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        Complete genome sequencing of Pseudomonas parafulva PpaJBCS1880, a biocontrol and plant growth promoting agent

        더타스와나리,와비오나알렉스,카켐보데이비드,이용훈,Dutta, Swarnalee,Wabyona, Alex,Kakembo, David,Lee, Yong Hoon The Microbiological Society of Korea 2019 미생물학회지 Vol.55 No.3

        벼 종자에서 분리한 Pseudomonas parafulva PpaJBCS1880 (PpaJBCS1880) 균주는 lipopeptide를 분비하여 식물의 세균 병원균에 대해 강력한 항균력을 나타냈다. 또한, PpaJBCS1880는 콩불마름병의 발생을 억제하였을 뿐만 아니라, 벼의 생육을 촉진하였다. 이에 따라, 본 연구에서는 PpaJBCS1880 균주의 전체염기서열을 해독하고 분석하였는데, 총 염기서열은 5,208,480 bp였고, GC 함량은 63.4%였다. 염색체는 4,487개의 단백질을 암호화하였고, 19개의 rRNA와 74개의 tRNA로 구성되어 있었다. 유전체의 분석을 통해 2차 대사산물인 lipopeptide, pyoverdine, phenazine 및 hydrogen cyanide 등을 생산하는 것을 확인하였는데, 이들 대사산물에 의해 항균력, 생물방제 및 생육촉진 효과를 나타내는 것으로 판단된다. Pseudomonas parafulva PpaJBCS1880 (PpaJBCS1880) isolated from rice seeds showed strong antagonistic activity against bacterial plant pathogens by producing lipopeptide. Furthermore, the strain controlled the incidence of bacterial pustule in soybean plants and promoted the growth of rice plants. Here we present complete genome sequence of PpaJBCS1880. The genome comprises of 5,208,480 bp with GC content of 63.4%, which includes 4,487 predicted protein-coding genes, 19 rRNAs, and 74 tRNAs. Genome analysis revealed genes encoding antimicrobial secondary metabolites such as lipopeptide, pyoverdine, phenazine, and hydrogen cyanide, which are known to play essential roles in biocontrol of plant diseases.

      • KCI등재

        Complete genome sequence of Cytobacillus firmus JBRS159, a biocontrol agent against bacterial panicle blight of rice plants

        더타스와나리,강준안,응웬반칸,최수연,이용훈 한국미생물학회 2023 미생물학회지 Vol.59 No.1

        Cytobacillus firmus JBRS159 (JBRS159) isolated from rice grain suppressed bacterial seedling rot caused by Burkholderia glumae and promoted growth of Arabidopsis and rice. Here, we present the complete genome sequence of JBRS159 to reveal underlying characteristics for biocontrol and growth promotion activities. The genome comprises of two contigs of 4,867,753 bp and 96,746 bp (total 4,964,499 bp) with GC content 41.9% and 36.6%, respectively. Contig 1 includes 4,703 protein CDSs, 107 tRNAs, and 36 rRNAs while contig 2 contains 111 protein CDSs. The analysis revealed gene clusters for siderophore, hydrogen cyanide, and acetoin production, and phosphate solubilization, which are important for plant growth promotion and biocontrol of diseases.

      • KCI등재

        Complete genome sequencing of Pseudomonas fluorescens NBC275, a biocontrol agent against fungal pathogens of plants and insects

        더타 스와나리,유상미,나젠드란 라자링감,정상철,이용훈,Dutta, Swarnalee,Yu, Sang-Mi,Nagendran, Rajalingam,Jeong, Sang Chul,Lee, Yong Hoon The Microbiological Society of Korea 2019 미생물학회지 Vol.55 No.2

        낙동강 주변에서 채취한 토양으로부터 분리한 Pseudomonas fluorescens NBC275 (Pf275) 균주는 식물과 곤충에 병을 일으키는 곰팡이류에 우수한 항균력을 보였다. 본 연구에서는 Pf275 균주의 전체염기서열을 해독하고 분석하였는데, 총 염기서열은 6,610,362 bp였고, GC 함량은 60.9%였다. 염색체는 5,869개의 단백질을 암호화하였고, 16개의 rRNA와 65개의 tRNA로 구성되어 있었다. 유전체의 분석을 통해 항균력을 나타내는 2차 대사산물을 암호화하는 유전자를 확인할 수 있었는데, Pf275 균주는 pyoverdine, 2, 4-diacetylphloroglucinol 및 phenazine 등의 항균물질을 생산하였고, 이들 대사산물에 의해 항균력 및 생물방제효과를 나타내는 것으로 판단된다. Pseudomonas fluorescens NBC275 (Pf275) isolated from soil sample collected at riverside of Nakdonggang showed antagonistic activity against fungal pathogens of plants and insects. Here we present complete genome sequence of Pf275. The genome comprises of 6,610,362 bp with GC content of 60.9%, which includes 5,869 predicted protein-coding genes, 16 rRNAs, and 65 tRNAs. Genome analysis revealed gene clusters encoding antimicrobial secondary metabolites such as pyoverdine, 2, 4-diacetylphloroglucinol, and phenazine, which are known to play essential roles in biocontrol of diseases.

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