특이발현과 특이공발현을 고려한 유의한 유전자 집단 탐색

이선호,Lee, Sunho 한국통계학회 2016 응용통계연구 Vol.29 No.3

서로 상관있는 유전자들의 발현조절이 질병이나 종양의 발생에 영향을 미치기 때문에 단일유전자 분석 대신 공통의 생물학적 요소를 지닌 유전자 집단 분석이 각광을 받게 되었고 생물학적으로 좀더 설명하기 쉬운 결과를 얻게 되었다. 표현형에 따라 유의한 차이를 보이는 유전자 집단을 찾는 여러 방법들이 있지만, 대부분의 방법들이 집단에 속한 유전자들의 표현형에 따른 발현의 차이를 탐색하거나 유전자들 사이의 공발현 구조가 다른지 탐색하는 것이다. 본 연구에서는 특이발현과 특이공발현의 차이를 모두 고려하는 탐색방법을 제시하였고 p53이란 유전자 자료와 모의자료를 이용하여 제시한 방법의 성능을 알아 보았다. Gene set analysis utilizing biologic information is expected to produce more interpretable results because the occurrence of tumors (or diseases) is believed to be associated with the regulation of related genes. Many methods have been developed to identify statistically significant gene sets across different phenotypes; however, most focus exclusively on either the differential gene expression or the differential correlation structure in the gene set. This research provides a new method that simultaneously considers the differential expression of genes and differential coexpression with multiple genes in the gene set. Application of this NEW method is illustrated with real microarray data example, p53; subsequently, a simulation study compares its type I error rate and power with GSEA, SAMGS, GSCA and GSNCA.

mRMR과 수정된 입자군집화 방법을 이용한 다범주 분류를 위한 최적유전자집단 구성

이선호,Lee, Sunho 한국통계학회 2020 응용통계연구 Vol.33 No.6

표본의 다범주 표현형을 예측하는데 사용되는 최적의 유전자집단이란 적은 수의 유전자로 표현형을 정확히 예측할 수 있는 유전자들의 모임이다. 특이발현유전자를 검색하는 통계량은 이미 여러 가지가 있고, K-평균 군집화를 곁들여 중복성이 적은 특이발현유전자들을 선택 가능하다. 이들을 바탕으로 적은 수로 정확하게 다범주 분류가 가능한 유전자집단을 구성할 수 있도록 수정한 입자최적화 방법을 제안한다. 널리 알려진 ALL 248례와 SRBCT 83례를 이용하여 제안된 방법으로 최적유전자집단을 찾을 수 있음을 보였다. The aim of this research is to find an optimal gene set that provides highly accurate multi-class classification with a minimum number of genes. A two-stage procedure is proposed: Based on minimum redundancy and maximum relevance (mRMR) framework, several statistics to rank differential expression genes and K-means clustering to reduce redundancy between genes are used for data filtering procedure. And a particle swarm optimization is modified to select a small subset of informative genes. Two well known multi-class microarray data sets, ALL and SRBCT, are analyzed to indicate the effectiveness of this hybrid method.

유전자집합분석에서 순열검정의 대안

이선호,Lee, Sunho 한국통계학회 2018 응용통계연구 Vol.31 No.2

The analysis of gene sets in microarray has advantages in interpreting biological functions and increasing statistical powers. Many statistical methods have been proposed for detecting significant gene sets that show relations between genes and phenotypes, but there is no consensus about which is the best to perform gene sets analysis and permutation based tests are considered as standard tools. When many gene sets are tested simultaneously, a large number of random permutations are needed for multiple testing with a high computational cost. In this paper, several parametric approximations are considered as alternatives of the permutation distribution and the moment based gene set test has shown the best performance for providing p-values of the permutation test closely and quickly on a general framework. 마이크로어레이 자료의 유전자집합분석은 개별유전자분석에 비해 검정력도 높일 수 있고 결과 해석이 쉬워서 이에 대한 연구가 활발히 진행되어 왔다. 표현형에 따라 유의한 차이를 보이는 유전자집합의 검색은 검정통계량들이 유도된 배경에 따라 결과에 차이를 보이지만 대체적으로 t-통계량의 제곱합을 이용한 순열검정이 제일 무난한 방법으로 여겨진다. 그러나 유전자집합분석에서 다중검정은 필수이고 많은 집합들의 유의성에 변별력을 주기 위해서는 순열검정에서 생성하는 치환표본의 수가 많이 필요하고 시간이 오래 걸린다는 문제점이 있다. 순열검정을 대신할 모수적 방법들을 검토한 결과, 적률을 이용한 근사가 각 집합의 유의확률 계산시간도 훨씬 단축하며 순열검정에서 구한 유의확률과 크기와 순위가 거의 일치함을 확인하였다.

