아토피관련 질병 네트워크로부터 질병단백체 발굴

이윤경(Yoon-Kyeong Lee),여명호(Myeong-Ho Yeo),강태호(Tae-Ho Kang),유재수(Jae-Soo Yoo),김학용(Hak-Yong Kim) 한국콘텐츠학회 2009 한국콘텐츠학회논문지 Vol.9 No.4

본 연구는 질병과 관련이 있는 단백질들은 질병 네트워크를 형성함에 있어서 매우 중요한 인자로 작용할 가능성이 있다는 아이디어에서 출발한다. 우리는 Online Medelian Inheritance in Man(OMIM)으로부터 아토피관련 43개 단백질 데이터베이스를 확보하고 이 단백질들과 상호작용하는 단백질 네트워크를 구축하였다. 아토피관련 단백질 네트워크를 바탕으로 질병 네트워크를 구축하였다. 질병 네트워크로부터 질병단백체인 CCR5, CCL11, 및 IL4R을 발굴하였는데, 이들 모두는 단백질 네트워크에서 허브 단백질로 작용하는 것들이다. 허브단백질은 세포에서 필수단백질로 작용하는 것으로 알려져 있는데, 본 연구에서는 허브단백질이면서 동시에 질병에서 매우 중요한 역할을 할 것으로 기대되는 질병단백체로 역할하고 있음을 확인하였다. 본 연구에서 소규모 아토피 관련 질병네트워크를 구축하여 분석하였지만, 여기에 제안한 질병네트워크 분석이 복잡한 인간 질병체계의 분자 기작 및 생물학적 진행과정을 이해하는데 실마리를 제공할 것으로 기대한다. In this study, we employed the idea that disease-related proteins tend to be work as an important factor for architecture of the disease network. We initially obtained 43 atopy-related proteins from the Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) and then constructed atopy-related protein interaction network. The protein network can be derived the map of the relationship between different disease proteins, denoted disease interaction network. We demonstrate that the associations between diseases are directly correlated to their underlying protein-protein interaction networks. From constructed the disease-protein bipartite network, we derived three diseasomal proteins, CCR5, CCL11, and IL4R. Although we use the relatively small subnetwork, an atopy-related disease network, it is sufficient that the discovery of protein interaction networks assigned by diseases will provide insight into the underlying molecular mechanisms and biological processes in complex human disease system.

소설 삼국지 등장인물 네트워크의 동적 변화 분석

이윤경(Yoon-Kyeong Lee),신현일(Hyun-Il Shin),구자을(Ja-Eul Ku),김학용(Hak-Yong Kim) 한국콘텐츠학회 2009 한국콘텐츠학회논문지 Vol.9 No.4

나관중의 소설 삼국지에 등장하는 인물들에 대한 인간관계 네트워크를 구축하고 분석한 결과, 실제사회 인간관계 및 사회 네트워크의 특성과 마찬가지로 척도 없는 네트워크 및 계층적 네트워크의 특성을 보여주었다. 지금까지 대부분 네트워크에 관한 연구는 정적인 측면을 중심으로 이루어졌다. 왜냐하면, 네트워크는 고정되어 있는 것이 아니라 시간 및 공간에 따라 다양하게 변화함에도 불구하고 동적인 면을 분석하기 위한 데이터가 충분하지 않기 때문이다. 소설 삼국지는 비교적 짧은 역사 속에서 다양한 등장인물(1,119 노드)과 인물들의 이합집산에 의한 다양한 인간관계(3,604 링크) 연결망을 형성하고 있기 때문에 시간에 따른 동적 네트워크의 분석을 위한 좋은 모델이 될 것이다. 본 연구는 시대적으로 형성되는 네트워크 특성을 분석하고, 주요 등장인물들의 상관관계와 등장인물의 가중치를 분석하여 연결망의 동역학적 특성을 살펴보았다. 따라서 본 연구는 실제 인간관계 및 사회 네트워크나 생명체를 구성하고 있는 분자들의 네트워크에 관한 동역학적 특성을 분석할 수 있는 가능성을 제시하고 있다. We analyzed romance of the three kingdoms written by Luo Guanzhong by using complex network to compare its properties with those of social network. The three kingdom network has a scale free and hierarchical network properties. Human-human interaction networks are dramatically changing in response to time and space. Due to lack of the dynamic interacting data, the researches only focus to analysis for properties of the statical networks. The romance of the three kingdoms is a Chinese historical novel based upon events from the end of the Han Dynasty, the Three Kingdoms era of China, and the reunification of the land. There are over a thousand characters, over a three thousand human-human interactions, and the dynamic changed in human-human interactions in the historical novel. Here, we introduce that a possible method for analyzing about dynamic changing of the complex network.

