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- 저자 : ( Jaewoon Jung ) (검색결과 45 건)
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Identification of the protein native structure using a sequence-dependent feature in contact maps
Jaewoon Jung,Jooyoung Lee,Hie-Tae Moon 한국물리학회 2005 THE JOURNAL OF THE KOREAN PHYSICAL SOCIETY Vol.46 No.3
We present a new approach for fold recognition to identify the native and the near-native protein structures among decoy structures by using pair-wise contact potentials between amino acid residues. For a given protein structure, a new scoring function is dened as the dierence between the contact energy for its native sequence and the average contact energy for random sequences of the same contact map. We have tested the new scoring function for the various decoy sets available in the literature and have found that the new scoring function is more useful than the original contact energy, especially for decoy sets where the total number of contacts from the native structure is similar to those from the decoy conformations. From this observation, we conclude that the more native-like the structure is, the more likely that it distinguishes the native sequence from random sequences. We demonstrate that, for a given contact potential, a simple, but more ecient, new scoring function can be constructed.
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Topological determinants of protein unfolding rates
Jung, Jaewoon,Lee, Jooyoung,Moon, Hie-Tae Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company 2005 Proteins Vol.58 No.2
<P>For proteins that fold by two-state kinetics, the folding and unfolding processes are believed to be closely related to their native structures. In particular, folding and unfolding rates are influenced by the native structures of proteins. Thus, we focus on finding important topological quantities from a protein structure that determine its unfolding rate. After constructing graphs from protein native structures, we investigate the relationships between unfolding rates and various topological quantities of the graphs. First, we find that the correlation between the unfolding rate and the contact order is not as prominent as in the case of the folding rate and the contact order. Next, we investigate the correlation between the unfolding rate and the clustering coefficient of the graph of a protein native structure, and observe no correlation between them. Finally, we find that a newly introduced quantity, the impact of edge removal per residue, has a good overall correlation with protein unfolding rates. The impact of edge removal is defined as the ratio of the change of the average path length to the edge removal probability. From these facts, we conclude that the protein unfolding process is closely related to the protein native structure. Proteins 2005. © 2004 Wiley-Liss, Inc.</P>
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새만금 상류유역의 유출량 추정을 위한 HSPF 모형의 적용성 평가
정재운 ( Jaewoon Jung ),엄명철 ( Myungchul Eom ),최인규 ( Inkyu Choi ),조진훈 ( Jinhoon Jo ) 한국농공학회 2009 한국농공학회 학술대회초록집 Vol.2009 No.-
새만금 수역의 수자원 보존 및 목표수질 달성을 위해서는 상류유역으로부터 유출되는 장기적인 유출분석이 매우 중요하다. 이를 위해서는 장기적인 조사를 바탕으로 유출량의 정량화가 되어야하지만 시간과 비용 등의 경제성을 고려했을 때 유출모형을 이용하는 것이 효율적이다. 국내에서 주로 사용되고 있는 장기유출모형은 TANK, PRMS, SWAT, HSPF 등이 있으며, 본 연구에서는 HSPF 모형을 선정하여 새만금 상류유역의 유출량을 산정 하였다. 새만금 상류유역의 크게 만경강 유역과 동진강 유역으로 구분되어지며, 만경강 유역의 토지이용현황은 논, 밭, 임야, 기타가 각각 23, 9, 50, 18%의 비율로 구성되어 있으며, 동진강 유역은 각각 33, 12, 38, 17%로 구성되어 있다. 모형의 검ㆍ보정을 위해서 2005년과 2006년의 대천지점(만경강 유역)과 신태인지점(동진강 유역) 유출량 자료를 이용하였으며, 기상자료는 대천지점은 전주기상대, 신태인지점은 부안기상대의 자료를 이용하였다. HSPF 모형의 유출량 보정을 위한 주요 매개변수는 LZSN(Model range : 0.01~100.0), INFILT(0.0001~100.0), AGWRC(0.001~0.999), UZSN(0.01~10.0), DEEPFR(0.0~1.0), INTFW(0.0~none) 등이 있으며, 모형의 보정을 위한 최적화 기법으로는 단순시행착오법을 사용하였고, 모형의 추정 오차를 평가하기 위해 결정계수 R<sup>2</sup>(Coefficient of Determination)을 사용하였으며 목적함수로서 RMSE(Root Mean Square Error)와 모형의 효율지수인 EI(Efficient Index)를 사용하였다. 모형의 유출량 모의 결과 보정기간(2005년) 동안 대천지점의 실측 및 모의 유출량은 각각 1793.1 mm와 1238.5 mm로 나타났고, 신태인지점의 실측 및 모의 유출량은 각각 1951.4 mm, 2609.5 mm로 나타났다. 모형의 효율지표를 평가한 결과 대천지점의 R<sup>2</sup>, RMSE, EI는 각각 0.84, 4.69 mm/day, 0.75로 나타났고 신태인지점의 R<sup>2</sup>, RMSE, EI는 각각 0.76, 4.74 mm/day, 0.72로 비교적 모의치가 실측치의 경향을 잘 반영하는 것으로 나타났다. 모형의 검증기간(2006년) 동안 대천지점의 실측 및 모의 유출량은 731.4 mm와 699.0 mm로 나타났으며, 신태인지점의 실측 및 모의 유출량은 1321.6 mm와 1209.5 mm로 나타났다. 검증기간 동안 모형의 효율지표는 대천지점의 경우 R<sup>2</sup>, RMSE, EI가 각각 0.58, 3.92 mm/day, 0.57로 나타났고, 신태인 지점의 R<sup>2</sup>, RMSE, EI는 각각 0.39, 5.08 mm/day, 0.24로 나타나 BASINS/HSPF 모형은 새만금 상류유역의 유출량 산정에 적용 가능한 것으로 나타났다.
