제주흑우 집단에서 모색 관련 유전자와 microsatellite marker의 다형현상을 이용한 수정란이식 및 인공수정 유래 후대우 검증

Sang-Hyun Han(한상현),Jin-Cheul Ko(고진철),Young-Hoon Kim(김영훈),Kim Nam-Young(김남영),Kim Jae-Hwan(김재환),Moon-Suck Ko(고문석),Ha-Yeon Jeong(정하연),In-Cheol Cho(조인철),Young-Hoon Yang(양영훈),Sung-Soo Lee(이성수) 한국생명과학회 2010 생명과학회지 Vol.20 No.3

농가에 보급된 제주흑우 수정란이식 및 인공수정 생산축의 확인을 위하여 분자유전학적 실험기법을 이용한 개체 추척을 수행하였다. 유전자 marker 체계는 ISAG 권장 MS marker 11종, 예비시험 후 선발된 SAES marker 11종, 흑모색 관련 MC1R과 ASIP 유전자들을 조합하여 분석하였다. 분석결과 부모 정보가 없는 상태에서의 부권 부정율이 국제권장기준보다 높은 수준을 보였으며, 형매간 동일개체출현률은 5.3×10<SUP>-10</SUP>으로 조사되었다. 친자검정 결과 후보축에 대한 후보 부, 모, 부모 모두가 확인되는 경우는 각각 77.0, 54.0, 40.5%였다. 부-모-자간 trio-mismatch가 전혀 없는 수정란이식 개체는 공급 수정란 대비 14.7%로 확인되었고, 전체 후보축군 중 32.4%는 후보부와의 mismatch가 없는 인공수정에 의해 생산된 개체들로 판정하였다. ISAG marker들만을 분석한 결과에서는 7두가 동일한 3가지 유전자형 조합을 나타내었으나, ISAG/SAES marker들을 조합했을 때에는 2두에서만 동일 유전자형 조합을 나타내었다. MS와 모색유전자 분석자료를 모두 조합했을 때는 조사된 모든 개체들이 서로 구분되었다. 현재의 제주흑우집단이 소수 핵군에서 인공수정과 수정란이식 등 생명공학 기법으로 육성된 집단이기에 제주흑우집단의 유전적 다양성은 낮게 나타났다. 본 연구는 유전자 개체식별과 혈통관리 체계의 구축을 위해서는 적어도 20개 이상의 MS marker와 모색관련 유전자형 자료가 필수적으로 활용되어야함을 제안하고 있으며, 연구결과는 향후 제주흑우의 분자육종에 있어 유용한 자료가 될 것으로 시사하고 있다. To find offspring of Jeju Black cattle (JBC) produced by embryo transfer (ET) and artificial insemination (AI), a molecular genetic study was carried out in candidate cattle populations collected from cattle farms in Jeju Island, Korea. The genetic marker set was composed of 11 ISAG microsatellite (MS) markers, 11 SAES MS markers selected by our preliminary analysis for population diversity of JBC, and two major coat color related genes: MC1R and ASIP. The results showed a combined non-exclusion probability for first parent (NE-P1) that was higher than that recommended by ISAG (above 0.9995), and a combined non-exclusion probability for sib identity of 5.3×10<SUP>-10</SUP>. Parentage analysis showed that the cases identified the candidate’s father only (77.0%), mother only (54.0%), and both parents (40.5%) in the candidate offspring population. The ET and AI calves were identified as 14.7% in the in vitro fertilized eggs provided and 32.4% in total population, respectively. However, the result from ISAG marker analysis showed 3 identical allele-combinations in 7 calves, and that from ISAG/SAES MS marker combination also showed 1 identical allele-combination in 2 calves. Data from MS and coat-color gene analyses provided information for complete identification of all animals tested. Because the present JBC population was mostly bred using small nuclear founders through bioengineering techniques such as AI and ET, the genetic diversity levels obtained from MS analysis in the JBC population were relatively lower than those of other cattle populations, including Hanwoo. The results suggested that the more efficient marker combinations, including coat color related genotypes, should be studied and used for constructing a system for identification and molecular breeding of JBC as well.

