SVM 분류 알고리즘을 이용한 스팸메일 필터링

민도식(Do-Sik Min),송무희(Mu-Hee Song),손기준(Ki-Jun Son),이상조(Sang-Jo Lee) 한국정보과학회 2003 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.30 No.1B

전자우편은 기존 우편 기능을 대체하는 대표적인 정보 전달 수단으로 자리 잡고 있다. 전자메일 사용자의 증가에 따라 많은 기법들은 전자 메일을 통해 광고를 하게 되었다. 이에 따라 전자메일 사용자들은 인터넷 상에 개인 전자메일 주소가 노출됨으로 많은 스팸메일을 수신하게 되는데, 이것은 전자메일 사용자에게 많은 부담이 되고 있다. 본 논문은 전자우편 문서내의 단어들을 대상으로 통계적 방법의 SVM을 이용하여 스팸메일을 필터링 하였으며, 학습 단계에서 단어 자질공간의 축소를 위해 DF값 변화에 따른 학습을 통하여 분류의 성능을 비교하였다. SVM의 성능 평가를 위해 확률적 방법의 나이브 베이지안과 벡터 모델을 이용한 분류기와 성능을 비교함으로써 SVM 방법이 우수한 성능을 보임을 검증하였다.

Jurkat T 면역세포에서 Phosphoinositides 의 가수분해를 증가시키는 약용식물 추출물의 검색

민도식(Do Sik Min),이영한(Young Han Lee),백석환(Suk Hwan Baek),서판길(Pann Ghill Suh),류성호(Sung Ho Ryu) 한국응용약물학회 1996 Biomolecules & Therapeutics(구 응용약물학회지) Vol.4 No.2

Activation of the T lymphocytes results in a variety of early biochemical events ultimately leading to cell proliferation and lymphokine production. Stimulation of the signal transduction cascade in T cells through the T cell receptor coincides with activation of the phosphatidylinositol-phospholipase C (PI-PLC) pathway. Therefore, we have established a model system to screen immuno-simulator that can increase the hydrolysis of phosphoinositides in human T cell leukemia Jurkat cells. As a result of screening from herbal medicine extract, 4 extracts (Olibanum, Ephedrae Herba, Real Gar, Saussureae Radix) were found to increase the production of inositol phosphates. All the active fraction from the four kinds of extract were eluted in a different retention time on C-18 HPLC and these active fraction also showed difference in cell specificity. And all the active fractions increased DNA synthesis in T cell. Therefore, it is suggested that the active fraction among 4 extracts might contain a compound having different properties one another.

위암치료제로서 rebamipide의 잠재적 효능

민도식(Do Sik Min) 한국생명과학회 2016 생명과학회지 Vol.26 No.10

Rebamipoide는 위궤양과 위염치료에 쓰이는 위보호제로 임상에서 사용되고 있지만 위암에서의 역할에 대해서는 알려지바가 거의 없다. 헬리코박토 파일로리(Helicobacter pylori)의 주요독성인자인 CagA는 위암의 발생과 관련이 있다. CagA는 위암세포에서 NFκB의 활성을 증가시켜 PLD1 단백질의 발현을 증가시킴으로써 위암세포의 증식과 침윤을 유도한다. Rebamipide는 NFκB의 활성을 억제함으로써 H. pylori의 CagA에 의해 유도되는 PLD1의 발현을 저해하는것으로 규명되었다. 게다가, rebamipide는 H. pylori의 CagA에 의해 유도되는 β-catenin과 그 표적 유전자로서 인 암줄기세포 마커 단백질의 발현을 증가시킴으로써 위암줄기세포의 자가재생능력을 감소시킨다. 또한 rebamipide는 항암제 내성을 극복하는 화학감수성을 증가시켜서 위암생성을 감소시키는 것으로 나타났다. 그래서 rebamipide는 위암치료제로서의 잠재적 효능을 가지고 있는 약물로서의 가능성이 제시되고 있다. Rebamipide is a mucosal-protective antiulcer drug, but its mechanism of action in gastric cancer remains elusive. CagA, a major virulence factor of Helicobacter pylori (H. pylori), is associated with the risk of gastric cancer. CagA protein is injected into gastric epithelial cells and deregulates a variety of cellular signaling molecules. CagA from H. pylori induces phospholipase D1 (PLD1) expression through NFκB activation in gastric epithelial cells, followed by invasion and proliferation of gastric epithelial cancer cells. Infection with cagA-positive H. pylori and expression of CagA enhances the binding of NFκB to the PLD1 promoter. Rebamipide abolishes H. pylori cagA-induced PLD1 expression via inhibition of binding of NFκB to the PLD1 promoter and also inhibits PLD activity. Moreover, rebamipide abolishes H. pylori CagA-induced β-catenin and the expression of a target cancer stem cell (CSC) marker gene via upregulation of miRNA-320a and -4496, followed by attenuation of self-renewal capacity of H. pylori CagA-infected gastric CSCs. In addition, rebamipide increases the chemosensitivity of CagA-expressed gastric CSCs and suppresses gastric carcinogenesis. Thus, it is speculated that rebamipide might show a potent efficacy as chemotherapeutic drug against gastric cancer cells. In this review, we summarizes recent results regarding the novel insights for the efficacy of rebamipide in gastric cancer cells.

