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미세 표면 구조물을 갖는 패드의 제작 및 STI CMP 특성 연구
정석훈,정재우,박기현,서현덕,박재홍,박범영,주석배,최재영,정해도,Jeong, Suk-Hoon,Jung, Jae-Woo,Park, Ki-Hyun,Seo, Heon-Deok,Park, Jae-Hong,Park, Boum-Young,Joo, Suk-Bae,Choi, Jae-Young,Jeong, Hae-Do 한국전기전자재료학회 2008 전기전자재료학회논문지 Vol.21 No.3
Chemical mechanical polishing (CMP) allows the planarization of wafers with two or more materials. There are many elements such as slurry, polishing pad, process parameters and conditioning in CMP process. Especially, polishing pad is considered as one of the most important consumables because this affects its performances such as WIWNU(within wafer non-uniformity) and MRR(material removal rate). In polishing pad, grooves and pores on its surface affect distribution of slurry, flow and profile of MRR on wafer. A subject of this investigation is to apply CMP for planarization of shallow trench isolation structure using microstructure(MS) pad. MS pad is designed to have uniform structure on its surface and manufactured by micro-molding technology. And then STI CMP performances such as pattern selectivity, erosion and comer rounding are evaluated.
어댑티브 시뮬레이티드 어넬링의 냉각스케줄에 따른 구조최적설계
정석훈(Suk-Hoon Jung),박정선(Jung-Sun Park) 대한기계학회 2003 대한기계학회 춘추학술대회 Vol.2003 No.11
Recently, simulated annealing algorith have widely been applied to many strural optimzation problrems. In this paper, simulated annealing, boltzmann annealing, fast annealing and adaptive simulated annealing are applied to optimzation of truss structures for improvement quality of objective function and number of function evaluation. There algorithms are classified by cooling achedule schedule. The authors have changed parameters of ASA`s cooling schedule and influence od cooling schedule parmeters on structural optimization abtained is discussed. In addition, cooling schedule of BA and ASA mixed is applied to 10 bar-truss strueture.
연관성 규칙에 기반한 보존된 단백질 도메인 조합의 식별
정석훈(Suk-Hoon Jung),장우혁(Woo-Hyuk Jang),한동수(Dong-Soo Han) 한국정보과학회 2009 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.15 No.5
도메인은 단백질의 진화와 삼차구조 및 분자 기능의 기본 단위체이다. 단백질은 한 개 이상의 도메인들로 구정 되며, 단백질의 기능 또한 각 도메인이 가진 기능의 집합으로 구현된다. 단백질은 특정 기능을 담당하기 위해 진화되어 왔으므로, 도메인 또한 단백질 내에서 기능을 위한 특정 조합 패턴, 즉 보존도메인 조합을 가진다. 본 논문은 각 도메인 조합의 진화상 보존 정도를 측정할 수 있는 연관성 규칙 기반 계산 기법을 제안한다. 제안된 기법은 기존 기법에서 주로 고려되었던 도메인 조합의 빈도뿐 아니라, 조합 내 소속 도메인간의 상호 의존도를 측정하여 주어진 조합의 보존 정도를 산출한다. 이를 기반으로 S.cerevisiae의 단백질을 대상으로 보존 도메인 조합을 추출하였으며, Gene Ontology를 이용하여 그 생물학적 의미를 분석하였다. 그 결과 제안된 기법으로 추출된 보존 도메인 조합은 기존의 것에 비해 조합 내 기능의 유사도가 높았으며, 따라서 제안된 기법이 생물학적 기능의 협업 위해 보존된 도메인 조합의 추출에 우수하다 할 것이다. 또한 S.cerevisiae 단백질체에는 서로 의존도가 높고 자주 나타나는 보존 도메인 조합이 존재하며, 그러한 조합들은 molecular function의 협업과 관련 있음을 밝혀냈다. Protein domain is the conserved unit of compact tree-dimensional structure and evolution, which carries specific function. Domains may appear in patterns in proteins, since they have been conserved through the evolution for functional formation of proteins. In this paper, we propose a formulated method for conservation analysis of domain combination based on association rule. Proposed method measures mutual dependency of domains in a combination, as well as co-occurrence frequency of them, which is conventionally used. Based on the method, we extracted conserve domain combinations in S.cerevisiae proteins and analyzed their functions based on Gene Ontology. From the results, we drew conclusions that domains in S.cerevisiae proteins form patterns whose members are highly affiliated to one another, and that extracted patterns tend to be associated with molecular function. Moreover, the results testified to proposed method superior to conventional ones for identifying domain combinations conserved for functional cooperation.
Drug Target Protein Prediction using SVM
정휘성(Hwiesung Jung),현보라(Bora Hyun),정석훈(Suk Hoon Jung),장우혁(Woo-Hyuk Jang),한동수(Dong-Soo Han) 한국정보과학회 2007 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.34 No.2B
Drug discovery is a long process with a low rate of successful new therapeutic discovery regardless of the advances in information technologies. Identification of candidate proteins is an essential step for the drug discovery and it usually requires considerable time and efforts in the drug discovery. The drug discovery is not a logical, but a fortuitous process. Nevertheless, considerable amount of information on drugs are accumulated in UniProt, NCBI, or DrugBank. As a result, it has become possible to try to devise new computational methods classifying drug target candidates extracting the common features of known drug target proteins. In this paper, we devise a method for drug target protein classification by using weighted feature summation and Support Vector Machine. According to our evaluation, the method is revealed to show moderate accuracy 85~90%. This indicates that if the devised method is used appropriately, it can contribute in reducing the time and cost of the drug discovery process, particularly in identifying new drug target proteins.
