정읍지역 야생 차나무의 분자생물학적 유연관계 분석

김평의(Pyeong-Ui Kim),이솔(Sol Lee),한상섭(Sang-Sub Han) 한국차학회 2008 한국차학회지 Vol.14 No.3

정읍지역 야생차나무의 분자학적 유연관계 및 유전적 다양성을 알아보기 위하여 12개 지역 차나무에 대하여 DFR intron 3, DFR intron 4+5 및 PAL exon 1 유전자 부위에 대하여 PCR-RFLP분석결과 DFR 4 + 5 primer을 이용하여 증폭 결과 DFR유전자의 크기는 약 1.4 kb에서 PCR산물을 획득하였고, PCR산물에 제한효소 Hpa II 및 Nla III를 이용하여 RFLP분석결과 각각의 제한효소에서 각각 서로 다른 3가지 형태의 RFLP밴드를 보여 차나무 집단 간 유전적 다양성을 보였다. 특히 삼성암, 천원리, 중광리, 벽련암, 두승산 집단과, 남산사, 성황산집단의 차나무가 각각의 집단으로 구분되었으며, Hpa II 및 Nla III제한효소 모두에서 2가지 집단으로 뚜렷하게 구분되어졌다. DFR intron 3 유전자의 경우에는 PCR 산물이 모두에서 약 1kb의 크기에서 나타났으며, Hind III 제한효소를 이용하여 RFLP분석 결과 뚜렷한 2가지 형태의 RFLP밴드패턴으로 구분되어졌다. PAL exon 1 유전자는 약 500bp의 크기에서 PCR산물을 얻을 수 있었으며, Hpa II 제한효소를 이용하여 RFLP분석 결과 천원리 집단의 차나무에서 독특한 밴드패턴을 보였으며, 나머지는 대부분 2가지 형태의 밴드패턴을 보였다. 염기서열분석 결과, 천원리 차나무 집단과 중광리 집단 간에는 98.9%의 유사성이 있었으며, 일본에서 보고한 차나무의 염기서열(GeneBank accession number D26596)와 천원리 집단과는 99.5%의 유사성을 보였다. 정읍지역 야생차나무에 대하여 PCR- RFLP분석 결과 사용한 제한효소에서 각각의 밴드패턴을 보여 집단 간 차이를 알아볼 수 있었으며, 다양한 제한효소를 사용한다면 각 집단 간 RFLP 밴드패턴을 더욱 정확하게 알아볼 수 있어 앞으로 우리나라 야생차나무의 계통 간 분류연구에 이용 가능할 것으로 사료된다. 천원리 및 중광리 차나무에 대하여 PAL exon 1유전자의 염기서열의 분석결과에서도 일본차나무 품종에서 보고한 PAL 유전자와 높은 유사성이 나타나 앞으로 차나무의 유연관계 분석에 PAL 유전자부위를 이용하는 것도 차나무의 유연관계를 정확하게 알아보는 방법이 될 것으로 보인다. Molecular relationship and genetic diversity of 12 wild tea plants populations which grown natural region in Jeongeup, Korea were investigated based on PCR-RFLP analysis of three genes which DFR intron 3 genes, DFR intron 4 and 5 genes, and PAL exon 1 genes. The PCR products were successfully obtained approximately 1.4 kb, 1kb and 500bp, respectively. On the bases of RFLP analysis of DFR intron 4 and 5 genes use Hpa II and Nla III enzymes, three kinds of band patterns were shown and divided into three groups; i) Samseongam, Cheonwon-ri, Junggwang-ri, Duseung mountain and ii) Byeokryeonam populations, iii) Namsansa and Seonghwang mountain populations, and showed different RFLP profiles from other wild tea plants populations. The DFR intron 3 genes were divided into 3 groups by RFLP analysis using Hind III enzyme. The first groups belong to Samseongam, Gobu-eupseong, Cheonwon-ri, Songsan, Byeokryeonam and Duseung mountain wild tea populations and other groups belong to Eunseonsa, Jungnim mountain, Junggwang-ri, Bukchanggol, Namsansa and Seonghwang mountain populations. The results of PAL exon 1 genes use Hpa II enzyme shown three kinds of distinct groups which Samseongam, Gobu-eupseong, and Seonghwang mountain populations were belong to same groups, and Eunseonsa, Jungnim mountain, Songsan, Bukchanggol, Byeokryeonam, Namsansa and Duseung mountain populations were shown same groups except Cheonwonri tea population. Based on sequence analysis of amplified PAL exon 1 gene of Chonwon and Junggwang wild tea populations, the tea plant of Chonwon was shown 98.9% and 99.5% homologies with Junggwang and Japan tea(GeneBank accession number D26596). The results of RFLP and sequence analysis indicated that wild tea plants populations in Jeongeup were shown genetic diversity among each other different wild tea plants populations.

