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      • Proteomics in chronic obstructive pulmonary disease

        Sabrina Shafi Zinia 강원대학교 대학원 2024 국내석사

        RANK : 247375

        Background: Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is a chronic inflammatory respiratory disease that causes persistent and progressive airflow limitation. This complex mechanism can be elucidated with proteomics which provides a powerful tool for discovering biomarkers. Therefore, our study aimed to identify the potential protein markers related to COPD and lung functions. Methods: Plasma samples were collected from 318 COPD and 168 healthy controls in the COPD in Dusty Areas (CODA) cohort who underwent spirometry and quantitative computed tomography. The plasma proteomic profiling was carried out using LC-MS/MS analysis with a relative analysis method SWATH acquisition. Also, linear regression analysis was used to observe the association of protein with respiratory function (FEV1, Ratio, Emphysema Index). The averages of the proteomics between the COPD and non-COPD groups were compared and analyzed after adjusting for age, sex, and smoking status. Here, the statistical analyses were performed using R Statistical Software. Results: Among 175 measured proteins, identified 6 proteins significantly deferred between COPD and control groups after adjusting age, sex, and smoking; including Afamin, Apolipoprotein F, C4b-binding protein alpha chain, C-reactive protein, Neural cell adhesion molecule 1, REVERSED Fanconi anemia group J protein. Additionally, by linear regression, CRP and FANCJ proteins showed an association with COPD and pulmonary functions as well. Conclusions: We identified protein markers specifically 6 proteins in the plasma of COPD and controls. Among these 2 proteins also showed an association with both COPD and lung functions.  Keywords Chronic Obstructive Pulmonary Disease, Proteomics, Protein Markers, Respiratory Functions, CODA Cohort 배경: 만성 폐쇄성 폐질환(COPD)은 지속적이고 진행성인 기도 통로 제한을 유발하는 만성 염증성 호흡기 질환입니다. 이 복잡한 메커니즘은 바이오마커을 발견하는 강력한 도구인 프로테오믹스를 통해 명확하게 할 수 있습니다. 따라서 본 연구는 COPD와 폐기능과 관련된 잠재적 단백질 마커를 식별하는 데 목표를 두었습니다. 방법: COPD in Dusty Areas (CODA) 코호트에서 폐기능검사 및 정량적 컴퓨터화 단층촬영을 받은 318명의 COPD 환자와 168명의 건강한 통제군에서 혈장 샘플을 수집했습니다. 혈장 프로테오믹 프로파일링은 LC-MS/MS 분석 및 상대 분석 방법 SWATH 획득을 사용하여 수행되었습니다. 또한 선형 회귀 분석을 사용하여 단백질과 호흡기 기능 (FEV1, 비율, 폐기능지수) 간의 관련성을 관찰했습니다. COPD 및 비-COPD 그룹 간의 프로테오믹 평균은 나이, 성별 및 흡연 상태를 조절한 후에 비교 및 분석되었습니다. 여기서 통계 분석은 R 통계 소프트웨어를 사용하여 수행되었습니다. 결과: 측정된 175개 단백질 중 6개의 단백질이 COPD와 통제 그룹 간에 나이, 성별 및 흡연을 조절한 후에 유의하게 차이 나는 것으로 확인되었습니다. 이 중 Afamin, Apolipoprotein F, C4b-binding protein alpha chain, C-reactive protein, Neural cell adhesion molecule 1, REVERSED Fanconi anemia group J protein이 포함되었습니다. 또한 선형 회귀 분석에 따르면 CRP 및 FANCJ 단백질은 COPD 및 폐기능과 관련이 있음을 보여주었습니다. 결론: 우리는 COPD 및 통제군의 혈장에서 특히 6개의 단백질 마커를 확인했습니다. 이 중 2개의 단백질은 COPD와 폐기능 모두와 관련이 있는 것으로 나타났습니다.  키워드 만성 폐쇄성 폐질환, 단백질체학, 단백질 마커, 호흡 기능, CODA 코호트

