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- 저자 : Myoung Hyun Ahn(안명현) (검색결과 4 건)
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TGQL : Tachyon ODBMS를 위한 그래픽 질의어의 설계 및 구현
안명상(Myoung-Sang Ahn),이충세(Chung-Sei Rhee),경원현(Won Hyun Kyung),조완섭(Wan-Sup Cho) 한국정보과학회 2000 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.27 No.2Ⅰ
데이터베이스 전문 사용자가 아닌 일반 유저들도 쉽게 데이터베이스에 접근하고자하는 요구들이 늘어나고 있다. 이러한 요구사항을 만족시킬 수 있는 방법 중 하나가 Graphical Query를 사용하는 것이다. Graphical Query는 유저에게 Schema browsing 메커니즘을 제공하여 텍스트를 기반의 질의보다 쉽게 데이터베이스에 접근할 수 있기 때문이다. 본 논문에서는 Tachyon OODBMS를 위한 그래픽 질의어 TGQL(Tachyon Graphical Query Language)의 설계 및 구현에 대해 서술한다. TGQL은 객체 DBMS를 위한 그래픽 질의어이므로 객체지향 개념을 어떻게 그래픽 질의어에 시각적인 요소들로 반영시키는가 라는 문제가 중요하게 다루어진다. 본 논문은 이러한 측면에서 TGQL의 특징들을 기술한다.
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안명상(Myoung-Sang Ahn),정태성(Tea-Sung Jung),조완섭(Wan-Sup Cho),노동현(Dong-Hyun Rho) 한국정보과학회 2004 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.31 No.1B
유전자의 생물학적 기능을 밝히고 세포 내 상호작용을 이해하는 것은 post-genome era의 가장 중요한 작업 중 하나이다. 이러한 세포 내 상호작용은 복잡한 생화학적 네트워크를 형성하게 되며, 그 중 Metabolic pathway(대사 경로)는 생물 시스템을 이해하는데 가장 중요한 부분을 차지하게 된다. 대사 경로를 분석하기 위하여 분자의 기능 및 생화학적 프로세스에 대한 정보를 데이터베이스에 저장?관리해야하고, 사용자의 다양한 질의에 대하여 관련정보를 검색하여 GUI환경에서 제공해야 한다. 이 논문은 대사 경로 정보를 객체 데이타베이스 형태로 모델링하여 구축하고, 사용자가 관심있는 정보를 SBML형태로 제공하는 대사경로 데이타베이스의 설계 및 구현에 관해 다룬다.
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안명상(Myoung-Sang Ahn),오정수(Jung-Su Oh),임정곤(Jung-Gon Lim),노동현(Dong-Hyun Rho),조완섭(Wan-Sup Cho) 한국정보과학회 데이터베이스 소사이어티 2004 데이타베이스 연구 Vol.20 No.3
생물학에서 다루는 데이터의 유형은 DNA나 RNA와 같은 서열 데이터 대사경로나 조절경로와 같은 그래프 데이터, 마이크로-어레이 실험의 결과인 배열 데이터, 관련 문헌 등 매우 다양하다. 지금까지 새로운 유형의 데이터가 필요할 때마다 별도의 데이터베이스가 구축된 경우가 많고 동일한 유형의 데이터에 대해서도 서로 다른 주체에 의해 복수 개의 데이터베이스가 구 축, 운영되고 있다. 일부는 관계형 DBMS로 구축된 것도 있고, 일부는 파일로 구축된 것도 있다. 더욱이 서로 독립적으로 구축되었기 때문에 구조적으로 상이함은 물론, 데이터 모델도 다르다. 하지만, 유전체 연구를 위해서는 여러 데이터베이스에 저장된 정보를 종합적으로 활용해야 한다. 따라서 구조와 내용면에서 매우 이질적인(heterogeneous) 바이오 데이타베이스를 통합하기 위한 연구가 최근 활발히 이루어지고 있다. 이 논문은 많은 이질적인 데이터베이스를 통합하기 위한 데이터 웨어하우징 기법을 소개하고, 보다 효율적인 통합을 위한 매커니즘으로 시스템 생물학의 표준인 SBML의 이용방법과 다양한 데이터베이스에 저장된 용어들의 의미적 통합을 위한 온툴로지 시스템에 대하여 기술한다. In bioscience, there are many different data types such as sequential data (DNA, RNA protein sequences, etc.), graph data (metabolic pathways, regulatory networks, etc.), and array data (results of micro-array experiment, etc.). Various bio-data types are increasing all over the world and each bio-database has different abstraction levels, times, scales, and database schemas. For the accumulated bio-databases, a development of sophisticated analysis system is an important research issue. To do this, these databases must be integrated into a data warehouse and then OLAP or data mining technology can be applied. In database community, data integration has been studied for many years in the context of data warehousing. In this paper, we propose data warehouse technologies for integrating heterogeneous bio-data from various remote bio-databases. For efficiency and accuracy, we use SBML (Systems Biology Markup Language), which is standard for system biology documentation, and bio-ontology in the integration of the bio-databases.