모색 발현 유전자의 DNA Marker를 이용한 쇠고기 품종 판별

정의룡,정구용,Chung Eui-Ryong,Chung Ku-Young 한국축산식품학회 2004 한국축산식품학회지 Vol.24 No.4

본 연구는 축우의 모색발현에 관여하는 MC1R, MGF 및 TYRP1 3종류의 모색 유전자의 PCR-RFLP marker를 이용하여 쇠고기 품종 판별기술을 개발하고자 수행하였다. MC1R 유전자의 104번째 아미노산을 지정하는 codon에 GGT 염기를 갖고 있는 Holstein 젖소와 Angus 육우는 제한효소 인지부위가 존재하여 537 bp증폭산물이 절단되어 329와 208bp 두개의 band가 검출되었으나 한우에서는 GTG로 G 염기가 T염기로 치환됨으로써 제한효소 인식부위가 소실되어 537 bp의 단일 bind 만이 검출되었다. 따라서, 이처럼 MC1R 모색유전자의 품종 간 특정 염기서열의 차이가 곧 특정 제한효소의 염기 서열상의 인지 부위 차이를 가져와 한우와 Holstein 젖소 및 Angus 육우 품종간의 RFLP 유전자형 출현에 확실한 차이가 인정되어 한우 품종에 특이적인 MC1R 유전자의 RFLP marker를 이용한 한우육 판별이 가능하였다. 또한, MGF 유전자의 RFLP 유전자형 출현빈도에서 한우는 r/r형이 75%로 출현율이 매우 높은 유전자형으로 분석된 반면 Hereford종은 R/R 형이 80%로 출현율이 매우 높았고 Holstein종과 Angus종은 R/r형이 100% 출현함으로써 한우와 Holstein 및 수입육우 품종간의 MGF 유전자형 출현빈도에 뚜렷한 차이가 인정되었다. 한편, TYRP1 유전자의 RFLP유전자형을 분석한 결과 모든 품종에서 동일한 RFLP type이 검출되어 TYRP1 모색 유전자를 이용한 쇠고기 품종 구별은 불가능한 것으로 나타났다. 따라서, 소 모색 관련 MC1R과 MGF 두 유전자의 품종 특이적 PCR-RFLP 유전자형은 한우육과 국내산 Holstein젖소고기 및 Angus 수입육간의 품종을 식별하는데 매우 유용한 DNA marker로 이용될 수 있음이 확인되었다. In Korean beef market, one of the major problems is mislabeling or fraudulent distribution of Holstein dairy meat or imported beef as domestic Hanwoo meat. Therefore, there has been a great need for a development of technology to identify beef breeds in meat and meat products. This study was carried out to develop the accurate and reliable method for the identification of beef breed using PCR-RFLP marker of MC1R, MGF and TYRPl genes affecting coat colors in cattle. A single base substitution (G\longrightarrowT transition) at the codon for amino acid position 104 of MC1R gene was identified between Hanwoo and Holstein and Angus breeds. The change at this position creates Msp I restriction site in Holstein and Angus, but not in Hanwoo. When the DNA amplified products (537 bp) was digested with Msp I, Hanwoo meat showed a single band of 537bp, while two fragments of 329bp and 208 bp were observed in Holstein meat and Angus breed, respectively. Thus, breed-specific RFLP marker in the MC1R gene can be used to distinguish between Hanwoo meat and Holstein and Angus meats. In the RFLP genotype of MGF gene, the frequency of r/r type was 75% in Manwoo, whereas the frequency of R/R was 80% in Hereford breed. Holstein and Angus breeds showed 100% for R/r type. Therefore, Hanwoo meat showed significant difference in the MGF genotype frequencies compared with those of Holstein meat and imported beef cattle breeds. However, TYRP1 gene showed the same genotype in all breeds examined. Thus, this TYRP1 gene can not be used as a molecular marker for breed identification. As a consequence, we suggest that RFLP markers of the MC1R and MGF coat color genes could be used as DNA marker for identification of Hanwoo meat from Holstein and imported meats.

