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- 저자 : 진성호 ( Sungho Chin ) (검색결과 7 건)
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그리드에서 Molecular Docking 어플리케이션 설계
진성호(SungHo Chin),이화민(HwaMin Lee),이대원(DaeWon Lee),이종혁(JongHyuk Lee),박성빈(Seongbin Park),유헌창(HeonChang Yu) 한국정보과학회 2004 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.31 No.1A
Molecular modelling은 시뮬레이션을 통해 온도, 압력 등과 같은 분자 운동에 영향을 미칠 수 있는 요소를 설정한 후 분자의 움직임을 관찰하는 방법으로 신약, 신소재, 고분자 개발에 있어서 연구 개발 기간을 단축하는 효과적인 방법이다. 기존의 molecular modelling 어플리케이션들은 슈퍼 컴퓨터나 단일 클러스터를 이용하여 작업을 수행하도록 설계되어, 비용과 성능 측면에서 문제점을 가지고 있다. 1990년대 중반 지리적으로 분산되어 있는 광범위한 자원들을 공유하여 장기간 소요되는 컴퓨팅 작업의 성능 향상 및 비용 절감을 목적으로 하는 그리드(grid)가 등장하였다. 이에 본 연구에서는 효율적이면서도 저비용을 갖는 molecular modelling 어플리케이션 개발을 위해 그리드를 기반으로 최적 자원 선택 브로커를 이용하는 molecular docking 어플리케이션을 제안한다. 이를 위해 우리는 molecular docking을 수행하는 그리드 환경의 계층 구조를 설계하고 효율적 작업 수행을 위한 최적 자원 선택 브로커를 설계하였다. 그리고 그리드 환경에서 molecular docking 어플리케이션의 효과적인 수행을 위해 molecular docking 연산 모델을 정의하고 필요한 molecular docking 어플리케이션의 요소들을 설계하였다.
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모바일그리드 환경에서 성능예측 기반의 작업 스케줄링 기법
송성진(Sungjin Song),진성호(SungHo Chin),정대용(DaeYong Jung),정광식(KwangSik Chung),유헌창(HeonChang Yu) 한국정보과학회 2007 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.34 No.1D
최근 들어, 모바일 장치의 성능이 향상되고 보급률이 증대됨에 따라 모바일 장치를 그리드 자원으로 이용하기 위한 모바일 그리드가 등장하였다. 그러나 모바일 장치가 가지는 무선기기로써의 제약사항 즉, 무선 통신의 불안정성, 이동으로 인한 연결 끊김 등의 문제와 배터리의 제약은 모바일 그리드를 구성하는 데에 많은 어려움을 야기한다. 따라서 본 논문에서는 이러한 제약사항을 극복할 수 있는 환경적인 요소를 고려하여 학교나 회사와 같이 안정적인 무선통신 환경을 제공하고 베터리 충전이 용의한 네트워크 그룹을 가정하였다. 그리고 제한된 성능을 발휘하는 모바일 장치에서 독립적인 소규모 작업의 효율적인 수행을 위해 성능예측 기반 작업 스케줄링 기법을 제시하였다. 이 기법은 네트워크 그룹 내의 모바일 장치의 이용 패턴이 규칙적으로 나타내는 특성을 이용한다. 제안하는 스케줄링 기법에서는 하나의 네트워크 그룹의 성능을 그 그룹에 속한 모바일 장치들의 성능의 합으로 정의하고 시간에 따라 변화하는 모바일 장치들의 성능을 예측하기 위해 기존에 수집된 성능 정보의 통계를 이용한다. 그리고 본 기법은 그리드와 네트워크 그룹, 네트워크 그룹과 모바일 장치 사이의 작업 분배시 예측된 성능 정보를 이용함으로써 네트워크 그룹의 사용률을 높여 전체 작업의 최종 응답시간을 줄일 수 있다.
