특정 염색체 부위에 위치하는 유전자 발굴 - 신경계 발달에 관련된 유전자

박선화,김창미,정혜선,전용혁,김현 대한해부학회 1997 Anatomy & Cell Biology Vol.30 No.2

민자주방망이버섯(Lepista nuda)의 생채학적특성과 cDNA에 관한 연구

이지선 ( Ji Sun Lee ),김종봉 ( Jong Bong Kim ) 대구가톨릭대학교 자연과학연구소 2014 자연과학연구논문집 Vol.12 No.1

본 연구는 L. nuda의 생태학적 특징과 cDNA를 분석하여 자실체형성 및 유용물질과 관련 있는 유용유전자를 밝히고자 하였다. 생태학적 특징을 밝히기 위하여 채집지의 특징과 토양의 수분함유량, pH, 유기물과 무기물함량 등을 조사하였다. 민자주방망이버섯은 대부분 참나무, 소나무가 우거진 고도가 비교적 낮은 지역에서 낙엽이 쌓인 음지의 습한 장소에 군생을 하였다 수분함유율은 평균 27.84% 이었으며, 유기물함유량은 평균 32.58%로 일반토양의 6.9% 에 비해 매우 높은 함유량을 나타내었다. 조사지역의 토양의 산성도는 평균 pH가 4.26 있었다 토양 미량원소를 분석한 결과는 Mg 은 평균 0.05ppm, Ca은 평균 1. 81ppm, K와 Fe 는 각각 평균 194.61ppm, 1.097.81ppm, N의 함량은 7.08 ppm 을 나타내었다. 이 결과 토양은 비교적 산성을 나타내고 있으며, 유기물의 함량은 보통의 경우보다 상당히 높았다. 토양의 비옥도와 관련이 있는 양이온치환율은 일반적인 삼림토양보다 높아 비옥한 경향을 나타내었다. 또 L.nuda 의 cDNA library 제작 및 cDNA 염기서열 분석을 하였으며 cDNA library 로부터 밝혀낸 DNA 염기서열을 NCBI에서 제공하는 Blastx프로그램을 사용하여 유사성을 비교하였다. 유사성을 비교한 결과는 같은 송이과 버섯으로 재배환경이 비슷한 양송이버섯 (Agaricus bisporus) 의 serine proteinase 에 관여 하는 유전자와 61%의 유사도를 보였고, Histone H2B 에 관여하는 유전자와 89% 유사도를 보였다. 이 결과로 볼 때 L.nuda 의 cDNA 염기서열을 분석한 결과 유사성이 높은 여러가지 유전자를 확인하였다. In this research, ecological characteristics of L. nuda were investigated and its cDNA was analysed to find useful genes related with fruiting body formation and useful substances. The moisture content, pH, kind and content of organic compound of the soil on which L. nuda were collected were analysed. Most of L. nuda grew in moisty and shady spots with leaves of oak and pine trees. Moisture content of the soil was 27.84% on the average, and organic compound of the soil was very high (32.58% on the average) compared sith that of common soil. (6.9%). The pH was 4.36, and Contents of Mg, Ca, K, Fe and N were 0.05ppm, 1018ppm, 182.41ppm, 1036.72pp, and 6.95ppm respectively. These results showed that the soil was acidic relatively, and its organic compound was high compared with that of common soil. Also, its cation exchange capacity related sith soil fertility was high and showed a tendency of fertile soil, compared with that of common forest soil. The cDNA library was constructed and sequenced on L. nuda. Those DNA sequenced were search for homology with those of GenBank using Blastx program. A homology between one sequenced of L. nuda and a serine proteinase gene was 61%. Also, a homology between another sequence of L.nuda and histone H2B of Agaricus bisporus was 89%. These results showed that various gene could be identified using cDNA analysis

