원심분리기 윈드쉴드에 대한 유동 및 구조해석

정상민(Sang-Min Chung),김영민(Young MIn Kim),이재식(J. S. Lee),유영일(Y. I. Yoo),이철희(Chul-Hee Lee) 유공압건설기계학회 2023 유공압건설기계학회 학술대회논문집 Vol.2023 No.5

참외 전장유전체 염기서열 분석 및 SSR 마커 개발

송운호,정상민,Song, Woon-Ho,Chung, Sang-Min 한국식물생명공학회 2019 식물생명공학회지 Vol.46 No.2

The objective of this study was to use 'Danta PR', NGS (Next Generation Sequencing) technology for genome resequencing to develop polymorphic makers between Chinese oriental melon, 'Hyangseo 1' and Korean oriental melon. From the resequencing data that covered about 81 times of the genome size, 104,357 of SSR motifs and Indel, and 1,092,436 of SNPs were identified. 299 SSR and 307 Indel markers were chosen to cover each chromosome with 25 markers. These markers were subsequently used to identify genotypes of 'Danta PR' BC1 (F1 x 'Danta PR') population and a genetic linkage map was constructed. SSR, Indel, and SNPs identified in this study would be useful as a breeding tool to develop new oriental melon varieties.

오이 다형성 마커를 이용한 유전분석

Sun Young Lee(이선영),Sang-Min Chung(정상민) 한국생명과학회 2011 생명과학회지 Vol.21 No.3

DNA 마커는 유전현상 분석이나 품종육성에 널리 사용되고 있다. 본 연구에서는 내냉성 오이 계통인 ‘NC76’과 냉해 감수성 계통인 ‘GY14’로부터 내냉성 연관 마커을 목적으로 기존의 총 995개 SSR 마커의 다형성을 평가하였다. Agarose gel 전기영동법으로 ‘NC76과 ‘GY14’ 간 PCR증폭 산물의 길이 다형성을 보이는 145개 SSR 마커를 개발하였으며, high resolution melting (HRM) 기술을 사용하여 염기서열 다형성을 보이는 30개의 SSR 마커를 확인하였다. 개발된 175개 SSR 마커 중 20개 마커를 선발하여 ‘NC76’과 ‘GY14’ 간 F₂ 분리 집단에 대한 연관지도를 작성하였으며 그 결과 13개의 마커가 예상했던 연관군에 일치하여 위치됨을 확인할 수 있었다. 따라서 본 연구에서 확인된 175개의 SSR 마커는 향 후 냉해 저항성 연관 마커 개발을 위한 오이 유전자 지도 작성 및 이를 통한 품종 육성에 크게 활용될 수 있을 것으로 기대된다. DNA marker is a powerful tool for plant genetics and breeding. In this study, 995 SSR markers were employed with chilling resistant cucumber, known as ‘NC76’, and chilling susceptible cucumber, known as ‘GY14’. Using 2% agarose gel electrophoresis, 145 SSR markers were identified as length variation markers between ‘NC76’ and ‘GY14’. The SSR markers that showed no length polymorphism were then screened using high resolution melting analysis technique and additional 30 polymorphic SSR markers were identified. As a preliminary evaluation for mapping, 20 markers among these 175 markers were employed to a F₂ population of ‘NC76’ x ‘GY14’ cross. Linkage analysis revealed 13 markers that joined into six linkage groups and seven markers that remained unlinked. This result indicates that these 175 markers could be used for construction of a genetic map using a cross between ‘NC76’ and ‘GY14’ for further investigation in developing markers related to resistance to chilling in cucumbers.