인간 질병 네트워크로부터 얻은 질병 단백체의 특성 분석

이윤경(Lee Yoon Kyeong),구자을(Ku Jaeul),여명호(Yeo Myeong Ho),강태호(Kang Tae Ho),송민동(Song MinDong),유재수(Yoo Jae-Soo),김학용(Kim Hak Yong) 한국콘텐츠학회 2009 한국콘텐츠학회 종합학술대회 논문집 Vol.7 No.1

본 연구는 질병과 관련이 있는 단백질들은 질병네트워크를 형성함에 있어서 매우 중요한 인자로 작용할 가능성이 있다는 아이디어에서 출발한다. 우리는 Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)과 SWISS-PROT으로부터 인간의 단백질 데이터와 질병 정보를 확보하고 질병관련 단백질의 단백질 상호작용 네트워크를 구축 한 후, 이를 바탕으로 질병네트워크를 구축했다. 그 결과 단백질 상호작용 네트워크에는 CALM1, ACTB 및 ABL2와 같은 40개의 허브 단백질이 존재하는 것을 확인했다. 단백질 상호작용 네트워크와 질병 네트워크를 통해서 우리는 질병들간의 상관관계와 각 질병에 작용하는 단백질들의 상관관계를 파악할 수 있었다. 구축된 질병네트워크로부터 APP, ABL1 및 STAT1과 같은 38개의 질병단백체를 찾아냈다. 우리는 이전 연구에서 허브 단백질들이 서브 질병네트워크에서 질병 단백체의 경향이 있다는 것을 증명했다. 하지만, 본 연구에서 전체 질병 네트워크를 분석한 결과 전체 40개의 허브 단백질 중 단 18% 허브 단백질만이 질병단백체임이 확인되었다. 현시점에서 허브 단백질-질병단백체 경향성이 전체 질병네트워크와 서브 질병네트워크간의 차이를 설명할 수 없다. 비록 우리가 이러한 풀리지 않은 문제를 안고 있지만, 단백질-질병 네트워크의 구조 및 기능 분석은 복잡한 인간 질병 시스템에서 분자 수준의 기작과 생물학적 과정을 이해하는데 중요한 정보를 제공할 것이다. We initially obtained human diseases-related proteins dataset from the OMIM and the SWISS PROT and then constructed disease-related protein-protein interaction network. The protein network contains 40 hub proteins such as CALM1, ACTB and ABL2. The protein network can be derived the map of the relationship between different disease proteins, denoted disease interaction network. We demonstrate that the associations between diseases are directly correlated to their underlying protein-protein interaction networks. From constructed the disease-protein bipartite network, we derived 38 diseasomal proteins, including APP, ABLl and STAT1. We previously demonstrated that hub proteins in the network tend to be diseasomal proteins in the disease-related protein sub-networks. However, we found that 18% hubs are only diseasomal proteins in the whole disease network. At this point, we could not elucidate difference in the hub-diseasomal proteins tendency between sub0network and whole network. In spite of we still have unsolved problems, our results elucidate that the discovery of protein interaction networks assigned by diseases will provide insight into the underlying molecular mechanisms and biological processes in complex human disease system.

질병 검색 서비스를 위한 디렉토리 시스템 설계 및 구현

여명호(Myung-ho Yeo),이윤경(Yoon-kyeong Lee),노규종(Kyu-jong Rho),박형순(Hyoung-soon Park),김학신(Hak-sin Kim),박준호(Jun-ho Park),강태호(Tae-ho Kang),김학용(Hak-yong Kim),유재수(Jae-soo Yoo) 한국콘텐츠학회 2009 한국콘텐츠학회 종합학술대회 논문집 Vol.7 No.1

생명 공학 분야의 연구는 대용량의 데이터 처리를 요구한다. 과거 실험을 통해 접근하던 방식에서 벗어나 최근 IT 기술의 결합을 통해 다양한 실험 데이터를 공유하고, 연계함으로써 연구를 가속화하고 있다. 질병에 대한 연구는 생명 공학의 큰 테마 중 하나이다. 질병 데이터를 분류하고, 웹을 통해 데이터를 제공하는 다양한 서비스가 존재한다. 하지만, 기존 서비스들은 각기 다른 분류 방법을 가지고 있으며, 고차원 처리를 요구하는 신규 서비스와 연계하기 위한 인프라의 부재는 생명 공학 연구의 발전을 저해하는 요소로 작용하기도 한다. 본 논문에서는 이종의 질병 데이터베이스를 통합하기 위한 데이터 구조를 제안하고, 신규 서비스와 연계하기 위한 인프라로서 질병 디렉토리 시스템을 설계하고 구현한다. Recently, biological researches are required to deal with a large scale of data. While scientists used classical experimental approaches for researches in the past, it is possible to get more sophisticated observations easily with convergence of information technologies and biology. The study on diseases is one of the most important issues of the life science. Conventional services and databases provide users with information such as classification of diseases, symptoms, and medical treatments through web. However, it is hard to connect or develop them for other new services because they have independent and different criterions. It may be a factor that interferes the development of biology. In this paper, we propose an integrated data structure for the disease database, and design and implement a novel directory system for diseases as an infrastructure for developing other new services.