유전자 특허에 대한 Myriad 판결의 의의와 시사점

임상민 사법발전재단 2014 사법 Vol.1 No.29

On June 13th 2013, the U.S. Supreme Court announced a historic decision which dealt with the issue of whether isolated DNA or cDNA (complimentary DNA) is a patent eligible subject matter or not. In the midst of tense conflict over the issue, the United States Patent and Trademark Office (USPTO) continued to grant patent registration of isolated DNA. The objective of the USPTO was to achieve technical progress by providing an incentive of monopoly on patent rights. However, such practice was heavily criticized on the ground that it hinders technical progress by making related research more difficult and increases the costs of related medical diagnosis. Under these circumstances, researchers, patients and other organizations brought action against the Myriad company (patentee) seeking a declaration that Myriad's patents including the product claims and method claims (process claims) are all invalid. Parties in the ensuing lawsuit were engaged in a long battle. The U.S. District Court granted a summary judgment to the plaintiffs based on a conclusion that Myriad's patents including the product claims and method claims were all invalid because they covered products of nature and abstract ideas. However, the U.S. Court of Appeals for the Federal Circuit affirmed the District Court's decision in part and reversed it in part. The Federal Circuit held that both the product claims in relation to isolated DNA and cDNA and the method claim for screening potential cancer therapeutics were patent eligible, but method claims for comparing or analyzing isolated DNA sequences were not patent eligible. The U.S. Supreme Court granted the second petition for certiorari only on the question of whether isolated DNA and cDNA production claims were valid. Thereby, the Federal Circuit's decision on method claims became final. The U.S. Supreme Court held that (1) isolated DNA is not patent eligible because it is a product of nature but (2) cDNA is patent eligible because it is not naturally occurring. The decision of the U.S. Supreme Court is significant because it ended the long period of controversy by denying the patent eligibility of isolated DNA. However, in spite of the Myriad decision, some issues over gene patents remain unresolved and Myriad decision may lead to disputes hereafter: (1) cDNA exists in natural state or not, (2) method claims held to be patent eligible satisfy the novelty or non-obviousness requirement, (3) DNA not only isolated but also purified is a patent eligible subject matter, etc. 미국 연방대법원은 2013. 6. 13. 분리된 DNA 및 cDNA에 특허적격이 있는지에 관하여 역사적인 판결을 선고하였다. 미국 특허청은 견해가 팽팽하게 대립되던 가운데 분리된 DNA에 대한 특허등록을 허용해 왔다. 이는 독점권이라는 인센티브의 부여를 통한 기술의 발전을 추구하는 것이었다. 그러나 이에 대하여 관련 연구를 어렵게 함으로써 오히려 기술 촉진을 저해하고 관련 의료 진단비용을 증가시킨다는 비판이 많았다. 결국 의사, 환자, 기타 단체들이 유전자 특허를 등록한 회사인 Myriad를 상대로 물건특허, 방법특허 전체에 대하여 특허무효소송을 제기한 것이다. 이 소송에서는 기나긴 공방이 이어졌다. 제1심에서 연방지방법원은 Myriad의 특허 즉 물건특허청구항과 방법특허청구항 쌍방 모두를 무효로 선언하였다. 그러나 연방항소법원은 분리된 DNA의 배열을 비교, 분석하는 방법청구항에 관하여는 특허무효로 선언하면서도, 분리된 DNA와 cDNA에 대한 물건특허청구항과 잠재적 암치료법을 검사하는 방법청구항에 관하여는 제1심을 파기하고 특허가 유효하다고 판단하였다. 연방대법원은 재 상고이송신청을 수리하면서, 다만 물건특허청구항 부분으로 범위를 한정하였다. 즉 방법특허청구항 부분은 재 상고이송신청을 기각함으로써 연방순회항소법원의 판단이 그대로 확정된 것이다. 연방대법원은 분리된 DNA에 대하여는 자연계에 존재하는 것과 동일한 천연물이라는 이유로 특허를 무효로 선언한 한편, cDNA에 대하여는 자연계에 존재하지 아니하는 것을 인공적으로 창조하였다는 이유로 특허 유효를 선언하였다. 연방대법원의 판단은 분리된 DNA의 특허적격을 부정함으로써 이에 관한 장기간의 논쟁을 종식시킨 바 그 의의가 크다 할 수 있다. 그러나 cDNA와 동일한 물질이 자연계에 존재하지 아니하는지 여부, 유효하다고 판단된 방법특허에 관하여 신규성이나 비자명성(진보성) 요건이 구비되었는지 여부, 분리되고 나아가 정제되기까지 한 분리된 DNA의 특허 대상성은 어떠한지 등은 여전히 해결되지 아니한 문제로서 향후 분쟁의 불씨로 남아 있다 할 것이다.

cDNA 마이크로어레이에서 유전자간 상관 관계에 대한 보고

김병수,장지선,김상철,임요한,Kim, Byung-Soo,Jang, Jee-Sun,Kim, Sang-Cheol,Lim, Jo-Han 한국통계학회 2009 응용통계연구 Vol.22 No.3