암미세환경에서 종양관련대식세포의 역할

민도식(Do Sik Min) 한국생명과학회 2018 생명과학회지 Vol.28 No.8

암세포는 종양의 성장을 지지하는 다양한 성분으로 구성되어 있는 환경에서 자란다. 암미세환경에 존재하는 주요 세포등은 섬유아세포, 내피세포, 면역세포들이며 이들세포들은 암세포들과 서로 소통을 하고 있다 종양조직에 유입된 면역세포중에서 대식세포가 종양미세환경의 주요성분으로서 다양한 면역현상들을 조절한다. 면역세포 유입에 의한 암촉진과 항암효과 간의 복잡한 균형은 종양의 성장과 진행에 필요한 만성염증 환경을 생성시킬 수 있다. 대식세포는 M1과 M2 극성화로 규정된 미세환경 신호에 반응하여 기능적으로 다른 프로그램을 작동시킬 수 있다. 종양관련대식세포는 다양한 사이토카인, 케모카인, 단백질분해효소들을 분비함으로써 암 신생혈관형성, 증식, 전이 및 면역억제를 촉진시킨다. 최근에, 종양관련대식세포는 암줄기세포와 상호작용하여 종양의 진행, 전이 및 항암제 내성을 유도하는 것으로 알려져 있다. 종양관련대식세포는 암미세환경을 유지하기위해 면역억제 기능을 획득하며, 종양의 이질성과 가소성의 특성을 갖고 있어 암관련인자 및 감염등의 노출에 의해 서로 다른 극성형질로 리프로그래밍된다. 종양관련대식세포는 기질인자의 자극에 의해 암특이적인 케모카인들을 생성하기 때문에 케모카인은 질병의 활성을 반영하는 바이오마커로 작용할 수 있다. 종양조직에 종양관련대식세포가 많이 유입될수록 환자의 예후가 좋지 않으며 항암치료에 대한 저항성이 생긴다. 따라서 종양에서 대식세포를 표적화하는 항암치료는 유망한 치료전략이 될 수 있다. Cancer cells grow in an environment composed of various components that supports tumor growth. Major cell types in the tumor microenvironment are fibroblast, endothelial cells and immune cells. All of these cells communicate with cancer cells. Among infiltrating immune cells as an abundant component of solid tumors, macrophages are a major component of the tumor microenvironment and orchestrates various aspects of immunity. The complex balance between pro-tumoral and anti-tumoral effects of immune cell infiltration can create a chronic inflammatory microenvironment essential for tumor growth and progression. Macrophages express different functional programs in response to microenvironmental signals, defined as M1 and M2 polarization. Tumor-associated macrophages (TAM) secret many cytokines, chemokines and proteases, which also promote tumor angiogenesis, growth, metastasis and immunosuppression. TAM have multifaceted roles in the development of many tumor types. TAM also interact with cancer stem cells. This interaction leads to tumorigenesis, metastasis, and drug resistance. TAM obtain various immunosuppressive functions to maintain the tumor microenvironment. TAM are characterized by their heterogeneity and plasticity, as they can be functionally reprogrammed to polarized phenotypes by exposure to cancer-related factors, stromal factors, infections, or even drug interventions. Because TAMs produce tumor-specific chemokines by the stimulation of stromal factors, chemokines might serve as biomarkers that reflect disease activity. The evidence has shown that cancer tissues with high infiltration of TAM are associated with poor patient prognosis and resistance to therapies. Targeting of TAM in tumors is considered a promising therapeutic strategy for anti-cancer treatment.