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그리드에서 서비스 기반 가상 탐색 시스템 설계 및 구현
이화민(HwaMin Lee),진성호(SungHo Chin),이종혁(JongHyuk Lee),이대원(DaeWon Lee),박성빈(Seongbin Park),유헌창(HeonChang Yu) 한국정보과학회 2008 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 Vol.35 No.5·6
가상 탐색은 대규모의 화학분자 데이타베이스의 화학분자 데이타들을 분자 다킹과 같은 컴퓨팅 기술을 이용하여 한정된 소규모의 화학분자만을 스크리닝하는 과정으로, 대규모 컴퓨팅 파워와 데이타 저장 용량을 요구하는 대표적인 대규모의 과학 어플리케이션이다. AutoDock, FlexX, Glide, DOCK, LigandFit, ViSION 등과 같은 기존의 분자 다킹 소프트웨어나 어플리케이션들은 슈퍼 컴퓨터, 단일 클러스터, 또는 단일 워크스테이션 등을 이용하여 작업을 수행하도록 개발되었다. 하지만 슈퍼컴퓨터를 이용한 가상 탐색은 너무 많은 비용이 든다는 문제점이 있고, 단일 클러스터나 워크스테이션을 이용한 가상 탐색은 오랜 수행 시간이 요구되는 문제점을 가지고 있다. 이에 본 논문에서는 대규모의 데이타 집약적인 연산을 지원하는 그리드 컴퓨팅 기술을 이용하는 서비스 기반 가상 탐색 시스템을 제안한다. 이를 위해 본 논문에서는 가상 탐색을 위한 3차원 화학 데이타베이스를 구축하였다. 그리고 효율적인 분자 다킹 서비스를 제공하기 위해 자원 브로커와 데이타 브로커를 설계하고 가상 탐색을 위한 다양한 서비스들을 제안하였다. 본 논문에서는 DOCK 5.0과 Globus 3.2를 이용하여 서비스 기반 가상 탐색 시스템을 구현하고 성능 평가를 실시하였다. 본 논문에서 구현한 서비스 기반 가상 탐색 시스템은 신약 개발이나 신소재 개발 과정에서 연구 개발 기간을 단축하고 개발 비용을 절감할 수 있다. A virtual screening is the process of reducing an unmanageable number of compounds to a limited number of compounds for the target of interest by means of computational techniques such as molecular docking. And it is one of a large-scale scientific application that requires large computing power and data storage capability. Previous applications or softwares for molecular docking such as AutoDock, FlexX, Glide, DOCK, LigandFit, ViSION were developed to be run on a supercomputer, a workstation, or a cluster-computer. However the virtual screening using a supercomputer has a problem that a supercomputer is very expensive and the virtual screening using a workstation or a clustercomputer requires a long execution time. Thus we propose a service-based virtual screening system using Grid computing technology which supports a large data intensive operation. We constructed 3-dimensional chemical molecular database for virtual screening. And we designed a resource broker and a data broker for supporting efficient molecular docking service and proposed various services for virtual screening. We implemented service based virtual screening system with DOCK 5.0 and Globus 3.2 toolkit. Our system can reduce a timeline and cost of drug or new material design.
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정대용 ( Daeyong Jung ),진성호 ( Sungho Chin ),정광식 ( Kwangsik Chung ),유헌창 ( Heonchang Yu ),길준민 ( Joonmin Gil ) 한국정보처리학회 2010 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.17 No.1
모바일 그리드 환경에서 작업 처리를 위해 노드로 활용되는 모바일 장치는 무선 인터넷 연결과 모바일 장치의 배터리 용량 등의 제약으로 인해 모바일 그리드 환경에서의 작업 처리는 기존 그리드 컴퓨팅 환경에 비해 신뢰성이 낮고 결함이 발생할 확률이 높다. 따라서 모바일 장치의 신뢰성을 고려한 작업 분배 방법이 요구된다. 이 논문에서는 모바일 장치의 신뢰성을 고려한 작업 분배 스케줄링을 제안하고자 한다. 제안 기법에서는 노드의 신뢰성을 바탕으로 작업량과 복제 개수를 서로 달리 설정하여 신뢰성이 우수한 노드에게 더 많은 작업량을 할당하고 작업 복제 개수를 적게 설정하도록 한다. 제안 기법의 타당성을 보이기 위한 성능 평가에서는 제안 기법이 기존 기법에 비해 성능이 향상됨을 보여준다.
