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윤종만(Jong-Man Yoon),김종연(Jong-Yeon Kim) 군산대학교 수산과학연구소 2004 군산대학교 수산과학연구소 연구논문집 Vol.5 No.-
황해와 남해산이 각각 50마리씩 총 100마리의 조피볼락(Sebastes schlegeli) 의 DNA를 혈액으로부터 추출하여 30개 의 무작위 primer를 사용한 RAPD(random amplified polymorphic DNAs)-PCR (polymer-ase chain reaction) 방법으로 분석하였다. genomic DNA 의 독특한 특정들이 그 어종군의 특정을 알아내 기 위해서 사용되었다. 30개의 primer중에서 7개의 primer 로부터 증폭된 전체 산물 (307) 중에서 약 67.4% 인 207개의 다형성의 산물 (polymorphic products) 이 나타났고, 1개의 primer 당 약 2.7개의 다양성 의 산물 (polymorphic bands)이 확인되었다. 황해산의 경우 band sharing analysis를 통해서 볼 때 0.22로부터 0.63까지의 bandsharing value 가 확인되었고, 이러한 수치는 0.39±0.02의 평균값을 나타내었다. 황해산과 남해산 2 개체군의 RAPD-PCR 산물의 전기영동적 분석을 통해서 볼 때 황해산 조피볼락의 개체 들 사이에서 변이가 약간 높게 나타났지만 매우 유사한 특정을 나타내었다. 그러나 일부 개체에서 적은 수이지만 polymorphic bands 가 확인되었다. 더 많은 개체군과 다른 연구방법을 통한 연구가 있어야 되겠지만, 이러한 결과는 RAPD 방법을 통하여 2 지역산 조피볼락의 유전적 차이를 어느 정도 확인할 수 있는 가능성을 제시해 주고 있다. Polymerase chain reaction (PCR) amplification of DNA as 30 different arbitrary primers and random amplified polymorphic DNAs (RAPD) analysis were performed on genomic DNA extracted from the blood of the marine rock fish (Sebastes schlegeli) from the Yellow Sea and the Southern Sea. The unique properties of the genomic DNA were used to investigate the features of the population dynamics and origins of the species. Out of 30 primers, seven generated 207 highly reproducible RAPD polymorphic products, producing approximately 2.7 polymorphic bands per primer. About 67.4% of total amplified products (307) were either polymorphic (207) to rock fish. The degree of similarity varied from 0.22 to 0.63 as calculated by band sharing analysis. Also, the average level of band sharing was 0.39 :to.02 within the rock fish strains. The electrophoretic analysis of RAPD-PCR products showed the relatively high levels of variation between different individuals in rock fish from the Yellow Sea. However, the RAPD outlines obtained with DNA of different rock fish strains from the Yellow Sea and the Southern Sea in Korea were very similar. Also, a small number of polymorphic bands were identified. Even if further analyses or more rockfish populations are required, this result implies RAPD analysis reflects genetic differences between the geographical strains of the rockfish.
Genetic Similarity in Crucian Carp(Carassius carassius) by PCR-RAPD Analysis
윤종만(Jong-Man Yoon),김종연(Jong-Yeon Kim) 군산대학교 수산과학연구소 2004 군산대학교 수산과학연구소 연구논문집 Vol.5 No.-
군산지역에 있는 호수와 양식장에서 채집된 용어 (Carassius carassius)의 혈액으로부터 추출된 genomic DNA를 무작위 primer를 이용한 PCR-RAPD 방법에 의해서 유전적 차이를 확인하고자 하였다 . 12개 primer 중에서 6개를 이용한 결과 호수산 붕어의 경우 primer 당 약 2.1 polymorphic bands가 나타났고, 총 266개의 높은 RAPD marker가 확인되었으며; 0.18에서 0.76의 band sharing 분석 결과가 나타났다. 군산지역에 있는 호수와 양식장에서 채취된 붕어 2집단 간의 RAPD특정을 band sharing value로 비교 분석해 본 결과 각각 호수 산이 0.47, 양식산이 0.70으로 나타났으며, 이는 양식산 개체들 간에 유사성이 높게 나타났다. 이러한 결과는 군산지역에 있는 양식장의 경우 유사한 환경조건 내에서 붕어가 사육되었거나 혹은 오랜 기간 동안 근친교배의 결과 이러한 유전적 유사성이 높게 나타난 것으로 사료된다. 달리 말하면 비록 다양한 지리적 인 분포가 있더라도 군산지역의 다른 지역으로부터 야생산 붕어 집단의 도입으로 인하여 genomic DNA 의 높은 수준의 다양성을 가질 수 있다는 것이다 일반적으로 primer에 의해서 제시된 RAPD 다형성은 양식대상 어종이연서 온수성 어종인 붕어의 계통 혹은 집단을 확인하기 위한 유전적 표지인자로서 사용될 수 있을 것이다 그러나 앞으로 집단 및 채집 장소의 추가적인 확보 그러고 다른 방법을 통한 연구가 미비한 점을 보완할 수 있는데 필요하다고 사료된다. Genomic DNA from the blood of crucian carp( Carassius corassius) from lake and aquaculture facility in Kunsan, Korea was extracted in order to identify genetic differences by polymerase chain reaction-randomly amplified polymorphic DNAs(PCR-RAPD). Out of 12 primers, 6 generated 266 highly reproducible RAPD markers. producing approximately 2.1 polymorphic bands per primer in crucian carp from lake. The degree of similarity varied from 0.18 to 0.76 as calculated by band sharing analysis in crucian carp from lake. The RAPD outlines obtained with DNA of two different crucian carp populations from Kunsan were different(0.47 from lake and 0.70 from aquaculture facility. respectively). The electrophoretic analysis of polymerase chain reaction-randomly amplified polymorphic DNAs(PCR-RAPD) products showed high levels of similarity between different individuals in crucian carp from aquaculture facility. This result implies the genetic similarity due to raising in the same environmental condition or inbreeding within the crucian carp from aquaculture facility in Kunsan. In other words. crucian carp may have high levels of genome DNA diversity due to the introduction of the wild population from the other sites of Kunsan even if it may be the geographical diverse distribution of this species. Generally. the RAPD polymorphism generated by these primers may be useful as a genetic marker for strain or population identification of important aquacultral lish species. crucian carp. However. in future. additional populations and sampling sites will be necessary to complement weak points.