기 단계에서는 Phrap 파일에 존재하는 contig assembly 정보를 이용하여 base-calling 오류를 감지하는 모듈, 중간 단계에서는 상동성 검색 결과물로부터 frame skift 돌연변이의 진위 유무를 분석할 수 있는 모듈, 마지막 단계에서는, 이미 발표된 미생물 유전체와 같은 종으로부터 유래된 균주에 대한 유전체 프로젝트를 수행할 경우, 비교유전체 분석 기법을 활용하여 base-calling 오류 가능성이 높은 서열의 후보군을 추출하여 해당서열의 크로마토그램파일을 유전체 연구자가 볼 수 있는 모듈로 구성되어 있다.

복강경 위절제술과 개복 위절제술을 유사한 시기에 수술자로서 경험한 외과 전문의의 수술 결과 및 생존율

이대상 ( Dae Sang Lee ),이승수 ( Seung Soo Lee ),류승완 ( Seung Wan Ryu ),김인호 ( In Ho Kim ),손수상 ( Soo Sang Sohn ) 대한임상종양학회 2011 Korean Journal of Clinical Oncology Vol.7 No.1

목적: 지금까지 복강경 위절제술과 개복 위절제술을 비교한 연구들은 개복 위절제술의 경험이 풍부한 상태에서 복강경 위절제술을 시작한 수술자에 대한 보고이거나, 수술자의 경험에 대한 언급이 없는 경우가 많았다. 본 연구에서는 개복 위절제술과 복강경 위절제술을 유사한 시기에 시작한 한 수술자에서, 각각에 대한 수술 성적을 확인했다. 대상 및 방법: 본원의 한 외과의는 2004년부터 위암환자의 복강경 보조 원위부 위절제술 및 개복 원위부 위아전절제술을 수술자로서 경험했다. 2004년부터 2009년까지 조기위암으로 복강경보조 원위부 위절제술을 받은 환자(LADG군)와 개복 원위부 위아전절제술을 받은 환자(ODG군)는 각각 160명과 76명 이었으며, 이들 두군간의 임상병리학적 특징, 수술 결과, 생존율을 분석했다. 결과: LADG군과 ODG군의 수술시간은 각각 250.6 ± 63.5분과 173.0 ± 45.8분이었으며(p<0.001), 출혈양은 각각 77.8 ± 135.0mL와 254.4 ± 158.1mL이었다(p<0.001). 절제된 림프절수는 LADG군은 49.0 ± 17.3개, ODG군은 60.2 ± 24.2개로 유의한 차이가 있었다(p<0.001). 합병증은 LADG군과 ODG군에서 유의한 차이가 없었으며, 생존율은 각각 93.3%와 93.7%로 유의한 차이가 없었다. 결론: 개복 위절제술과 복강경 위절제술을 비슷한 시기에 수술자로서 경험한 외과의의 각각에 대한 수술 결과, 및 생존율은 다른 보고와 유사하였다. 개복 위절제술의 상대적으로 적은 경험때문에 복강경 위절제술을 주저할 필요는 없겠다. Purpose: The aim of this study was to compare the clinical outcomes and prognosis after laparoscopy assisted distal gastrectomy (LADG) and open distal subtotal gastrectomy (ODG) by a surgeon who started his role as an operator for LADG and ODG contemporaneously. Materials and Methods: A surgeon started his role as an operator for LADG and ODG in late 2004 around the same time. Between September 2004 and August 2009, 236 patients with early gastric cancer underwent LADG (n = 160) or ODG (n = 76). The clinicopathological characteristics, surgical outcomes and survival were analyzed from the review of medical records. Result: The operation time was significantly longer in LADG group (p<0.001), and the amount of surgical bleeding was significantly smaller in LADG group (p<0.001). The numbers of retrieved lymph nodes were 49.0 °æ 17.3 in LADG group and 60.2 °æ 24.2 in ODG group (p<0.001). The rates of complications were not significantly different between two groups. Five-year overall survival of LADG group and ODG group were 93.3% and 93.7% respectively(p=0.665). Conclusion: For a surgeon who started the role as an operator for LADG and ODG contemporaneously, performing LADG was feasible and safe. The high level of expertise in ODG as an operator may not be an essential requirement for surgeons to start LADG.

다발성 외상으로 인한 심한 폐 좌상과 스트레스성 심근병 환자에서 체외막형 산화기의 치료 경험

이대상 ( Dae Sang Lee ),길은미 ( Eun Mi Gil ),이아란 ( A Lan Lee ),하태순 ( Tae Sun Ha ),정치량 ( Chi Ryang Chung ),박치민 ( Chi Min Park ),조양현 ( Yang Hyun Cho ) 대한외상학회 2014 大韓外傷學會誌 Vol.27 No.4

A 55 year-old man hit a vehicle while riding a bicycle. He was diagnosed as left hemopneumothorax, multiple rib fracture, cerebral hemorrhage, and skull fracture. Initially he suffered from hypoxia requiring 100% oxygen with a mechanical ventilator. Finally he became hypotensive. Venovenous extracorporeal membrane oxygenation (ECMO) was initiated to support patient’s gas exchange. Because hypotension and left ventricular dysfuction persisted, we converted the mode of support to veno-arterio-venous ECMO. Over four days of intensive care, we could wean off ECMO. The patient went to rehabilitation facility after 45 days of hospitalization. Although trauma and bleeding are considered as relative contraindication of ECMO, careful decision making and management may enable us to use ECMO for trauma-related refractory heart and/or lung failure. [ J Trauma Inj 2014; 27: 229-32 ]

DNA Sequence 관리 자동화 시스템 개발

이대상(Dae-Sang Lee) 산업기술교육훈련학회 2008 산업기술연구논문지 (JITR) Vol.12 No.4

We have developed and constructed DNA sequence management and gene information analysis automation system which had web-based user interfaces. This system automatically managed from raw DNA sequences data, originated from high throughput sequencing machine, to their homology search process. For users convenience, the DNA sequences were checked and filtered if there were vector contaminated sequences at the beginning of BLAST search. Homology search jobs were performed by using parallel distribution algorithms and its calculation performance was 10 times faster than that of single node server when major DNA and protein DB were used for BLAST database in our 10 nodes server.