각종 작물로부터 분리한 Rhizoctonia solani 균주의 RFLP 및 PCR-RFLP를 이용한 분자계통한 특성 구명

최혜선,신환성,김희종,김경수,우수진 한국미생물학회 1999 미생물학회지 Vol.35 No.3

Rhizoctonia solani 분류를 위해 균사의 anastomosis group과 grouprks의 유전적 차이의 분석을 위해 rDNA 의 PCR-RFLP 와 RFLP를 실시하였다. rDNA 의 PCR-RFLP 결과 R. solani 는 크게 5 group 으로 나뉘어졌다. 균주 번호 1번과 3번은 AG-5 그룹과 0.976의 높은 상동성을 보였고, 12번, 13번은 AG-2-2와 0.976의 상동성을 보였다. 균주번호 7,8,11,13,15 는 AG-1에 속하였다. 제한효소 HaeIII로 절단하였을 때 균주번호 4,5,7,8은 700 bp에서 하나의 밴드가 나타나 AG-1에 속하였고, 균주번호 9는 AG-2-1과 517 bp에서 하나의 밴드가 나타났다. 도한 제한효소 Msp I을 사용하여 southern blotting을 한 결과 더 다양한 절단양상을 보이며 AG 간의 차이가 나타났다. AG-2-1과 균주번호 9는 200 bp에서 하나의 밴드가 나타났다. 균주 3,4,5,10,11,13은 AG-1과 1kb에서 하나의 밴드로 나타났다. As a result of PCR-RFLP, the isolates used in this study were classified into five groups. Isolates 1 and 3 were included in AG-5 with 97% genetic similarity. Isolates 12 and 13 were included in AG-1 wilh 100% genetic similarily. Isolates 10 and AG-2-2 showed 97% similarity Isolates 7, 8, 11. 13, and 15 were included in AG-1. When isolates of 4, 5, 7 and 8 were restricted with Hae I. there was a single 700 bp fragment matched with AG-1. A 517 bp restriction fragment of isolate 9 was matched with AG-2-1. Based on the result of southem hybridization of genomic DNAs, all isolates restricted with Msp I showed more variable restriction differences than those restricted with Hae Ill. Isolates AG-2-1 and 9 showed 200 bp restriction fragment, and isolates 3 and AG-1 showed 1 kb restriction fragments.

PCR-Restriction Fragment Length Polymorphism 방법에 의한 Borrelia burgdorferi Sensu Lato의 분류

송혜원(Hye-Wone Song),박성언(Sung-Un Park),박상욱(Sang-Wook Park),김근희(Geun-Hee Kim),김홍(Hong Kim),엄용빈(Yong-Bin Eom),김종배(Jong-Bae Kim) 대한의생명과학회 1999 Biomedical Science Letters Vol.5 No.2

