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- 저자 : 유희상 ( Hee Sang You ) (검색결과 2 건)
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Qualitative and Quantitative Analysis for Microbiome Data Matching between Objects
유희상,옥연정,이송희,이소립,이영주,이민호,현성희,You, Hee Sang,Ok, Yeon Jeong,Lee, Song Hee,Lee, So Lip,Lee, Young Ju,Lee, Min Ho,Hyun, Sung Hee Korean Society for Clinical Laboratory Science 2020 대한임상검사과학회지(KJCLS) Vol.52 No.3
미생물 연구에서 대량의 마이크로바이옴 데이터를 효율적으로 얻는 기술이 발전해왔지만, 마이크로바이옴 빅 데이터를 적절하게 분석하는 도구는 여전히 부족하다. 또한 빈약한 데이터베이스를 사용하여 미생물 군집을 분석하면 잘못된 결과를 초래할 수 있다. 따라서 본 연구는 대량의 미생물 데이터베이스 분석을 위한 적절한 방법을 설계하고자 하였다. 박테리아는 개인의 손끝과 개인 소지품(휴대 전화 및 랩탑 키보드)에서 수집되었다. 박테리아로부터 게놈 DNA를 추출하고 16S rRNA 유전자를 표적으로 하여 차세대 시퀀싱을 실시하였다. 손끝과 개인 소지품 간의 박테리아 매칭 비율의 정확성은 공식과 함께 환경 및 인간관련 데이터베이스를 사용하여 확인하였다. 적절한 분석을 설계하기 위해 다음 세가지 범주를 기준으로: 정성적 분석과 정량적 분석 비교, 성별에 관계없이 모든 참여자뿐만 아니라 동일 성별 참여자 내 비교, 환경(eDB) 및 인간 관련 데이터 베이스(hDB)를 이용하여 샘플간 비교하였다. 결과는 정성적 분석과 동일 성별 참가자 내에서의 비교 및 hDB의 사용이 비교적 정확한 결과를 제공하였다. 우리의 연구는 인간 유래 미생물을 사용하여 대량의 미생물학적 데이터를 포함하는 연구를 수행할 때 정확한 결과를 얻을 수 있는 분석 방법을 제공한다. Although technological advances have allowed the efficient collection of large amounts of microbiome data for microbiological studies, proper analysis tools for such big data are still lacking. Additionally, analyses of microbial communities using poor databases can lead to misleading results. Hence, this study aimed to design an appropriate method for the analysis of big microbial databases. Bacteria were collected from the fingertips and personal belongings (mobile phones and laptop keyboards) of individuals. The genomic DNA was extracted from these bacteria and subjected to next-generation sequencing by targeting the 16S rRNA gene. The accuracy of the bacterial matching percentage between the fingertips and personal belongings was verified using a formula and an environment-related and human-related database. To design appropriate analysis, the bacterial matching accuracy was calculated based on the following three categories: comparison between qualitative and quantitative analysis, comparisons within same-gender participants as well as all participants regardless of gender, and comparison between the use of a human-related bacterial database (hDB) and environment-related bacterial database (eDB). The results showed that qualitative analysis, comparisons within same-gender participants, and the use of hDB provided relatively accurate results. This study provides an analytical method to obtain accurate results when conducting studies involving big microbiological data using human-derived microorganisms.
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면봉시료에서 세균의 보존을 위한 최적 보관 온도와 채취 시약의 비교
이영주 ( Yeong Ju Lee ),유희상 ( Hee Sang You ),이송희 ( Song Hee Lee ),이소립 ( So Lip Lee ),이한 ( Han Lee ),성호중 ( Ho Joong Sung ),강희규 ( Hee Gyoo Kang ),현성희 ( Sung Hee Hyun ) 대한임상검사과학회 2021 대한임상검사과학회지(KJCLS) Vol.53 No.4
면봉을 사용한 샘플링 방법은 의학, 생태학, 생명공학, 법의 학 및 오염 정도 모니터링 시스템과 같은 다양한 연구 분야에서 유용하다. 샘플링에서 채취 시약은 중요한 요소 중 하나이다. 시료를 장기간 보관해야 하는 경우에는 시료 채취 키트와 시료 보관 온도가 매우 중요하다. 이 연구의 목적은 별도의 배지 없이, 세 가지 채취 시약과 세 가지 보관 온도가 살아있는 세균의 생균수에 미치는 영향을 확인하는 것이다. 대표적인 환경 세균으로 E. coli 와 S. aureus를 선정하였다. 증류수(DW), 멸균된 인산염 완충액(PBS), Tris-EDTA (TE) 버퍼를 채취 시약으로 사용하여 샘플링한 후, 22, 4, -70°C에서 보관을 진행했다. 각 채취 시약 및 보관 온도가 시료에 미치는 영향은 RLU와 CFU로 결과로 비교하였다. -70°C 보관 온도와 TE 버퍼를 사용할 때 CFU와 RLU 값은 다른 조건에서보다 일정하게 유지되는 경향이 보였다. 따라서 이 연구는 시료가 채취 직후 -70°C에서 보관되어야 하며, 채취 시약으로 TE 버퍼와 함께 사용하는 것이 좋다는 것을 시사한다. Swabs are useful and common sampling tools in various research fields, such as medicine, ecology, biotechnology, forensic medicine, and pollutant monitoring systems. Collection reagents are one of the essential components in sampling. It is important to develop a sample collection kit and designate an appropriate storage temperature because samples need to be stored for a long time. The purpose of this study was to identify the effects of three collection reagents and three storage temperatures on the recovery of living bacteria without media. We selected Escherichia coli and Staphylococcus aureus as representative environmental bacteria. Distilled water (DW), phosphate buffered saline (PBS), and Tris-EDTA (TE) buffer were used as collection reagents and stored at 22℃, 4℃, and -70℃ after sampling. The results of using each collection reagent and storage temperature on the bacteria were compared using relative light units (RLU) and the number of colony forming units (CFU). When using -70℃ storage temperature and the TE buffer, the number of living bacteria and the RLU values remained constant. It is therefore recommended that the sample be stored at -70℃ immediately after collection and a TE buffer solution be used as the collection reagent.
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