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장정렬 ( Jeongryeol Jang ),정재운 ( Jaewoon Jung ),정지연 ( Jiyeon Jung ),최강원 ( Kangwon Choi ),최인규 ( Inkyoo Choi ) 한국농공학회 2010 한국농공학회 학술대회초록집 Vol.2010 No.-
정부에서는 ‘89~’05년 기간 동안 총 7차례 정부차원의 물관리종합대책을 수립하여 30조원을 투입하였으나 4대강 수질은 크게 개선되지 않고 있다. 이 원인으로 비점오염물질이 큰 기여를 하고 있으며 2015년경에는 65∼70% 수준에 이를 전망으로 적극적인 관리대책이 필요한 시점이다. 명품새만금의 성공을 위해서는 깨끗한 새만금호 수질확보가 반드시 필요하다. 이를 위해서는 새만금유역 내 점오염원 대책뿐만 아니라 비점오염저감대책 수립이 절대적으로 필요하다. 특히, 새만금유역에서는 전체 오염물질 배출량의 40~60%가 비점오염원이며 간척지 내부개발 농지에서는 생산성 향상을 위한 화학비료 및 농약 등의 사용량이 일반 농경지에 비하여 높아 사전관리 대책 마련이 시급하다. 하지만, 국내에서 이러한 농업비점오염에 대한 조사연구가 미진하여 새만금호 수질관리대책 수립에 어려움이 있다. 이러한 문제해결을 위하여 “새만금유역의 농업비점오염 저감기법개발 연구”를 추진하고 있다. 연구기간은 2010년부터 2017년까지이며 연구 분야는 논, 밭, 간척지, 영농방법, 주민참여, 정책 및 제도개선의 6개 분야로 구성되어 있다. 본 연구의 수행으로 농업비점오염 부하량의 정량화 및 제어대책, 지역주민 참여방안, 영농방법개선 등을 마련하여 농업생산비용 절감은 물론 농업비점오염물질배출량을 저감함으로서 적극적 친수활동이 가능한 새만금호 수질확보 등을 기대할 수 있다. While, to present, government invested huge amount of fund in managing public water quality, the water quality has not yet been much improved. Non point source(NPS) pollution is emerging as an important reason. If there are not appropriate measurements in advance, NPS goes up to 65 to 70% of total water pollution sources. The good water quality of Saemangum Lake is needed to succeed Saemangum project. It is necessary to prepare measurements for point source as well as NPS in all corners of Saemangum watershed. For this purpose, new research project is started to address various countermeasures all over the Saemangum watershed and consisted of six research fields from 2010 to 2017. This project suggests many useful and effective results to the Saemangum project.