고등학교 과학 및 생물교과서 과학용어 네트워크 분석

박별나(Byeol Na Park),이윤경(Yoon Kyeong Lee),구자을(Ja Eul Ku),홍영수(Young Soo Hong),김학용(Hak Yong Kim) 한국콘텐츠학회 2010 한국콘텐츠학회논문지 Vol.10 No.5

교과서에 쓰인 과학 용어 네트워크를 구축하여, 네트워크의 구조, 관련 정보 및 연관 관계를 분석하기 위하여 핵심용어를 도출하였다. 본 연구에서는 과학, 생물1 및 생물2 교과서 각 과목별로 출판사 세 곳을 선정하고 각각의 교과서에서 추출한 용어들을 노드로, 한 문장 안에 있는 과학 용어를 링크로 연결하여 네트워크를 구축하였다. 모든 교과서의 과학 용어 네트워크는 척도 없는(scale-free) 네트워크의 특성을 보여주었다. 복잡한 (complex) 네트워크에서 가중치가 낮은 것부터 제거하는 방법인 k-core 알고리즘을 적용하여 핵심 (core) 네트워크를 구축하였는데, 몇 개의 모듈이 연결되는 형태를 보여주었다. 과학교과서의 경우에는 물리, 화학, 생물, 지구과학 분야별로 크게 네 개의 모듈을 형성하였고, 생물1과 생물2 교과서는 각 단원별로 용어들이 모여 있는 특성을 지닌 네트워크를 나타냈다. 본 연구에서 복잡한 네트워크에서 핵심 네트워크를 구축하여 유용한 정보를 도출할 수 있는 가능성을 제시하였다. We extracted core terms by constructing scientific item networks from textbooks, analyzing their structures, and investigating the connected information and their relationships. For this research, we chose three high-school textbooks from different publishers for each three subjects, i.e., Science, Biology I and Biology II, to construct networks by linking scientific items in each sentence, where used items were regarded as nodes. Scientific item networks from all textbooks showed scare-free character. When core networks were established by applying k-core algorithm which is one of generally used methods for removing lesser weighted nodes and links from complex network, they showed the modular structure. Science textbooks formed four main modules of physics, chemistry, biology and earth science, while Biology I and Biology II textbooks revealed core networks composed of more detailed specific items in each field. These findings demonstrate the structural characteristics of networks in textbooks, and suggest core scientific items helpful for students’ understanding of concept in Science and Biology.

Characterization of an Apple Polygalacturonase-inhibiting Protein (PGIP) from Apple Fruits

이동훈,강상구,강인규,이윤경,최철,변재균,Lee, Dong-Hoon,Kang, Sang-Gu,Kang, In-Kyu,Lee, Yoon-Kyeong,Choi, Cheol,Byun, Jae-Kyun Korean Society of Life Science 2006 생명과학회지 Vol.16 No.4

사과 겹무늬썩음병균이(Botryosphaeria dothidea) 생성하는 세포벽 분해효소인 endopolygalaturonase를 억제하는 polygalacturonase-inhibiting protein (PGIP)를 사과 과실로부터 분리하였다. 분리되어진 사과 PGIP는 사과 겹무늬썩음병균이 생성하는 PG에 대하여 혼합형의 저해를 나타내었다. PGIP의 반응 최적온도는 $40^{\circ}C$이며 최적 pH는 5.0이었다. 이 효소는 $60^{\circ}C$까지는 비교적 안정하였으나 $70^{\circ}C$에서는 효소의 활성이 완전히 억제되었으며 pH 4.0에서 8.0까지는 안정하였다. PGIP는 $K^+$, $Cu^{2+}$, $Mg^{2+}$, $Ca^{2+}$ 과 $Zn^{2+}$ 등의 금속이온과 SDS 그리고 CDTA에 의해 효소의 활성이 저해되었다. An apple polygalacturonase-inhibiting protein (PGIP), that specifically inhibited endopolygalacturonase (PG, EC 3.2.1.15) from Botryosphaeria dothidea, was purified from B. dothidea infected apple (Malus domestica cv. Fuji) fruits. The apple PGIP was a mixed-type inhibitor of PG from B. dothidea. Optimal temperature for the maximum enzyme activity was $40^{\circ}C$, and optimum pH of the purified PGIP was pH 5.0. PGIP was stable up to temperature of $60^{\circ}C$ and was completely suppressed after heating at $70^{\circ}C$ for 10 min, PGIP was stable at pH between 4 and 8. Inhibition of PG by PGIP was reduced by $K^+$, $Cu^{2+}$, $Mg^{2+}$, $Ca^{2+}$ and $Zn^{2+}$ metal ion, sodium dodecyl sulfate (SDS) and 1,2-diaminocyclohexane tetra acetate (CDTA).