      • Diels-Alder 클릭 반응을 이용한 Diselenide 가교 구조를 가지는 고분자 마이셀의 합성 및 특성 연구

        Sabrina Aufar Salma 부경대학교 2018 국내석사

        RANK : 247359

        공유 결합은 미셀 코어의 안정성을 향상시키는 방법 중 하나이다. 클릭 화학은 폴리머 변형에 광범위하게 적용되어 공유 가교 결합에 대한 신뢰할만한 전략이되었습니다. 이 연구에서 우리는 poly (ethylene oxide) -b-poly (furfuryl methacrylate) (PEO-b-PFMA)를 기반으로 한 자극 및 빛 반응 코어 가교 미셀의 합성과 특성을보고했다. 양친 매성 블록 공중 합체는 단일 전자 이동 리빙 라디칼 중합 (SET-LRP)을 통해 합성되었다. Diels-Alder 클릭 반응을 사용하여 촉매없이 diselenide 함유 가교제를 사용하여 코어 가교 미셀을 형성 하였다. 환원 - 산화 조건 및 근적외선 노출 하에서의 코어 가교 미셀의 안정성이 본 연구에서 연구되었다. The covalent crosslinking is one of the methods to enhance the stability of micellar core. Click chemistry became a reliable strategy for covalent crosslinking due to the wide application of the polymeric modification. In this work, we reported the synthesis and characterization of stimuli and light responsive core-crosslinked micelles based on poly-(ethylene oxide)-b-poly (furfuryl methacrylate) (PEO-b-PFMA). The amphiphilic block copolymers were synthesized via single electron transfer living radical polymerization (SET-LRP). Diels-Alder click type reaction was employed to form core-crosslinked micelles using a diselenide-containing crosslinker without any catalyst. The stability of core-crosslinked micelles under the reductive-oxidative condition and near infrared exposure was investigated in this work.

      • Molecular characterization of virulence markers, antimicrobial resistance properties and integron gene cassettes in Aeromonas spp. isolated from popular ornamental fish species in Korea

