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최종선(Jongsun Choi),이상근(Sangkeon Lee),임재훈(Jaehoon Lim),최재영(Jaeyoung Choi),노경태(Kyoung Tai No),황석찬(Seogchan Hwang),이지수(Jysoo Lee) 한국정보과학회 2003 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.9 No.1
오늘날 사람들의 많은 관심을 끌고 있는 생명 공학 분야에서, 가상 검색은 컴퓨터에서 가상적으로 시뮬레이션을 수행함으로서 특정 질병에 관여하는 물질을 보다 빠르게 추출하여 신약을 설계하는 방법이다. 본 논문에서는 지역적으로 분산된 유휴 또는 전략적 자원을 이용하여 가상 검색을 효과적으로 수행할 수 있는 분산 시스템인 DVSF(Distributed Virtual Screening Facilities)를 소개한다. DVSF는 중소규모의 실험실이 가지고 있는 유휴 자원을 이용하여 최소한의 비용으로 효과적인 신약 개발을 위한 환경을 구성할 수 있도록 개발되었다. As one of a new generation of industries, biotechnology is currently spotlighted, and is creating new research and industrial areas that can be readily combined with information technology. Among them, virtual screening is a method for new drug design which uses computer simulation to virtually design active drug candidates for special disease. In this paper, we present a distributed system for virtual screening, called DVSF(Distributed Virtual Screening Facilities). DVSF is designed and developed to perform virtual screening efficiently on logically distributed idle or strategic resources in a small or medium scale laboratory.
차광호(Kwangho Cha),홍정우(Jeongwoo Hong),이지수(Jysoo Lee) 한국정보과학회 2003 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.30 No.2Ⅰ
병렬 처리를 요구하는 계산 과학 분야의 문제들 중에는 대용량 데이터 처리를 필요로 하는 경우가 많다. 그러나 기존의 파일 시스템을 그대로 병렬처리 환경에 적용하기에는 많은 문제가 따른다. 이를 위해서 병렬처리를 지원하는 파일 시스템에 대한 연구와 개발이 진행되어 오고 있다. 이와 같이 연구 중 하나인 집합 I/O(Collective I/O)를 본 논문에서는 다루고자 한다. 이 집합 I/O는 여러 프로세스의 파일 I/O 요청을 효과적으로 처리하는 방법으로 MPI2의 MPI-IO에도 포함되어 있다. 본 논문에서는 어플리케이션 프로그램 측면에서 MPI-IO의 집합 I/O를 효과적으로 사용하기 위한 방안을 제시하며, 보편적으로 사용되는 NFS를 이용한 클러스터 시스템에서의 실험 결과를 분석한다.
조기현(Kihyeon Cho),오영도(Youngdo Oh),이재영(Jaeyoung Lee),김복주(Bockjoo Kim),이지수(Jysoo Lee) 한국정보과학회 2002 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.29 No.2Ⅰ
고에너지물리연구에서 필요로 하는 컴퓨팅 파워와 대용량의 저장공간을 확보하는데는 많은 어려움이 있으며, 실제 실험에 참여, 연구, 분석하는 인력 또한 전세계에 산재되어 있다. 이 같은 어려움을 해결하기 위해 실험에서 필요로 하는 데이터 및 컴퓨팅 리소스를 각 지역별로 산재하여 실험의 효율성, 데이터 백업 및 컴퓨팅 리소스, 데이터 저장공간의 능률적 확보 및 활용을 위해 새로운 컴퓨팅 개념인 그리드를 활용하려는 시도를 하고 있다. 이 글에서는 현재 잘 알려진 그리드 미들웨어인 글로버스 2.0을 기반으로 하여 CERN에서 개발한 EU-DataGrid 소프트웨어를 이용한 그리드 시스템의 설계를 살펴본다.
홍상현(Sanghyun Hong),황선태(Suntae Hwang),정갑주(Karpju Jeong),이지수(Jysoo Lee) 한국정보과학회 2002 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.29 No.2Ⅰ
기존에 작성된 어플리케이션을 독립적이거나 클라이언트-서버 모델을 기초로 하고 있다. 하지만 인터넷의 대중화와 더불어 원격지에 있는 정보를 웹을 통해 접속하여 처리하는 기술이 보편화됨에 따라 기존 어플리케이션도 하나의 서비스 개념으로 발전해 나가고 있다. 본 논문에서는 이러한 웹기반 기술을 이용하여 기존의 어플리케이션을 웹 브라우져를 통해 원격에서 제어할 수 있는 구조를 제안한다. 이 구조는 클라이언트, 웹서버, 미들웨어의 세 부분으로 구성되어 있으며 각 요소별로 원격 호스트에 존재하기 때문 다양한 응용이 가능하다.
