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      • A Proteomics Platform Combining Depletion, Multi-lectin Affinity Chromatography (M-LAC), and Isoelectric Focusing to Study the Breast Cancer Proteome

        Zeng, Zhi,Hincapie, Marina,Pitteri, Sharon J.,Hanash, Samir,Schalkwijk, Joost,Hogan, Jason M.,Wang, Hong,Hancock, William S. American Chemical Society 2011 ANALYTICAL CHEMISTRY - Vol.83 No.12

        <P>The discovery of breast cancer associated plasma/serum biomarkers is important for early diagnosis, disease mechanism elucidation, and determination of treatment strategy for the disease. In this study of serum samples, a multidimensional fractionation platform combined with mass spectrometric analysis were used to achieve the identification of medium to lower abundance proteins, as well as to simultaneously detect glycan and abundance changes. Immuno-affinity depletion and multi-lectin chromatography (M-LAC) were integrated into an automated HPLC platform to remove high abundance protein and fractionate glycoproteins. The collected glycoproteomes were then subjected to isoelectric focusing (IEF) separation by a digital ProteomeChip (dPC), followed by in-gel digestion and LC–MS analysis using an Orbitrap mass spectrometer. As a result, the total number of identified proteins increased significantly when the IEF fractionation step was included as part of the platform. Relevant proteins with biological and disease significance were observed and the dynamic range of the serum proteome measurement was extended. In addition, potential glycan changes were indicated by comparing proteins in control and cancer samples in terms of their affinity to the multi-lectin column (M-LAC) and the p<I>I</I> profiles in IEF separation. In conclusion, a proteomics platform including high abundance protein depletion, lectin affinity fractionation, IEF separation, and LC–MS analysis has been applied to discover breast cancer-associated proteins. The following candidates, thrombospondin-1 and 5, alpha-1B-glycoprotein, serum amyloid P-component, and tenascin-X, were selected as promising examples of the use of this platform. They show potential abundance and glycan changes and will be further investigated in future studies.</P><P><B>Graphic Abstract</B> <IMG SRC='http://pubs.acs.org/appl/literatum/publisher/achs/journals/content/ancham/2011/ancham.2011.83.issue-12/ac2002802/production/images/medium/ac-2011-002802_0006.gif'></P><P><A href='http://pubs.acs.org/doi/suppl/10.1021/ac2002802'>ACS Electronic Supporting Info</A></P>

      • 청각장애아동과 건청아동의 모음 및 파열음 산출의 음향음성학적 특성 비교

        오영자,지민제,김영태 한국음성과학회 2000 음성과학 Vol.7 No.2

        Twenty normal and 20 severe-to-profound hearing-impaired subjects participated in the present study. The to groups are matched by their chronological age. Each subject made a recording of three vowels of /i/, /a/, and /u/, and nine VC_plosive V(hereafter, VCV) disyllables of /epe/, /ep'e/, /ep^he/, /ete/, /et'e/, /et^he/, /eke/, /ek'e/, and /ek^he/, eahc five times. Formant frequencies of F_1, F_2, and F_3 were measured for the three vowels and six measures were made for the mine disyllables. The six measures were (1) the total duration of the disyllable, (2) the duration of the first vowel, (3) the duration of the closed period, (4) the ratio of the first vowel over the first vowel plus the closure period of the consonant, (5) the duration of the aspiration, and (6) the duration of the second vowel. Results shows that the three formants and each of the measures were significantly different between the two groups of subjects. Keywords : hearing-impaired, vowel, formant, plosive, duration

      • A SPECTROGRAPHICAL STUDY OF KOREAN VOWELS

        이현복,지민제,LEE H.B.,Zhi M.J. The Korean Society Of Phonetic Sciences And Speech 1983 말소리 Vol.6 No.-

        이 논문은 음향 분석기를 이용하여 한국어의 단순모음 8개를 음향 음성학적으로 분석하고 그 결과를, 이 현복의 1971년 논문 "현대 서울말의 모음 음가"에서 기분 모음을 기준으로 하여 기술한 단순 모음의 소리값과 비교하는 데어 목적이 있다. 특히, 한국어의 모음 1)길고 세게 날 때, 2)짧고 세게 날 때, 그리고 3) 여리게 날 때의 세가지 환경에 따라 변이음의 음가가 달리 나타난다는 이 현복의 이론을 음향 음성학적으로 확인해 보는 것이 연구를 하는 주요 관심사이다. 이 실험에 사용된 자료는 위에 말한 이 현복의 논문과 "한국어 음성학"(김선기, 1937, 1971; 영문)에 제시된 낱말로 이루어져 있으며, 이를 스웨덴에 유학중인 지 민제가 자신의 목소리로 직접 녹음하여 위메오 대한 음성학과의 음향 음성학 실험실에서 음향분석기로 분석한 다음, 각 모음의 제1 및 제2포인트를 측정하여 리를 토대로 음향도를 만들었다. 이 실험 결과는 다음과 같이 요약할 수 있다. : 1)그림 2,3과 포먼트 표에서 보인 바와 같이, 모음 /이, 에, 오, 으/는 각각 이 현복의 주장대로 환경에 따라 세 개의 분명히 다른 음가를 나타내고 있다. 2) 한편 모음 /애, 아, 우, 어/는 모음의 길이에 따라 다만 두 종류의 음가 변동이 나타날 뿐이며 강세의 유무에 따른 음가 차이는 드러나지 않았다. 3) 이 현복의 주장대로 모음 /에/와 /애/mss 음가의 차이가 크지 않으므로 음운 대립이 무디어질 수 있음을 이번 실험 결과로 확인 하였다. 특히 강세가 없는 /에/는 강세가 있는 /애/와 소리값이 거의 같았다. 4) 이 현복은 표준말에서 /어/의 음가가 세대에 따라 다르며, 안정된 세대의 말씨에서는 /어:/가 /어/에 비해 높고 중앙화한 소리값을 지닌다는 주장을 하였다. 그러나 이 실험 연구에서는 녹음한 이가 젊은 세대이어서 인지 그러한 현상이 나타나지 않았고, 다만 /어:/는 /어/보다 높이만이 높은 것으로 나타났다. 5) 이번 실험 연구에서 모음의 소리값이 장단과 강세에 따라 달라진다는 이 현복의 주장이 대체로 증명된 셈이나, 종합적이고 확고한 결론을 내리려면 좀 더 광범한 실험 연구가 필요하다고 본다. 특히 안정된 세대의 말씨를 직접 녹음하여 음향 음성학적으로 분석함이 필요하다.

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