The N-end rule proteolytic system in autophagy

Kim, Sung Tae,Tasaki, Takafumi,Zakrzewska, Adriana,Yoo, Young Dong,Sa Sung, Ki,Kim, Su-Hyeon,Cha-Molstad, Hyunjoo,Hwang, Joonsung,Kim, Kyoung A,Kim, Bo Yeon,Kwon, Yong Tae Taylor and Francis 2013 Autophagy Vol.9 No.7

SSD Performance Modeling Using Bottleneck Analysis

Kim, Jihun,Kim, Joonsung,Park, Pyeongsu,Kim, Jong,Kim, Jangwoo IEEE 2018 IEEE computer architecture letters Vol.17 No.1

<P>Solid-State Drives (SSDs) are widely deployed for high throughput and low latency. However, the unpredictable access latency of SSDs makes it difficult to satisfy quality-of-service requirements and fully achieve the performance potential. In fact, it has been a fundamental challenge to accurately predict the access latency of modern SSDs performing many non-disclosed, device-specific intra-SSD optimizations. In this paper, we propose SSDcheck, a novel SSD performance model which accurately predicts the latency of future SSD accesses. After first identifying write buffer (WB) and garbage collection (GC) as the key components in modeling the access latency, we develop diagnosis snippets to identify the target SSDs critical intra-SSD parameters (e.g., WB size). Finally, we construct the SSDs access-latency model with the identified parameters. Our system-level evaluations using five commodity SSDs show that SSDcheck achieves up to 93 percent prediction accuracy. Our real-world prototype applying an SSDcheck-aware system-level request scheduling can significantly improve both throughput and tail latency by up to 2.1x and 1.46x, respectively.</P>

Accelerated MR whole brain imaging with sheared voxel imaging using aliasing separation gradients.

Kim, Min-Oh,Lee, Joonsung,Zho, Sang-Young,Kim, Dong-Hyun The American Association of Physicists in Medicine 2013 Medical physics Vol.40 No.6

<P>To accelerate data acquisition by undersampling phase encoding (PE) lines in MR imaging, an aliasing separation method by applying additional encoding gradients which result in voxel shape modification is proposed.</P>

The Enhancement of Electrical Characteristics of Tunneling Field-Effect Transistors with the Buried Cylindrical Gate

Kim, Kee Tae,Jung, Hyun Soo,Ahn, Joonsung,Yoo, Keon-Ho,Kim, Tae Whan American Scientific Publishers 2017 Journal of Nanoscience and Nanotechnology Vol.17 No.6

<P>The enhancements of electrical characteristics of the tunneling field-effect-transistors (TFETs) with the buried-cylindrical-gate were investigated by simulation. The gate of the TFETs was buried inside the channel instead of positioning the gate outside the channel to enhance the band-to-band tunneling (BTBT) rate from the source to the channel region. The electrostatic potential and the electric field of the TFETs with the buried-cylindrical-gate were increased as compared with the conventional TFETs. Tunneling distance was decreased and the BTBT rate was increased due to the buried gate inside the channel region. The decreased tunneling distance and increased BTBT rate increased the on-current level. The slope of the energy band of the channel region for the TFETs with the buried-cylindrical-gate was steeper than that of the conventional TFETs, and the corresponding threshold voltage was lower than that of the conventional TFETs. The simulation results showed that the electrical characteristics of the TFETs with the buried-cylindrical-gate were enhanced resulting from the buried gate inside the channel.</P>

The N-recognin UBR4 of the N-end rule pathway is targeted to and required for the biogenesis of the early endosome

Kim, Sung Tae,Lee, Yoon Jee,Tasaki, Takafumi,Mun, Su Ran,Hwang, Joonsung,Kang, Min Jueng,Ganipisetti, Srinivasrao,Yi, Eugene C.,Kim, Bo Yeon,Kwon, Yong Tae The Company of Biologists Ltd. 2018 Journal of cell science Vol.131 No.17