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이종혁(JongHyuk Lee),진성호(SungHo Chin),이화민(HwaMin Lee),이대원(DaeWon Lee),유헌창(HeonChang Yu) 한국정보과학회 2005 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.32 No.2
서비스를 기반으로 하지 않은 기존의 그리드 환경에서 병렬 작업 처리를 위한 그리드 어플리케이션은 여래 개의 노드에서 병렬적으로 동일한 작업을 수행하였지만, 웹서비스가 통합된 서비스 기반의 그리드 환경에서는 선형 워크플로우가 여러 개의 서비스 노드에 걸쳐 수행된다. 그러므로 그리드 어플리케이션의 수행 속도 향상을 위해서는 서비스와 서비스 간의 관계를 고려하여야 한다. 그러나 그리드 자원이 각 관리영역마다 이질적이고 그리드 자원의 상태가 동적 이어서 그리드 어플리케이션의 성능을 예측하기는 어렵다. 또한 서비스 기반의 그리드 컴퓨팅 환경에서는 사용자의 QoS(Quality of Service)를 보장하여 사용자의 요구 사항을 만족시킬 수 있어야 하기 때문에 사용자 요구에 미달하는 성능 저하와 같은 결함이 발생하였을 경우 이에 대처할 수 있는 방법이 필요하다. 따라서 본 논문에서는 서비스 기반 그리드 컴퓨팅 환경의 특징을 반영하는 워크플로우 관리 시스템의 구조를 설계하고 서비스 수행 성능을 예측하기 위한 서비스 특성에 관한 모델링과 적응적 스케쥴링 기법을 제안한다. 제안하는 적응적 스케쥴링 기법에서는 서비스 간의 관계를 고려하기 위해 최대 흐름 알고리즘(Maximum-Flow Algorithm)을 이용하는 방법과 사용자의 QoS에 대한 수행성능을 보장하기 위해 서비스의 성능 저하 시에 발생하는 결함을 포용할 수 있는 방법을 제안한다.
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이종혁(JongHyuk Lee),진성호(SungHo Chin),이화민(HwaMin Lee),이대원(DaeWon Lee),이필우(PillWoo Lee),유헌창(HeonChang Yu) 한국정보과학회 2005 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.32 No.1
현재 그리드 컴퓨팅에 관한 연구는 그리드 컴퓨팅 인프라의 성공적인 구축과 함께 그리드 컴퓨팅의 응용분야가 확대됨으로써 그리드 컴퓨팅이 제공하는 고성능 연산 자원뿐만 아니라 대용량의 저장장치와 데이터베이스를 이용하기 위한 데이터 그리드에 관한 연구도 활발히 이루어지고 있다. 하지만 데이터 그리드를 이용하는 응용에서 파일을 이용할 기회가 더욱 많음에도 불구하고 데이터베이스에 관한 연구에 비해 파일 데이터에 관한 연구가 미비한 실정이다. 따라서 본 논문에서는 그리드 컴퓨팅 미들웨어의 표준으로 자리 잡고 있는 OGSA를 기반으로 한 그리드 파일 시스템을 설계한다. OGSA 기반 그리드 파일 시스템은 크게 전통적인 파일 시스템과 같은 단일 뷰를 가능케 하는 명명 공간 서비스, 여러 개의 같은 파일을 단일 파일로 보이게 하는 복제 파일 관리 서비스, 파일의 메타 데이터 정보를 관리하는 파일시스템 정보 서비스, 마지막으로 사용자들과 개발자들이 동일한 접근 방식을 이용하도록 하는 서버 · 클라이언트 · 파일 제공자 인터페이스로 구성된다.
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