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- 저자 : 조경희 ( Kyeung Hee Cho ) (검색결과 3 건)
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Weissella 속 유산균의 빠른 동정을 위한 16S rDNA PCR-RFLP 분석법의 적용
이명재 ( Myeong Jae Lee ),조경희 ( Kyeung Hee Cho ),이종훈 ( Jeong Hoon Lee ) 한국미생물생명공학회 ( 구 한국산업미생물학회 ) 2010 한국미생물·생명공학회지 Vol.38 No.4
16S rDNA 특이적 PCR과 증폭산물의 제한효소 처리 후, 나타나는 단편의 크기를 분석하는 PCR-RFLP 분석법을 김치에서 빈번하게 검출되는 Weissella 속 균주 10종의 신속하고 정확한 동정에 적용하였다. Weissella 속 균주 16S rDNA의 특이적 증폭에는 기존에 보고된 PCR primer를 사용하였지만, annealing 온도는 기존의 조건보다 4oC 높게 설정한65oC에서 PCR을 수행하였다. 증폭산물은 예상크기인 727bp와 일치하였으며, 제한효소 AluI, MseI, BceAI의 처리를 통하여 나타난 단편의 크기는 제한효소 절단위치 분석으로 부터 추정한 단편의 크기와 일치하였다. W. kandleri, W. koreensis, W. confusa, W. minor, W. viridescens, W. cibaria, W. soli는 제한효소 AluI과 MseI의 사용으로 구분이 가능하였으며, W. hellenica, W. paramesenteroides의 경우, BceAI을 사용하면 독립적인 구분이 가능하였다. W. thailandensis의 경우, 본 실험에서 사용한 제한효소 AluI, MseI, BceAI에 의해 독립적인 band 양상은 나타나지 않았지만 나머지 9종과의 절단 양상 비교를 통해 구분이 되었으며, 제한효소 MspI을 사용하면 신속하게 동정할 수 있다. A polymerase chain reaction (PCR)-restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis was applied to detect and identify ten Weissella spp. frequently found in kimchi. The previously reported genus-specific primers designed from 16S rDNA sequences of Weissella spp. were adopted but PCR was performed at the increased annealing temperature by 4oC. The sizes of amplified PCR products and restricted fragments produced by AluI, MseI, and BceAI endonucleases were well correspond with the expected sizes. W. kandleri, W. koreensis, W. confusa, W. minor, W. viridescens, W. cibaria, and W. soli were distinguished by AluI and MseI and W. hellenica and W. paramesenteroides were identified by BceAI. W. thailandensis was distinguished when restriction pattern of other species was compared but identified by the single use of MspI.
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RecN 유전자 특이적 PCR을 이용한 Weissella 속 유산균의 검출법 개발 및 적용
이명재 ( Myeong Jae Lee ),조경희 ( Kyeung Hee Cho ),한응수 ( Eung Soo Han ),이종훈 ( Jong Hoon Lee ) 한국미생물생명공학회(구 한국산업미생물학회) 2011 한국미생물·생명공학회지 Vol.39 No.1
Weissella 속 유산균 검출의 차이를 이용한 한국산 및 중국산 김치 판별의 가능성 검토를 위하여 Weissella 속 9종 균주의 PCR 검출법을 개발하였다. 종(species) 수준에서의 Weissella 속 균주의 특이적 PCR 검출을 위한 primer는 recN유전자의 염기서열을 이용하여 선정하였으며, 김치로부터 W.cibaria, W. confusa, W. koreensis, W. soli를 모두 검출하기 위해서는 20 ng template DNA가 필요한 것으로 나타났다. 한국산 김치시료로부터는 W. cibaria, W. confusa, W. koreensis가 높은 빈도로 검출되었지만, W. soli는 검출되지 않았다. 한편 중국산 김치시료로부터는 이들 4종의 Weissella 속 균주들이 모두 검출되었다. 본 연구자들이 개발한 W. soli 특이적 PCR 검출은 현시점에서 중국산 김치의 원산지 판별법으로 적용되기에는 한계점을 가지고 있지만, 미생물 군집의 차이를 이용한 새로운 과학적 검증법이 제시되어 그 가능성이 검토되었다는 점에서 의의를 가지고 있다. PCR-based Weissella species-specific detection method was developed to apply for the discrimination of Korean and Chinese kimchi by detecting a Weissella species only found in Korean or Chinese kimchi. PCR primers were designed from the species-specific sequence in the recN gene of each species. The primers allowed the species-specific detection and identification of nine species in the genera Weissella, and were successfully applied to the detection of W. cibaria, W. confusa, W. koreensis, and W. soli in kimchi with 20 ng template DNA. W. cibaria, W. confusa, and W. koreensis were detected from the Korean kimchi samples tested but W. soli was not detected. However, the four species were detected from Chinese kimchi samples. PCR-based W. soli-specific detection could not be perfectly applied as the Chinese kimchi discriminating method but has significance as an approach to evaluate the potential of scientific verification method based on the difference of microbial community.
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권개경(Kae Kyoung Kwon),이순재(Soon Jae Lee),박재현(Jae Hyun Park),이유경(Yoo Kyung Lee),조경희(Kyeung Hee Cho),이홍금(Hong Kum Lee) 한국해양환경·에너지학회 2004 한국해양환경·에너지학회 학술대회논문집 Vol.2004 No.-
Biofilm is a starting point of biofouling and biocorrosion. However there was not enough informations about the biofilm forming bacteria in marine environments. In the present study, phylogenetic position and bacterial properties thought to be concerned in biofilm formation such as cell surface hydrophobicity, attachment on surface, production of quorum sensing (QS) signal molecule etc. were investigated for 76 isolates of 3 days old biofilm. Based on the partial sequences of 16S rDNA, the isolates could be assigned to 30 known genera which have been reported as widespread in marine environment. Approximately 31% of the isolates had been reported previously as uncultured or unidentified in GenBank database. Cell surface hydrophobicity and attachment ability were usually incompatible in a same strain except two strains. Among the 39 strains producing Acyl-Homoserine Lactone (AHL), 21 strains could degrade AHL molecules. Among the isolates, high values of cell surface hydrophobicity were found in the strains belong to high GC gram positive group and attachment ability was relatively high in low GC gram positive bacteria. To the contrary, average value of EPS productivity was highest in γ-Proteobacteria These results implied that the role of bacterial strains in the process of biofilm formation is closely related to the phylogenetic position.
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