단백질 기능 흐름 모델 구성 및 평가 기법 (pp.284-288)
장우혁(Woo-Hyuk Jang),정석훈(Suk-Hoon Jung),한동수(Dong-Soo Han) 한국정보과학회 2009 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.15 No.4
단백질 상호작용의 예측 및 실험 결과가 대용량으로 배포되면서 바이오 정보 기술 연구자들은 생명체 내의 단백질 상호작용 네트워크를 구성하기 위해 노력하여 왔다. 일반적으로 대용량의 상호작용 데이터들은 많은 오류를 포함한다고 알려져 있으나, 최근 단백질의 물리 화학적 특성 및 구조를 기반으로 한 방법들이 실제 실험과 병행되어 고화질(High resolution)의 결과를 제공하게 되면서, 특정 종에 대한 단백질 상호작용 네트워크가 점차 완성되고 있다. 그러나, 단순 물리적 링크 수준의 단백질 상호작용 네트워크만으로는 특정 병원체의 발병 메커니즘 규명 등과 같은 응용분야의 활용에 한계가 있다. 본 논문에서는 실험을 통하여 보고된 신호 전달 경로(signaling transduction pathway)를 이용하여 단백질 기능 간의 관계를 방향성이 있는 그래프로 표현한 단백질 기능 흐름 모델을 제시한다. 제안하는 모델은 Gene Ontology에서 정의된 molecular function을 정점(vertex)으로 가지고 이들 사이의 관계를 간선(edge)으로 표현함으로써 특정 기능의 전이를 살펴볼수 있다. 이러한 기능 흐름 모델은 수 만개의 정점(vertex)으로 구성된 단백질 상호작용 네트워크에서 의미 있는 경로를 추출하는 데에 제약 혹은 참조 조건으로 사용될 수 있어 향후 활용도가 클 것으로 기대한다. 평가는 KEGG에서 제공되는 11개의 인간 신호 전달 경로 각각에 대하여 대상 경로를 제외한 나머지로부터 생성된 모델과의 크론바하 알파 계수(Cronbach’s alpha)를 측정하였고(α=0.67), 총 1023개의 흐름 중 α=0.6 이상의 신뢰도에 대하여 총 765개의 흐름을 가지는 기능 흐름 모델을 최종 구성하였다. With explosively growing PPI databases, the computational approach for a prediction and configuration of PPI network has been a big stream in the bioinformatics area. Recent researches gradually consider physicochemical properties of proteins and support high resolution results with integration of experimental results. With regard to current research trend, it is very close future to complete a PPI network configuration of each organism. However, direct applying the PPI network to real field is complicated problem because PPI network is only a set of co-expressive proteins or gene products, and its network link means simple physical binding rather than in-depth knowledge of biological process. In this paper, we suggest a protein functional flow model which is a directed network based on a protein functions’ relation of signaling transduction pathway. The vertex of the suggested model is a molecular function annotated by gene ontology, and the relations among the vertex are considered as edges. Thus, it is easy to trace a specific function’s transition, and it can be a constraint to extract a meaningful sub-path from whole PPI network. To evaluate the model, 11 functional flow models of Homo sapiens were built from KEGG, and Cronbach’s alpha values were measured (alpha=0.67). Among 1023 functional flows, 765 functional flows showed 0.6 or higher alpha values.
구조 최적화에서 적응 시뮬레이티드 애닐링의 냉각변수에 대한 연구
박정선(Jungsun Park),정석훈(Suk-Hoon Jung),지상현(Sang-Hyun Ji),임종빈(Jongbin Im) 한국항공우주학회 2004 韓國航空宇宙學會誌 Vol.32 No.6
컴퓨터 성능의 향상으로 통계학적 최적화기법이 구조설계최적화에 시도되고 있다. 통계학적 최적화 기법 중 시뮬레이티드 애닐링 기법도 구조 최적화 분야에 적용되기 시작하였다. 시뮬레이티드 애닐링, 볼쯔만 애닐링, 패스트 애닐링, 어댑티브 시뮬레이티드 애닐링을 적용하여, 트러스 구조물의 최적화에 적용시켜 목적함수을 향상시키고 함수계산량을 감소시키도록 하였다. 특히 알고리즘 중에서 수렴성과 목적함수의 우수성을 구현하기 위하여 어댑티브 시뮬레이티드 애닐링의 냉각스케줄의 냉각변수를 다양하게 적용하여 트러스 구조물을 최적화하였다. 또한 볼쯔만 애닐링과 어댑티브 시뮬레이티드 애닐링을 복합한 냉각스캐줄로 10부재와 25부재 트러스 구조물의 최적화도 수행하여 보았다. The increase of computing power makes stochastic optimization algorithms available in structural design. One of the stochastic algorithms, simulated annealing algorithm, has been applied to various structural optimization problems. By applying several cooling schedules such as simulated annealing (SA), Boltzmann annealing (BA), fast annealing (FA) and adaptive simulated annealing (ASA), truss structures are optimized to improve the quality of objective functions and reduce the number of function evaluations. In this paper, many cooling parameters have been applied to the cooling schedule of ASA. The influence of cooling parameters is investigated to find the rules of thumb for using ASA. In addition, the cooling schedule combined with BA and ASA is applied to the optimization of ten bar-truss and twenty five bar-truss structure.