A series of recent papers reported that the inter-gene correlations in Affymetrix microarray data sets were strong and long-ranged, and the assumption of independence or weak dependence among gene expression signals which was often employed without justification was in conflict with actual data. Qui et al. (2005) indicated that applying the nonparametric empirical Bayes method in which test statistics were pooled across genes for performing the statistical inference resulted in the large variance of the number of differentially expressed genes. Qui et al. (2005) attributed this effect to strong and long-ranged inter-gene correlations. Klebanov and Yakovlev (2007) demonstrated that the inter-gene correlations provided a rich source of information rather than being a nuisance in the statistical analysis and they developed, by transforming the original gene expression sequence, a sequence of independent random variables which they referred to as a ${\delta}$-sequence. We note in this report using two cDNA microarray data sets experimented in this country that the strong and long-ranged inter-gene correlations were still valid in cDNA microarray data and also the ${\delta}$-sequence of independence could be derived from the cDNA microarray data. This note suggests that the inter-gene correlations be considered in the future analysis of the cDNA microarray data sets. 최근에 보고되는 일련의 연구는 Affymetrix 마이크로어레이 자료에서 유전자간 상관관계가 강하고 장범위(長範圍)(long-ranged)로 나타나고 있으며, 기존의 "편한" 가정, 즉 유전자간 상관관계가 매우 약하며, 따라서 유전자간 유사 독립성을 가정할 수 있다는 주장이 비현실적이라는 것을 보고하고 있다. Qui 등 (2005b)은 각 유전자의 검정통계량을 병합하여 통계적 추론을 하는 이른바 비모수적 경험적 베이즈 방법을 적용하면 검색된 특이발현 유전자수의 분산이 커진다는 것을 보고하고 있고, 이러한 분산의 불안전성 이유로서 유전자간 강한 상관관계를 지적하고 있다. 또한 Klebanov와 Yakovlev (2007)는 유전자간 상관관계가 통계적 분석을 어렵게 하는 요인이라기 보다는 유용한 정보의 원천이고 적정한 변환을 통하여 근사 독립을 유지할 수 있는 급수를 만들 수 있으며 이 급수를 ${\delta}$-급수라고 불렀다. 본 보고에서는 국내에서 생산된 2조의 cDNA 마이크로어레이 자료에서 유전자간 상관관계가 비교적 강하며, 장범위(長範圍)로 나타나는 것을 확인하며, 유사 독립성을 전제할 수 있는 ${\delta}$-급수가 cDNA 마이크로어레이에서도 발견되는 것을 보고하고자 한다, 동 보고는 추후 cDNA 마이크로어레이 자료의 분석에서도 유전자간 상관관계를 고려하여야 함을 강조하고 있다.

PCR-Select cDNA Subtraction을 이용한 Allomyces macrogynus의 팡이실의 성장 관련 유전자의 분리

박중규,구용범 인제대학교 1998 仁濟論叢 Vol.14 No.1

Allomyces macrogyuns의 이배체 꼬리홀씨들은, 공세포로 전환된 후, 실뿌리에 이어 팡이실을 형성하는데, 팡이실로 성장하는 과정에서 대기중의 산소의 고갈로 인하여 길이 성장이 급격히 촉진된다. 본 연구에서는, 길이 성장에 관련하는 유전자를 분리하기 위해서 보통의 대기 조건에서 자란 팡이실(Normoxia)과 하나의 탈산소제를 처리한 조건에서 자란 팡이실(Hypoxia)을 수확하여 PCR을 이용한 cDNA subtraction(PVR-select cDNA subtraction)을 수행하였다. PCR로 선택된 subtracted cDNA는 pGEM-T vector에 삽입 후, 대장균에 클로닝하여, 115개의 형질전환체를 무작위적으로 골라 slot blot hybridization을 하였다. 그 결과, 대부분의 클론이 Normoxic 조건에서 보다 Hypoxic 조건에서 다량 발현되는 유전자로나타났으며, 이들 중에서 60개의 클론을 DNA 염기 서열 분석하였더니 19가지의 서로 다른 염기 서열로 동정되었다. 이 유전자들을 Genbank Database와의 유사성을 조사했을 때, 염기 서열상 이미 알려진 유전자와의 유사성이 적었으나, 아미노산 서열상으로는 몇 가지 단백질들과 유사한 것으로 나타났다. 60개의 클론 중에서 높은 빈도로 나타나는 4가지 클론을 northern hybridization하였더니, 대략적으로 각각 0.9kb, 1.9kb, 1.9kb, 2.8kb의 mRNA로 전사되는 것으로, Hypoxic 조건의 팡이실에서 특이적으로 발현되는 것으로 나타났다. Diploid zoospore of Allomyces macrogynus form hyphae after encystment and rhizoid formation. It was the linear growth of hyphae that was stimulated on their growth by oxygen depletion in the atmosphere. In this study, CDNA subtraction with PCR(PCR-select cDNA subtraction) between hyphae incubated under normal atmosphere(Normoxia) and hyphae incubated with an oxygen absorbent(Hypoxia) were performed in order to isolate the genes related to the linear growth. PCR-select Subtracted cDNAs were cloned into E. coli JM 109 using pGEM-T vector. Total 115 transformants were randomly selected and analysed by slot blot hybridization. Most of them were found to be expressed in higher level in Hypoxic condition than in Normoxic condition. Of them, 60 clones were sequenced. They were identified as 19 clones, since nucleotide sequence of 60 clones was identical. Nucleotide homology search of these clones showed no significant homology with known genes, whereas amino acid sequence homology revealed that they had some homology with known proteins. Northern hybridization analysis of 4 frequently appeared clones among 60 clones confirmed that they were expressed in higher level in Hypoxic condition and their mRNA sizes were approximately 0.9kb, 1.9kb, 1.9kb, 2.8kb, respectively.