<P>The N-end rule pathway is a proteolytic system in which single N-terminal residues of proteins act as N-degrons. These degrons are recognized by N-recognins, facilitating substrate degradation via the ubiquitin (Ub) proteasome system (UPS) or autophagy. We have previously identified a set of N-recognins [UBR1, UBR2, UBR4 (also known as p600) and UBR5 (also known as EDD)] that bind N-degrons through their UBR boxes to promote proteolysis by the proteasome. Here, we show that the 570 kDa N-recognin UBR4 is associated with maturing endosomes through an interaction with Ca2+-bound calmodulin. The endosomal recruitment of UBR4 is essential for the biogenesis of early endosomes (EEs) and endosome-related processes, such as the trafficking of endocytosed protein cargos and degradation of extracellular cargos by endosomal hydrolases. In mouse embryos, UBR4 marks and plays a role in the endosome-lysosome pathway that mediates the heterophagic proteolysis of endocytosed maternal proteins into amino acids. By screening 9591 drugs through the DrugBank database, we identify picolinic acid as a putative ligand for UBR4 that inhibits the biogenesis of EEs. Our results suggest that UBR4 is an essential modulator in the endosome-lysosome system.</P>

Causal Capacities, Causal Laws and Probabilistic Causality

Kim, Joonsung 한국과학철학회 2001 과학철학 Vol.4 No.1

초기 카트라이트(Cartwright), 스컴즈 (Skyrms), 엘스(Eells)에 의해 발전된 확률적 인과 이론의 기본 개념은 다음과 같다. 한가지 요소와 X와 인과적으로 아무런 관계가 없는, 그리고 다른 요소 Y와 인과적 관련성을 가진 모든 요소들을 배경 요소들로서 (즉, Ki (i = 1, ..., n)) 고정시켰을 때, Ki가 주어진 상태에서 X가 Y의 확률을 높인다면, X는 Y의 원인 요소가 된다. 그때, 항상 한가지 속성을 가진 집단 (population) (예를 들어 인간들의 집단) 안에서는 X는 Y의 원인 요소가 된다. 후가 카트라이트(Cartwright)는 이런 인과 관계에 대한 확률적 해명이 인과의 힘(causal capacities)을 충분히 해명하지 못하기 때문에 확률적 인과 이론이 형이상학적으로 빈곤한 이론이라고 주장한다. 나는 우선 확률적 인과 이론이 통계적 방법에 관한 이론과는 다르다는 것을 해명한다. 둘째, 확률적 인과 이론이 제한적 배경 조건하에서 인과 법칙을 해명하려는 형이상학적 이론임을 밝히고자 한다. 셋째, 확률적 인과 일노이 카트라이트가 주장하는 인과의 힘을 해명할 수 있다고 주장한다. 카트라이트가 제시하는 인과의 힘은 한 속성을 가진 집단에 의존하는 가설적 상대 빈도 수와 다르지 않으며, 따라서 인과의 힘은 확률적 인과 이론이 보여주려는 인과적 성향과 다르지 않다. Cartwright claims that the three-place theory of prcbabilistic causation does not represent laws cancerning causal capacities. So the theory of probabilistic causation is rat metaphysically informative but merely a statisticatly methodological theory. I argue that the theory of probabilistic causation is a metaphysical theory of causation concerning causal laws, and provides information about causal capacities.

인과적 설명에서 대조(contrast)의 역할과 의미

김준성(Joonsung Kim) 한국철학회 2009 哲學 Vol.0 No.101

이 글은 인과적 설명에서 대조의 역할을 체계화한 이론들과 이들의 문제를 논의한 후, 확률 궤적 이론을 토대로 대조의 역할을 보여주는 인과적 설명을 제시한다. 첫째, 루이스(D. Lewis), 립톤(P. Lipton)의 대조 인과 설명 모형들과 이들에 관련된 문제들을 소개하고 평가한다. 둘째, 대조 설명에서 관련 전제의 역할을 형식화한 히치콕(C. Hitchcock)의 이론을 소개하고 그 이론이 대조 설명에 관련된 문제들을 어떻게 해결하는지 소개한다. 셋째, 히치콕의 이론에 대한 문제들을 지적한다. 넷째, 확률 궤적의 변화에 토대한 인과적 설명으로 앞서 제기한 문제들을 어떻게 해결할 수 있는지, 앞선 이론들의 문제들을 어떻게 보완하고 장점을 어떻게 발전시킬 수 있는지 보여준다. In this paper, I critically examine three theories of contrastive causal explanation, and show that a theory of causation, which is founded on probability trajectory, does a better job of contrastive causal explanation. First, I introduce Lewis' theory of contrastive explanation based on causal histories and Lipton's theory based on Mill's method of discrimination(difference), and discuss the problems with the two theories. Second, I examine Hitchcock's theory of contrastive causal explanation that formally generalizes the role of presupposition, while noticing how the theory meets the aforementioned problems. Third, I argue against Hitchcock's theory while revealing the problem with it. Fourth, I show that Eells' theory of causation, which is founded on probability trajectory, not just meets the problems with the three theories but also more tenably carries out what they are intended to implement.

