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- 저자 : 李寬洙(Gwan-Su Yi) (검색결과 5 건)
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선충현(Choong Hyun Sun),이관수(Gwan Su Yi),박학수(Hark-Soo Park) 한국정보과학회 2005 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.32 No.2
최근 바이오 데이터 분석에는 데이터 양의 급격한 증가와 이에 따른 문제의 복잡성도 함께 증가하고 있다. 이 결과 다양한 분석 툴들의 유연한 조합과 고성능, 고처리 컴퓨팅이 가능한 분석 시스템이 절실히 요구되고 있다. 본 논문에서는 병렬 컴퓨팅 환경을 이용하고 워크플로우 기반에서 다양한 생물정보 분석 툴들을 자유롭게 조합하여 작업을 수행할 수 있는 바이오워크벤치를 소개한다. 바이오워크벤치 내에는 컴퓨팅 자원 및 작업정보에 대한 모니터링 툴, 각 툴 들과 데이터를 손쉽게 가공할 수 있도록 고안된 인터페이싱 툴, 워크플로우 디자인 툴을 포함 하고 있다. 이 기능모듈을 활용함으로써 다양한 생물정보 분석 툴을 이용하는 과정에서 효율적인 분석을 수행을 지원하는 바이오 워크벤치의 기능 및 아키텍쳐을 제시한다.
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응용 프로그램 온톨로지 기반 시맨틱 그리드 관리 시스템
김민성(Min-Sung Kim),이관수(Gwan-Su Yi) 한국컴퓨터정보학회 2008 韓國컴퓨터情報學會論文誌 Vol.13 No.3
그리드 컴퓨팅은 분산된 컴퓨팅 자원들을 서로 연결하여 방대한 양의 계산 작업을 가능케 하는 기술로써 다양한 분야에서 사용되고 또한 발전되어 왔다. 하지만 기존의 연구들은 주로 그리드 자원을 효율적으로 관리하고 사용하는 것에 초점을 두었지, 실제 그리드 환경에서 수행되는 응용 프로그램들의 정보에 대한 체계적인 이해 및 관리는 제대로 이루어지지 않았다. 따라서 응용 분야의 사용자가 그리드 컴퓨팅 환경을 사용하기 위해서는 매번 응용 프로그램의 그리드 관련 요구사항들을 구체적으로 이해하고 기술할 수 있는 전문적인 지식이 요구되었다. 본 연구에서는 이러한 문제점을 보완하기 위한 응용 프로그램 온톨로지 기반 시맨틱 그리드 관리시스템을 구현하였다. 이 시스템은 응용 프로그램들에 대한 정보와 이들이 요구하는 그리드 관련 정보를 온톨로지 형태로 구축하였다. 이를 기반으로 입력 데이터와 인수에 따른 자원 요구량 예측, 최적 자원 할당 등의 정보를 추론하고, 이 정보를 그리드 미들웨어가 다룰 수 있는 형태로 재해석할 수 있도록 하였다. 또한 본 논문에서는 구축된 시스템을 고성능 컴퓨팅 자원이 요구되는 생물정보학 분석환경 구축에 실제 적용해보고 이를 기존 시스템들과 비교함으로써 본 시스템이 유용하게 사용될 수 있음을 설명하였다. Grid Computing has enabled enormous amount of computational jobs by connecting distributed computing resources. This technology has developed and widely used in various fields. Previous researches usually focused on how to efficiently manage and use the grid resources. However, there was not enough tries to understand and manage information of application softwares in a well-defined structure. Therefore users in application domain need to how about grid deeply to identify and describe the resource requirements matching for each jobs. We introduce a semantic grid management system based on application ontology to overcome this problem. We design and implement the ontology to store various information of the applications. With the ontology, this system can infer the resource requirements from input parameters and input data of the application software and automatically assign appropriate resources by matching the requirement. Also it can transform the information to other forms which grid middlewares can handle. We apply the system to construct an analysis environment of bioinformatics and compare it with other grid systems to explain usefulness of the system.
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의료진단 및 중요 검사 항목 결정 지원 시스템을 위한 랜덤 포레스트 알고리즘 적용
尹泰鈞(Taegyun Yun),李寬洙(Gwan-Su Yi) 대한전기학회 2008 전기학회논문지 Vol.57 No.6
In clinical decision support system (CDSS), unlike rule-based expert method, appropriate data-driven machine learning method can easily provide the information of individual feature (clinical test) for disease classification. However, currently developed methods focus on the improvement of the classification accuracy for diagnosis. With the analysis of feature importance In classification, one may infer the novel clinical test sets which highly differentiate the specific diseases or disease states. In this background, we introduce a novel CDSS that integrate a classifier and feature selection module together. Random forest algorithm is applied for the classifier and the feature importance measure. The system selects the significant clinical tests discriminating the diseases by examining the classification error during backward elimination of the features. The superior performance of random forest algorithm in clinical classification was assessed against artificial neural network and decision tree algorithm by using breast cancer, diabetes and heart disease data in DCI Machine Learning Repository. The test with the same data sets shows that the proposed system can successfully select the significant clinical test set for each disease.
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유전자 온톨로지와 연계한 단백질 상호작용 네트워크 시각화 시스템
최윤규(YunKyu Choi),김석(Seok Kim),이관수(Gwan-Su Yi),박진아(Jinah Park) 한국정보과학회 2009 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 Vol.36 No.2
단백질 상호작용 네트워크는 어떤 단백질들 간에 상호 작용 관계가 있는지를 네트워크 형태로 나타낸 것이며 단백질 상호작용을 발견하거나 분석하는 것은 생명 공학에서 중요한 연구분야이다. 본 논문에서는 방대한 단백질 상호작용 데이터를 유전자 온톨로지와 연계한 시각화를 통하여 효과적으로 직관을 얻을 수 있는 효율적인 단백질 상호작용 네트워크 분석시스템을 다룬다. 단백질 상호작용 네트워크는 데이터 양이 매우 방대하기 때문에 이를 효율적으로 분석하는 방법과 효과적인 시각화 기법이 요구된다. 본 연구에서는 이를 위하여 동적이고 상호작용 가능한 그래프와 관심 노드와 그 주변 노드를 표시하며 점진적으로 탐색할 수 있는 컨텍스트 기반 탐색 기법을 도입하였다. 이 밖에도 특화된 기능으로써 단백질 상호작용과 유전자 온톨로지 간의 빠르고 자유로운 상호참조 기능과 최소 공통 조상을 사용한 유전자 온톨로지 분석 기능 등을 지원한다. 인터페이스 측면에서는 상호참조 기능을 효과적으로 사용하게 하기 위하여 유전자 온톨로지 그래프와 단백질 상호작용의 시각화 결과를 2차원 윈도우로 나란히 보여주는 인터페이스를 디자인 하였다. Analyzing protein-protein interactions(PPI) is an important task in bioinformatics as it can help in new drugs' discovery process. However, due to vast amount of PPI data and their complexity, efficient visualization of the data is still remained as a challenging problem. We have developed efficient and effective visualization system that integrates Gene Ontology(GO) and PPI network to provide better insights to scientists. To provide efficient data visualization, we have employed dynamic interactive graph drawing methods and context-based browsing strategy. In addition, quick and flexible cross-reference system between GO and PPI; LCA(Least Common Ancestor) finding for GO; and etc are supported as special features. In terms of interface, our visualization system provides two separate graphical windows side-by-side for GO graphs and PPI network, and also provides cross-reference functions between them.
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