근세포 분화에 관한 연구: 차별 혼성화 스크리닝법에 의한 근원세포 분화 관련 유전자의 클로닝

강봉석,장세헌유병제양재섭 한국통합생물학회 1994 동물학회지 Vol.37 No.2

골격근 세포는 미분화 단핵 근원세포로부터 신장과 융합을 거쳐 다핵 횡문근섬유로 분화되어 가며 동시에 근특이 유전자의 발현이 선택적으로 일어난다. 본 연구에서는 계배 배양 근원세포의 분화동안 유전자 발현 조절 양상에 대한 연구를 위해, 계배 근원세포를 72시간 배양한 근섬유로부터 CDNA 라이브러리를 제작하였다. 이 cDNA 라이브러리를 미분화 단핵 근원세포(배양 36시간)와 분화된 다핵 근섬유(배양 72시간)의 poly(A)+ RNA 주형에서 합성된 [32P〕cDNA를 Probe로 사용한 differential plaque hybridization 방법으로 스크리닝하였다 분화된 다핵 근섬유 CDNA probe에 강한게 흔성화되는 CDNA clone을 선별하여 클로닝하였다. 선별한 CDNA clone 들 중 하나는 약 1.3 Kb 크기의 삽입절편을 갖고 있는 것으로 나타났고, 이 CDNA를 probe로 사용하여 northern blotting 한 결과, 이 CDNA엑 대한 유전자는 미분화 단핵 근원세포에서 분화된 다핵 근섬유로 분화가 진행됨에 따라 유전자 산물인 RNA 양이 증가되는 것으로 나타났다 또한 이 1.3 Kb CDNA에 대한 RNA의 크기는 약 2 7 Kb로 확인되었다.

한우의 간 조직에서 성장단계별로 발현하는 유전자의 분리

윤혜숙,구용범 인제대학교 1998 仁濟論叢 Vol.14 No.1

생명체에서 발현되어지는 여러 종류의 유전자들은 조직 특이적으로, 흑은 성장단계별로 다른 발현 양상을 보인다. 한우의 경우에서도 그 발현 양상이 다른 유전자가 있을 것으로 추정된 바, 한우의 간 조직을 이용하여 성장단계별로 그 발현 정도가 다른 유전자를 탐색하고자 하였다. 성장단계에 따른 유전자 발현의 차이는 생시, 6개월, 12개월, 24개월 된 한우의 간 조직에서 합성한 cDNA의 subtraction과 PCR 방법을 이용하여 탐색하였다. PCR로 증폭한 cDNA library에서 임의적으로 선택한 622개의 clone들을 slot-blot hybridization를 이용하여, 간 조직의 성장단계별로 차이가 나는 140개의 clone을 얻었으며, 140개의 clone 중 101개의 clone은 성장단계가 증가할수록 발현 양상이 점차적으로 증가하는 유전자인 반면, 39 개의 clone에서 얻은 유전자는 태어난 후 6 개월 이내에 급격히 발현이 증가하는 양상을 보였다. 점차적인 증가 양상을 보인 유전자들을 조사한 결과, 생체 내에서 유해한 free radical로부터 조직이나 세포 구조의 손상을 방지하는 역할을 하는 유전자들과 지방의 생합성 및 지방산이나 지방의 이동과 관련이 있는 유전자들인 것으로 생각되어진다. In many organisms, many genes are expressed differentially depending on developmental stages and ages. It was believed that some genes are expressed differentially in bovine liver tissue during growth. To analyzed the differentially expressed genes, cDNAs from bovine liver tissues of 0, 6, 12, 24 months old oxen were used for cDNA subtraction and PCR. 622 clones were randomly selected from the subtracted cDNA clones and were used for slot-blot hybridization to screen the clones showing differential expression. 140 clones out of 622 were found to exhibit different levels of hybridization signal to the cDNA probes prepared from liver tissues of different growth stages. Of 140 clones, 101 clones exhibited incremental expression during postnatal growth up to 24 months, whereas the 39 clones showed abrupt increase in expression within 6 months of age. It seems that some of the genes which showed gradual increase in expression during growth are related to removal of free radicals, and the others are related to biosynthesis or transport of lipids. Key words : cDNA subtraction, bovine liver, differential gene expression.