        Sabrina, Hossain 충북대학교 2019 국내박사

        RANK : 247359

        수중에 존재하는 조건성 병원균인 에로모나스균(Aeromonas spp.)은 관상용 어류에 있어서 여러 질병과 관련된 세균으로 알려져 있다. 본 연구에서는 국내에서 사육되는 금붕어, 제브라 피쉬와 구피 3종의 관상어류로부터 분리 된 총 160 개의 에로모나스균을 대상으로 이들 균주의 병원성 및 항생제 내성 인자에 대하여 분자 생물학적 특성에 관해 연구하였다. 금붕어로부터 분리된 65균주를 gyrB 시퀀싱을 이용하여 A. hydrophila (n = 30), A. veronii (n = 32) 그리고 A. caviae (n = 3)을 동정하였으며, 이들 균종은 계통 발생적으로 별개의 군집을 형성하고 있음을 확인하였다. 또한 표현형 병원성 인자인 DNase, lipase, gelatinase, caseinase, biofilm 및 β-hemolysis가 54 (83.08 %), 47 (72.31 %), 33 (50.08 %), 32 (49.23 %), 29 (44.62 %) 및 28 (43.08 %)의 균주로부터 검출되었다. 병원성 유전자는 분리 균주로부터 다음 비율로 중합효소연쇄 반응 (PCR) 분석에 의해 검출되었다; aer (87.69%), ahyB (86.15%), fla (83.08%), ascV (67.69%), ser (67.69%), act (66.15%), ast (61.54%), alt (56.92%), gcaT (53.85%), 및 lip (49.23%). 항생제 감수성 검사에서 아목시실린 (100.00%), 날리딕신산 (100.00%), 암피실린 (98.46%), 테트라사이클린 (92.31%), 리팜피신 (86.15%), 세팔로틴 (61.54%)이 대부분의 분리 균주에 있어서 저항성이 있었으며, 그 밖의 분리 균주는 여러 항균제에 저항성을 나타내었으며 (항생제 ≤3등급에 내성), 다중 항균제내성지수 (MAR)는 0.22 ~ 0.56이었다. 또한 분리 균주에서 항생제 내성 유전자인qnrS (73.85%), qnrB (26.15%), aac(6’)-Ib-cr (4.60%), tetA (16.92%), tetE (21.54%), aac(6’)-Ib (29.23%) 및 aphAI-IAB (7.69%)이 발견되었다. IntI 유전자는 64.62 %의 균주에서 발견되었으며, 4개의 class 1 integron gene cassette profile (불완전 dfrA1, catB3-aadA1, dfrA1-orfC 및 qacE2-orfD)이 확인되었다. 제브라 피쉬에서는 A. veronii biovar veronii (n=26), A. veronii biovar sobria (n=3), Aeromonas hydrophila (n=8), A. caviae (n=3), A. enteropelogenes (n=2) 및 A. dhakensis (n=1)의 43균주가 분리, 동정되었으며, 이들 균종은 계통 발생적으로 별개의 군집을 형성하고 있음을 확인하였다. Lipase, biofilm, DNase, gelatinase, caseinase 및 β-hemolysis가 34 (79.07%), 33 (74.74%), 30 (69.77%), 25 (58.14%), 22 (51.18%) 및 21 (48.84%) 균주로부터 검출되었다. 병원성 유전자는 각 균주로부터 다음과 같은 비율로 검출되었다; aer (86.05%), hlyA (83.72%), gcaT (83.72%), lip (72.09%), act (67.44%), fla (65.12%), ascV (58.14%), ast (55.81%), ser (41.86%), ahyB (39.53%) 및 alt (25.58%). 항생제 감수성 검사에서는 아목시실린 (100.00%), 날리딕신 산 (100.00%), 옥시테트라사이클린 (100.00%), 암피실린 (93.02%), 테트라사이클린 (74.42%), 리팜피신 (67.44%) 및 이미페넴 (65.15%)이 대부분의 분리 균주에서 저항성을 나타내었으며, 모든 분리 균주는 한 개 이상의 항균제에 대해 내성을 나타내었다 (항생제 ≤ 3 등급에 내성). 그리고 다중 항균제 내성지수 (MAR)는 0.22 ~ 0.50이었다. 또한 이들 균주로부터 다음과 같은 항생제 내성 유전자tetA (67.44%), qnrS (53.49%), tetB (30.23%), tetE (30.23%), qnrB (23.26%) 및 aac(6’)-Ib-cr (4.65%)가 검출되었다. Class 1 integrase (IntI1) 유전자가 46.51 %의 균주에서 발견되었으며, 두 가지 유형의 class 1 integron gene cassette profile (qacG-aadA6-qacG 및 drfA1)이 확인되었다. 구피에서 분리된 52균주는 각각 A. veronii (n=34), A. dhakensis (n=10), A. hydrophila (n=3), A. caviae (n=3) and A. enteropelogenes (n=2)로 동정되었다. 표현형 병원성 유전자인 β-hemolysis, biofilm, caseinase, DNase, gelatinase 및 lipase가 28 (53.85%), 33 (63.46%), 28 (53.85%), 42 (80.77%), 37 (71.15%) 및 42 (80.77%)의 비율로 분리균주에서 검출되었다. 또한 병원성 유전자도 다음 비율로 분리균주로부터 검출되었다; act (84.61%), hly (80.77%), aer (73.08%), lip (73.08%), gcaT (73.08%), ascV (53.83%), ahyB (53.83%) fla (51.92%), alt (48.07%), ast (36.54%) 및 ser (34.62%). 항생제 감수성 시험에 있어서 아목시실린, 날리딕산 및 옥시테트라사이클린에 대한 내성은 모든 균주 (100%)에서 나타났으며, 분리 균주의 92.30%, 76.92%, 71.15%, 51.92%, 51.92% 및 50.00%가 각각 암피실린, 리팜피신, 이미페넴, 세팔로틴, 테트라사이클린 및 트리메소프림에 대해 저항성을 나타내었으며, 모든 분리 균주는 한 개 이상의 항균제에 대해 저항성을 보였다 (항생제 ≤ 3 등급에 내성). 그리고 분리 균주의 다중 항균제 내성지수 (MAR)는 0.22 ~ 0.67이었다. 또한 분리 균주에서 항생제 내성 유전자tetA (65.39%), qnrS (26.92%), tetE (25.00%) and tetB (15.38%), qnrB (17.31%), aphaAI-IAB (7.69%) 및 aac(6’)-Ib (3.84%)이 검출되었다. 또한 IntI 유전자도 분리 균주의 36.54%에서 검출되었고, 4종의 class 1 integron gene cassette profile (aadA2, qacE2-orfD, aadA2-catB2 및 dfrA12-aadA2)이 확인되었다. 상기의 결과로부터 국내에서 판매 사육되고 있는 금붕어와 같은 관상용 어류가 병원성이 있고, 여러 항균제에 내성을 갖는 Aeromonas spp.의 보균체 (reservoir) 역할을 하고 있음이 판명되었으며, 또한 이들 균주가 다양한 병원성 및 항균제 내성 유전자 뿐만 아니라 class 1 integron gene cassette 를 포함하고 있음을 밝혀 냈다. Aeromonas spp. are opportunistic pathogenic bacteria associated with a multitude of diseases in ornamental fish. In this study, a total of 160 aeromonads were studied which were isolated from popular ornamental fish species including goldfish, zebrafish and guppy in Korea. The goldfish-borne isolates were identified as A. hydrophila (n = 30), A. veronii (n = 32) and A. caviae (n = 3) by gyrB gene sequencing and each of the species formed distinct clusters in the neighbor-joining phylogenetic tree. The phenotypic virulence factors such as DNase, lipase, gelatinase, caseinase, biofilm