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Metaviromics coupled with phage-host identification to open the viral ‘black box’
Moon Kira,Cho Jang-Cheon 한국미생물학회 2021 The journal of microbiology Vol.59 No.3
Viruses are found in almost all biomes on Earth, with bacteriophages (phages) accounting for the majority of viral particles in most ecosystems. Phages have been isolated from natural environments using the plaque assay and liquid medium- based dilution culturing. However, phage cultivation is restricted by the current limitations in the number of culturable bacterial strains. Unlike prokaryotes, which possess universally conserved 16S rRNA genes, phages lack universal marker genes for viral taxonomy, thus restricting cultureindependent analyses of viral diversity. To circumvent these limitations, shotgun viral metagenome sequencing (i.e., metaviromics) has been developed to enable the extensive sequencing of a variety of viral particles present in the environment and is now widely used. Using metaviromics, numerous studies on viral communities have been conducted in oceans, lakes, rivers, and soils, resulting in many novel phage sequences. Furthermore, auxiliary metabolic genes such as ammonic monooxygenase C and β-lactamase have been discovered in viral contigs assembled from viral metagenomes. Current attempts to identify putative bacterial hosts of viral metagenome sequences based on sequence homology have been limited due to viral sequence variations. Therefore, culture- independent approaches have been developed to predict bacterial hosts using single-cell genomics and fluorescentlabeling. This review focuses on recent viral metagenome studies conducted in natural environments, especially in aquatic ecosystems, and their contributions to phage ecology. Here, we concluded that although metaviromics is a key tool for the study of viral ecology, this approach must be supplemented with phage-host identification, which in turn requires the cultivation of phage-bacteria systems.
김영현(Young Hyun Kira),신문기(Moon Ki Shin) 호서대학교 공업기술연구소 2010 공업기술연구 논문집 Vol.29 No.1
20세기 후반에 접어들어 우리의 소득 수준이 향상되고 문화와 일상생활에서 우리의 전통문화에 대한 관심이 증대되고 세계적으로는‘ 한류’라는 한국 문화에 대한 관심이 중대되고 있다. 이런 상황에 발맞추어 정부는 한국을 대표하는 전통문화 6가ス1 (한옥,한글,한식,한복, 한지,한국음악)룰 선정하여 이를 체계적으로 보급하기 위해 한스타일(韓Style)사업을 추진하게 되면서‘(가칭)한옥진홍 법’을 추진하게 된다. 지방자치단체에서도 이런 움직임에 동반하여 한옥 관련 사업을 펼치게 된다. 그 예로써 서울 북촌마을에 대한 지원 및 한옥역사지구의 지정,전주의 한옥마을 지원 및 보존사업,경주의 한옥호텔인 라궁 등 많은 한옥형 건물들이 점점 들어서는 상황이다. 그런데 이러한 높은 관심과 비례하여 우리 전통한옥에 대한 개념이 변질되고 있는 경향도 나타나고 있다. 일반적으로 전통한옥은 주로 조선시대 후기인 17세기에서 19세기에 걸쳐 건축되고 우리나라 특유의 재료와 전통적인 건축기법을 활용하여 건축된 주거건축물을 전통한옥이라고 정의할 수 있다. 그러나 지금 한옥역사지구의 주거건축물 원형은 대부분이 1930년대 소위‘집장사’ 라고 하는 건축전문 업체들과 짧은 기간 목수 일을 배운 사람들에 의해 만들어진 도시형한옥들이 거의 대부분이다. 그러나 우리는 이것을 전통한옥과 혼돈하면서 외국인들에게 우리 고유의 한옥 이라고 소개하는 잘못을 저지르고 있다. 그래서 본 연구에서는 전통한옥과 도시형한옥에 어떠한 차이가 나는지 전통마을인 양동마을과 도시형한옥인 북촌일대의 주거건물을 사료조사를 통하여 이들의 환경친화적인 특성과 가구 구조및 평면구조의 특성에 따라서 비교하여 이 두 타입의 주거에 대한 동질성과 차이성을 확인하여 이들의 개념과 특성의 차이를 명확히 하고자 하였다. 그래서 사람들이 우리 전통한옥에 대한 개념을 명확하게 알고,이를 제대로 외국인들에게“한류”로서 알릴 수 있는 자료로 활용하고자 하였 다.
Draft Genome Sequences of Three Janthinobacterium lividum Strains Producing Violacein
Lee Yu Jeong,Lee Jae-Cheol,Moon Kira,Lee Aslan Hwanhwi,Chun Byung Hee 한국미생물·생명공학회 2024 한국미생물·생명공학회지 Vol.52 No.2
Purple pigment producing bacterium strains AMJK, AMJM, and AMRM were isolated from sediment in sinan-gun, Korea and their draft genomes were sequenced using Illumina Hiseq 4000 platform. The lengths of AMJK, AMJM, and AMRM genomes were 6,380,747 bp, 6,381,259 bp, and 6,380,870 bp, respectively and G+C contents were 62.82%, 64.15%, and 62.82%, respectively. Comparative analysis of genomic identity showed that three strains were closely related to the group of Janthinobacterium lividum. Functional analysis of AMJK, AMJM, and AMRM genomes showed that all strains harbor genes related to producing violacein (VioABCDE).