수혈 관련 급성 폐손상이 동반된 외상환자에서 체외막 산화기의 적용 경험

이대상 ( Dae Sang Lee ),박치민 ( Chi Min Park ) 대한외상학회 2015 大韓外傷學會誌 Vol.28 No.1

The case of a patient with a transfusion-related acute lung injury (TRALI) to whom extracorporeal membrane oxygenation (ECMO) had been applied is reported. A 55-year-old male injured with liver laceration (grade 3) without chest injury after car accident. He received lots of blood transfusion and underwent damage control abdominal surgery. In the immediate postoperative period, he suffered from severe hypoxia and respiratory acidosis despite of vigorous management such as 100% oxygen with mechanical ventilation, high PEEP and muscle relaxant. Finally, ECMO was applied to the patients as a last resort. Aggressive treatment with ECMO improved the oxygenation and reduced the acidosis. Unfortunately, the patient died of liver failure and infection. TRALI is a part of acute respiratory distress syndrome (ARDS). The use of ECMO for TRALI induced severe hypoxemia might be a useful option for providing time to allow the injured lung to recover. [ J Trauma Inj 2015; 28: 34-38 ]

2015 Canadian 임상진료지침의 변경사항

이대상 ( Dae Sang Lee ) 한국정맥경장영양학회 2015 한국정맥경장영양학회지 Vol.7 No.3

Careful nutritional strategy is an essential component in the management of critically ill patients. Evidence-based clinical practice guidelines can be an effective solution to improving the process and structure of nutritional strategy for critically ill patients. The 2015 Canadian clinical practice guidelines (CPGs) summarized the evidence from approximately 354 randomized controlled trials in the area of critical care nutrition since 1980. The Canadian CPGs were first developed in 2003 and have been updated every 2 years. It is important for the acquisition of new evidence-based knowledge. This paper includes a brief summary on changes in 2015 CPGs compared with 2013 CPGs.

ln-Memory DBMS 기반 개방형 표적관리 플랫폼 적용사례

진성일,김은석,이대상,한혁,정성훈,황종수,Jin, Seong-Il,Kim, Eun-Seok,Lee, Dae-Sang,Han, Hyeok,Jeong, Seong-Hun,Hwang, Jong-Su 한국정보과학회 2016 정보과학회지 Vol.34 No.10

핵산증폭용 특정 길이의 Primer 검색 프로그램

조영훈,박기정,이대상,Cho, Young-Hoon,Park, Kie-Jung,Lee, Dae-Sang 한국미생물학회 2008 미생물학회지 Vol.44 No.2

PCR 방법과 더불어 최근 핵산증폭기법으로 주목받기 시작한 방법이 Rolling Circle Amplification (RCA) 기법을 응용한 것이다. 본 논문에서 RCA 기술을 활용하는 실험에 이용할 수 있는 특정 길이(N-mer)를 가진 primer의 후보 리스트를 vector 서열이나 특정 미생물 염색체 서열에서 검색할 수 있는 프로그램인 RCA-mer를 개발하였다. RCA-mer는 사용자의 염기서열을 입력으로 받아 이 서열을 대상으로 특정 길이의 N-mer에 대한 존재 유무에 대한 리스트의 후브를 웹으로 보여주는 기능을 가지고 있다. 또한 서로 다른 두 개의 염기서열들에 대해 N-mer가 공통으로 존재하는지, 한쪽 서열에만 존재하는지 확인할 수 있는 기능을 가지도록 개발하였다. 사용자는 선발된 primer 후보들로 부터 적절한 N-mer 서열을 선택하여 실제 RCA를 이용한 실험 곧바로 응용할 수 있도록 후보 primer를 선별하여 사용할 수 있도록 하였다. Recently, rolling circle amplification (RCA) technique has been widely focused in the field of gene amplification just like PCR method. We have developed RCA-mer, which is a web-based program searching for primer candidates from a given sequence. It can be applied to find primer lists in DNA amplification experiment based on RCA method. The RCA-mer compares 8-mer primer lists with user's input sequence such as vector, mitochondria, and microbial genome sequence. After calculating 8-mers existences in a given sequence, it displays matched and no-matched primer lists with their GC-contents. In addition to it, RCA-mer can search the existence of 8-mer primer lists in two sequences whether they are co-existed or not. Users can apply candidate primer lists to their researches which use RCA techniques.

In-Memory DBMS 기반 개방형 표적관리 플랫폼 적용사례

진성일(Seong-Il Jin),김은석(Eun-Suk Kim),이대상(Dae-Sang Lee),한혁(Hyeok Han),정성훈(Sung-Hoon Jung),황종수(Jong-Su Hwang) 한국정보과학회 2016 정보과학회지 Vol.34 No.10