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Human Immunodeficiency Virus (HIV) 검출물 위한 초고속 이단계 PCR 진단법
이동우,김을환,유미선,김일욱,윤병수,Lee, Dong-Woo,Kim, Eul-Hwan,Yoo, Mi-Sun,Kim, Il-Uk,Yoon, Byoung-Su 한국미생물학회 2007 미생물학회지 Vol.43 No.4
For the detection of human immunodeficiency virus (HIV), ultra-rapid real-time PCR methods were developed. The target DNA sequences were used 495 bp HIV-1-specific env gene (gi_1184090) and 294 bp HIV-2-specific env gene (gi_1332355). Ultra-rapid real-time PCR was peformed by $Genspector^{TM}$ (Samsung, Korea) using microchip-based, $6\;{\mu}l$ of reaction volume with extremely short running time in only 2 steps (denaturation, annealing/extension) in each cycle of PCR. Total reaction for 30 cycled ultra-rapid PCR detection including melting temperature analysis was completed in 7 min and 30 sec. The HIV-1-specific 117 bp-long or HIV-2-spe-cific 119 bp-long PCR products were successfully amplified from the minimum of template, $2.3{\times}10^3$ copies of each euv gene using 30 cycled two-steps ultra-rapid PCR. This kind of ultra-rapid real-time PCR method would be useful not only for the rapid-detection of HIV, but also rapid-detection of other pathogens. 인간면역결핍바이러스(Human Immunodeficiency Virus; HIV) 진단을 위한 초고속 실시간 PCR법을 개발하였다. 검출 대상의 DNA 염기서열은 495염기 HIV-1 특이 env 유전자(gi_l184090)및 294염기 HIV-2 특이 env 유전자(gi_1332355)를 사용하였다. 초고속 실시간 PCR은 microchip에 $6\;{\mu}l$의 PCR 용액을 탑재하는 $Genspector^{TM}$ (Samsung, Korea)을 사용하였으며, PCR의 각 회전 중 단지 두 단계(denaturation, annealing/extension)를 극단적으로 짧은 시간을 주어 수행하게 하였다. 융점분석을 포함한 30회전의 PCR 검색 시간은 총7분30초 이내에 완료되었으며, HIV-1 특이 117염기와 HIV-2 특이 119염기의 PCR산물은 최소 $2.3{\times}10^3$개의 각 env 유전자로부터 30회전의 2단계 초고속 PCR에 의해 성공적으로 증폭시킬 수 있었다. 이러한 초고속 실시간 PCR법은 HIV의 빠른검색뿐 아니라, 다른 병원채의 빠른 검색에도 유용하계 적용될 수 있을 것이다.
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Israel Acute Paralysis Virus의 진단을 위한 Real-Time PCR 진단법의 개발
유미선(Mi-Sun Yoo),Kim Cuc Nguyen Thi,김동수(Dong-Soo Kim),김일욱(Il-Uk Kim),권순환(Sun-Hwan Kwon),윤병수(Byoung-Su Yoon) 한국양봉학회 2009 韓國養蜂學會誌 Vol.24 No.1
Israel acute paralysis virus (IAPV) was reported as one of fatal viral pathogens cause colony collapse disorder (CCD). For the quantitative detection of IAPV which are infected in honeybee, a real-time reverse transcription PCR (RT-RT-PCR) technique was developed. A specific detection primer set (IAPV-162PF/ R) was designed and evaluated. The unique 162bp DNA fragment was quantitatively amplified using specific primer pairs. In the real-time PCR assays with serially diluted template and artificially contaminated tem-plate, the specific RT-RT-PCR showed high sensitivities which were able to detect each 101 copies in the both standard assays. IAPV could be detected by using this newly developed real-time PCR, which would be an accurate tool for quantitative detection of IAPV. The described IAPV-RT-RTPCR would be useful for the control and the prevention of IAPV as far as CCD in honeybees.
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