Molecular Characterization of Allatostatin cDNA in Central Nervous System and Midgut from the German Cockroach Blattella germanica

Yang, Jae-Hyuck,Park, Joong-Cheol,Lee, Bong-Hee 한국곤충학회 2000 Entomological Research Vol.30 No.2

본 연구는 독일바퀴(B. germanica)의 알라타체에서 유약호르몬 합성을 억제하는 allatostatin(AST)의 cDNA 분자적 특성을 규명하기 위하여 수행되었다. 먼저 독일바퀴의 중추신경계와 중장에서 total RNA를 분리하고 이어서 RT-PCR을 수행하여 AST cDNA 도서관을 만들었다. PCR 산물을 얻기 위하여 두바퀴벌레(D. punctata와 P. americana)의 보존서열로부터 디자인된 primer를 먼저 만들어서 PCR과 5'-RACE 및 3'-Race를 각각 수행하였다. 증폭된 DNA단편들은 pGEM-T Easy vector에 클론닝 하였고 이로부터 3개의 클론을 얻었다. 이 클론들의 염기서열을 결정하여 각각 나열한 결과 AST cDNA는 1,506개의 염기서열로 구성되며 이는 중추신경계와 중장에서 AST 합성에 필요한 375개 아미노산을 암호화할 수 있는 길이에 해당하는 것을 확인하였다. 독일바퀴 AST cDNA는 그 염기서열이 이미 발표된 다른 두 바퀴벌레(D. punctata와 P.americana)의 것과 각각 83%와 77%의 유사성을 나타내었다. This study has been carried out to determine molecular characteristics of Blattella germanica allatostatin (AST) inhibiting juvenile hormone (JH) biosynthesis by corpora allata (CA). In order to determine base sequence of coding region in AST gene a cDNA library was constructed by RT-PCR with total RNA purified from both central nervous system (CNS) and midgut of B. germanica. To get PCR products, PCR and 5'- and 3'-RACE were conducted using degenerated primers designed from the highly conserved region of AST genes from Diploptera punctata and Periplaneta americana. The amplified DNA fragments were subcloned into pGEM-T Easy vector and three cDNA clones obtained were sequenced. They were all composed of 1,506 bp which are able to encode 375 amino acids for synthesis of ASTs in the CNS and midgut of the adult german cockroach. The nucleotide sequence of AST cDNA obtained from B. germanica shows similarities of 83% and 77% to those from D. punctata and P. americana, respectively.

Brassica campestris로부터 自家不和合性 관련 SLG⁴⁸ cDNA의 cloning 및 sequencing

Ill Sup Nou(盧一燮),Hak Soon Choi(崔鶴淳),Hyo Yeon Lee(李孝淵) 한국육종학회 1996 한국육종학회지 Vol.28 No.1

A cDNA sequence homologous to the Brassica self-incompatibility locus specific glycoprotein sequence was isolated from stigmas of B. campestris plants homozygous for the SLG⁴⁸-allele. The relative molecular mass and isoelectric focusing value were calculated to be 50~60KD and pI 9.5, respectively. SLG⁴⁸ cDNA library consisting of 2.5×10⁵ recombinant clones was obtained from the poly (A)⁺ RNA. The cDNA were ligated to λZAPII arms. The selected cDNA clone was subcloned by in vivo excision using the helper phage R408 and E. coli (JM109). The resultant recombinant plasmid was sequenced with Sequenase Ver 2.0 and a deletion kit. The cDNA contains on open reading frame of 1137bases (379 amino acids), a non-coding 3’ region and a poly (A) tail, six N-glycosylation site. Overall the SLG⁴⁸ and SLG⁴⁵ or SRA⁰¹ sequences showed 80.4%, or 53.3% homology at the amino acid level. The SLG⁴⁸ sequence includes 12 cysteine residues in the carboxyl half of the molecule which are conserved with respect of the SLG⁴⁵ and SRA⁰¹. It is indicates that this common characterization of cysteine residues does not specify the self-incompatibility response.