권기환(Kihwan Kwon),김복주(Bockjoo Kim),한대희(Daehee Han),조기현(Kihyeon Cho),오영도(Youngdo Oh),손동철(Dongchul Son),이지수(Jysoo Lee) 한국정보과학회 2004 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.31 No.1A
그리드3는 데이터 그리드로서 고에너지물리를 포함하는, 많은 양의 데이터를 다루는 7개 분야에 컴퓨팅 및 스토리지 리소스를 제공할 목적으로 미국에서 시작되었다. 경북대학교 고에너지물리연구소는 이 프로젝트에 참여하여 그리드3 데이터 그리드를 경북대학교에 구축하고 다른 미국의 26개 사이트와 컴퓨팅 자원을 공유하며 실제 고에너지물리 실험의 데이터 분석에 일조하고 있다. 한국은 27개 Grid3사이트 중 유일하게 북미대륙에 위치하지 않는 사이트로서 네트웍과 데이터 전송의 문제점을 테스트해 볼 수 있는 사이트로서의 의의가 크다. 이 논문에서는 경북대의 그리드3 경험을 바탕으로 그리드3의 구축과정을 비롯한 그리드3를 소개하며 한국 데이터 그리드 측면에서 그리드3의 발전방향을 모색해본다.
김복주(Bockjoo Kim),오영도(Youngdo Oh),권기환(Kihwan Kwon),한대희(Daehee Han),조기현(Kihyeon Cho),손동철(Dongchul Son),이지수(Jysoo Lee) 한국정보과학회 2003 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.30 No.2Ⅰ
고에너지 물리연구에서는 입자가속기에서 배출되는 막대한 데이터를 저장, 처리하기 위한 계산능력과 대용량의 저장장치를 확보하는데 어려움을 겪어왔다. 또한, 실제 실험에 참여, 연구, 분석하는 인력 또한 전세계에 흩어져 있어 실험의 효율성을 떨어뜨리고 있다. 이러한 어려움을 해결하고자 차세대 인터넷이라 불리는 그리드에 기반을 둔 데이터 그리드를 활용하고자 노력하고 있다. 현재 한국을 포함한 각국에서 데이터 그리드의 구축을 위하여 노력하고 있으며 테스트베드를 구축하여 실험하고 있다. 이러한 데이터 그리드의 활용도를 높이기 위해서 데이터 그리드를 웹에서 접근할 수 있다면 그 유용성은 배가될 것임이 틀림없다. 이러한 측면에서 현재 경북대 고에너지물리연구소에서 개발하고 있는 데이터 그리드 웹서비스 디자인을 살펴본다.
권기환(Kihwan Kwon),한대희(Daehee Han),조기현(Kihyeon Cho),오영도(Youngdo Oh),서준석(JunSuhk Suh),손동철(Dongchul Son),이지수(Jysoo Lee) 한국정보과학회 2004 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.31 No.1A
고에너지 물리연구분야에서는 입자가속기에서 배출되는 많은 양의 데이터 (테라 혹은 페타바이트급)를 분산처리하기 위해 데이터 그리드를 구축하려고 시도하고 있다. 이러한 많은 양의 데이터를 다루는 데이터 그리드는 국제 간에 데이터를 신속하게 이동하는 것이 필수적이다. 현재 네트웍 인프라의 발전으로 초고속 대용량 네트웍 대역폭을 가지는 물리적인 경로가 생겨나고 있지만, 실제 퍼포먼스를 어떻게 테스트하고 어떤 요소들을 고려하여야 초고속 네트웍 상에서 좋은 퍼포먼스를 얻을 수 있는지 이해하지 못하는 경우가 많다. 이 논문에서는 한국과 외국의 초고속 연구용 네트웍을 중심으로 네트웍 퍼포먼스를 측정함으로써 초고속 네트웍 상에서의 네트웍 퍼포먼스 테스트의 이해를 돕고자 한다.
탈중심분산팜(DeCentralized Analysis Farm)의 구현
한대희(Dae Hee Han),권기환(Kihwan Kwon),조기현(Kihyeon Cho),오영도(Youngdo Oh),손동철(Dongchul Son),이지수(Jysoo Lee) 한국정보과학회 2004 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.31 No.1A
표준모형의 힉스입자를 찾는 것을 목적으로 미국 페르미 연구소에서 수행되고 있는 CDF 실험은 전세계에 11개국 55개의 연구소가 참여하고 있다. 테바트론가속기에서 산출되어지는 데이타를 분석하는데는 많은 컴퓨팅 자원이 필요한데, Run IIb 기간동안 생성되는 데이타를 처리하고, 전세계에 흩어져 있는 연구원들이 사용하기에는 페르미 연구소의 분석용 팜(Centralized Analysis Farm)은 자원이 부족하다. 따라서, 실험에 참여하고 있는 여러 나라의 컴퓨팅 자원을 공유할 수 있는 방안으로 DCAF(DeCentralized Analysis Farm)가 개발되었다. DCAF는 Grid 구현을 위한 중간 단계라 할 수 있으며, 궁극적으로 CMS의 Tier-1 환경과의 통합 구축을 목적으로 하고 있다.