가계소비에 대한 가계대출의 비선형 효과

이선호 ( Sunho Lee ),황진영 ( Jinyoung Hwang ) 한국재정정책학회 2020 財政政策論集 Vol.22 No.4

본 연구는 2003년∼2019년의 분기 시계열 자료를 이용해 ‘가계대출’(가계부채의 대리변수)이 ‘가계 최종소비지출’(가계소비의 대리변수)에 미치는 영향을 추정한다. 또한 본 연구에서는 가계대출을 예금취급기관별로 세분화하고, 가계대출이 증가할 때와 감소할 때로 구분해 가계소비에 미치는 비대칭적 영향을 파악하고자 한다. 추정모형은 자료와 모형의 특성에 기초해 비선형 ARDL 한계검정법을 적용한다. 실증분석 결과, ‘기타금융기관 대출’을 제외한 ‘전체 가계대출’, ‘예금은행 대출’, ‘비은행예금취급기관 대출’ 및 ‘(비은행예금취급기관 + 기타금융기관) 대출’과 가계 최종소비비출 간에는 장기 관계가 성립하며, 모형의 비대칭성과 도출된 가계대출 장기계수의 비대칭성이 관측된다. 또한 가계대출과 가계소비간에는 양(+)의 관계가 성립하며, 가계대출 증가에 비해 감소가 가계 최종소비지출 변화에 대체로 더 큰 영향을 미치는 것으로 추정된다. 그러나 ‘예금은행 대출’을 사용한 모형에서는 가계대출 감소가 가계 최종소비지출에 통계적으로 유의한 영향을 미치지 않는 것으로 나타난다. 이상의 결과는 비은행예금취급기관이나 기타금융기관을 이용하는 가계의 대출 증가에 따른 소비진작효과에 비해 대출 감소에 따른 소비억제효과가 비대칭적으로 클 수 있다는 사실을 제시하며, 이는 향 후 대출 감소가 발생할 때 가계소비 감소가 예상보다 클 수 있음을 시사한다. This paper estimates the impacts of household loan (proxy variable for household debt) on household final consumption expenditure (proxy variable for household consumption) using quarterly data over the period 2003∼2019. In addition, this paper subdivides household loans by depository corporations and attempts to identify the asymmetric impact on household consumption by dividing household loans into when they increase and when they decrease. The estimation model applies a nonlinear ARDL bounds test based on the characteristics of data and model. The estimation results suggest that there exists a long-run relationship between total households’ loans, commercial & specialized banks’ loans, non-bank depository corporations’ loans, and (non-bank depository corporations + other financial corporations)’ loans and final household consumption expenditure. The asymmetries of both the model and the estimated long-run household loan coefficients are observed. In addition, household loan has a positive impact on household consumption, and it is estimated that the decrease household loan has a greater effect on the change in final household consumption expenditure compared to the increase in household loan. However, the decrease in household loan does not appear to have a statistically significant impact on the final household consumption expenditure in the model using commercial & specialized banks’ loan. The fact that the consumption deterrence effect due to the decrease in household loan is asymmetrically larger than the effect of stimulating consumption due to the increase in household loan, particularly, models using non-bank depository corporations and other financial corporations, implies that the decrease in household consumption may be greater than expected when the loan decrease occurs.

단위학교 재정운영의 자율성 수준 측정 및 유형화 분석

이선호(Lee, Sunho),김효정(Kim, Hyojung),김용남(Kim, Yongnam),윤홍주(Yun, Hongju),이현국(Lee, Hyun-Kuk) 한국교육재정경제학회 2021 敎育財政 經濟硏究 Vol.30 No.2