라임병의 원인균인 Borrelia burgdorferi에 대하여 각 균종의 표준균주와 진드기에서 추출한 DNA를 template로 PCR을 실시한 후 그 증폭산물을 Alu Ⅰ으로 처리한 restriction fragment length polymorphism (RFLP) 방법으로 각 균종의 연관성을 조사하고자 하였다. 표준균주로 RFLP를 실시한 결과 B. burgdorferi sensu stricto와 B. garinii의 RFLP 형태 (50 bp, 70 bp, 150 bp)가 유사하였으며 B. afzelii에서는 다른 RFLP 형태 (50 bp, 110 bp, 150 bp)를 관찰하였다. 그 중 B. afzelii KK-1과 B. garinii HP1은 새로운 RFLP 형태를 보여 B. afzelii와 B. garinii는 각각 2 types의 subgroup으로 분류할 수 있었다. 진드기 DNA에서는 B. afzelii를 포함한 각 균종에 대하여 모두 유사한 RFLP 형태를 보였는데, 진드기 DNA에서 확인된 B. afzelii는 KK-1과 같은 군에 속하는 것으로 사료되었다. For the classification of B. burgdorferi sensu lato strains, PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis was performed. PCR was carried out with B. burgdorferi sensu lato specific primer set (BB uni set), and amplicons of 470-bp DNA were digested with Alu Ⅰ. The Alu Ⅰ restriction polymorphism of the amplicons provided a useful tool for identifying B. burgdorferi sensu lato strains. Both amplicons from B. burgdorferi sensu stricto and B. garinii except HP1 strain showed identical RFLP pattern (50 bp, 70 bp, and 150 bp), but amplicons from B. afzelii and B. garinii showed two types of subgroups, respectively. The result of PCR-RFLP using extracted DNAs from ticks was similar to those patterns of B. burgdorferi species including B. afzelii.

PCR-Restricition Fragment Length Polymorphism 방법에 의한 Borrelia burgdorferi Sensu Lato의 분류

송혜원,김홍,박상욱,엄용빈,김종배,박성언,김근희 THE KOREAN SOCIETY FOR BIOMEDICAL LABORATORY SCINE 1999 Journal of biomedical laboratory sciences Vol.5 No.2

라임병의 원인균인 Borrelia burgdorferi에 대하여 각 균종의 표준균주와 진드기에서 추출한 DNA를 template로 PCR을 실시한 후 그 증폭산물을 Alu I으로 처리한 restriction fragment length polymorphism (RFLP) 방법으로 각 균종의 연관성을 조사하고자 하였다. 표준균주로 RFLP를 실시한 결과 B. burgdorferi sensu stricto와 B. garinii의 RFLP 형태 (50 bp, 70 bp, 150 bp)가 유사하였으며 B.afzelii에서는 다른 RFLP형태 (50bp, 110bp, 150 bp)를 관찰하였다. 그 중 B. afzelii KK-1과 B. garinii HP1은 새로운 RFLP 형태를 보여 B. afzelii와 B. garinii는 각각 2 types의 subgroup으로 분류할 수 있었다. 진드기 DNA에서 는 B. afzelii를 포함한 각 균종에 대하여 모두 유사한 RFLP 형태를 보였는데, 진드기 DNA에서 확인된 B. afzelii는 KK-1과 같은 군에 속하는 것으로 사료되었다. For the classification of B. burgdorferi sensu lato strains, PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis was performed. PCR was carried out with B. burgdorferi sensu lato specific primer set (BB uni set), and amplicons of 470-bp DNA were digested with Alu I. The Alu I restriction polymorphism of the amplicons provided a useful tool for identifying B. burgdorferi sensu lato strains. Both amplicons from B. burgdorferi sensu stricto and B. garinii except HP1 strain showed identical RFLP pattern (50 bp, 70 bp, and 150 bp), but amplicons from B. afzelii and B. garinii showed two types of subgroups, respectively. The result of PCR-RFLP using extracted DNAs from ticks was similar to those patterns of B. burgdorferi species including B. afzelii.