and β-hemolysis activity were observed in 54 (83.08%), 47 (72.31%), 33 (50.08%), 32 (49.23%), 29 (44.62%) and 28 (43.08%) isolates. The virulence-related genes were detected by polymerase chain reaction (PCR) assay in the following proportions: aer (87.69%), ahyB (86.15%), fla (83.08%), ascV (67.69%), ser (67.69%), act (66.15%), ast (61.54%), alt (56.92%), gcaT (53.85%), and lip (49.23%). In antimicrobial susceptibility testing, most of the isolates were resistant to amoxicillin (100.00%), nalidixic acid (100.00%), ampicillin (98.46%), tetracycline (92.31%), rifampicin (86.15%), and cephalothin (61.54%) and each of the isolates showed multiple antimicrobial resistance phenotype (resistant to ≤ 3 classes of antimicrobials). The multiple antimicrobial resistance (MAR) index values ranged from 0.22-0.56. The antimicrobial resistance genes, qnrS (73.85%) qnrB (26.15%), aac(6’)-Ib-cr (4.60%), tetA (16.92%), tetE (21.54%), aac(6’)-Ib (29.23%) and aphAI-IAB (7.69%) were detected among the isolates. The IntI gene was found in 64.62% isolates, and four class 1 integron gene cassette profiles (incomplete dfrA1, catB3-aadA1, dfrA1-orfC, and qacE2-orfD) were identified. The A. veronii biovar veronii (n=26), A. veronii biovar sobria (n=3), Aeromonas hydrophila (n=8), A. caviae (n=3), A. enteropelogenes (n=2) and A. dhakensis ( n=1) were isolated from zebrafish and each species formed a distinct group in a neighbor-joining phylogenetic tree. The lipase production, biofilm formation, DNase activity, gelatinase production, caseinase production and β-hemolysis were phenotypically observed in 34 (79.07%), 33 (74.74%), 30 (69.77%), 25 (58.14%), 22 (51.18%) and 21 (48.84%) isolates. The virulence genes were detected in following frequencies- aer (86.05%), hlyA (83.72%), gcaT (83.72%), lip (72.09%), act (67.44%), fla (65.12%), ascV (58.14%), ast (55.81%), ser (41.86%), ahyB (39.53%) and alt (25.58%). The isolates were resistant to amoxicillin (100.00%), nalidixic acid (100.00%), oxytetracycline (100.00%), ampicillin (93.02%), tetracycline (74.42%), rifampicin (67.44%) and imipenem (65.15%), and every isolate displayed multi-drug resistance (resistant to ≤ 3 classes of antimicrobials). The multiple antimicrobial resistance (MAR) index values ranged from 0.22-0.50 among the isolates. The tetA (67.44%), qnrS (53.49%), tetB (30.23%), tetE (30.23%), qnrB (23.26%) and aac(6’)-Ib-cr (4.65%) genes were detected. Class 1 integrase (IntI1) gene was found in 46.51% of the isolates and two types of class 1 integron gene cassette profiles (qacG-aadA6-qacG and drfA1) were identified. The guppy-borne isolates were identified as A. veronii (n=34), A. dhakensis (n=10), A. hydrophila (n=3), A. caviae (n=3) and A. enteropelogenes (n=2). The phenotypic virulence factors such as β-hemolysis, biofilm, caseinase, DNase, gelatinase and lipase formation were observed in 28 (53.85%), 33 (63.46%), 28 (53.85%), 42 (80.77%), 37 (71.15%) and 42 (80.77%) isolates. The virulence genes such as act (84.61%), hly (80.77%), aer (73.08%), lip (73.08%), gcaT (73.08%), ascV (53.83%), ahyB (53.83%) fla (51.92%), alt (48.07%), ast (36.54%) and ser (34.62%) were detected, respectively. The resistance to amoxicillin, nalidixic acid and oxytetracycline was 100% among the tested isolates. 92.30%, 76.92%, 71.15%, 51.92%, 51.92% and 50.00% of the isolates were resistant to ampicillin, rifampicin, imipenem, cephalothin, tetracycline and trimethoprim, respectively and every isolate displayed multi-drug resistance (resistant to ≤ 3 classes of antimicrobials). The multiple antimicrobial resistance (MAR) index values ranged from 0.28 to 0.67 among the isolates. The occurrence of tetA (65.39%), qnrS (26.92%), tetE (25.00%) and tetB (15.38%), qnrB (17.31%), aphaAI-IAB (7.69%) and aac(6’)-Ib (3.84%) were observed in the isolates. The IntI gene was positive for 36.54% of the isolates and four class 1 integron gene cassette profiles (aadA2, qacE2-orfD, aadA2-catB2 and dfrA12-aadA2) were identified. These data suggest that ornamental fish can serve as a reservoir of virulent multi-drug resistant Aeromonas spp. which comprise different virulent and antimicrobial resistance genes as well as class 1 integron gene cassettes.