Brassica 종의 유연관계 분석을 위한 유니버설 마커의 적용

박보미(Bo-mi Park),정상민(Sang-min Chung) 한국원예학회 2009 한국원예학회 학술발표요지 Vol.2009 No.10

배추 alternative oxidase 합성 유전자와 연관된 분자마커 개발

Ye Sol Jeong(정예솔),Sang-Min Chung(정상민) 한국생명과학회 2010 생명과학회지 Vol.20 No.2

작물의 수량과 품질은 저온 및 고온 스트레스에 영향을 받는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 배추에서의 스트레스 저항성과 연관된 분자마커를 개발하기 위하여 저온에서의 스트레스 저항성에 영향을 미치는 것으로 알려져 있는 alternative oxidase (AOX) 합성 유전자 관련 분자 마커를 개발하였다. 총 15개의 AOX 합성 유전자와 관련된 Brassica rapa ESTs를 arabidopsis AOX 합성 유전자 염기서열을 이용하여 찾을 수 있었다. 이를 이용하여 고온에서 상대적으로 약한 ‘지부’품종과 상대적으로 강한 ‘권심’ 사이에서 DNA 염기서열을 조사하여 4개의 ESTs에서 insertion 또는 deletion을 찾았고 PCR로 확인 가능한 4개의 공동우성 마커를 개발하였다. 본 연구에서 개발된 분자마커는 배추 작물에서 환경스트레스 저항성과 유전적 연관성을 확인하는데 유용하게 사용될 수 있다고 기대된다. The low and high temperature stress might affect the yield and quality of many crop species. Alternative oxidase (AOX) gene is known as factors related to stress resistance in plants. In order to develop molecular markers related to stress resistance in Chinese cabbage, fifteen ESTs sharing sequence similarity to arabidopsis AOX genes were found using Brassica rapa EST database from NCBI. The polymorphic DNA sequences using the ESTs were then screened between Chinese cabbage, ‘Chiifu’ and ‘Kenshin’. We found four ESTs that have either insertion or deletion between the two cultivars. These polymorphic sites were then targeted for development of the four PCR based molecular markers. These molecular markers developed in this study could be useful for a test of their relationship with abiotic stress resistance in Chinese cabbage.

보강판의 방사소음저감을 위한 제진재의 최적 위치 선정

김사수(Sa-Soo Kim),조대승(Dae-Seung Cho),안호일(Ho-Il Ahn),정상민(Sang-Min Chung) 한국해양공학회 1998 韓國海洋工學會誌 Vol.12 No.2

Many of steel structures having little internal damping consist of stiffened plates. In case that viscoelastic materials are adhered to the stiffened plates for the reduction of structure-borne noise, their effects are varied by the adhered position and dynamic characteristics of the structures as well as their material properties and adhered amount. In this paper, sound reduction effects of viscoelastic materials partially adhered to the different positions of a stiffened steel plate have been investigated by the measurement of vibratory velocity and sound intensity. The results show that optimal adherent positions of viscoelastic materials to reduce sound radiation power are the loop areas of modes.

배추 trehalose 합성 유전자와 연관된 DNA 마커 개발

정예솔(Yesol Jeong Yong),임용표(Yong Pyo Lim),허윤강(Yoonkang Hur),정상민(Sang-Min Chung) 한국생명과학회 2009 생명과학회지 Vol.19 No.5

배추는 재배 온도에 따라 수확량과 품질에 많은 영향을 받을 수 있다. 고온 스트레스 저항성 배추품종 육성을 위해 본 연구는 스트레스 저항성에 관련이 있다고 알려진 trehalose 유전자 관련 다형성 마커를 개발하였다. 아라비돕시스 trehalose 합성 유전자와 유사한 총 28개의 배추 EST를 NCBI database에서 찾고 고온에 상대적으로 약한 지부품종과 고온에 잘 견디는 품종인 권심을 대상으로 다형성을 조사하였다. 이 중 10개의 EST에서 insertion/deletion 또는 single nucleotide polymorphism을 발견하여 이를 바탕으로 쉽게 이용이 가능한 10개의 다형성 PCR 마커를 개발하였다. 본 연구에서 개발된 trehalose 분자마커는 앞으로 배추 작물에서 환경 스트레스 저항성과 유전적 연관성을 확인하는데 이용될 수 있고 MAS를 이용한 품종육성에 이용될 수 있다고 기대된다. High temperature stress might affect the yield and quality of Chinese cabbage. In order to develop cultivars resistant to high temperature stress, we developed polymorphic DNA markers for trehalose synthesis genes related to abiotic stress resistance. A total of 28 Brassica rapa ESTs homologous to trehalose synthesis genes of Arabidopsis were found from the NCBI database. The polymorphic DNA sequences were searched between Chinese cabbages - Chiifu, which is relatively susceptible to high temperature stress, and Kenshin, which is tolerant to high temperature stress. Among the 28 ESTs, we found 10 ESTs that have either insertion/deletion and/or single nucleotide polymorphism between the two cultivars. Those polymorphic sites were then targeted for the development of 10 PCR based markers. These molecular markers related to trehalose genes could be used not only to test their relationship with abiotic stress resistance in Chinese cabbage, but also the development of abiotic stress resistant cultivars using MAS.