반사실 조건문적 설명 이론에 대한 평가와 맥락 의존 대조 설명의 조건에 대한 인식적 해명

김준성 ( Joonsung Kim ) 한국과학철학회 2022 과학철학 Vol.25 No.1

선우환 교수(2020)는 저서 ‘때문에’에서 법칙적 설명 모형과 확률적 설명 모형의 문제를 해결할 설명 이론으로 반사실 조건문적 설명 이론을 제시한다. 다른 한편으로, 설명의 수용가능성 기준을 논의하면서 맥락 의존적 대조 설명을 위한 조건으로 설명항과 피설명항의 통상성, 비통상성, 기대 가능성을 제시한다. 이 글에서 필자는 첫째, 반사실 조건문적 설명 이론이 인과의 필연성과 법칙의 필연성이란 양상적 의존관계에 토대한 설명 이론과 다르지 않음을 확인한다. 둘째, 우도 법칙으로 해명된 설명력으로 설명의 수용가능성 기준을 어떻게 형식화할 수 있는지를 제시하고 배경 맥락의 정보에서 인과성이 중요함을 보여준다. 셋째, ‘불구하고’의 인과 사례, 원인의 상반된 인과 경로 사례를 토대로, 배경 맥락에 상대한 설명에서 인과에 관한 양상성 정보가 중요함을 보여준다. 따라서 반사실 조건문적 설명 이론은, 설명의 맥락 의존성과 설명의 양상 의존성을 결합한 것이고, 그 결합은 설명의 새로운 이론이기 보다는 설명을 위하여 반사실적 조건문의 유용성을 보여주는 것임을 확인한다. Hwan Sunwoo(2020) puts forth the counterfactual conditional theory of explanation that is intended to meet the problems with the nomological models of explanation and the probabilistic (statistical relevance) model of explanation. He also puts forth the conditions for contrastive explanation dependent on background contexts while discussing the acceptability criterion of explanation. The conditions are normality, anormality, and expectability. In this paper, I first show that the counterfactual conditional theory of explanation is not different from the received theories of explanation founded on the modal dependency relation such as causal necessity and lawful necessity. Second, I explicate the acceptability criterion of explanation while assessing explanatory power in terms of the law of likelihood. Third, while discussing the ‘despite’ causal cases and the dual causal paths. I show that the background information about modality such as causality and lawful necessity leads us to choose the best one among different contrastive explanations. I conclude that the counterfactual theory of explanation is a conjunction of the dependency of explanation on modality and the dependency of explanation on background contexts. The counterfactual theory of explanation rather explicates the versatility of counterfactual conditional than is a new theory of explanation.