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엄명철 ( Myungchul Eom ),정재운 ( Jaewoon Jung ),권효근 ( Hyokeun Kwon ),조진훈 ( Jinhoon Jo ) 한국농공학회 2009 한국농공학회 학술대회초록집 Vol.2009 No.-
새만금 지역은 2006년 4월에 방조제 전 구간에 대한 연결공사가 완료되어, 현재 배수갑문 2개소를 통해 해수가 유통되고 있다. 정부의 새만금개발 방침에 따라 방조제 끝막이 이후에도 한시적으로 배수갑문을 통해 해수가 지속적으로 유통되고 있으며, 이 후 내부수역을 대상으로 담수화가 추진되면 본격적인 용수 사용이 가능한 하구담수호가 조성될 계획이다. 현재 실시되고 있는 배수갑문을 통한 해수유통은 새만금수역의 수질개선 및 상류지역의 침수방지 등을 고려하여 최대한 외해수가 유입될 수 있도록 추진되고 있으며, 이를 위해 적정 관리수위를 EL. (+)1.00m 수준으로 유지하고 있다. 그러나 향후 방수제 및 산업단지 조성 등 내부개발 공사의 본격적인 추진을 위해서는 새만금호의 관리수위 조정이 불가피하며, 이에 따른 해수유통량 감소로 인해 새만금 수역은 급격한 수질저하 및 생물폐사 등 직접적인 환경변화가 예상된다. 본 연구에서는 향후 방수제 조성공사를 위해 예상되는 새만금수역의 관리수위 조정 및 이를 위한 배수갑문 운영에 따른 수질변화를 예측하였다. 관리수위 시나리오를 설정하고 이를 3차원 동적 수질예측 모델인 GEMSS 모델을 활용하여 시나리오별 수질변화를 분석하였다. 관리수위 운영 시나리오별 화학적산소요구량(Carbonaceous Oxygen Demand, COD) 농도 범위는 만경수역의 경우 EL. (-1.0m)와 EL. (-1.6m)에서 각각 2.2~7.9㎎/L와 2.4~16.5㎎/L로 나타났으며 연평균 농도는 각각 4.9㎎/L와 6.9㎎/L로 나타났다. 동진수역에서의 COD 농도범위는 EL. (-1.0m)와 EL. (-1.6m)에서 각각 2.2~6.7㎎/L와 2.2~10.4㎎/L로 나타났고 연평균 농도는 각각 4.5㎎/L와 5.4㎎/L로 분석되었다. 관리수위별로 예상되는 수역 중앙부의 총인(Total Phosphorus, TP) 농도는 EL.(-1.0m)인 경우 0.070~0.080㎎/L이며, EL. (-1.60m)에서는 0.080~0.110㎎/L 범위이다. 즉 방수제 공사 등을 위해 관리수위를 낮게 유지하는 시나리오에서는 배수갑문을 통한 해수유통량이 급격하게 줄어들게 되므로, 새만금수역 내 수질은 상대적으로 높은 농도값을 나타내었다. 따라서 공사의 수월성과 수역의 수질관리 등을 함께 고려한 적절한 관리수위 설정 및 배수갑문 운영이 향후 방수제 공사시에 필요할 것으로 판단된다. 한편, 본 수질변화 예측에서는 관리수위 저하 및 이에 따른 해수유통량 감소로 예상되는 수역내 해양생물의 급격한 폐사에 따른 수질저하 현상은 전혀 고려하지 않았으므로, 향후 해양생물 등의 폐사로 인한 수질영향 인자까지 모두 고려할 경우 시나리오별 수질예측결과는 현저하게 달라질 수 있다. 따라서 이러한 해양생물 폐사에 따른 영향까지 고려한 새만금수역의 환경영향 분석이 필요하며, 이에 따른 관리수위 조정이 필요할 것으로 판단된다.
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김남기 ( Namki Kim ),정재운 ( Jaewoon Jung ),최인규 ( Inkyu Choi ),조진훈 ( Jinhoon Jo ) 한국농공학회 2009 한국농공학회 학술대회초록집 Vol.2009 No.-
현재 우리나라의 축산용수에 대한 적정 수질기준은 일부 규정되어 있으나 사용목적별로 명확하게 정해져 있지 않고 먹는 물 수질기준 또는 지하수 수질기준 등이 혼용되어 사용되고 있으며 축산 용수량 결정방법에 있어서는 축산 두수에 원단위를 곱하는 원단위 방법을 적용하고 있다. 해외의 사례를 검토한 결과 다양한 가축별, 수질항목 농도별로 영향정도를 제시하고 있으며 대규모 축산업 발달한 미국과 캐나다, 호주 등의 나라에서는 가축의 종류와 가축의 사육환경, 연령, 사료의 종류, 기온, 무게, 가축의 상태, 계절 등의 다양한 환경에 따라 양축용수의 원단위를 제공하고 있다. 본 연구에서는 국내ㆍ외 축산용수에 관한 소요수질 및 용수량 자료를 토대로 새만금 농업지구 축산단지에 향후 관개될 축산용수 수질 및 용수량 산정에 대해 제언하였다. 새만금 농업지역에서 계획하고 있는 축산단지(한우, 젖소)는 자연순환형 유기축산을 목표로 하고 있어 국내법상 친환경농업육성법 시행규칙에서 제시한 지하수 중 생활용수 수질기준을 우선 고려하고 염분, 중금속 등의 수질항목을 특히 강조하고 있는 국외의 축산용수 수질기준들을 보조적으로 사용하는 것이 적절할 것으로 판단되며 일부 젖소 등의 사육시 필요한 수유기 우유저장용기 등 인체나 가축에게 직간접적으로 영향이 미칠 수 있는 용도에 한해서는 먹는 물 수질기준을 사용하는 것이 적합할 것으로 판단된다. 축산용수의 용수량 산정에서도 새만금 농업지역의 특징을 고려하여 축산용수량 산정에 관하여 제언하였다. 먼저 양축용수의 경우에는 국내ㆍ외에서 사용하고 있는 원단위를 비교분석하여 적정수량을 산정하고 가축의 성장단계별, 계절별, 영향요인 등에 따라 구분한 후, 국외의 용수량 산정방법을 참고하여 사용하는 것이 합리적인 것으로 판단되며, 향후 다양한 조건에서의 양축용수 소비량을 조사한후 국내조건에 맞는 용수량을 결정해야 될 것으로 판단된다.
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