소 MC1R 우성흑모색 대립인자를 구분하는 변형 프라이머를 이용한 소 품종들의 유전자형 분포 분석

한상현 ( Sang Hyun Han ),김영훈 ( Young Hoon Kim ),조인철 ( In Cheol Cho ),장병귀 ( Byoung Gui Jang ),고문석 ( Moon Suck Ko ),정하연 ( Ha Yeon Jung ),이성수 ( Sung Soo Lee ) 한국동물자원과학회 2008 한국축산학회지 Vol.50 No.5

해상 연약지반의 저치환율 개량에 대한 확률론적 최적화

한상현 ( Sang-hyun Han ),김홍연 ( Hong-yeon Kim ),여규권 ( Geu-guwen Yea ) 대한지질공학회 2016 지질공학 Vol.26 No.4

본 연구에서는 방파제 하부지반을 저치환율 재료로 보강 및 개량하기 위한 치환율과 재하중 방치기간을 확률론적 최적화 기법을 이용하여 분석하였다. 해석에 필요한 확률변수의 불확실성을 최소화하기 위하여 사전자료를 활용한 베이지안 갱신결과 최대 39.8% 포인트까지 불확실성이 감소하였고, 특히 사전함수의 표본수가 더 많은 구간의 감소폭이 컸다. 치환율 결정을 위하여 저치환율 단면 중 15~40% 범위에서 일계신뢰도법 및 몬테카를로 시뮬레이션 방법에 의해 해석한 결과 목표파괴확률을 만족하는 치환율은 심층고결처리 및 쇄석다짐말뚝 구간에서 각각 20% 및 25% 이상으로 나타났다. 치환율에 대한 최적화를 위하여 생애주기비용 분석을 실시한 결과 목표파괴확률을 만족하는 범위 내에서 최적 치환율이 산정되었으며, 두 구간에서 각각 20% 및 30%가 가장 경제적인 것으로 결정되었다. 재하중의 방치기간에 대한 확률론적 해석결과 3개월 이상인 경우 모두 목표 파괴확률을 만족하는 것으로 나타났다. To reinforce and improve the soft ground under a breakwater while using materials efficiently, the replacement ratio and leaving periods of surcharge load are optimized probabilistically. The results of Bayesian updating of the random variables using prior information decrease uncertainty by up to 39.8%, and using prior information with more samples results in a sharp decrease in uncertainty. Replacement ratios of 15%-40% are analyzed using First Order Reliability Method and Monte Carlo simulation to optimize the replacement ratio. The results show that replacement ratios of 20% and 25% are acceptable at the column jet grouting area and the granular compaction pile area, respectively. Life cycle costs are also compared to optimize the replacement ratios within allowable ranges. The results show that a range of 20%-30% is the most economical during the total life cycle. This means that initial construction cost, maintenance cost and failure loss cost are minimized during total life cycle. Probabilistic analysis for leaving periods of shows that three months acceptable. Design optimization with respect to life cycle cost is important to minimize maintenance costs and retain the performance of the structures for the required period. Therefore, more case studies that consider the maintenance costs of soil structures are necessary to establish relevant design codes.

Maternal Origins of the Jeju Native Pig Inferred from PCR-RFLP Haplotypes and Molecular Phylogeny for Mitochondrial DNA CYTB Gene Sequences

Sang-Hyun Han(한상현),Moon-Suck Ko(고문석),Ha-Yeon Jeong(정하연),Sung-Soo Lee(이성수),Hong-Shik Oh(오홍식),In-Cheol Cho(조인철) 한국생명과학회 2011 생명과학회지 Vol.21 No.3