학교회계제도의 도입에 따른 가장 큰 변화로 꼽는 것은 학교교육비의 총액 배분과 이를 토대로 학교구성원의 참여를 통한 자율적 예산편성이라 하였으나, 학교회계 도입 후 20년 지난 현재에도 여전히 단위학교 재정운영에서 자율적 예산편성 권한이 제한적이며 이에 대한 개선 요구가 지속되고 있다. 이에 본 연구에서는 학교재정운영의 자율성을 기존 세입 재원 중심에서 세입과 세출을 동시에 고려할 수 있는 단위학교재정운영의 자율성 유형(수준) 틀을 개발하고, 학교 재정운영 자율성 유형(수준)의 실태를 분석하였다. 단위학교 재정운영의 자율성을 유형화하기 위해 잠재프로파일 분석(Latent Profile Analysis)을 실시하였고, 분석결과 초등학교, 중학교, 일반고 각 세입자율성 4유형, 세출자율성 4유형으로 분류하였고, 이를 다시 상위그룹과 보통, 하위그룹, 불일치집단으로 분류하였다. 단위학교 재정운영 자율성 수준이 높은 상위그룹은 단위학교 재정의 예산편성에 있어 자율성이 높은 재원 비중이 높고 기본적 교육활동에 더 많은 비중을 지출하고 있는 반면, 단위학교 재정자율성이 낮은 하위그룹은 세입 측면에서 지출목적과 용도가 정해진 목적사업비 비중이 높고, 세출 측면에서 학생복지/교육격차 해소 사업비나 학교시설확충, 인적자원운용 지출 비중이 높게 나타났다. 본 연구는 기존 연구에서 세입측면(기본운영비 대비 목적사업비 비중)에 초점을 둔 단위학교 재정운영의 자율성 수준 논의를 확대하여 세입 뿐만 아니라 세출 측면을 포함하여 분석하였다는 데 의의가 있다. 다만 학교재정의 종단적 측면을 포함하지 못하고 단년 재정정보를 활용하였다는 한계를 가지고 있다. 향후 단위학교 재정운용의 자율성 수준 및 유형에 대한 종단적 연구를 하게 된다면 학교재정 운영의 특성 분석에 보다 유의미한 결과가 더 많이 기대해 볼 수 있을 것이다. This study aimed to develop the frame of the autonomy of school finance operation considering both revenue and expenditure at the same time from the previous frame centered on revenue resources. The types of school financial autonomy were analyzed, and the revenue and expenditure characteristics were analyzed according to the level of school financial autonomy. Latent Profile Analysis (LPA) was used to categorize the financial autonomy in school. The autonomy of unit school finance was analyzed by dividing it into aspects of revenue and expenditure. In order to categorize the autonomy of unit school revenue, the school accounting cost statistics item was analyzed. The revenue items with high autonomy in budgeting can be divided into internal and external factors based on the sources of resources. The autonomy of unit school revenues was categorized based on the resources (① ratio of basic operating expenses to net revenues, ② ratio of net surplus, ③ ratio of administrative income and private support funds). Because the size of the revenue varies according to the size of the school, the analysis used the ratio, not the amount. In the school expenditure, variables for the categorization of autonomy were organized: ①compulsory expenditure, ②fixed expenditure, and ③autonomous expenditure. The‘compulsory expenditures’ refer to expenditures that are legally required to be spent, The‘fixed expenditures’ refer to expenditures that are likely to be determined by the number of teachers, the number of students, and school facilities & size. On the other hand, the‘autonomous expenditures’ are a relatively free budget for schools. LPA(Latent Profile analysis) was conducted to determine the number of latent profiles for the autonomy of public elementary, middle and high schools in their revenue. As a result of the analysis, four groups were categorized in terms of revenue autonomy by school level and four groups in terms of expenditure autonomy. The high level group of financial autonomy in schools have a high proportion of resources with high autonomy and spend more on basic educational activities, while, the low level group have a high proportion of project costs for the purpose, expenditure on student welfare, school facilities and human resource management. This study is meaningful in that the previous study focused to the ratio of the purpose project cost to the basic operating cost only in the revenue, but this study analyzed not only revenue but also expenditure to measure the autonomy level of the school s financial operation. However, it did not include the longitudinal aspect of school fiscal autonomy and has limitation of using financial information for one year. Due to the limitation of data collection, this study did not examine the changes in the level of autonomy of longitudinal financial management. However, the analysis of the effect of longitudinal school financial autonomy and the school expenditure are expected to contribute to the increase of autonomy of unit school financial management.

Selenocysteine을 포함한 폴리펩티드의 단동위질량을 결정하는 알고리즘의 실험적 분석

이선호(Sunho Lee),김진욱(Jin Wook Kim),박근수(Kunsoo Park),백은옥(Eunok Paek),박희진(Heejin Park) 한국정보과학회 2013 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.19 No.5

생물학에서 특정 단백질을 구성하는 아미노산 서열을 결정하는 것은 핵심적인 일이다. 이를 위해 펩타이드의 단동위질량을 결정하는 것은 매우 중요한 문제이다. 하지만 Selenocysteine(Sec)이 가지고 있는 특이 성질 때문에 기존의 알고리즘으로 Sec를 포함한 펩타이드의 단동위질량을 결정하는 것은 쉽지 않다. J. W. Kim et al.은 Sec의 특성을 고려하여 새로운 모델을 제시하고 그에 맞는 알고리즘을 보였다. 이 논문에서는 실험을 통해 J. W. Kim et al.이 제안한 알고리즘을 실제 프로그램으로 구현하여 실행할 때 고려해야할 주요 파라미터 및 함수에 대한 분석을 수행한다. In biology, finding an amino acid sequence is fundamental to analyze proteins. Therefore, determining monoisotopic masses for polypeptides is a significant problem. However, determining monoisotopic mass for a selenopeptide which contains selenocysteines(Sec) is difficult, since a selenocysteine has distinct characteristics. J. W. Kim et al. presented an algorithm to determine monoisotopic masses of selenocysteine-containing polypeptides based on a theoretical model for an isotopic distribution of a selenopeptide. In this paper, we analyze the experiments of the algorithm according to critical parameters and score functions which are considered in implementing steps or execution time.

