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효과적인 협업지원을 위한 Jabber 기반의 메신저 시스템
황의윤(Eui-Yoon Hwang),이근웅(Keon-Woong Lee),안건태(Geon-Tae Ahn),김진홍(Jin-Hong Kim),이명준(Myung-Joon Lee) 한국정보과학회 2003 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.30 No.1C
BioPlace 시스템은 유전체 관련 연구자들의 효과적인 정보교환과 연구 활동을 지원하기 위한 웹기반 협업지원 시스템이다. 현재 BioPlace 시스템은 정보를 교환하는 방법이 대부분 비동기적 이어서 실제 공동작업의 과정에서 발생할 수 있는 여러 가지 전달사항이나 수시로 변하는 정보를 실시간으로 전달할 수 있는 방법을 제공하고 있지 않다. Jabber 메시징 시스템은 XML 기반의 개방형 메시징 시스템으로서 실시간 의사소통을 지원하기 위한 다양한 기능과 타 메시징 시스템과의 연동을 제공하고 있어서 능률적인 메시징 서비스의 개발을 지원한다. 따라서, BioPlace 협업지원 시스템에서 Jabber 메시징 서비스를 제공함으로써 이러한 문제를 해결할 수 있다. 본 논문에서는 BioPlace 협업지원 시스템에서 실시간 의사소통 수단으로 사용될 수 있도록 Jabber 실시간 메시징 시스템을 확장하여 BioPlace 메신저 시스템을 설계하고, 실제 구동 가능한 서버와 클라이언트 시스템을 개발하였다.
안건태,윤형석,황의윤,김진홍,이명준,Ahn, Geon-Tae,Yoon, Hyeong-Seok,Hwang, Eui-Yoon,Kim, Jin-Hong,Lee, Myung-Joon 한국정보처리학회 2003 정보처리학회논문지D Vol.10 No.1
포스트지놈 시대에 있어서 가장 주된 연구는 단백질의 구조적 유사성이나 분류학적인 연관성을 밝히는 것이다. SCOP 단백질 구조 분류는 이러한 목적을 위한 대표적인 데이터베이스로서, 3차원 구조가 알려진 단백질에 대한 구조적 분류학적 관계에 대한 상세한 기술을 제공한다. 하지만, SCOP 데이터는 단순 텍스트 형식의 자료로만 제공되고 있어서 이를 이용한 다른 분석 도구나 자원을 개발할 경우 그 작업이 번거로우면서도 오류 발생의 소지가 높다. 따라서 이러한 데이터를 연주자들이 보다 효과적으로 이용할 수 있도록 표준화된 구조적인 형식으로 제공하는 것이 바람직하다. 이러한 요구를 충족시키기 위하여, 본 논문에서는 SCOP 데이터베이스에 대한 효율적인 검색을 지원하는 브라우징 도구인 SCOPBrowser를 구현하였다. SOPBrowser는 SCOP 사이트에서 제공되는 기본정보 및 단백질 구조 분류 정보에 대한 트리보기, 전체 단백질 도메인에 대한 검색, 특정 도메인에 대한 XML 내용 보기, 그리고 단백질 구조에 대한 유용한 통계 등 다양한 정보를 얻을 수 있다. The major challenge for post-genomic study is to identify structural similarity and relationships of proteins. SCOP (Structural Classification of Proteins) is a typical database for this purpose, providing a derailed description of the structural and functional relationships of the proteins whose three-dimensional structures have been determined. Unfortunately, since the SCOP data is only available as a plain text format, it is cumbersome and error-prone to develop tools and resources to utilize the data more effectively. To meet these researchers to utilize the data more effectively. To meet these requirements, we have developed an XML representation for the SCOP site, users of the tool, named, SCOPBrowser, for effective search of SCOP database. In addition to the information available from the SCOP site, users of the tool can obtain various information such as viewing the tree hierarchy of structure classification of proteins, searching into whole protein domains, showing XML contents of a specific domain, and some useful statistics about protein structures.
효과적인 협업지원을 위한 Jabber 메시징 시스템의 확장
이근웅,안건태,황의윤,김진홍,이명준,Lee, Keon-Woong,Ahn, Geon-Tae,Hwang, Eui-Yoon,Kim, Jin-Hong,Lee, Myung-Joon 한국정보처리학회 2003 정보처리학회논문지D Vol.10 No.7
The BioPlace system is a web-based collaborative system which offers effective exchange of information and research activities among the genomic researchers. BioPlace supports collaborative works among the related group members through Personal Workspces and Team Workspces which are virtual spaces on the web. Jabber is an open messaging system based on XML, giving an efficient way of developing messaging services by providing various functionality for real-time communication and interoperability with other foreign messaging systems. In this paper, we have designed additional Jabber XML protocol to extend Jabber messaging system to be used as real-time communication methods on the BioPlace collaborative system. Also, according to the protocol, we have developed both the extended Jabber server and the BioPlace messenger client. BioPlace 시스템은 유전체 관련 연구자들의 효과적인 정보교환과 연구 활동을 지원하기 위한 웹 기반 협업지원 시스템이다. Bioplace 시스템은 웹상의 가상공간인 개인작업장과 팀작업장을 통하여 그룹 멤버들간의 협업을 지원하고 있다. Jabber 메시징 시스템은 XML 기반의 개방형 메시징 시스템으로서 실시간 의사소통을 지원하기 위한 다양한 기능과 타 메시징 시스템과의 연동을 제공하고 있어서 능률적인 메시징 서비스의 개발을 지원한다. 본 논문에서는 Jabber 실시간 메시징 시스템을 확장하여 BioPlace 협업지원 시스템에서 실시간 의사소통 수단으로 사용될 수 있도록 Jabber XML 프로토콜을 설계하였다. 또한, 개발된 프로토콜을 기반으로 확장된 Jabber 서버와 BioPlace 메신저 클라이언트 시스템을 개발하였다.
윤형석(Hyeong-Seok Yoon),황의윤(Eui-Yoon Hwang),안건태(Geon-Tae Ahn),김진홍(Jin-Hong Kim),이명준(Myung-Joon Lee) 한국정보과학회 2002 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.29 No.2Ⅰ
포스트지놈 시대에 있어서 가장 주된 연구는 단백질의 구조적 유사성이나 분류학적인 연관성을 밝히는 것이다. SCOP 단백질 구조 분류는 이러한 목적을 위하여 3차원 구조가 알려진 단백질에 대한 구조적, 분류학적 관계에 대해 상세한 정보를 제공한다. 그러나 SCOP의 데이터는 단순 텍스트 기반의 자료만 제공되고 있어서, 이를 이용한 다른 분석 도구를 개발하거나 유용한 정보 추출을 할 경우 그 작업이 매우 힘들며 오류 발생의 확률이 높다. 본 논문에서는 단백질 구조 관련 연구자들이 SCOP 데이터를 보다 효과적으로 이용할 수 있도록 구조화된 문서의 표준인 XML을 이용하여 개발된 SCOPML에 대하여 기술한다. 그리고 SCOPML을 이용하여 SCOP 데이터에 대한 효율적인 검색을 지원하는 SCOPBrowser의 개발에 대해 기술한다.