PCR-RFLP를 이용한 파방나방 (Spodoptera exigua(H bner)) 미토콘트리아 DNA의 유전변이 연구

김용균,이명렬,정충렬 한국응용곤충학회 1998 한국응용곤충학회지 Vol.37 No.1

Restriction fragment length polymorphism (RFLP) of a DNA has been a useful tool for analyzing genetic variation. This research was performed to establish an RFLP analytic method on the mitochondrial DNA (mtDNA) of the beet armyworm, Spodoptera exigua (Hiibner). To do this, total size of the mtDNA was measured and polymerase chain reaction (PCR) primers were selected. Its mitochondrial genome size was ca. 16kb. From a serial PCR test of 29 primers refered to the compilation of Simon et al. (1994), 22 primers were selected to amplify its mtDNA fragments. These primers resulted in short (300-700 bp) or long (1000-2000 bp) DNA products which represented a total or partial sequence of each of CO-I, CO-11, Cyt-B, ND-1, 12s rRNA, 16s rRNA, and some tRNAs. PCR-RFLP was performed in some variable mtDNA regions with 8 kinds of 4bp recognizing restriction enzymes. Different populations from Andong, Kyungsan, and Sunchun did not show any restriction site polymorphisms but had some length variation in certain regions of mtDNA. DNA의 제한요소단편 다형현상(RFLP)이 유전변이 연구에 널리 이용되고 있다. 본 연구는 파밤나방(Spodoptera exigua(H bner)) 미토콘드리아 DNA(mtDNA)의 RFLP방법을 개발하기 위해 게놈 크기 측정 및 PCR primer들을 선발하였다. 파밤나방의 mtDNA 전체크기는 약 16kb였다. 대부분 곤충 mtDNA에 적합하게 구성된 (Simon et al., 1994)29개 promer들중 21개가 파밤나방의 mtDNA증폭에 적합했다. 이들 primer들을 이용하여 여러 유전자 영역(CO-I, CO-II, Cyt-B, ND-1, 12S rRNA, 16S rRNA 및 일부 tRNA)의 일분 또는 전체를 포함하는 유전자 절편을 증폭시켰다. 일반적으로 다형을 보이는 primer조합을 중심으로 4염기 제한부위를 인식하는 8종의 제한 효소를 통해 분석된 PCR-RFLP는 서로 다은 지역(안동, 경산, 순천) 집단들간에 제한부위에 있어서 차이가 없었으나 일부 영역에서는 길이 차이를 보여 유용한 유전지표로서의 가능성을 제시했다.

RFLP와 DGGE에 따른 해면 Spirastrella abata 공생세균의 다양성 비교

정은지,임춘수,박진숙,Jeong, Eun-Ji,Im, Choon-Soo,Park, Jin-Sook 한국미생물학회 2010 미생물학회지 Vol.46 No.4

비배양에 근거한 16S rDNA-DGGE fingerprinting 방법을 적용하여 공생세균 군집구조를 조사하였다. Zobell 배지와 천일염 배지를 사용하여 총 164균주를 선별하였다. 이들 균주로 부터 증폭한 16S rDNA를 제한효소 HaeIII와 MspI을 사용하여 절단한 후 각각의 다른 RFLP 패턴으로 구분하였다. RFLP패턴으로부터 유래한 16S rDNA의 염기서열 분석 결과, 알려진 염기서열들과 95% 이상의 유사도를 나타내었으며 Proteobacteria (Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria), Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes의 4개의 문이 나타났으며 우점 군집은 Alphaproteobacteria였다. 해면에서 분리한 total gDNA로 부터 증폭한 16S rDNA의 DGGE 분석 결과 5개의 DGGE band가 확인 되었고, 각각의 band의 염기서열 분석 결과 알려진 염기서열들과 96% 이상의 유사도를 나타내었으며 band로부터 밝혀진 모든 서열들은 배양되지 않은 세균 클론들과 높은 상동성을 나타내었다. DGGE에 의한 공생세균 군집은 Proteobacteria (Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria), Actinobacteria, Spirochetes, Chloroflexi로 4개의 문(phylum)으로 나타났다. Spirastrella abata의 공생세균 군집에 대한 RFLP와 DGGE 적용 결과, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria의 공통 세균 그룹이 발견되었으나 전체적인 공생세균 군집구조는 분석 방법에 따른 차이를 나타내었다. Culture-dependent RFLP and culture-independent DGGE were employed to investigate the bacterial community associated with the marine sponge Spirastrella abata. A total of 164 bacterial strains associated with the sponge were cultivated using Zobell and Natural sea salt media. PCR amplicons of the 16S rDNA from the bacterial strains were digested with the restriction enzymes HaeIII and MspI, and then assigned into different groups according to their restriction patterns. The 16S rDNA sequences derived from RFLP patterns showed more than 95% similarities compared with known bacterial species, and the isolates belonged to four phyla, Proteobacteria (Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria), Actinobacteria, Firmicutes, and Bacteriodetes, of which Alphaproteobacteria was dominant. DGGE fingerprinting of 16S rDNAs amplified from the sponge- derived total gDNA showed five major DGGE bands, and their sequences showed more than 96% similarities compared with available sequences. The sequences derived from DGGE bands revealed high similarity with the uncultured bacterial clones. DGGE revealed that bacterial community consisted of four phyla, including Proteobacteria (Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria), Actinobacteria, Spirochetes, and Chloroflexi. Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, and Actinobacteria were commonly found in bacteria associated with S. abata by both RFLP and DGGE methods; however, overall bacterial community in the sponge differed depending on the analysis methods.