국내 공연예술의 문제점과 개선방안 모색

이선호(SunHo Lee) 한국음악교육공학회 2008 음악교육공학 Vol.- No.6

Musical, one of art genres, well-known for typical modern art in the 20st century and receiving much love and attention from the audience, has just 100 year-short history. But, this musical can be cited as one of performance art forms to encompass every art genre in our humankind history, combine scientific rationalism with popularism most remarkable in contemporary civilization, and mirror contemporary cultural needs, to a most adequate level. This research thesis aims at focusing on musical performance of domestic performance art fields, finding out the real problems surrounding the performance, and seeking ways to reinforce such problems, for the purpose of offering data helpful in reinforcing domestic musical performance. Most of all, the research thesis has raised the ongoing situations, volume and wide-spread problems surrounding industrial market in domestic performance art. Subsequently, this thesis has taken up problems surrounding high musical performance cost, an absence of special theatres, actors and staffs, and a lack of performance production process and contents including a short of government s sustained supports. Against this backdrop, it is of importance that the government should make the active improvements to build new special theatres and create high-quality performance production environment and content, as well as foster culture and tourism industry, establish links with broadcasting image media, and expand an educational climate to communicate with the local field and spot, under the government s steadfast attention and supports. It is most urgent that the government should perceive the values of culture industry and performance art, and it should spare no pains to gain relevant resources. If such problems are improved, one by one, the musical cultural performance industry would not just create national profits, but also it would exert ripple-effects on national and cultural competitiveness, serving as the most paramount industry in the 21st century.

경부하에서 위상천이 풀브릿지 DC-DC 컨버터의 동작 분석

이선호(Sunho Lee),박정욱(Jung-Wook Park) 전력전자학회 2018 전력전자학술대회 논문집 Vol.2018 No.7

함수에 의한 정규화를 이용한 local alignment 알고리즘

이선호(Sunho Lee),박근수(Kunsoo Park) 한국정보과학회 2007 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 Vol.34 No.5·6

Local alignment 알고리즘은 두 문자열을 비교하여 크기가 ℓ, 유사도 점수가 s인 부분 문자열쌍을 찾는다. 크기가 충분히 크고 유사도 점수도 높은 부분 문자열 쌍을 찾기 위해 단위 길이당 유사도점수 s/ℓ을 최대화하는 정규화 방법이 제안되어있다. 본 논문에서는 증가함수 f, g를 도입하여 f(s)/g(ℓ)을 최대화하는, 함수에 의한 정규화 방법을 제시한다. 여기서 함수 f, g는 DNA 서열을 비교하는 실험을 통해 정한다. 이러한 실험에서 함수에 의한 정규화 방법이 좋은 local alignment를 찾는다. 또한 유사도 점수의 기준으로 longest common subsequence를 채택한 경우, 기존의 정규화 알고리즘을 이용하면 별다른 시간손실 없이 함수에 의해 정규화된 점수 f(s)/g(ℓ)을 최대화 할 수 있음을 보인다. A local alignment algorithm does comparing two strings and finding a substring pair with size ℓ and similarity s. To find a pair with both sufficient size and high similarity, existing normalization approaches maximize the ratio of the similarity to the size. In this paper, we introduce normalization by functions that maximizes f(s)/g(ℓ), where f and g are non-decreasing functions. These functions, f and g, are determined by experiments comparing DNA sequences. In the experiments, our normalization by functions finds appropriate local alignments. For the previous algorithm, which evaluates the similarity by using the longest common subsequence, we show that the algorithm can also maximize the score normalized by functions, f(s)/g(ℓ) without loss of time.

Local chaining 알고리즘의 단점 및 개선 방법

이선호(Sunho Lee),박근수(Kunsoo Park) 한국정보과학회 2004 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.31 No.1A

Chaining 알고리즘은 주어진 match 정보로부터 좋은 match 조합을 찾아내는 일종의 alignment 알고리즘으로 유전체 서열을 비교하는데 다양하게 응용되고 있다. 특히 서열 전체를 비교하는 대신 부분 서열을 비교 할 때 사용할 수 있는 local chaining 알고리즘이 제안되었는데 본 논문은 이 기본적인 알고리즘이 Smith-Waterman 알고리즘과 유사하며 따라서 비슷한 단점을 가지고 있음을 지적한다. 그리고 이를 해결하기 위해X-drop과 정규화된 점수를 고려하는 두 가지 기법을 적용하고 실험을 통해 개선 효과를 보인다.