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      • KCI등재

        유전자군 분석의 방법론과 응용

        이태원,Lee, Tae-Won,Delongchamp, Robert R. 한국통계학회 2012 응용통계연구 Vol.25 No.2

        In microarray data analysis, recent efforts have focused on the discovery of gene sets from a pathway or functional categories such as Gene Ontology terms(GO terms) rather than on individual gene function for its direct interpretation of genome-wide expression data. We introduce a meta-analysis method that combines $p$-values for changes of each gene in the group. The method measures the significance of overall treatment-induced change in a gene group. An application of the method to a real data demonstrates that it has benefits over other statistical methods such as Fisher's exact test and permutation methods. The method is implemented in a SAS program and it is available on the author's homepage(http://cafe.daum.net/go.analysis). 마이크로어레이 분석은 특이 발현하는 개별적인 유전자보다 유전자 온톨로지(Gene Ontology)와 같이 기능적 분류나 생물학적 경로(pathway)와 관련된 유전자군을 찾아내는 것이 그 해석의 용이성 때문에 최근 더욱 많은 연구가 진행되고 있다. 약물 처리에 의한 생물학적 반응을 연구할 때, 한 유전자군에 속하는 유전자들 각각의 특이 발현 여부의 유의성을 나타내는 $p$-value들을 취합하여 그 유전자군의 유의성을 결정하는 통계 검증 방법을 본 논문에서 소개하였다. 본 논문에 제시된 유전자군 분석(Gene group analysis) 방법은 Fisher's exact test나 permutation test와 같은 기존의 대표적인 방법들보다 더 정확하고 적용범위가 넓음을 실재 생물학 실험 자료의 분석을 통해 보였다. 제시된 유전자군 분석 방법은 SAS 프로그램으로 구현되었고 저자의 홈페이지(http://cafe.daum.net/go.analysis)에서 내려 받아 사용할 수 있다.

      • KCI등재

        새만금 방조제 물막이 완공 후인 2006-2007년 새만금호 어류 종조성의 변화

        이태원,황학빈,황선완,Lee, Tae-Won,Hwang, Hak-Bin,Hwang, Sun-Wan 한국해양학회 2007 바다 Vol.12 No.3

        새만금 방조제 4공구 물막이 완공 후인 2006년 4월부터 2007년 2월 사이 새만금호에서 계절별로 otter trawl로 어류를 채집하여 어류 종조성의 계절변동을 분석하고 물막이 공사 중인 2001-2002년의 자료와 비교하였다. 조사기간 중 총 35종, 8,960 마리, 53,084.4 g의 어류가 채집되었으며, 기수 및 내만어종인 전어(Konosirus punctatus), 풀망둑(Synechogobius hasta)과 돛양태(Repomucenus lunatus), 회유종인 멸치(Engraulis japonicus)와 삼치(Scomberomorus niphonius)가 우점하여 이 5종이 전체 개체수의 95%를 차지하였다. 출현종수와 채집량은 서해의 다른 연안역에서와 같이 봄과 가을에는 주거종이 주를 이루었다. 여름에는 회유종이 대량 출현하여 출현종수와 채집량이 가장 높았으며, 겨울에는 2종만이 채집되었고 생체량도 가장 낮았다. 물막이 공사 후 기수 및 내만성인 전어의 양이 크게 증가 하였고, 일시적으로 새만금호에 몰려온 멸치나 삼치와 같은 외해 부어류들이 좁아진 새만금호 해수역에 밀집되어 otter trawl에 일시적으로 대량 채집되어 소수종의 우점도가 높아졌다. 물막이 공사 이전 대량 채집되었던 주둥치 (Leiognathus nuchalis), 젓뱅어(Neosalanx jordani), 쉬쉬망둑(Chaeturichthys stigmatias) 등은 거의 채집되지 않았다. 어류 밀도는 물막이 공사 중인 2001-2002년에는 $1,149\;inds./10,000m^2,\;12,644g/10,000m^2$에 비하여, 물막이 공사 후인 2006-2007년에는 $7,467\;inds./10,000m^2,\;44,237g/10,000m^2$로, 개체수밀도는 6배 이상, 생체량 밀도는 3배 이상 높았다. 연간 종풍도지수(R)와 종다양성지수(H')는 2001-2002년에 R=0.0160, H'=2.47에 비하여 2006-2007년에는 R=0.0038, H'=1.11로 낮아졌다. 물막이 공사 후 새만금호의 해수역이 줄어들고 수질이 변하면서 어류 서식에 부적합한 환경이 조성되어 종풍도 지수와 종다양성지수가 낮아지고, 소수 기회종의 우점도가 높아진 것으로 보인다. Seasonal variation in species composition of fish in the Saemangeum Reservoir was determined using seasonal samples collected by an otter trawl from April 2006 to February 2007 after the dike construction, and compared with the data obtained during the dike construction in 2001-2002. A total of 35 species, 8,960 individuals and 53,084.4 g of fish were collected during the study. Of the fish collected, brackish and coastal fishes such as Konosirus punctatus, Synechogobius hasta and Repomucenus lunatus, and migrant fishes such as Engraulis japonicus and Scomberomorus niphonius predominated in abundance accounting for 95% in the total number of individuals. Fish species composition and abundance showed a similar seasonal trend to those in the other western coastal waters of Korea. The resident species were mainly collected in spring and in autumn. The number of species and biomass were high in summer by the large amount of catch of migrating species. Catch was low in winter and only 2 species were collected. A brackish and coastal fish, K. punctatus and two migrant fishes, E. japonicus and S. niphonius were abundantly collected after the dike construction. However, the dominant fishes during the dike construction such as Leiognathus nuchalis, Neosalanx jordani and Chaeturichthys stigmatias were rarely collected. Fish density was $1,149\;inds./10,000m^2\;and\;12,644g/10,000m^2$ during the dike construction, and increased 6 times in the number of individuals ($7,467\;inds./10,000m^2$) and 3 times in biomass ($44,237g/10,000m^2$) after the dike construction. Annual species richness (R) and species diversity (H') decreased from R=0.0160 and H'=2.47 during the dike construction in 2001-2002 to R=0.0038 and H'=1.11 after dike construction in 2006-2006, respectively. These changes seemed to be related to the reduction of the saline area and degradation of water quality in Semangeum Reservoir after the dike construction.