제주도에서 채집한 해양 해면, Asteropus simplex의 공생세균에 관한 계통학적 분석

정인혜,박진숙,Jeong, In-Hye,Park, Jin-Sook 한국미생물학회 2012 미생물학회지 Vol.48 No.4

해양 해면 Asteropus simplex를 제주도에서 채집하여 배양에 의한 RFLP와 비배양에 의한 DGGE 분석 방법에 의해 세균군집 구조를 조사하였다. 16S rDNA-RFLP 분석을 위해 변형된 Zobell 배지와 MA를 이용하여 120균주를 선별하고 제한효소, HaeIII와 MspI을 사용하여 각각의 다른 RFLP 패턴으로 구분하였다. RFLP 패턴으로부터 유래한 16S rDNA 염기서열 분석결과, 알려진 세균 종과 94% 이상의 유사도를 나타내었으며 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, 5개의 문이 관찰되었다. 그 중 Gammaproteobacteria가 우점하였다. 같은 해면, A. simplex의 DGGE 분석을 위해 total genomic DNA로부터 16S rDNA를 증폭하여 DGGE fingerprinting을 수행한 결과 12개의 서로 다른 밴드가 관찰되었다. 각 밴드의 16S rDNA 염기서열은 알려진 세균의 염기서열과 90% 이상의 유사성을 나타내었으며 대부분의 염기서열은 uncultured bacteria에 속하였다. DGGE 분석으로부터 미생물의 군집은 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Actinobacteria, Chloroflexi, Nitrospira, 7개의 문으로 나타났다. RFLP와 DGGE 방법에 의해 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria가 공통적으로 발견되었으나 전체적인 공생세균의 군집구조는 분석방법에 따른 차이를 나타내었다. 배양에 의한 방법보다 비배양 방법에서 더 다양한 세균군집구조를 나타내었다. Culture-dependent RFLP and culture-independent DGGE were employed to investigate the bacterial community associated with the marine sponge Asteropus simplex collected from Jeju Island. A total of 120 bacterial strains associated with the sponge were cultivated using modified Zobell and MA media. PCR amplicons of the 16S rDNA from the bacterial strains were digested with the restriction enzymes HaeIII and MspI, and then assigned into different groups according to their restriction patterns. The 16S rDNA sequences derived from RFLP patterns showed more than 94% similarities compared with known bacterial species, and the isolates belonged to five phyla, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria Actinobacteria, Bacteroidetes, and Firmicutes, of which Gammaproteobacteria was dominant. DGGE fingerprinting of 16S rDNAs amplified from the sponge-derived total gDNA showed 12 DGGE bands, and their sequences showed more than 90% similarities compared with available sequences. The sequences derived from DGGE bands revealed high similarity with the uncultured bacterial clones. DGGE revealed that bacterial community consisted of seven phyla, including Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Actinobacteira, Chloroflexi, and Nitrospira. Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, and Actinobacteria were commonly found in bacteria associated with A. simplex by both RFLP and DGGE methods, however, overall bacterial community in the sponge differed depending on the analysis methods. Sponge showed more various bacterial community structures in culture-independent method than in culture-dependent method.