      • The Good Governance of the National Petroleum : The Norwegian Model

        Benghida, Sabrina 부경대학교 대학원 2016 국내석사

        RANK : 247359

        한 국가가 석유나 천연가스, 그 외 가치 있는 천연자원을 보유하고 있다고 해도 이 사실이 반드시 해당 국가가 고도 경제 성장을 이루고 있음을 의미하지는 않는다. 오히려 많은 국가들에서 천연 자원은 경제 발전에 부정적인 영향을 미쳐 왔다. 그러나 비슷한 자원을 보유한 국가들이 여전히 경제적으로 어려움에 처해 있는 반면, 노르웨이는 천연자원을 활용해 단기간 내에 큰 경제적 성과를 거둬냈다. 왜 일부 아프리카 국가들은 풍부한 석유와 기타 천연자원을 보유하고도 낮은 삶의 질과 국민 소득 수준에 머물러 있는 것일까? 이에 반해 수출 가능한 천연자원을 전혀 보유하고 있지 않음에도 불구하고 높은 삶의 수준에 도달한 국가들도 있다. 국가의 천연자원 보유량과 경제 성장 간에는 직접적인 연관성이 없다는 점이 명백하다. 본 논문에서는 개발도상국들의 ‘자원의 저주(resource curse)’에 작용하는 지정학적 배경과 노르웨이의 석유 자원 관리 방식을 다루며, 이러한 모델이 다른 국가들에도 적용 가능한지, 그리고 서구와 개발도상국 간의 협력이 어떤 식으로 이러한 ‘자원의 저주’에서 벗어나는 데 기여할 수 있는지에 대해서도 논의한다.

      • Development of the Solid Waste Management System in Jamaica : Lessons Learnt from Evaluating the Korean Waste Fee System

