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Web-based design and analysis tools for CRISPR base editing
Hwang, Gue-Ho,Park, Jeongbin,Lim, Kayeong,Kim, Sunghyun,Yu, Jihyeon,Yu, Eunchong,Kim, Sang-Tae,Eils, Roland,Kim, Jin-Soo,Bae, Sangsu BioMed Central 2018 BMC bioinformatics Vol.19 No.1
<P><B>Background</B></P><P>As a result of its simplicity and high efficiency, the CRISPR-Cas system has been widely used as a genome editing tool. Recently, CRISPR base editors, which consist of deactivated Cas9 (dCas9) or Cas9 nickase (nCas9) linked with a cytidine or a guanine deaminase, have been developed. Base editing tools will be very useful for gene correction because they can produce highly specific DNA substitutions without the introduction of any donor DNA, but dedicated web-based tools to facilitate the use of such tools have not yet been developed.</P><P><B>Results</B></P><P>We present two web tools for base editors, named BE-Designer and BE-Analyzer. BE-Designer provides all possible base editor target sequences in a given input DNA sequence with useful information including potential off-target sites. BE-Analyzer, a tool for assessing base editing outcomes from next generation sequencing (NGS) data, provides information about mutations in a table and interactive graphs. Furthermore, because the tool runs client-side, large amounts of targeted deep sequencing data (< 1 GB) do not need to be uploaded to a server, substantially reducing running time and increasing data security. BE-Designer and BE-Analyzer can be freely accessed at http://www.rgenome.net/be-designer/ and http://www.rgenome.net/be-analyzer/, respectively.</P><P><B>Conclusion</B></P><P>We develop two useful web tools to design target sequence (BE-Designer) and to analyze NGS data from experimental results (BE-Analyzer) for CRISPR base editors.</P><P><B>Electronic supplementary material</B></P><P>The online version of this article (10.1186/s12859-018-2585-4) contains supplementary material, which is available to authorized users.</P>
Sangsu Park,Jungho Shin,Cimino, S.,Seungjae Jung,Joonmyoung Lee,Seonghyun Kim,Jubong Park,Wootae Lee,Myungwoo Son,Byunghun Lee,Pantisano, L.,Hyunsang Hwang IEEE 2011 IEEE electron device letters Vol.32 No.12
<P>We proposed a Mo/SiO<SUB>x</SUB>/Pt resistive random access memory (RRAM) device as an alternative to static random access memory (SRAM) devices for field-programmable gate array (FPGA) applications. In order to evaluate the feasibility of our RRAM device for FPGA applications, we utilized an RRAM device + inverter structure and confirmed its successful operation under various operational schemes, multilevel operation by controlling bias condition, and immunity against read disturbance and a retention test at high temperature. From the nonvolatile and reliable characteristics of our RRAM device, unlike that of SRAM devices, it holds promise to enable reconfigurable logic applications with significantly reduced logic-gate density and power consumption.</P>
S-528 Transitional Cell Carcinoma of the Graft Kidney in a Renal Transplant Recipient
( Sangsu Choi ),( Hyeon-seok Hwang ),( Suk-young Kim ),( Haejung Sul ),( Yoon-kyung Chang ) 대한내과학회 2016 대한내과학회 추계학술대회 Vol.2016 No.1