세포사멸에서 Phospholipase D 동위효소의 기능적 역할

민도식(Do Sik Min) 한국생명과학회 2014 생명과학회지 Vol.24 No.12

Phospholipase D (PLD)는 세포막을 구성하는 주요지질인 인지질을 분해하여, 이차신호전달물질인 phosphatidic acid (PA)를 생성함으로써 세포의 성장 및 증식, 생존신호전달등 세포내 다양한 생리현상을 조절하는 중요한 신호전달 핵심단백질로 대두되고 있다. PLD의 비정상적인 발현과 활성은 다양한 암을 비롯한 여러 질환에서 나타난다. PLD에 의해 생성된 PA는 세포사멸 유전자의 발현을 감소시켜서 세포사멸에 대한 내성을 나타내고 있다. 최근에, 세포사멸과정에서 PLD 단백질의 turnover dynamics에 관한 분자수준에서의 연구가 규명되었다. PLD는, 세포사멸시 활성화되는 단백질 분해효소인 caspases의 새로운 기질로 작용하여 세포사멸을 차별적으로 조절을 한다. Caspase에 의한 PLD동위효소의 차별적인 분해양상이 PLD의 효소활성과 세포사멸억제 기능을 조절한다. 그래서 PLD는 암치료의 표적분자로서의 가능성이 제시된다. 본 리뷰논문에서, 세포사멸조절 PLD의 기능적 역할에 대해 서술하고자 한다. Phospholipase D (PLD) catalyzes the hydrolysis of phospholipid to phosphatidic acid (PA), a lipid secondary messenger. Two forms of PLD isozymes, phosphatidylcholine-specific PLD1 and PLD2, have been identified. PLD has emerged as a critical regulator of cell proliferation and survival signaling, and dysregulation of PLD occurs in a various illnesses, including cancer. PLD activity is essential for cell survival and protection from apoptosis. Overexpression of PLD isozymes or PLD-generated PA attenuates the expression of apoptotic genes and confers resistance to apoptosis. The apoptosis-related molecular mechanisms of PLD remain largely unknown. Recently, the dynamics of PLD turnover during apoptosis have been reported. The cleavage of PLD isozymes as specific substrates of caspase differentially regulates apoptosis. PLD1 is cleaved at one internal site, and PLD2 is cleaved two sites at the front of the N-terminus. The cleavage of PLD1 reduces its enzymatic activity, probably via the dissociation of two catalytic motifs, whereas the cleavage of PLD2 does not affect the catalytic motifs and its activity. Thus, PLD2 maintains antiapoptotic capacity, despite its cleavage. Therefore, the differential cleavage pattern of PLD isozymes by caspase affects its enzymatic activity and antiapoptotic function. Thus, PLD is considered a potential target for cancer therapy. We summarize recent studies regarding the functional role of PLD in apoptosis.

인간 교세포주에서 CoCl₂에 의한 phospholipase D의 조절기전

이승훈,민계식,민도식,Lee, Seung-Hoon,Min, Gye-Sik,Min, Do-Sik 한국생명과학회 2006 생명과학회지 Vol.16 No.4