사이클로포스파마이드에 인해 퇴축된 흰쥐 가슴샘의 재생과정에서 cDNA꼬리표를 이용한 발현 유전자의 특성 분석

이건호(Keun-Ho Lee),이희우(Hee-Woo Lee),최희정(Hee Jung Choi),민혜진(Hye-jin Min),백선용(Sun Yong Baek),윤식(Sik Yoon) 대한체질인류학회 2014 해부·생물인류학 (Anat Biol Anthropol) Vol.27 No.4

가슴샘은 T 세포가 생성되는 면역계의 중추 기관이다. 가슴샘 퇴축으로 인해 감소된 면역력를 회복시키기 위해서는 가슴샘 재생과정의 분자기작을 이해하는 것이 필수적이다. 가슴샘의 재생과정에서 발현되는 유전자들을 분석하기 위해서, 재생중의 가슴샘 cDNA 라이브러리를 구축하였고, 무작위적으로 700개의 클론들을 선별하여 630개의 cDNA꼬리표를 확보하였다. 이를 분석한 결과 알려진 유전자 486개(78%), 알려지지 않은 유전자 125개(19%) 그리고 새로운 유전자로 추정되는 cDNA꼬리표들을 포함하여 미확인유전자 19개(3%) 및 그 발현 빈도수를 확인하였다. 또한, 일반적인 기능별로 크게 6개의 범주로 나누어 분류할 수 있었는데, 세포 대사에 관련된 유전자가 44%, 신호전달에 관련된 유전자가 20%, 막수송에 관련된 유전자가 7%, 그리고 세포골격, 세포분열 및 방어기전에 관련된 유전자가 각각 2%를 차지하였다. 확보된 cDNA꼬리표들 중 putative gene 01과 putative E2IG2 gene, musculin 및 osteoactivin 유전자의 발현이 가슴샘 재생과정에서 현저하게 증가한다는 사실을 확인하였다. Putative gene 01의 유전자를 동정하기 위해 전체 길이 cDNA의 염기서열을 분석하였고, 이에 대한 열린읽기틀을 확인하였다. 열린읽기틀 분석결과로 얻어진 아미노산 염기서열을 상동성 조사 및 아미노산 정렬을 실시한 결과 미토콘드리아 ribosomal protein S4와 아주 높은 상동성이 있음을 확인하였다. 따라서 본 연구의 결과는 가슴샘재생의 분자기전을 이해하는 데 유용한 정보를 제공할 뿐만 아니라 가슴샘의 재생과 관련된 유용한 유전자를 발굴하는 데 기여할 수 있을 것이다. The thymus is the central lymphoid organ for the development of bone marrow-derived precursor cells into mature T-cells. Understanding the molecular mechanism of thymic involution and regeneration is critical to develop methods to normalize or improve host immunity from the decreased immune function caused by thymic involution. In this study, the regenerating thymus cDNA library was constructed in the rat from a model of thymic involution and regeneration induced by cyclophosphamide. Expressed sequence tags (ESTs) were obtained by partial sequencing of 700 randomly selected insert-containing clones. A total of 630 ESTs were analyzed, of which 486 ESTs (78%) matched to known genes and 125 ESTs (19%) matched to other ESTs (unknown genes). The 19 ESTs (3%) did not match with any known sequences. The ESTs were grouped into six main functional categories: metabolism (44%), signaling components (20%), membrane transport (7%), cytoskeleton (2%), cell division (2%) and defense (2%). As a result of RT-PCR analysis, expression of putative gene 01, putative E2IG2 gene, musculin and osteoactivin significantly increased in rat thymus during regeneration. The putative gene 01 showed complete homology with mitochondrial ribosomal protein S4 by homology search and multiple alignment of amino acid. These results provide the extensive molecular information on thymus regeneration and will be useful source to identify various genes which may play an important role in the thymus regeneration as well as to clone novel genes. Furthermore, the availability of these data will serve as a basis for further research to understand the molecular mechanism of thymus regeneration.