Linkage Analysis를 이용한 다발성 내분비 선종 Type 2A의 유전자 진단

이명식 ( Lee Myeong Sig ),이진오 ( Lee Jin O ),강태웅 ( Kang Tae Ung ),이제호 ( Lee Je Ho ) 대한내과학회 1992 대한내과학회지 Vol.42 No.6

연구 배경 : 다발성 내분비선종(MEN)2A는 상염색체성 우성 유전의 형태를 취하면서 여러 내분비 기관에서 다발성으로 종양이 발생하는 질환으로서 조기 진단이 중요하다. 이와 관련하여 전통적으로 사용되는 pentagas-trin 자극 시험등의 생화학적 검사에는 여러 문제가 있으므로, 최근에는 MEN 유전자와 close linkage 상태에 있는 marker gene을 이용하여 진단을 하려는 연구가 시도되고 있다. 이 연구가 성공적으로 수행되먼 MEN 2A의 분자 생물학적 이해에도 도움을 줄 수 있으며, 임상적으로는 매년 생화학적 검사를 받지 않고도 유아기 또는 prenatal period에 진단이 가능해진다. 연자들은 한 MEN type 2A 가족에서 MEN 2A 유전자와 매우 가깝다고 알려진 RBP3와 D10S15 유전자좌의 poly-morphism 즉 RFLP와 이의 유전양식을 조사함으로써 MEM 2A의 유전자 진단을 시도하였다. 방법 : MRN 2A 가족의 DNA를 phenol-chlorform 법으로 추출하고 Bg1Ⅱ, MSPⅠ 제한효소로 절단한 후 agarose gel로 전기영동를 시행한 후 Southern trans-fer를 실시한 다음 각각 IRHP. H4, MCK2 탐식자와 함께 hybridization 시켰다. 결과 : 1) proband는 Bg1Ⅱ 제한효소 절단시 6.3 kb band를 갖는 대립 유전자의 homozygote로 판명되었다. 2) 표현형 상 MEN 2A가 있었던 proband의 어머니는 6.3kb, 4.3kb band를 갖는 heterogygote였으며 따라서 6.3kb band를 갖는 대립 유전자가 MEN 2A 유전자와 linkage 상태에 있고 그 haplotype이 어머니로부터 proband에게 넘어 왔으리라 추정되었다. 3) MEN 2A 표현형을 가지고 있지 않던 여동생은 6.3kb band의 homozygote로서 역시 어머니의 MEN 2A 유전자를 물려받았을 것으로 생각되었다. 4) D10S15 유전자좌의 경우에서는 MspⅠ 절단 후 RFLP 분석 결과 전원이 2.4kb band의 homozygote로서 유전자 진단에 도움이 되지 못하였다. 결론: MEN 2A 유전자와 매우 근접해 있는 유전자좌에서의 RFLP의 분석은 early 또는 prenatal period에서의 진단을 가능케 하리라고 사료되었다. Background Multiple endocrine neoplasia type 2A (MEN 2A) gene has been shown to be in linkage with genetic loci near the centromere of chromosome 10. Polymorphic DNA probes for the region are now available permitting the use of restriction fragment length polymorphism (RFLP) to identify carriers of the gene for this disease. We attemped genetic diagnosis of MEN 2A by RFLP analysis of RBP3 and D10S15 loci located near the centromere of chromosome 10. Methods: DNA was extracted from the leukocytes of family members with MEN 2A using phenol-chlorform method, digested with BgⅢ and MspI, subjected to electrophoresis and Southern blotting, and hybridized with radiolabelled IRBP3. H4 and MCK2 probes. Results: 1) A IRBP3 allele yielding 6.3 kb band when digested with BgⅢ was supposed to be in linkage with MEN 2A in this family. 2) Sister of the proband was a homozygote of 6.3 kb band and thought to have MEN 2A gene. 3) RFLP analysis of D10S15 locus after MspI digestion was not contributory to the diagnosis in this family because all family members were homozygous for a D10S15 allele yielding 2 . 4 kb when digested with MspI. Conclusion: RFLP analysis of the loci located near the centromere of chromosome 10 would make presymptomatic diagnosis of MEN 2A possible.