인과 도구 변수와 조종자 그리고 인과 이행성의 관계

김준성 ( Joonsung Kim ) 한국논리학회 2019 論理硏究 Vol.22 No.1

이 글에서 필자는 회귀 분석(regression)에 이용되는 도구 변수(instrumental variables)에 대하여 인과 구조 모형의 관점에서 제시된 새로운 이론을 검토하고 평가한다. 도구 변수는 회귀분석에서 결과로 가정하는 종속 변수에 대해 원인으로 가정하는 독립 변수가 갖는 원인 효과를 올바르게 평가하기 위해 고안된 것이다. 도구 변수는 두 가지 조건을 충족해야 한다. 첫째, 도구 변수는 독립 변수와 상관관계를 가져야 한다. 둘째, 도구 변수는 오차항과 상관관계를 가져서는 안 된다. 라이스(Reiss 2005)는 기존의 두 조건만으로는 도구 변수로 독립 변수의 원인 효과를 온전히 드러낼 수 없다고 본다. 라이스는 도구 변수가 이들 두 조건을 충족하여도 독립 변수가 종속 변수에 원인 효과를 갖지 않는 경우가 가능함을 보여준다. 라이스는 기존의 조건에 인과의 특성에 관한 조건들을 도입하고 이를 토대로 인과 도구변수 조건을 다시 제시한다. 다른 한편으로, 라이스는 도구 변수가 인과에 대한 조종 이론의 조종자(개입, 간섭)와 유사한 역할을 한다고 본다. 라이스는 도구 변수와 조종자(개입, 간섭)의 유사성과 차이성을 제시하고 인과 도구변수의 조건이 조종자의 조건보다 상대적으로 방법론적 수월성을 갖는다고 주장한다. 필자는 라이스의 주장들을 검토하고, 도구 변수를 위한 새로운 인과 조건이 필요한지를, 그리고 방법론적 수월성이 있는지를 평가하겠다. 필자가 고려하는 인과의 이행성을 위한 조건만으로도 인과 도구 변수와 조종자의 조건의 목표를 충족할 수 있는지를 보겠다. In this paper, I first examine Reiss'(2005) arguments for the causal instrumental variable. Second, I argue that the conditions for causal transitivity I consider meet what the causal instrumental variables and the interveners of the manipulation theory of causation are intended to hold. Reiss shows that two conditions for instrumental variables are not sufficient for causal significance of independent variables for dependent variables. Reiss articulates and reformulates the conditions for instrumental variables in terms of the conditions on causality, while naming his instrumental variables as causal instrumental variables. Reiss argues that the causal instrumental variables are similar to the interveners of the manipulation, or intervention theory of causation. He further argues that the causal instrumental variables do a better job the interveners do. I argue that the conditions for causal transitivity I consider meet the goal the conditions for the causal instrumental variables and the conditions for the interveners both are intended to achieve.

선언 원인에 대한 평가와 대안: 조절 효과 변수, 인과상호작용, 확률 궤적에 토대한 인과 구조의 역할

김준성 ( Joonsung Kim ) 한국논리학회 2017 論理硏究 Vol.20 No.1

이 글에서 필자는, 선언 인과(disjunctive cause)를 위한 사토리오(Satorio 2006)의 논증을 비판적으로 검토하고 평가한 후, 사토리오가 선언 인과로 의도한 바를 우리의 직관에 더 잘 부합하는 인과 구조로 보여주고자 한다. 우선, 선언 원인을 주장하는 사토리오의 논증을 소개한다. 다음으로, 이 논증에 가능한 반론들에 대한 사토리오의 응답과 그 논증에서 필자가 새롭게 주목하는 문제를 논의한다. 마지막으로, 사토리오가 선언 원인의 근거로 제시한 인과 구조를, 조절 효과 변수와 인과 상호작용 그리고 확률 궤적으로 해명한다. 결과 사건과 관련하여 원인 사건과 조절 효과의 인과 상호작용, 그리고 결과 사건의 비결정성이 갖는 의미와 역할을 본다. 이들 논의를 통해 선언 원인 사건에 대한 사토리오의 해명보다 필자의 해명이 우리의 직관에 더 부합하며, 또한 인과적 책임을 행위자에게 할당하는 데에 더 설득적임을 보여준다. 이 글에서 필자의 핵심 주장은 다음과 같다. 선언 인과 구조는 사토리오가 주장하는 것과 다르게 해명해야 한다. 선언 원인 사건이 아니라, 사건들이 결과 사건에 연결될 성향들이 있는 데 이들 성향의 선언 관계가 있다. 인과적 책임을 행위자에게 부여하려면, 인과 사건의 비결정성에 주목해야 한다. In this paper, I critically examine Sartorio`s (2006) argument for disjunctive cause, and put forth disjunctive causal structure in a different way. I show that the disjunctive causal structure meets not just what Sartorio means to claim but also our understanding of causal responsibility. First, I introduce Sartorio`s argument for disjunctive cause. Second, I critically discuss Sartorio`s responses to the criticisms of her arguments for disjunctive cause, and propose another problem with her arguments. Finally, I explicate in a different way Sartorio`s disjunctive cause in terms of disjunctive causal structure founded on moderate variables, causal interaction, and probability trajectory. I notice, regarding the disjunctive causal structure, the role of causal interaction of cause events with moderate variables. I reveal, regarding the disjunctive causal structure, the significance of indetermination of cause events and effect events for our understanding of causal responsibility. I show that the disjunctive causal structure guides us more convincingly to assign causal responsibility to an agent. I come to three conclusions. First, there is no disjunctive cause event Sartorio argues for. Second, propensities of events to be causally connected to an effect event constitute disjunctive relation. Third, we should notice indetermination of cause events and effect events while assigning causal responsibility to an agent.