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Complete genome sequence of Salmonella Thompson strain MFDS1004024 isolated from crab-stick
박세욱,이우정,유란희,주인선,곽효선,김순한,Park, Sewook,Lee, Woojung,Yoo, Ran Hee,Joo, In-Sun,Kwak, Hyo Sun,Kim, Soon Han The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.2
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Thompson strain MFDS1004024 는 2014 년 한국에서 발생한 식중독 사고의 게맛살에서 분리되었다. 본 연구에서는 4,742,942 bp 의 크기와 약 52%의 G + C 함량을 가진 MFDS1004024 균주의 완전한 유전체 염기서열을 분석하였다. 이 유전체에는 4,373 개의 코딩 서열, 22 개의 리보솜 RNA 유전자 및 84 개의 전사 RNA 유전자가 존재한다. 또한 유전체 분석 결과를 통해 살모넬라 감염과 베타락탐계 항생제 내성에 관련이 있는 유전자를 발견하였다. Salmonella enterica subsp. enterica serovar Thompson strain MFDS1004024 was isolated from crab-stick in Korean food-borne outbreak in 2014. Here, we present the complete genome sequence of strain MFDS1004024 with a size of 4,742,942 bp and a mean G + C content of 52%. The genome included 4,373 coding sequences, and 22 ribosomal RNA and 84 transfer RNA genes. Also, we found that strain MFDS1004024 has some genes for Salmonella infection and beta-lactam resistance in its genome based on the result of genome analysis.
광범위한 항균활성을 보이는 토양 유래 Streptomyces 속 방선균의 분리 및 특성 연구
박세욱,배태옥,김승범,Park, Sewook,Bae, Taeok,Kim, Seung Bum 한국미생물학회 2012 미생물학회지 Vol.48 No.4
토양시료로부터 광범위한 항생작용을 보이는 방선균 3개 균주를 분리하여 그 특성을 조사하였다. 분리주의 16S rRNA 유전자 염기서열 비교 분석을 통해 3개 분리주는 모두 Streptomyces 속에 속하고, S. tanashiensis, S. nashivillensis 및 S. rubiginosohelvolus와 근연 관계에 있는 것으로 나타났으나 독립적인 계통을 형성하여 신종으로서의 가능성을 보여주었다. 항균활성 검정 결과 세 균주는 Bacillus subtilis, Staphylococcus aureus 등의 그람 양성세균, Salmonella typhi, Enterobacter cloacae, Serratia marcescens, Pseudomonas aeruginosa 등의 그람 음성 세균, 그리고 Candida tropicalis 및 Candida krusei 등의 진균류에 대해 각각 서로 다른 길항작용을 보였다. 또한 세 균주 간에는 생리학적 활성에도 차이가 나타나 각 균주가 서로 다른 항생물질을 분비할 가능성이 있음을 보여주었다. Three actinobacterial strains exhibiting broad spectrum antibiotic activities were isolated from soil, and characterized. Through the comparative analysis of 16S rRNA genes, the three isolates could be assigned to the genus Streptomyces, as S. tanashiensis, S. nashivillensis, and S. rubiginosohelvolus were found to be the mostly related species, but the strains formed independent phylogenetic lineage. Each strain exhibited different antimicrobial profile against Gram-positive bacteria Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus, Gram-negative bacteria Salmonella typhi, Enterobacter cloacae, Serratia marcescens, and Pseudomonas aeruginosa, and also fungi Candida tropicalis and Candida krusei. In addition to the antimicrobial profile, the strains also differed in API ZYM test results, which implies that the three strains might produce difference antimicrobial substances.
Draft genome sequence of Pseudoalteromonas sp. meg-B1 isolated from marine sediment
박수제,박세욱,Park, Soo-Je,Park, Sewook The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.3
Gammaproteobacteria에 속하는 Pseudoalteromonas sp. meg-B1을 제주도 해양 퇴적물로부터 분리하였다. 본 연구에서는 대략 4.15 Mb의 크기와 41.2%의 평균 G + C 함량을 가진 meg-B1 균주의 완전한 유전체를 보고한다. 유전체는 3,606개의 코딩 서열, 9개의 리보솜 RNA 및 94개의 전사 RNA 유전자가 존재하며, 한 개의 완전한 프로파지 영역이 발견되었다. 본 유전체는 해양환경에서 생존하기 위한 삼투화합성 용질합성과 관련된 유전자(예, choline dehydrogenase)들이 확인되었다. Pseudoalteromonas sp. meg-B1 belonging to Gammaproteobacteria was isolated from marine sediment in Jeju island. Here, we report the draft genome sequence of strain meg-B1 with a size of approximately 4.15 Mbp and a mean G + C content of 41.2%. The draft genome included 3,606 coding sequences, and 9 ribosomal RNA and 94 transfer RNA genes. In the draft genome, genes (e.g. choline dehydrogenase) involved in the accumulation of compatible solutes required for survival in marine environments have been identified.
Complete genome sequence of Salmonella Enteritidis MFDS1004839 isolated from food
이우정,박세욱,유란희,주인선,곽효선,김순한,Lee, Woojung,Park, Sewook,Yoo, Ran Hee,Joo, In-Sun,Kwak, Hyo Sun,Kim, Soon Han The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.2
본 연구에서는 2014년 국내에서 식중독 원인식품인 김밥으로부터 분리된 Salmonella Enteritidis의 유전체 분석을 수행하였다. Salmonella Enteritidis MFDS1004839는 한 개의 chromosome (4,679,649 bp)과 plasmid (96,994 bp)로 구성되어있고, 각각의 G + C contents는 52.2%와 49.3%로 확인되었다. chromosome와 plasmid DNA에 예측된 유전자의 총 수는 4,482개의 단백질 코딩유전자와 84개 tRNA, 그리고 22개의 rRNA였다. Salmonella enterica subsp. enterica is a foodborne pathogen that has been detected throughout the world. Here, we present the complete genome sequence of Salmonella Enteritidis isolated from a commercial kimbap that caused foodborne illness in the Republic of Korea in 2014. Complete genome sequence analysis of Salmonella Enteritidis MFDS1004839 revealed a 4,679,649 bp chromosome and a 96,994 bp plasmid, with G + C contents of 52.2% and 49.3%, respectively. The chromosome and plasmid genome included 4,482 predicted protein-coding sequences, 84 tRNAs and 22 rRNAs genes.