제주재래돼지의 모계 혈통에 대한 보다 명확한 이해를 얻기 위해, 본 연구에서는 제주재래돼지의 미토콘드리아 DNA (mtDNA) CYTB유전자를 분석하고 이를 타 품종들에서 얻은 결과들과 비교하였다. 제주재래돼지를 포함한 돼지 6 품종에서 PCR-RFLP 분석을 수행하였고, RFLP 양상은 돼지 품종들을 뚜렷하게 구분되는 두 가지 반수체형(mtCYTB1and mtCYTB2)으로 분리시켰다. 제주재래돼지 CYTB서열들은 계통수 상에서 유럽과 아시아 품종 cluster에서 모두 발견되었다. 제주재래돼지 CYTB들 중에서 J2 group은 중국재래돼지품종들과 근연이면서 아시아 고유 돼지 계통들과 함께 출현하였으며, 다른 한 group인 J1에 해당하는 서열들은 유럽돼지 계통들과 함께 위치하였고, 아시아 품종들보다는 스페인의 Iberian 재래돼지들과 근연인 것으로 확인되었다. 이 결과들은 현재 제주도에서 사육되고 있는 제주재래돼지 품종의 모계 기원은 크게 아시아계 돼지와 유럽계 돼지인 것으로 추정됨을 보여준다. 따라서 본 연구결과들은 제주재래돼지 집단은 과거에 가축화된 아시아 고유 돼지품종들과 공통 선조를 공유하고, 또한 20세기에 유입된 유럽계 돼지 품종들도 현재의 집단 형성에 기여한 것임을 시사하고 있다. In an effort to gain greater understanding of the maternal lineages of the Jeju native pig (JNP), we analyzed the mitochondrial DNA (mtDNA) CYTB gene and compared it with those of other pig breeds. PCR-RFLP analysis was conducted with six pig breeds including JNP, and then the RFLP patterns allowed for the separation of the pig breeds into two distinct haplotypes (mtCYTB1 and mtCYTB2). The JNP CYTB sequences were detected in both the European and Asian breed clusters on the phylogenetic tree. The J2 group was sorted with the indigenous cluster of Asian pig lineages and was related closely to Chinese native pig breeds, but a second group, J1, was sorted with the European pig lineages and appeared to be related to Spanish Iberian native pigs, rather than to Asian breeds. These results indicate that the JNP currently raised on Jeju Island have two major maternal origins estimated in Asian and European pigs. We concluded that the JNP that share a common lineage with indigenous Asian pigs were domesticated in the distant past, originating from pigs that were already being raised elsewhere at that time, and that the European pig breeds introduced in the twentieth century have also contributed to the formation of this pig population.

고화제로 안정처리 된 울산지역 노상재료의 강도 및 다짐특성-주 성분이 CaO와 SO₃인 고화제 -

한상현(Han Sang-hyun),여규권(Yea Geu-guwen),김홍연(Kim Hong-yeon) 한국지반공학회 2018 한국지반공학회논문집 Vol.34 No.12

In this study, the engineering properties including bearing capacity of subgrades stabilized with a binder are analyzed by laboratory and field experiments. The main components of the binder are CaO and SO₃. After the binder was mixed with a low plasticity clay, the passing rates were relatively decreased as the sieve mesh size increased. Not only did the soil type change to silty sand, but engineering properties, such as the plasticity index and modified California bearing ratio (CBR), were improved for the subgrade. A comparison of the compaction curves of the stabilized subgrade and field soil compacted with the same energy demonstrated an increase of approximately 6% in the maximum dry unit weight, slight decrease in optimum moisture content, and considerable increase improvement in grain size. In the modified CBR test, the effect of unit weight and strength increase of the modified soil (with a specific amount of binder) was remarkably improved. As the proportion of granulated material increased after the addition of binder, the swelling was reduced by 3.3 times or more during initial compaction and 6.5 times by final compaction. The unconfined compressive strength of the specimens was maintained at the homogeneous value with a constant design strength. The stabilized subgrade was validated by applying it in the field under the same conditions; this test demonstrated that the bearing capacity coefficients at all six sites after one day of compaction exceeded the target value and exhibited good variability.

제주마에서 총마 모색의 유전 양상과 후보 유전좌위의 유전적 다형성

한상현(Sang-Hyun Han),이종언(Chong-Eon Lee),김남영(Nam-Young Kim),고문석(Moon-Suck Ko),정하연(Ha-Yeon Jeong),이성수(Sung-Soo Lee) 한국생명과학회 2009 생명과학회지 Vol.19 No.6