신장이식은 말기 신부전 환자들의 삶의 질을 호전시키고,여명을 증가시킬 수 있는 표준적인 방법이다. 강력한 면역억제제의 사용은 이식신의 가용기간을 늘릴수 있으나,특히 흑색종이 아닌 피부암, 혈액암, 신장암, 갑상선암과 같은 암으로 진행할 가능성을 증가시킨다. 요로내의 이행세포암종(Transitional cell carcinoma)은 발생율이 0.07%~1.9%에 달할 정도로,이식환자에서 가장 흔하게 발생하는 암종 중 하나로 대부분의 이행세포암종은 방광내에 있으며 신장이식 수용자의 이식신에서 보고된 것은 드물다. 본 증례에서 젊은 환자에서 이식신에 나타난 이행세포암종의 증례를 보고하였다. 40세 남환, 수일간 발생한 오심, 구토,육안적 혈뇨를 주소로 본원을 방문하였다. 11년 전부터 원인을 알 수 없는 만성 신부전이 진행되고,1년후 아버지에게 공여받은 신장을 이식한 환자로 corticosteroids, mycophenolate, cyclosporine 등의 면역억제제를 처방받았다. 신장 이식 3개월 및 6년후,이식신장에 대한 조직검사를 2차례 시행했으며 암종의 발견은 없었다. 입원시, 이식신에서 오는 약한 압통을 호소하였다. 혈액검사에서 빈혈 외 특이소견 없으며, 생화학검사에서 혈액요소질소 87 mg/dL, 크레아티닌 11.2 mg/dL 악화 소견를 보였으며 요 검사에서 단백뇨 및 혈뇨가 있었다. 소변세포검사상 특이세포는 없었으며, BK 바이러스 RNA는 음성이었다. 방광경 상에서 이식신장의 요관구 및 방광에 침범은 없었다. 복부 초음파 검사, 복부 자기공명영상(MRI), 전신 양전자 방사 단층 촬영(PET)을 시행하였고 이식신,우측 외장골 혈관 및 대동정맥 부위 주변 결절에서 덩이가 확인되었고, 초음파 유도 경피적침생검을 시행하여 저등급의 요로상피세포암종이 확인되었다. 위 결과로 4기 이행세포암종으로 보고, 이식신장의 신뇨관절제술을 시행하였다. 수술후 조직병리검사에서 림프혈관과 신장실질, 신장 주변지방조직까지 침범한 이식신장 및 요관내부의 저등급의 요로상피세포암종을 확인하였다. 환자는 수술후 보조동시항암화학방사선치료를 시작하였고, 정기혈액투석을 다시 하게 되었다. 이식신에서 이행세포암종이 있다면 신장의 완전 손실로 진행되고, 투석을 진행하며, 젊은 나이여도 예후는 좋지 않다. 한국문화에선 한약,약초가 쓰일수 있고, 아리스톨로크산(aristolochic acid)이 함유된 약초 노출이 이행세포암종 유병율 증가에 영향을 미칠수 있다. 신장이식수용자에서 이행세포암종의 조기진단을 위해, 방광경, 한약 및 진통제 노출에 대한 수술전 조사를 시행하고, 고위험집단에서 이행세포암종의 발생에 대한 수술후 감시를 지속하며, 감량한 calcineurin억제제를 기반으로 한 면억억제프로토콜을 고려해야 한다.
Autofocusing system based on optical astigmatism analysis of single-molecule images.
Hwang, Wonseok,Bae, Sangsu,Hohng, Sungchul Optical Society of America 2012 Optics express Vol.20 No.28
<P>Single-molecule fluorescence imaging has greatly contributed to our understanding of many bio-molecular systems. While reactions occurring in the range of several minutes can be readily studied using conventional single-molecule fluorescence microscopes, data acquisition for longer time scales is hindered by the focal drift of high numerical aperture objectives, which should be corrected in real time. Here, we developed a robust autofocusing system based on optical astigmatism analysis of single-molecule images. Compared to the previously developed methods, our approach has a merit of simplicity in that neither fiducial makers nor an additional laser-detector system is required. As a demonstration, we observed B-Z transition dynamics occurring for several hours.</P>
놀이계획-실행-평가활동과 유아의 다중지능 발달과의 관련성 분석
백상수 ( Sangsu Baek ),황윤세 ( Yoon Se Hwang ) 열린부모교육학회 2014 열린부모교육연구 Vol.6 No.1
본 연구는 본 연구는 자유선택활동에서의 놀이계획-실행-평가활동이 유아의 다중지능의 발달과의 관련성을 분석하고자 하였다· 연구의 대상은 만 5세 유아 56명이고, 실험집단 유아 28명을 대상으로 8주간에 걸쳐‘자유선택활동에서의 놀이계획-실행-평가활동’을 실시한 후 그 효과를 검증하였다· 다중지능 평가 결과, 음악 지능, 신체운동 지능, 논리수학 지능, 그리고 공간 지능에서 통계적으로 유의미한 효과가 있는 것으로 밝혀졌다· 즉 자유선택활동에서의 놀이계획-실행-평가활동은 유아의 다중지능을 부분적으로 향상시켰음을 확인하였다· The purpose of this study was to investigate the effect the play plan, practice and evaluation of free choice activities from young children`s multiple intelligence· Fifty-six subjects of four to five-year-old children were divided into experimental and control groups· Both groups participated in a 8 week program· The experimental group participated in the play plan, practice and evaluation of free choice activities while the control group participated in the Korean National Kindergarten Curriculum· The experimental design included a pretest and posttest· ANCOVA results show that the experimental group children scored significantly higher in the posttest on multiple intelligence· Effect of the play plan, practice and evaluation of free choice activities Program on Young Children`s Multiple Intelligence·
Memristive switching behavior in Pr0.7Ca0.3MnO3 by incorporating an oxygen-deficient layer
Park, Sangsu,Jung, Seungjae,Siddik, Manzar,Jo, Minseok,Lee, Joonmyoung,Park, Jubong,Lee, Wootae,Kim, Seonghyun,Sadaf, Sharif Md.,Liu, Xinjun,Hwang, Hyunsang Wiley (John WileySons) 2011 Physica status solidi. PSS-RRL. Rapid Research Let Vol.5 No.10
Self-formed Schottky barrier induced selector-less RRAM for cross-point memory applications
Park, Sangsu,Jung, Seungjae,Siddik, Manzar,Jo, Minseok,Park, Jubong,Kim, Seonghyun,Lee, Wootae,Shin, Jungho,Lee, Daeseok,Choi, Godeuni,Woo, Jiyong,Cha, Euijun,Lee, Byoung Hun,Hwang, Hyunsang Wiley (John WileySons) 2012 Physica Status Solidi. Rapid Research Letters Vol.6 No.11