기본간호학 교과과정내 감염관리교육 현황분석

임난영(Lim Nan-Young),송경애(Sohng Kyeong-Yae),손영희(Shon Young-Hee),김종임(Kim Jong-Im),구미옥(Gu Mee Ock),김경희(Kim Kyung-Hee),김화순(Kim HwaSoon),백훈정(Paik Hoon-Jung),변영순(Byeon Young-Soon),이윤경(Lee Yoon-Kyoung) 기본간호학회 2005 기본간호학회지 Vol.12 No.1

2000년도와 2004년도의 기본간호학 학습목표 비교연구

임난영(Lim Nan-Young),송경애(Sohng Kyeong-Yae),손영희(Shon Young-Hee),김종임(Kim Jong-Im),구미옥(Gu Mee Ock),김경희(Kim Kyung-Hee),김화순(Kim Hwa-Soon),백훈정(Paik Hoon-Jung),변영순(Byeon Young-Soon),이윤경(Lee Yoon-Kyoung) 기본간호학회 2005 기본간호학회지 Vol.12 No.3

敎育課程構成의 知識社會學的 分析

李允卿 숙명여자대학교 대학원원우회 1984 원우논총 Vol.2 No.-

The present study analized the social control of curriculum content to clarify the social factors through sociological theory and sociology of knowledge. In a theoretical approach, a consideration was taken into the curriculum concept, construction model process and sociology of knowledge. Traditional study of curriculum that considers knowledge as neutral and universal understands educational contents of school curriculum as taken for granted or neutral. So traditionalists focus on selecting and constructing knowledge which is usually considered a set of idealistic structures of philosophy, psychology, sociology to teach efficiently. They intended to find an efficient way of constructing contents or learing experience (-knowledge) to achieve a higher academic level. And these were treated as the tools of social class movement. However, all of the curriculum studies were neglecting the inter-relations between knowledge and society. The view of sociology of knowledge prescribes that curriculum content is made in socio-cultural conditions, and regards it as valid knowledge. They investigate the politically, socially organized curriculum that reproduce the social classes, and try to reveal why the lower class student must fail, through analyzing the code, social class, hegemony, decisin-making process, etc. The intention of dominant groups in society and nation's policy become the major factors in determining curriculum contents. By doing that curriculum mean transmission that stratifies the society. In this view-point, curriculum construction is the social and political decision-making process in which dominant "groups preserve their interest. And consider that the society is ineqal and thai the curriculum reproduces the inequality. The purpose of the present study is directing to the construction of curriculum through searching its sociality, social control, and social effects. Through the analysis of Korean curriculum(l963's and 1973's), it is found that curriculum contents which were selected and organized speak for the socio-cultural particularity. The results of analysis are as follows: First, there are inter-relations between selecting and organizing curriculum contents and the socio-cultural basis. Second, curriculum constrution is a political decision which is made to achieve the special purpose of a nation. So curriclum was made under the control of national policy to solve the social problems of that time. Third, culture effects on the acceptance of knowledge as school curriculum content. Here tradition and ideology are importent factors. Conclusively, .as the curriculum is constructed for achieving the national purpose, curriculum study has not remained at considering the models and principles of selecting, organiging knowledge. To improve the speciality and function of curriculum, it is necessary the power of social control should be reduced and the curriculum construction must have interactions with society.

EGR 및 터보과급이 디젤기관의 성능특성에 미치는 효과에 관한 실험적 연구

윤창식,이윤경,김치원 慶南大學校 附設 工業技術硏究所 1997 硏究論文集 Vol.14 No.2

압축점화기관은 높은 열효율, 내구성, 신뢰성 및 고출력을 요구한다. 하지만, 디젤기관은 가솔린기관에 비해서 보다 많은 양의 오염물질을 방출해 왔다. 본 실험적연구에서는, 기관성능, 연소특성 및 배기배출물을 터보과급기를 사용한 경우와 사용하지 않고 실험을 하였고, 기관운전변수로는 EGR과 기관회전수에 대해서 실험을 행하여 비교분석함으로써 성능향상을 위한 최적의 기관운전조건을 규명하였다. Mostly, the CI engines are demanded due to high thermal efficiency, endurance, reliablity and power. However, since a Diesel engine emits more amount of pollution than a Gasoline engine dies. In this experimantal study, engine performance, combustion charactristics and exhaust emission were tested with and without turbocharger, and then, the tested parameters were EGR and engine speed.