본 연구는 제주마에서 빈번하게 관찰되는 전신성 백모색 발생의 유전 양상과 유전적 변이와의 상관을 구명하기 위해 수행하였다. 백모색은 표현형과 MC1R 유전자형 분석 자료의 조합을 근거로 결정한 가라, 유마, 적다 등 모든 기본 모색에서 관찰되었다. 제주마에서는 타 품종들에서 KIT 유전자의 이형접합성에 의해 발생하는 선천성 백색에 대한 잠재적 돌연변이들은 발견되지 않았다. STX17 유전자의 intron 6에서 4.6-kb 중복을 보유한 개체들에서 특이적으로 탈색된 백모색이 관찰되었다. 관찰기록과 STX17 유전자형에 따라 제주마에서 관찰되는 탈색된 백화현상은 총마(점진적 백화증, Gray)로 확인되었다. 가계도 분석에서 총마 형질은 상동염색체성 우성유전형질로 나타났으며 상동염색체성 열성형질인 albinism과도 구분되었다. 제주마에서 총마 모색이 자마 시기에는 명확하게 발현되는 않으며, 종종 다른 표현형들과 혼동을 일으키기도 하기 때문에, 총마와 이와 유사한 표현형으로 출생 시부터 혼합 모색을 나타내는 조모색, 상처 치료 후 백화, 백반 유사피부 백색증 등에 대한 추가 연구가 요구된다고 하겠다. 그럼에도 불구하고 총마와 유전적 배경의 관계를 구명한 본 연구결과는 제주마에서 분자육종을 위한 유용한 정보를 제공할 것으로 사료된다. This study was undertaken to reveal the relationship between genetic variations and inheritance patterns and the development of a systemic white coat color frequently observed in Jeju horses. It was determined that the white coat color occurred in all basic coat colored (black, bay and chestnut) horses by combining the phenotype and MC1R genotypes. There were no polymorphisms found in Jeju horses tested for mutational loci in the KIT gene, which were previously reported as potential mutations of the congenital dominant white coat color in other horse breeds in heterogeneity. The horses that had the 4.6-kb duplication in the STX17 intron 6 specifically showed the depigmented white coat color. Based on observation and STX17 genotypes, this depigmented whitening is defined as ‘Chongma' (whitening, progressive graying with age-Gray) in Jeju horses. Pedigrees showed that this is an autosomal dominant inheritance pattern distinct from the bovine albinism caused by an autosomal recessive passion eye color. Because the gray phenotype is generally not completely expressed early in Jeju horses, it often makes them indistinguishable from other horses. Further studies are recommended for classification between the gray coat color and its similar phenotypes, such as the roan with its mixed hair colors appearing since neonatal period, acquired white hairs on wounded skin by veterinary treatment, and vitiligo-like skin pigmentation. However, study results revealing the relationship between the gray phenotype and genetic background suggested that useful information may be provided in regards to molecular breeding of Jeju horses.

해안제방 시공 중 해수유입에 대한 차수보강 사례분석

한상현(Sang-Hyun Han),여규권(Geu-Guwen Yea),김홍연(Hong-Yeon Kim) 한국지반신소재학회 2015 한국지반신소재학회 논문집 Vol.14 No.2

본 연구에서는 차수가 요구되는 해안제방 축조공사 중 해수유입 발생에 대한 원인과 보강사례를 분석하였다. 전기 비저항탐사를 실시한 결과 대체적으로 해저면 원지반과 제체가 명확히 구분되었으나, 상당 부분에서 저 비저항 이상대가 분포함이 확인되었다. 그로부터 누수의 원인은 체절과정에서 강도가 부족한 원지반의 3차원적 전단변형 거동과 그로 인한 불규칙한 강제치환, 그리고 조류와 유속에 의한 차수시트 시공 상 품질확보 문제 등으로 판단된다. 빠른 유속 및 해수조건에서의 시공성과 내구성, 유사한 시공사례, 경제성 등을 종합적으로 고려하여 저유동성 몰탈, 슬러리 및 약액주입공법의 조합을 최적의 보강공법으로 선정하고 확인시추 및 시험시공을 통하여 배합비와 보강패턴을 결정하였다. 일반 및 집중 누수구간으로 구분하여 각 패턴에 따라 시공하고 보강효과를 확인하였다. 보강된 지반의 현장투수시험, 추적자시험, 코아채취 및 일축압축강도 측정 등을 통하여 보강효과를 확인한 결과 모든 시험에서 설정된 기준치를 만족하는 것으로 나타났다. 결론적으로 조위차가 큰 서해안 지역에서 차수가 요구되는 제방시공에 있어서는 특히 체절공사 시 빠른 유속과 그로 인한 조류력이 차수재 품질확보를 저해하는 요인일 뿐 아니라 해저면 연약층의 3차원적 전단변형 거동으로 강제치환 범위와 차수재 포설길이를 예측하는데 상당한 어려움이 있으므로 설계 및 시공 시 이에 대한 고려가 필요할 것으로 판단된다. In this study, the causes and countermeasures for the leakage of a sea dyke under construction are analyzed. In general, the seabed ground is clearly divided from the embankment but a lot of parts show abnormal zones with low resistivity from the results of electric resistivity survey. Hence the causes of the leakage are considered as following: three-dimensional shear strain behavior, irregular compulsory replacement of the soft seabed ground with low strength and quality deterioration of the waterproof sheets during the closing process. The improvement method is determined by considering the constructability in the seawater and its velocity condition, durability, economic feasibility, similar application cases and so on. Consequently, a combination of low slump mortar and slurry grouting and injection method is selected as an optimum combination. Mixing ratio and improvement pattern are determined after drilling investigation and pilot test. The improvement boundary is separated into general and intense leakage area. The construction is performed with each pattern and the improvement effects are confirmed. The confirmed effects with various tests after completion show tolerable ranges for all of the established standards. Finally, various issues such as prediction of length of the waterproof sheet, installation of it against seawater velocity, etc. should be considered when sea dykes are designed or executed around the western sea which has high tide difference.