본 연구에서 최근 세포내 신호전달을 매개하는 중요한 효소로써 PLD 동위효소에 대하여, $CoCl_2$가 PLD 동위효소의 활성을 증가시킨다는 사실을 밝혔으며, 중간에 매개되는 단백질로써, PLD1은 p38 MAP kinase, PKA와 $PKC-{\delta}$의 조절을 받고 PLD2는 p38 MAP kinase와 PLC의 조절을 받으므로 그 활성 기전이 각각 다르다는 사실을 확인하였다. 그리고 $CoCl_2$에 의해 생성되는 활성산소 종에 의한 염증상태가 유도될 것이라고 예상하였고 $CoCl_2$가 PLD 동위효소를 매개로 하여 염증상태에서만 특이적으로 발현되고 염증반응을 매개하는 COX-2 단백질에 어떠한 영향을 미칠 것인가를 조사하였다. 결과적으로 $CoCl_2$에 의해 PLD 효소 활성이 증가됨으로써 COX-2의 발현이 증가한다는 것을 발견하였을 뿐만 아니라 COX-2의 발현에 대하여 COX-2 promoter의 활성도 증가한다는 사실을 확인함으로써 전사수준에서의 결과도 이를 뒷받침 해 주고 있었다. Phospholipase D (PLD) is known to play an important role in a variety of cells. However, little is known about $CoCl_2-mediated$ PLD signaling. In this study we demonstrated for the first time that $CoCl_2$ stimulates PLD activity and increases expression of cyclooxygenase-2 (COX-2), which is known to mediate inflammatory reaction. $CoCl_2-induced$ PLD activity was assessed by measuring the formation of $[^3H]$ phosphatidylbutanol (PtdBut), the product of PLD-mediated transphosphatidylation, in the presence of 1-butanol. To study mechanism of PLD signaling induced by $CoCl_2$, U87 human glioblastoma cells were stimulated by $CoCl_2$ and regulators of PLD activity induced by $CoCl_2$ were investigated using several inhibitors of signaling proteins. Moreover, PLD activation by $CoCl_2$ increased not only expression of COX-2 protein but also COX-2 promoter activity. In summary, these results suggest that $CoCl_2$ increases expression of COX-2 protein via PLD in human U87 glioblastoma cells.

분화된 HL60 세포에서 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor에 의한 95 kDa 단백질의 Tyrosine잔기 인산화

이영한,김정옥,민도식,김희숙,김용식,이창연,류성호,서판길,Lee, Young-Han,Kim, Jeong-Ock,Min, Do-Sik,Kim, Hee-Sook,Kim, Yong-Sik,Lee, Chang-Youn,Ryu, Sung-Ho,Suh, Pann-Ghill 생화학분자생물학회 1994 한국생화학회지 Vol.27 No.5

사람의 granulocyte-macrophage colony-stimulating factor(GM-CSF)는 세포 표면에 존재하는 특이 수용체 자극을 통하여 각종 분화단계에 있는 골수세포의 성장과 분화에 중요한 cytokine이다. HL60 세포에 분화 유도 인자인 phorbol 12-myristate 13-acetate(PMA), $1{\alpha}$,25-dihydroxyvitamine $D_3$[1,25-$(OH)_{2}VD_{3}$] 및 dimethyl sulfoxide(DMSO) 등을 전처리한 후 GM-CSF 자극에 대해 특정 분화단계에서만 활성화되는 세포내 단백질을 조사하였다. SH2-SH3 domain을 인지하는 F7-2 항체로 면역 침전하여 면역 블롯한 결과 미분화 세포와 DMSO를 처리한 세포에서는 GM-CSF 자극에 의해 tyrosine 인산화되는 단백질을 발견할 수 없었지만, PMA와 1,25-$(OH)_2VD_3$를 전처리한 세포에서는 95kDa 단백질의 tyrosine 인산화가 일어남을 관찰하였다. Kinetics 분석결과 95 kDa 단백질의 tyrosine 인산화 반응은 GM-CSF 처리 후 1분 이내에, 1,25-$(OH)_{2}VD_{3}$를 전처리한 세포에서는 2분 이내에 나타나는 신속한 반응이었다. 이 단백질이 세포에서 발현되는 양은 PMA 전처리 시간에 무관하게 일정하였으나 GM-CSF에 의한 인산화는 PMA 전처리 시간에 따라 변화하였다. 또한, 95 kDa 단백질은 in vitro에서도 autophosphorylation되었다. 이러한 결과로부터 95 kDa 단백질은 PMA나 1,25-$(OH)_{2}VD_{3}$로 분화 유도된 HL60 세포에서 GM-CSF의 초기 신호전달 경로에 관여하고 있음을 추측할 수 있었다. Human granulocyte-macrophage colony-stimulating factor (GM-CSF) is a multipotent cytokine which stimulates the proliferation and differentiation of various lineage of hematopoietic cells. We examined whether GM-CSF stimulates protein phosphorylation in HL60 cells pretreated with differentiation-inducing factors such as PMA, 1,25-$(OH)_{2}VD_{3}$ and DMSO. GM-CSF induced tyrosine phosphorylation of 95 kDa protein in PMA- or 1,25-$(OH)_{2}VD_{3}$ but not in DMSO-pretreated cells. Tyrosine phosphorylation of 95 kDa was detected at 1 min and 2 min after stimulation of GM-CSF in PMA- and 1,25-$(OH)_{2}VD_{3}$-pretreated cells, respectively. Kinase activity which phosphorylates tyrosine residue(s) of the 95 kDa protein appeared to increase in a time dependent manner in PMA-pretreated cells, whereas the expression level of 95 kDa protein was not changed. We also observed that 95 kDa protein was autophosphorylated in immunecomplex kinase assay, suggesting that this 95 kDa protein may be tyrosine kinase which is activated in lineage specific manner. These results suggest that 95 kDa protein may be involved in an early signal transduction pathway of GM-CSF.

