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Complete genome sequence of Celluosilyticum lentocellum WCF-2 isolated from cow dung
허준,유재홍,박인철,한병학,권순우,안재형,Heo, Jun,You, Jaehong,Park, InCheol,Han, Byeong-Hak,Kwon, Soon-Wo,Ahn, Jae-Hyung The Microbiological Society of Korea 2019 미생물학회지 Vol.55 No.3
사일리지 제조에 사용하기 위한 섬유소 분해균을 탐색하는 중 절대혐기성 세균인 WCF-2 균주를 선발하였다. WCF-2 균주는 16S rRNA 유전자 염기서열 유사도가 가장 높은(98.2%) 표준균주인 Cellulosilyticum lentocellum DSM $5427^T$ 보다 높은 섬유소 분해 활성을 나타내었다. WCF-2 균주의 전체 유전체 염기서열을 분석하고 이를 C. lentocellum DSM $5427^T$와 비교하였을 때 두 균주의 OrthoANI 값은 97.9%로 나타나 WCF-2를 C. lentocellum으로 동정하였다. WCF-2 균주의 유전체 크기는 4,779,774 bp이고 G + C 함량은 34.4%였으며 4,154개의 단백질 암호화 유전자 및 142개의 RNA 암호화 유전자를 보유하고 있었다. 또한 WCF-2 균주는 7개의 cellulase를 보유하고 있었으며 이 중 5개는 C. lentocellum DSM $5427^T$의 cellulase와 낮은 유사도를 나타내었다. An anaerobic bacterial strain WCF-2 was isolated from cow dung in finding cellulose-degrading bacteria for use as silage additives. Strain WCF-2 showed a higher cellulolytic activity than Cellulosilyticum lentocellum DSM $5427^T$, the closest relative of strain WCF-2 (98.2% of 16S rRNA gene sequence similarity). We sequenced the complete genome of strain WCF-2 and compared it with that of C. lentocellum DSM $5427^T$. The OrthoANI value between the two strains was 97.9% thus strain WCF-2 was identified as C. lentocellum. The genome size of strain WCF-2 was 4,779,774 bp with a G + C content of 34.4%, 4,154 coding genes (CDS), 54 pseudo genes, and 142 RNA genes. Strain WCF-2 harbored seven cellulase genes, five of which showed low similarities with those of C. lentocellum DSM $5427^T$.
노유미,이관형,박인철,김완규,한병학,유재홍,안재형,Ro, Yu-Mi,Lee, Gwan-Hyeong,Park, InCheol,Kim, Wan-Gyu,Han, Byeong-Hak,You, Jaehong,Ahn, Jae-Hyung 한국미생물학회 2016 미생물학회지 Vol.52 No.4
전국에서 채취한 사일리지 및 우분 시료로부터 사일리지 첨가제로 사용하기 위한 유산균을 순수 분리하고 그 특성을 조사하였다. MRS 배지에서 성장 속도를 기반으로 16개의 유산균 균주를 순수 분리하였으며 이들은 16S rRNA, RNA polymerase alpha subunit, 60-kDa heat shock protein, phenylalanyl-tRNA synthase alpha subunit 유전자 염기서열에 기반하여 Lactobacillus, Enterococcus, Weissella 속으로 동정되었다. 16균주 중 L. plantarum과 유전적으로 높은 유사도를 보인 균주들은 MRS 배지와 쌀보리 추출배지에서 가장 빠른 성장 및 pH 저하를 나타냈으며 이용 가능한 당 종류 및 생장 가능한 pH, 온도, 염분범위가 상대적으로 넓었다. 또한 이 균주들은 PCR 검사 결과 바이오제닉 아민 생성을 위한 유전자가 없었으며 그 MRS 배지 배양액은 사일리지 부패균에 대한 저해 효과가 상대적으로 큰 것으로 나타나 이 균주들이 우수한 사일리지 첨가제로 사용될 수 있을 것으로 판단된다. 그러나 분리된 모든 유산균들의 쌀보리 추출배지 배양액은 사일리지 부패균의 성장에 큰 영향을 미치지 않거나 오히려 촉진시켰으며 선발된 유산균들을 사일리지 제조에 사용하기 위하여 그 원인 구명과 대책마련이 필요할 것으로 판단된다. Sixteen lactic acid bacterial strains were isolated from silage and cow dung samples, and characterized to identify their potential as silage additives. They were identified as the members of the genera Lactobacillus, Enterococcus, and Weissella, and clustered into nine groups based on the sequences of the genes for 16S rRNA, RNA polymerase alpha subunit, 60-kDa heat shock protein, and phenylalanyl-tRNA synthase alpha subunit. Among them, the three strains which were genetically similar to L. plantarum showed the fastest growth and pH decrease in MRS and rye extract media, the highest numbers of available carbohydrates, and the widest ranges of pH, temperature, and salinity for growth. In addition, they showed no amplified DNA products in the PCR examination targeting the genes for the production of biogenic amines, and the MRS media where they had been cultured showed relatively high inhibition effect against the growth of silage-spoiling microorganisms, including fungi, yeast, and clostridia. The results suggest that these strains are good candidates for silage additives. However, the rye extract media where the lactic acid bacteria had been cultured had no effect on or stimulated the growth of the silage-spoiling microorganisms, and the causes must be established for the practical use of the lactic acid bacteria as silage additives.