한우와 제주흑우, 홀스타인에서 MC1R 유전자형에 따른 melanin 생합성 유전자들의 발현수준과 모색 출현양상의 관계

이성수(Sung-Soo Lee),양영훈(Young-Hoon Yang),조인철(In-Cheol Cho),김남영(Nam-Young Kim),고문석(Moon-Suck Ko),정하연(Ha-Yeon Jung),한상현(Sang-Hyun Han) 한국생명과학회 2009 생명과학회지 Vol.19 No.3

본 연구는 한우, 제주흑우, Holstein에서 모색 발현 양상과 MC1R 유전자형의 분포에 따라 melanin 합성에 핵심적인 과정에 참여하는 3 가지 유전자(TYR, TYRP1, DCT) 유전자들의 발현 수준의 상호 연관관계를 구명하기 위하여 수행되었다. 반정량 Real-time RT-PCR 분석을 통하여, 세 가지 유전자의 발현 수준을 MC1R 유전자형이 e/e인 한우의 황갈색 부위, E?/E?인 제주흑우의 야생형 흑색 부위, E<SUP>D</SUP>/E<SUP>D</SUP>인 Holstein의 우성 흑반과 백반부로 대표되는 4 종류의 피부 조직에서 분석하였다. TYR, TYRP1, DCT 유전자 모두 Holstein의 흑반 부위에서 제주흑우의 흑색 부위에 비해 각각 4.5 배, 2.3 배, 2.5 배이상의 유전자 발현 수준을 나타내었다(p<0.001). 또한, 제주흑우의 이들 3 가지 유전자들의 발현 수준은 한우에 비해 유의적으로 높은 수준을 나타내었다(p<0.001). 이러한 결과들은 한우와 제주흑우, Holstein의 흑색 부위의 모색 발현 양상들이 이들 3 가지 melanin 생합성 유전자들의 전사 수준과 직접적인 연관이 있는 것으로 사료되며, 이는 한우 e/e, 제주흑우 E?/E? Holstein의 E<SUP>D</SUP>/E<SUP>D</SUP> 등 서로 상이한 MC1R 유전자형의 관여가 반영된 결과로 추정되었다. 결론적으로 본 연구는 MC1R 단백질의 상태가 TYR과 일련의 melanin 합성 주관 유전자들의 전사활성을 유도할 뿐만 아니라 소의 피부에서 총 melanin 함량의 수준을 결정함을 제시하고 있다. This study was carried out to elucidate the relation between expression levels of three melanin synthesis genes (Tyrosinase, Tyrosinase-related protein 1 and Dopachrome tautomerase) according to the Melanocortin-1 receptor genotypes with coat color patterns in Hanwoo cattle, Jeju black cattle and Holsteins. Using real-time semiquantitative reverse transcription-PCR assay (RT-PCR), the expression levels of these three genes were analyzed in skin tissues from four representative coat colored areas: yellowish-brown from MC1R e/e Hanwoo, wild type black from E?/E? Jeju black cattle (JBC), and dominant black and white pied regions from E<SUP>D</SUP>/E<SUP>D</SUP> Holstein. The TYR, TYRP1 and DCT genes showed higher expression levels of 4.5, 2.3 and 2.5 times higher in the black skin area of Holsteins than those of from JBC, respectively (p<0.001). In addition, the expression levels of these three genes from JBC were significantly higher than those from Hanwoo cattle (p<0.001). These results show that coat color phenotypes in Hanwoo cattle, JBC and Holsteins is directly correlated with TRY, TYRP1 and DCT transcription levels, which probably reflected involvement with MC1R genotypes; e/e in Hanwoo, E?/E? in JBC and E<SUP>D</SUP>/E<SUP>D</SUP> in Holsteins. Consequently, this study suggested that the status of MC1R protein may not only induce the transcription activities of a series of TYR and its related genes responsible for melanin synthesis, but also determine the levels of total melanin contents in bovine skin.