        Sabrina Petula Morant 서울시립대학교 2017 국내석사

        RANK : 247359

        고체폐기물 관리는 전세계적 주요 이슈다. 이는 개발도상국, 특히 환경과 공공보건의 우선순위가 낮은 자메이카에서 특히 문제가 된다. 자메이카의 고체폐기물 분야는 적절한 인프라의 부족, 적절한 일정과 효율적 수거의 부족, 불법폐기, 낮은 환경의 질의 문제로 인해 어려움을 겪고 있다. 자메이카에서 고체폐기물 산업 분야의 난제 관리는 심각한 문제다. 국가 고체폐기물 관리당국이 예산, 관료주의, 인적자원, 기술 관련 제약을 갖기 때문이다. 폐기물 관리 서비스 비용의 부동산세 납부 방식은 폐기물 관리당국이 제공하는 다른 서비스로 인하 운영 세수, 정부 보조금, 자본예산을 통해 배정되는 자금의 제한이 있으므로 적절하지 않은 것으로 나타났다. 본 연구에서는 한국의 종량제와 자메이카의 고정요율모델에 대한 문헌검토, 인터뷰, 집단토의에 대한 정량적 분석을 통해 자메이카의 종량제 이행 실현가능성을 평가했다. 본 보고서에서는 자메이카와 한국의 고체폐기물 관리정책 격차를 평가해 현재 고정요율제나 폐기물 관리 서비스 운영을 유지하기 위해 부동산세의 일부를 사용하는 자메이카와 같은 개발도상국의 종량제 시행 가능성을 알아보고자 했다. 분석은 이와 같은 시스템의 이행을 둘러싼 사회적, 경제적, 환경적, 정치적 이슈들에 초점을 두었다. 분석 결과에 따르면 정책으로서의 종량제는 한국에서 재활용 활동을 확대하고, 폐기물을 최소화하고, 전반적인 환경 인식과 환경의 질을 개선한 것으로 나타났다. 종량제는 폐기물 최소화, 폐기자의 분리수거, 재활용, 적절한 인프라 등 지속가능한 폐기물 관리 관행에 방향을 맞추고 있다. 이와 같은 시스템은 정치적 타성, 문화적 차이점, 취약한 입법 프레임웍, 현행 규정 시행의 부족 등의 문제를 겪고 있는 자메이카의 적절한 폐기물 관리 관행을 촉진하는 데 있어 필수적일 수 있다. 본 연구는 자메이카의 지방정부당국이 인프라 개발, 토지사용 관리, 환경 안전성, 공동체 참여에 대한 종합적 정책을 이행할 것을 권고한다. 본 연구는 또한 지속가능한 고체폐기물 관리를 향한 장기적 태도 변화를 위한 일관적인 대중교육 캠페인을 시행할 필요성이 있음을 시사한다. 이 때 대중교육 캠페인은 종량제 시행을 고려하기 전에 도시지역과 농촌지역의 필요에 부합하도록 시행되어야 한다. Solid Waste management is a major issue in developing countries such as Jamaica as low priority is placed on environmental and public health. The problems affecting significantly the solid waste management in Jamaica include: lack of proper infrastructure, lack of proper scheduling and efficient collection, illegal dumping, and poor environmental quality. Managing the challenges in the waste management sector is an issue in the country as the National Solid Waste Management Authority has budgetary, bureaucratic, human resource, and technical restraints. Jamaica uses the proceeds from the property tax as the method of payment for waste management services (i.e. the Flat Rate Model approach). The services system is not sustainable due to the limitation of the funds allocated through capital budgets, government subsidy, and operational revenue from other services offered by the waste management authority. The purpose of this qualitative research was to analyse the viability of utilising the Volume Based Waste Fee System in Jamaica. The study used (1) content analysis of documentary review, (2) in-depth interviews, and (3) a focus group discussion. The intent of the study was to compare and evaluate the applicability of the Korean Volume Based Waste Fee System (VBWFS) and the Flat Rate Model used in Jamaica while assessing the viability of the VBWFS for implementation in Jamaica. The study reviewed the solid waste management policies in Jamaica and South Korea for gaps and applicability of the VBWFS to a developing country such as Jamaica that uses the flat rate or portions of the revenue received from property taxes to maintain the operations for waste management services. The analysis focused on the social, economic, environmental, and political issues surrounding the implementation of such system. The study’s findings suggested that the VBWFS as a policy instrument has managed to increase recycling activities, minimising waste, and improving environmental awareness and quality in South Korea. The VBWFS is geared towards sustainable waste management practices such as minimisation of waste, separation at source, recycling and proper infrastructure. The system might be pivotal to encourage proper waste management practices in Jamaica as they are challenged by political inertia, cultural differences, weak legislative framework, and lack of enforcement of current regulations. The study recommends that the Jamaican local government authorities can implement a comprehensive policy for infrastructure development, land use management, environmental safety, and community participation. The policy should be consistent with public education campaigns that will take into consideration the specific solid waste management needs of the urban, sub-urban and rural areas before considering the implementation of the VBWFS.

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