분화된 HL60 세포에서 Granulocyte - Macrophage Colony - Stimulating Factor 에 의한 95kDa 단백질의 Tyrosine 잔기 인산화

이영한,김정옥,민도식,김희숙,김용식,이창연,류성호,서판길 ( Young Han Lee,Jeong Ock Kim,Do Sik Min,Hee Sook Kim,Yong Sik Kim,Chang Youn Lee,Sung Ho Ryu,Pann Ghill Suh ) 생화학분자생물학회 1994 BMB Reports Vol.27 No.5

Human granulocyte-macrophage colony-stimulating factor (GM-CSF) is a multipotent cytokine which stimulates the proliferation and differentiation of various lineage of hematopoietic cells. We examined whether GM-CSF stimulates protein phosphorylation in HL60 cells pretreated with differentiation-inducing factors such as PMA, 1,25-(OH)₂VD₃ and DMSO. GM-CSF induced tyrosine phosphorylation of 95 kDa protein in PMA- or 1,25-(OH)₂VD₃ but not in DMSO-pretreated cells. Tyrosine phosphorylation of 95 kDa was detected at 1 min and 2 min after stimulation of GM-CSF in PMA- and 1,25-(OH)₂VD₃-pretreated cells, respectively. Kinase activity which phosphorylates tyrosine residues) of the 95 kDa protein appeared to increase in a time dependent manner in PMA-pretreated cells, whereas the expression level of 95 kDa protein was not changed. We also observed that 95 kDa protein was autophosphorylated in immunecomplex kinase assay, suggesting that this 95 kDa protein may be tyrosine kinase which is activated in lineage specific manner. These results suggest that 95 kDa protein may be involved in an early signal transduction pathway of GM-CSF.

온톨로지 기반 웹 문서 분류

송무희(Mu-hee Song),임수연(Soo-yeon Lim),민도식(Do-sik Min),강동진(Dong-jin Kang),이상조(Sang-jo Lee) 한국정보과학회 2003 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.30 No.2Ⅰ

본 논문에서는 웹 문서들이 가지는 용어 정보들과 어휘들의 의미구조를 계층적 형태로 표현한 온톨로지 기반 자동 문서분류 방법을 제안한다. 문서 분류는 문서들을 가장 잘 표현할 수 있는 자질들을 정하고 이러한 자질들을 통해 미리 정의된 2개 이상의 카테고리에 문서의 내용을 파악하여 가장 관련이 있는 카테고리로 할당하는 것이다. 본 논문에서는 웹 문서에서 추출한 용어 정보들의 유사도와 온톨로지 카테고리의 유사도를 계산하여 웹 문서를 분류하며, 문서 분류를 위한 실험데이터나 학습과정 없이 바로 실시간으로 문서분류가 이루어지며, 결과적으로 문서들이 가지는 고유한 의미와 관계의 식별을 통하여 보다 더 정확하게 문서분류를 가능하게 해준다.

실험연구 : 일차 배양된 흰쥐 해마 신경세포에서 Fluoxetine의 생체 내 대사산물인 Norfluoxetine에 의한 전압의존성 K(+) 이온통로의 억제

한태형 ( Tae Hyung Han ),최진성 ( Jin Sung Choi ),곽인숙 ( In Suk Kwak ),최유준 ( You Jun Choi ),김명준 ( Myung Jun Kim ),민도식 ( Do Sik Min ),이덕주 ( Duck Joo Rhie ),윤신희 ( Shin Hee Yoon ),조양혁 ( Yang Hyeok Jo ),김명석 ( My 대한마취과학회 2003 Korean Journal of Anesthesiology Vol.45 No.3