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Deletion Polymorphism of UGT2B17 and Its Relation to Lung Cancer
Se-Ra Lee(이세라),Myoung Hyun Ahn(안명현),So-Young Seol(설소영),Ji-Sun Lee(이지선),Chung-Nam Chung(정정남),Sun-Hee Leem(임선희) 한국생명과학회 2010 생명과학회지 Vol.20 No.5
Glucuronidation은 NNAL [4-(methylnitrosamno)-1-(3-pyridyl)-1-butanol]의 주요 pathway이며, UGT2B의 family인 UGT2B17 (UGT, uridine diphospho-glucuronosyltransferase) 유전자는 발암원의 glucuronidation에 관여한다. UGT2B17 결손은 NNAL의 감소 수준과 특정 암에 있어 위험도를 증가시킨다. UGT2B17 유전자의 copy 수는 사람에서 개인별로 0∼2로 다양하다. 본 연구에서는 UGT2B17 결손이 폐암의 위험도와 연관성을 가지는 가를 알아보기 위해 한국인인 271명의 대조군과 176명의 폐암환자의 샘플로 PCR 방법으로 CNV를 조사하였다. 그 결과, 현재까지 보고된 백인과 흑인에 비해 한국인에서 결실 대립형질이 현저히 높게 나타났다. 백인에서 유전자 두 개 모두가 결실된 0 copy 수가 약 10%를 나타낸 것에 비해, 본 연구의 한국인에서는 0 copy 수가 약 74%를 나타내었다. 더욱이 양 쪽 결실이 여성그룹에서 전반적으로 남성그룹에 비해 높게 나타났다. 그러나 UGT2B17 유전자가 CNV와 폐암과의 연관성은 찾을 수 없었다. 이러한 결과는 UGT2B17 유전자의 결실이 폐암의 감수성과는 연관되어 있지 않으나, UGT2B17 CNV 다형성이 인종간의 진화적 분석의 유용한 마커로 사용이 가능할 것으로 사료된다. Glucuronidation is a major pathway for NNAL [4-(methylnitrosamno)-1-(3-pyridyl)-1-butanol] and UGT2B17 (UGT, uridine diphospho-glucuronosyltransferase) is from the UGT2B family that glucuronidates carcinogens. UGT2B17 deletion was associated with decreased levels of NNAL and with increased risk of some cancers. The UGT2B17 gene varies in copy number from zero to two per individual in humans. To examine whether UGT2B17 gene deletion is associated with the risk of lung cancer, we investigated copy number variants (CNV) in 271 cancer-free controls and 176 cases of lung cancer in Koreans by a PCR-based method. The frequency of the UGT2B17 deleted alleles was much higher than in other Caucasian and African-American groups which have already been reported. While only up to 10% of Caucasians have zero copies of the gene, up to 74% of Koreans in this study showed that both copies of the gene were deleted. Furthermore, the overall frequency of this dual deletion in female groups was higher than in male groups. However, there was no association between CNV in UGT2B17 and lung cancer. This result suggested that the UGT2B17 deletion allele was not associated with the susceptibility of lung cancers in the Korean group. However, this UGT2B17 CNV polymorphism may be a useful marker for evolutionary analysis among races.
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