성발현 연관 분자마커를 이용한 단성화 참외 선발

방선웅(Sun-Woong Bang),송기환(Kihwan Song),심성철(Sung Chur Sim),정상민(Sang Min Chung) 한국원예학회 2016 원예과학기술지 Vol.34 No.1

멜론에서 개발된 단성화 연관 마커인 T1ex를 참외계통 선발에 적용하였다. T1ex 마커가 멜론에서는 단성화에 대해 두 가지 크기의 변이를 보였으나 참외에서는 단일 크기 변이를 보였고 하나의 계통을 제외한 나머지 105 계통에서 단성화와 양성화에 대한 표현형과 유전자형이 99% 일치함을 보였다. 또한 T1ex 단성화 연관마커의 MAS 적용가능성을 확인하기 위해 참외 품종육성에 이용되고 있는 240개 개체 중 분자마커 선택법으로 선발된 98개체를 비교해 본 결과 표현형과 유전자형이 100% 일치하였고, 이형 유전자형을 조기에 효과적으로 제거 할 수 있음을 확인하였다. 따라서 멜론에서는 적용이 어렵다고 판단된 단성화 연관 마커 T1ex가 참외에서는 계통 육성과정에서 적용 가치가 매우 높다고 평가된다. The DNA marker T1ex, originally developed from melon (Cucumis melo L.) for monoecy, was employed in chamoe, which is referred to as oriental melon. This marker shows size variations in monoecious melon. However, in chamoe, no such detrimental size variation was found in monoecious chamoe, and 99% association between flower phenotypes and genotypes of the T1ex marker was observed in 106 lines of chamoe. To evaluate the efficacy of the T1ex marker for marker-assisted selection (MAS), a total of 240 plants of chamoe breeding lines were screened using the T1ex marker. Among these, 98 varieties were selected. Although the T1ex marker might not be useful for MAS in melon, we found 100% concordance between genotypes and phenotypes for sex expression in chamoe. These results suggest that the T1ex marker will be a useful resource for MAS for monoecy in chamoe.

Evaluation of TYLCV-resistant Tomato Germplasm Using Molecular Markers

Young-Hoon Park(박영훈),Kwang-Hwan Kim(김광환),Young-Mi Choi(최영미),Hak-Soon Choi(최학순),Young Chae(채영),Kwon-Seo Park(박권서),Sang-Min Chung(정상민) 한국원예학회 2010 원예과학기술지 Vol.28 No.1

토마토 황화잎말림바이러스(tomato yellow leaf curly virus, TYLCV)병은 세계전역에 걸쳐 토마토 생산에 막대한 손실을 입히고 있으며, 국내에서도 피해 농가가 속출하고 있어, 강한 저항성을 지닌 국내 품종의 개발이 매우 시급하다. 본 연구에서는 현재까지 알려진 주요 TYLCV 저항성 유전자인 Ty-1, Ty-2, Ty-3, Ty-3a를 지니는 저항성 계통을 해외로부터 도입하여 계통이 지니는 각 저항성 유전자간 대립유전자의 조성을 DNA 분자표지를 이용하여 분석한 결과, 분자표지의 유전형과 저항성 표현형간의 완전한 일치를 관찰할 수 있었다. 또한 AFLP을 통한 유연관계분석에서 TYLCV 저항성 유전자원과 국내 시판 품종 및 육성계통간 유전적 배경이 상당히 유사한 것으로 드러나, 본 유전자원을 국내 육종재료로 활용하는 것이 매우 용이하리라 판단되었다. 본 연구에서 소개된 TYLCV 저항성 도입계통들과 분자표지를 이용하여 다양한 저항성 유전자들을 집적시킴으로써, 높은 수준의 TYLCV 저항성을 지닌 국내 품종개발이 단시간에 가능하리라 생각된다. 하지만, 보다 정확한 저항성 판별을 위해서는 효율적인 생물검정기술의 확보가 국내 품종육종에 절실하다. Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) infection causes serious economic losses in tomato production world-wide, and the development of new domestic cultivars with high levels of resistance to TYLCV is required. In this study, major advanced breeding lines carrying TYLCV-resistance loci, Ty-1, Ty-2, Ty-3, and Ty-3a were collected from overseas breeding programs, and their allelic composition of each resistance locus were confirmed by using public PCR-based DNA markers. Perfect matches between marker genotypes and the resistance indicated a feasibility of marker-assisted selection (MAS). In addition, genetic relationship of the TYLCV-resistant germplasm with commercial hybrids broadly grown in South Korea and other breeding lines were evaluated by AFLPs. A very close genetic background among these tomato germplasm revealed by the genetic similarity coefficient (0.87 to 1.00) and UPGMA implied the easiness of a rapid incorporation of the resistance genes. Phenetic tree showed a close relationship between TYLCV-resistant CLN lines and general type commercial hybrids, while Gc lines formed an independent group distinguished from both general and cherry type cultivars. Pyramiding TYLCV-resistance alleles using the resistant germplasm and DNA markers introduced in this report will greatly improve the breeding process for high levels of TYLCV-resistance. For accurate evaluation of the TYLCV-resistance, however, a reliable method of bio-assay still remains to be established.