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      • TGQL : Tachyon ODBMS를 위한 그래픽 질의어의 설계 및 구현

        안명상(Myoung-Sang Ahn),이충세(Chung-Sei Rhee),경원현(Won Hyun Kyung),조완섭(Wan-Sup Cho) 한국정보과학회 2000 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.27 No.2Ⅰ

        데이터베이스 전문 사용자가 아닌 일반 유저들도 쉽게 데이터베이스에 접근하고자하는 요구들이 늘어나고 있다. 이러한 요구사항을 만족시킬 수 있는 방법 중 하나가 Graphical Query를 사용하는 것이다. Graphical Query는 유저에게 Schema browsing 메커니즘을 제공하여 텍스트를 기반의 질의보다 쉽게 데이터베이스에 접근할 수 있기 때문이다. 본 논문에서는 Tachyon OODBMS를 위한 그래픽 질의어 TGQL(Tachyon Graphical Query Language)의 설계 및 구현에 대해 서술한다. TGQL은 객체 DBMS를 위한 그래픽 질의어이므로 객체지향 개념을 어떻게 그래픽 질의어에 시각적인 요소들로 반영시키는가 라는 문제가 중요하게 다루어진다. 본 논문은 이러한 측면에서 TGQL의 특징들을 기술한다.

      • 대사경로 데이터베이스 구축

        안명상(Myoung-Sang Ahn),정태성(Tea-Sung Jung),조완섭(Wan-Sup Cho),노동현(Dong-Hyun Rho) 한국정보과학회 2004 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.31 No.1B

        유전자의 생물학적 기능을 밝히고 세포 내 상호작용을 이해하는 것은 post-genome era의 가장 중요한 작업 중 하나이다. 이러한 세포 내 상호작용은 복잡한 생화학적 네트워크를 형성하게 되며, 그 중 Metabolic pathway(대사 경로)는 생물 시스템을 이해하는데 가장 중요한 부분을 차지하게 된다. 대사 경로를 분석하기 위하여 분자의 기능 및 생화학적 프로세스에 대한 정보를 데이터베이스에 저장?관리해야하고, 사용자의 다양한 질의에 대하여 관련정보를 검색하여 GUI환경에서 제공해야 한다. 이 논문은 대사 경로 정보를 객체 데이타베이스 형태로 모델링하여 구축하고, 사용자가 관심있는 정보를 SBML형태로 제공하는 대사경로 데이타베이스의 설계 및 구현에 관해 다룬다.

      • KCI등재
      • 바이오 데이터 통합과 데이터 웨어하우스 구축

        안명상(Myoung-Sang Ahn),오정수(Jung-Su Oh),임정곤(Jung-Gon Lim),노동현(Dong-Hyun Rho),조완섭(Wan-Sup Cho) 한국정보과학회 데이터베이스 소사이어티 2004 데이타베이스 연구 Vol.20 No.3

        생물학에서 다루는 데이터의 유형은 DNA나 RNA와 같은 서열 데이터 대사경로나 조절경로와 같은 그래프 데이터, 마이크로-어레이 실험의 결과인 배열 데이터, 관련 문헌 등 매우 다양하다. 지금까지 새로운 유형의 데이터가 필요할 때마다 별도의 데이터베이스가 구축된 경우가 많고 동일한 유형의 데이터에 대해서도 서로 다른 주체에 의해 복수 개의 데이터베이스가 구 축, 운영되고 있다. 일부는 관계형 DBMS로 구축된 것도 있고, 일부는 파일로 구축된 것도 있다. 더욱이 서로 독립적으로 구축되었기 때문에 구조적으로 상이함은 물론, 데이터 모델도 다르다. 하지만, 유전체 연구를 위해서는 여러 데이터베이스에 저장된 정보를 종합적으로 활용해야 한다. 따라서 구조와 내용면에서 매우 이질적인(heterogeneous) 바이오 데이타베이스를 통합하기 위한 연구가 최근 활발히 이루어지고 있다. 이 논문은 많은 이질적인 데이터베이스를 통합하기 위한 데이터 웨어하우징 기법을 소개하고, 보다 효율적인 통합을 위한 매커니즘으로 시스템 생물학의 표준인 SBML의 이용방법과 다양한 데이터베이스에 저장된 용어들의 의미적 통합을 위한 온툴로지 시스템에 대하여 기술한다. In bioscience, there are many different data types such as sequential data (DNA, RNA protein sequences, etc.), graph data (metabolic pathways, regulatory networks, etc.), and array data (results of micro-array experiment, etc.). Various bio-data types are increasing all over the world and each bio-database has different abstraction levels, times, scales, and database schemas. For the accumulated bio-databases, a development of sophisticated analysis system is an important research issue. To do this, these databases must be integrated into a data warehouse and then OLAP or data mining technology can be applied. In database community, data integration has been studied for many years in the context of data warehousing. In this paper, we propose data warehouse technologies for integrating heterogeneous bio-data from various remote bio-databases. For efficiency and accuracy, we use SBML (Systems Biology Markup Language), which is standard for system biology documentation, and bio-ontology in the integration of the bio-databases.

      • 유전체 분석 초기 단계에서 유전자 리스트 작성을 위한 방법론

        오정수(Oh Jeong-Su),안명상(Ahn Myoung-Sang),조완섭(Cho Wan-Sup),권해룡(Kwon Hae-Ryong),김영창(Kim Young-Chang) 한국콘텐츠학회 2003 한국콘텐츠학회 종합학술대회 논문집 Vol.1 No.2

        나날이 그 중요성이 증대되고 있는 생물정보학(Bioinformatics) 분야에서 이미 오래전에 유전자를 예측하고 분석할 수 있는 여러 가지 기법들이나 소프트웨어도구들이 개발되어 있는 상태이며 현재 많은 생물학자들은 이러한 분석 도구들을 이용해 연구를 수행하고 있다. 비록 기존의 실험적인 방법 없이 여러 생물정보학 분석 도구를 이용해 효율적으로 유전자를 규명하고 기능을 분석하는 것이 가능해졌지만 아직까지 유전체 사업(Genome project)은 많은 시간과 비용이 드는 까다로운 작업임에는 틀림없다. 본 논문은 기존의 유전자 DB와 분석 도구들을 이용하여 유전체 사업 초기 단계에서 구체적인 유전자의 목록을 작성 할 수 있는 방법을 제안한다. 유전체 사업의 초기단계에서는 구체적인 유전자 정보를 얻기가 어려운 상황이나 제안된 기법을 사용하면 구체적인 유전자 정보를 초기에 파악 할 수 있게 된다. To predict and analyze genes, many methods and tools are already developed in Bioinformatics field which is being more important in future. And many biologists have now performed the research with them. Although it is possible to identify gene and to analyze its function efficiently without experimental methods, it is still hard work. In this paper, we propose a method that make gene list on the initial stage of Genome project. It is difficult to obtain detailed gene list in the initial stage of Genome project. but proposed system provides gene information as much as possible even in the initial stage.

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