지역별 상여소리(김제, 대구, 용인)의 비교분석

이상배(Sang Bae Lee),허진영(Jin Young Heo),이준우(Jun U Lee),임성민(Seong Min Lim),전종현(Jong Hyeon Jeon),한상현(Sang Yeon Han),박승호(Seung Ho Park),이선경(Sun Kyung Lee),정연만(Yeon Man Jeon),조동욱(Dong Uk Cho) 한국통신학회 2019 한국통신학회 학술대회논문집 Vol.2019 No.6

제주도 한라산에 설치한 인공소상을 이용하는 조류 현황에 대한 분자유전학적 연구

오홍식(Hong-Shik Oh),한상현(Sang-Hyun Han),강소연(So-Yeon Kang),강택중(Taek-Joong Kang),김병수(Byoung-Soo Kim),이정연(Jeong-Yeon Yi),김태규(Tae-kyu Kim),박수곤(Su-Gon Park),김태욱(Tae-Wook Kim),장민호(Min-Ho Chang) 한국조류학회II 2010 한국조류학회지 Vol.17 No.3

한라산내 고도가 다른 3개의 지역에 인공소상을 설치하고, 이를 이용하는 조류들을 분자유전학적 기법으로 확인하고자 수행되었다. 설치된 인공소상 중 56.7%에서 조류 둥지가 관찰되었다. 둥지를 방문한 새나 부화한 유조에서 분리 또는 탈락된 깃털 및 부화에 실패한 알의 배아, 부화가 끝난 알의 껍질, 죽은 사체 등을 수집하여 DNA 분석에 이용하였다. 결정된 미토콘드리아 DNA(mtDNA) cytochrome oxydase I(COI) 유전자 서열 중 45 개의 서열이 조류의 것으로 확인되었다. 유전자서열에 대한 BLAST 검색 결과, 박새(Parus major), 북방쇠박새(Poecile montanus), 까치(Pica pica), 큰부리까마귀(Corvus macrorhynchos), 벙어리뻐꾸기(Cuculus saturatus) 등이 최대 유사종으로 확인되었다. 이 중 박새와 북방쇠박새 등과 유사 서열은 둥지를 직접 제작하여 이용한 조류로 사료되며, 까치, 큰부리까마귀, 벙어리뻐꾸기 등은 인공소상을 방문하였거나, 둥지제작과정에서 깃털이 유입된 것으로 추정된다. 그리고 조사 지역 세 곳 모두에서 박새와 북방쇠박새 COI-유사종이 확인되었으며, 까치는 저지대인 관음사, 큰부리까마귀와 벙어리뻐꾸기는 고지대인 영실에서만 확인되었다. 야외 인공소상 이용조류에 대한 분자유전학적 분석을 수행한 본 연구결과들은 향후 정확하게 동정된 시료의 유전자 서열 DB가 구축되고, 생태학적 조사결과와 조합된다면 지역별 조류상 및 생태 특성을 이해하는 데 중요한 정보를 제공할 것이다. This study was carried out to identify the avian species found nesting in wood boxes artificially settled at three different altitude localities in Mount Halla by a molecular genetic approach. The bird nests were found in 56.7% of the wood boxes settled. DNA samples used for sequence analysis were isolated from the eggshells, embryos, and feathers. The embryos actually failed in development. The feathers were released from the invited unknown birds or those estimated to be brought by the hosts. Forty-five sequences for mitochondrial DNA (mtDNA) cytochrome oxydase I (COI) gene were confirmed to be those of birds. BLAST results showed that these COI sequences were the most similar to those previously reported for Great tit (Parus major), Willow tit (Poecile montanus), Black-billed magpie (Pica pica), Jungle crow (Corvus macrorhynchos), and Oriental cuckoo (Cuculus saturatus). Among those, Great tit- or Willow tit COI-similar species were assumed to be the hosts of the bird nests, but others could be the invited species or material species whose feathers were used for nesting. In alllocalities, Great tit- and Willow tit COI-similar species were found, whereas Black-billed magpie was observed only in the lowest locality, Kwanseumsa, and Jungle crow and Oriental cuckoo in Eorimok and Youngsil. These results suggest that more useful information may be supplied to understand avian fauna and ecological characteristics when combining field investigation and genetic analysis after construction of a molecular database capable of providing more reliable similarity search results.