      • KCI등재

        시화호 수질 악화에 따른 시화호와 주변 해역 어류의 종조성 변화

        이태원,문형태,허성회,Lee, Tae-Won,Moon, Hyung-Tae,Huh, Sung-Hoi 한국해양학회 1997 바다 Vol.2 No.2

        Changes of fish species composition were analyzed using seasonal samples collected from Lake Shihwa and adjacent coastal water from October 1995 to August 1996. Pelagic clupeids, Cynoglossus joyneri and Johnius belengerii predominated in abundance in the adjacent coastal water. In the lake, clupeids, gobies and freshwater Carassius carassius were collected in autumn. The clupeids, unable to overwinter in the open water, disappeared after winter. The gobies and C. carassius were also disappeared in spring except a few number of Acanthogobius hasta. A large number of Tridentiger trigonocephalus and Eleotris oxycephala were collected in summer, supposed to move into the lake during the exchange of water in lake and sea water. However, they were all died in the middle of August. The concentration of ammonium-nitrogen was higher than 2 mg/l, which was higher than 50% lethal concentraton in other fishes. Increase in temperature and pH in spring may elevate the toxicity of ammonium to fish. We discussed the effect of the other factors of the polluted water in the lake on the disappearance of fish. 시화호가 건설 된 후인 1995년 10월에서 1996년 8월 사이 시화호 내부와 외부에서 계절 별로 어류를 채집하여, 출현종의 조성 변화를 분석하고 내부의 수질이 어류에 미치는 영향을 고찰하였다. 호수 외부에서는 청어목 어류 및 참서대와 민태가 우점하여 인접 해역과 유사한 경향을 보였다. 호수 내에서는 가을에 연안성 부어류, 망둑어류 및 민불어류인 붕어가 채집되었으나, 겨울이 지난 후 외해에서 월동하여야 하는 부어류들은 채집되지 않았고, 망둑어류와 붕어도 숫적으로 감소하였다. 봄이 되어 소수 풀망둑을 제외한 어류는 채집되지 않았고, 여름에는 해수와 호수물 교환 과정에서 들어 온 두둘망둑과 구굴무치가 대량 출현하였으나 8월 중순 폐사하였다. 1996년 3월 이후 암모늄 농도는 다른 어류에서 관찰된 반치사농도보다 높았으며, 수온과 pH의 상승으로 암모니아의 어류에 대한 독성이 강하여지고 다른 요인들과 복합적으로 작용하여 어류들이 폐사한 것으로 보인다.

      • 천수만 전어(Konosirus punctctus)의 연령조성과 번식기

        이태원,Lee, Tae-Won 한국해양학회 1983 韓國海洋學會誌 Vol.18 No.2

        Age composition and reproductive period o the shad, Konosirus punctatus, in Cheonsu Bay were determined though analysis of sizi, ane and maturity of fish. Sampses were collected with trap in the bay mouth from May, 1981 to December, 1982. Shads start entering the bay for feeding and spawning in spring when water temperature exceeds 8$^{\circ}C$. They stay in inner part of the bay in summer nad move out to sea in autumn before water trmperature decreasea to 8$^{\circ}C$. Fish grows very rapidly during first summer after birth. Mean lengthes of 1-4 year old fishes were 12.2cm, 15.8cm, 17.6cm and 20.9cm, respectively. The largest and oldrst fish pbserved was 22.0cm long with age 4. Shads of Cheonsu Bay reach maturity at 2 years old at the size greater then 14cm. Data on size and age at first maturityindicate thzt maturity of shad depends on size and not on age. Spawning occurs from late April to late May when water temperature is between 8$^{\circ}C$ and 15$^{\circ}C$.

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