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엔트로피 거리와 SVM를 이용한 SNP 군집분석과 천식 유형 예측
이중섭,신기섭,위규범,Lee, Jung-Seob,Shin, Ki-Seob,Wee, Kyu-Bum 한국정보처리학회 2011 정보처리학회논문지B Vol.18 No.2
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are a very important tool for the study of human genome structure. Cluster analysis of the large amount of gene expression data is useful for identifying biologically relevant groups of genes and for generating networks of gene-gene interactions. In this paper we compared the clusters of SNPs within asthma group and normal control group obtained by using hierarchical cluster analysis method with entropy distance. It appears that the 5-cluster collections of the two groups are significantly different. We searched the best set of SNPs that are useful for diagnosing the two types of asthma using representative SNPs of the clusters of the asthma group. Here support vector machines are used to evaluate the prediction accuracy of the selected combinations. The best combination model turns out to be the five-locus SNPs including one on the gene ALOX12 and their accuracy in predicting aspirin tolerant asthma disease risk among asthmatic patients is 66.41%. 단일염기다형성은 인간 게놈 구조 연구의 중요한 도구이다. 대량의 유전자 표현형 데이터에서의 군집 분석은 생물학적으로 연관이 있는 유전자 군을 발견하거나 유전자간 상호작용 네트워크를 생성하는데 유용하다. 본 논문에서는 엔트로피 거리를 기반으로 계층적 군집 분석 방법을 사용하여 천식환자군과 정상대조군의 군집을 형성하고 비교하였고 5개짜리 군집에서 두 군의 의미 있는 차이점이 나타남을 보였다. 천식환자군의 각 군집에서의 대표 SNP들의 조합의 질병 예측 정확도를 지지벡터기계를 이용하여 측정하여, 천식의 두 유형을 진단할 수 있는 최상의 조합을 찾았다. 최상의 조합은 유전자 ALOX12에 있는 단일염기다형성을 포함한 5개로 구성된 모델이며 66.41%의 아스피린 내성 천식 질병에 대한 예측 정확도를 갖는다.
토마토 온실에서 담배가루이 성충에 대한 노란색 및 백색 트랩의 방제효과
이중섭(Jung-Sup Lee),이재한(Jae-Han Lee),박경섭(Kyung-Seob Park),여경환(Kyung-Hwan Yeo),김진현(Jin-Hyun Kim),권준국(Jun-Kuk Kweon) (사)한국생물환경조절학회 2017 생물환경조절학회지 Vol.26 No.4
토마토 작물에 발생하는 B. tabaci에 대한 예찰을 위해 시설재배지뿐만 아니라 노지 재배에서도 노란색 점착 카드트랩이 주로 사용되고 있다. 그러나, 예찰트랩의 색상과 굴절되는 빛의 강도 및 환경 변화에 따라 B. tabaci 유인력은 차이를 나타내고 있다. 따라서, 온실에 발생하는 B. tabaci 성충에 대한 light 트랩의 시설 재배지내의 이용 가능성을 평가하기 위해 white light (450-625nm) 및 yellow light (590nm) 트랩과 광원이 장착되지 않은 트랩을 이용하여 유인 활성을 비교하였다. 본 시험결과 광원별 B. tabaci 포획밀도는 yellow light 트랩(525 nm)에서 168±7.6(마리/트랩)로 가장 높은 유인활성을 나타내었으며, white light 트랩에서는 106±4.6(마리/트랩)으로 다소 낮은 개체수가 포획되었다. 그러나 대조구로 사용된 광원이 설치되지 않은 트랩의 경우 광원이 설치된 트랩보다 적은 60±4.8(마리/트랩)의 개체수가 포획되었다. 따라서, yellow light trap과 white light 트랩에서 높은 B. tabaci 성충의 유인력을 나타내었다. 이러한 결과를 바탕으로 yellow light 및 white light 트랩이 토마토 시설 재배지에서의 B. tabaci 성충에 대한 친환경적 해충 방제법의 일환으로 적용 될 수 있을 것으로 판단되었다. Yellow sticky traps have been commonly used for monitoring tobacco whitefly populations in openfields, as well as in greenhouses. However, the attractiveness depends on various factors such as the reflected intensity (brightness) and hues of yellow color (wavelength) of the trap surface, which is often influenced by environmental conditions and may sometimes affect tobacco whitefly capture. Therefore, the use of light-emitting traps can be a significant complementary tool to strengthen the attractiveness and selectivity of these traps. This research was carried out in tomato greenhouses to evaluate the light-emitting trap as potential attractants for Bemisia tabaci adults. The results showed that B. tabaci adults on average preferred (p>0.05) traps in yellow lights (590 nm) (168 ± 7.6 adults/trap) compared to traps in white lights (106 ± 4.6 adults/trap) and traps without lights (60 ± 4.8 adults/trap). The yellow light trap(590 nm) showed the most attractive to B. tabaci adults, followed by a little lower attraction to the white light trap(450-625 nm), whereas the control (no light trap) was little attractive to B. tabaci adults. These results suggested that yellow and white light traps could have a promising use in greenhouses for the identification, monitoring, and pest control tools of tobacco whiteflies.