피조개, Scapharca broughtonii Schrenck RFLP 마커 개발

조은섭,정춘구,김철원,손상규,Cho Eun Seob,lung Choon Coo,Kim Chul Won,Sohn Sang Cyu 한국생명과학회 2005 생명과학회지 Vol.15 No.6

This study was differentiated between Korea and China arkshells using PCR-aided RFLP method which could identify the variation for inter-and intra-species of arkshell (Scapharca broughtonii Schrenck) at the level of DNA. The DNA fragment patterns were compared after digesting gene of mitochondrial 16S rDNA with 8 kinds of restriction enzymes. A 720 bp DNA fragment corresponding to 16S rDNA gene was amplified by PCR with primers ArkF-3 and ArkR-3. PCR products were cut by restriction enzymes (Pvull, BamHI, Hinfl, HaeIII, EcoRI, RsaI, Ksp221, and BstX21), and RFLP pattern was studied. A unique 275 bp DNA band was observed in the samples from Dukyang, Gamak, Namhae, Jinhae, and Taean in Korea when treated by Hinfl, but Chinese arkshell did not show. Treatment of HaeIII could discriminate the sample of Namhae and Jinhae from Dukyang/Gamak/Taean, as well as Korean and Chinese arkshell based on a 700 bp. However, PuvII, BamHI, EcoRI, RsaI, Ksp221, and BstX21 showed the same of 700 bp band in Korean and Chinese arkshell. The phylogenetic tree inferred from PCR-RFLP pattern comparsion in Korean arkshell was different that the distance between Dukyang/Gamak/Taean and Namhae/Jinhae was approximately 7. In particular, the distance between Korean and Chinese arkshell was 25. Consequently, HinfI and HaeIII played an important role in a reliable molecular tool for rapid discriminating Korean and Chinese arkshell, as well as a intra-species in Korea. 한국산과 중국산 피조개의 신속 진단, 유전적 특성 및 유연관계를 분석하기 위하여 DNA 수준에서 확인 할 수 있는 PCR-aided RFLP를 사용하였다. 피조개 mtDNA 165 rDNA gene를 제한효소로 처리하여 그 band 양상을 조사하고자 하였다. 165 rDNA gene을 분리하기 위하여 ArkF-3, ArkR-3 primer를 사용한 결과 한국산과 중국산 피조개 모두 분자량이 720 bp band가 나타났다 PCR에 의하여 증폭된 16S rRNA gene을 총 8종류의 제한효소(PvuII, BamHI, HinfI, HaeIII, EcoRI, RsaI, Ksp221, BstX21)로 절단하여 RFLP 양상을 보았다. HinfI의 제한효소 처리 시 득량, 가막, 남해, 진해, 태안산 피조개 모두 275 band절편이 관찰되었으나, 중국산은 나타나지 않았다. HinfI를 제외한 나머지 제한효소는 다형형이 관찰되지 않았고 한국산과 중국산 모두 700 bp의 동일한 band를 보였다. HaeIII에서도 득량, 가막, 태안과 남해와 진해산 PCR product가 700 bp위치에서 상이하게 보였다. 또한 한국산과 중국산 절편이 다르게 나타났다. 한국산 피조개 종내 restriction 쇼pe에 의해 유연관계의 결과에 의하면 득량, 가막, 태안은 동일한 유사도를 보였고, 남해와 진해와는 거리가 7 정도로 나타났다. 특히 한국산과 중국산 거리는 25로 나타났다. 이상의 결과를 보아서,HinfI 제한효소는 한국산과 중국산을 구별하는데 매우 유용한 molecular marker가 될 수 있을 것으로 판단되며, 유전적으로 거리가 먼 것으로 보인다. 또한 HaeIII은 한국산 종내 구분 및 중국산 신속 동정에 좋은 molecular tool로 사용될 것으로 예상된다.