한우에서 DNA Marker와 경제형질간의 관련성 분석에 관한 연구

국문 초록 (Abstract)

쇠고기 시장의 완전 개방에 따라 우리민족의 농업생산에 버팀목 역할을 하여 온 한우를 우리민족의 정서와 우리 입맛에 맞는 쇠고기 공급원으로 유지 개량해야 하는 당위성 또한 사회 문화적 차원에서 절실한 것으로 판단된다. 따라서 한우산업의 경쟁력을 강화하기 위해서는 생산원가 절감과 더불어 한우개량 및 육질개량을 통한 고품질 고급육 생산으로 한우사육기반을 보호하고 한우산업을 활성화하는 것이 당면과제라고 할 수 있다.
최근, 육우에서 성장 및 도체조성과 같은 경제적으로 중요한 형질들과 육질에 영향을 미치는 후보유전자의 유전자형이 유의적으로 연관되어 있음이 여러연구자들에 의해 보고되어져 있으나 한우의 육질관련 DNA 다형현상에 대해서는 기초적인 연구에 머물러 있는 실정이다.
본 연구는 생리적·생물학적 기능이 밝혀진 육질 관련 후보유전자들을 대상으로 분자유전학적 기법 즉, RFLP(restriction fragment length polymorphism), RAPD (Random amplified polymorphic DNA), Microsatellite, SSCP(Single strand conformation polymorphism) 및 AFLP(Amplified fragment length polymorphism)기법을 이용하여 한우의 중점 개량 형질인 육량 및 육질에 영향을 미치는 DNA marker를 탐색하고 DNA 수준에서 이를 고급육 계통 한우의 조기선발에 이용함으로써 한우산업의 국제 경쟁력을 강화하는데 있다.
제1장. 한우에서 육질관련후보유전자의 RFLP 및 SSCP Marker와 경제형질간의 관련성분석
본 연구는 PCR-RFLP와 SSCP 기법을 이용하여 한우에서 경제형질에 관여하는 유전적 표지로서 Leptin, MYF5, H-FABP, MC4R, Calpain, Calpastatin, bGH, bGHR, bGHRH, PIT-1, IGF-1 및 ATRN 좌위의 유전자형을 DNA의 분자수준에서 검출하여 한우 개량을 위한 선발도구로 활용하고자 수행하였다. 경제형질관련 후보유전자의 RFLP 분석을 위해 PCR 증폭산물인 1,820, 890, 612, 1,800, 223, 836, 980, 451, 220 및 280bp 크기의 DNA 단편을 leptin(BgI II), MYF5(Taq I), MC4R(Tai I) HFABP와 ATRN(Msp I) Calpain(Hha I), bGH와 bGHR (Alu I) 및 PIT-1(Hinf I) 제한효소를 이용하여 각각 소화 절단하고 agarose gel 또는 PAGE gel 전기영동법으로 분리하였다. 한편 GH, Calpastatin 및 IGF-1 유전자의 SSCP 분석을 위해 PCR 증폭산물인 223, 220 및 280bp 크기의 DNA 단편을 96℃에서 5분간 열변성 시킨 후 12% PAGE gel 전기영동법을 이용하여 유전자형을 분리하고 검출된 DNA marker와 이들 경제형질간의 관련성을 통계 분석하였다. 분석에 이용된 자료는 분만년도와 계절의 상호작용효과, 성(거세)의 효과 및 DNA 다형정보을 포함하였고 자료의 기본적인 통계처리는 Linear Model에 의한 분산분석을 SAS program의 GLM을 이용해서 유의성 여부를 검정하였다.
1. 경제형질 관련 후보유전자 좌위별 대립유전자 출현빈도는 고급육 및 저급육 집단에서 Leptin 좌위는 A와 B 유전자가 각각 0.510과 0.490 그리고 0.640과 0.360, MYF5 좌위는 A와 G 유전자가 각각 0.518과 0.482 그리고 0.563과 0.437, HFABP 좌위는 A와 B 유전자가 각각 0.945와 0.055 그리고 0.885와 0.016, CALP 좌위는 A와 B 유전자가 각각 0.730 과 0.270 그리고 0.880과 0.120, bGH좌위는 A와 B 유전자가 각각 0.880과 0.120 그리고 0.760과 0.240, bGHR 좌위는 A와 B 유전자가 각각 0.580과 0.420 그리고 0.730과 0.270, PIT-1 좌위는 A와 B 유전자가 각각 0.580과 0.420 및 0.440과 0.560, ATRN 좌위는 A와 B 유전자가 각각 0.720과 0.280 그리고 0.780과 0.220, CAST 좌위는 A와 B 유전자가 각각 0.590과 0.410 그리고 0.600과 0.400, bGH 좌위는 A, B 및 C 유전자가 각각 0.340, 0.430 및 0.230 그리고 0.300, 0.350 및 0.350 그리고 IGF-1 좌위는 A와 B 유전자가 각각 0.670과 0.330 및 0.650과 0.350으로 나타났다. 한편, 대립유전자 빈도에 기초하여 두 선발집단의 유의성 여부는 2 검정을 수행하였는데 Leptin과 MC4R 좌위는 1% 수준에서 유의성이 인정되었고 MYF5, HFABP, GH(RFLP), GHR 및 ATRN 좌위는 각각 5% 수준에서 유의성이 인정되었으며 CALP 좌위는 0.1% 수준에서 유의성이 인정되었다.
2. 경제형질 관련 후보유전자의 유전자형을 유전적 표지인자로 하여 생시체중, 6개월령 체중, 12개월령 체중, 18개월령 체중, 일당증체량, 도체중, 도체율, 등지방두께, 배장근단면적 및 근내지방도 점수의 경제형질들과 관련성을 분석하였다. 분만년도 및 계절, 성(거세) 그리고 일부 다형좌위는 한우의 경제형질에 유의적인 영향을 나타내고 있었다. 후보유전자 가운데 Leptin 좌위는 18개월령 체중(P<.05)에 유의적인 영향을 미쳐 Leptin BB 유전자형의 한우는 AB 유전자형의 한우보다 높은 것으로 나타났고, MYF5 좌위는 도체율(P<.01)에 유의적인 영향을 미쳐 MYF5 AA 유전자형의 한우는 AG 유전자형의 한우보다 높은 것으로 나타났고 MC4R 좌위는 일당증체량(P<.05)에 유의적인 영향을 미쳐 MC4R AA 유전자형의 한우는 BB 유전자형의 한우보다 높은 것으로 나타났다.
한편, CALP 좌위는 일당증체량(P<.01), 도체율(P<.05) 및 배장근단면적(P<.01)에 유의적인 영향을 미쳐 각각 CALP BB, AA 및 AA 유전자형의 한우는 AB, AB 및 BB 유전자형의 한우보다 높은 것으로 나타났다. GH(SSCP) 좌위는 생시체중(P<.01)에 유의적인 영향을 미쳐 GH(SSCP) BC 유전자형의 한우는 AA 유전자형의 한우보다 높았고 PIT-1 좌위는 배장근단면적(P<.05)에 유의적인 영향을 미쳐 PIT-1 AA 유전자형의 한우는 AB 유전자형의 한우보다 높았고 IGF-1 좌위는 6개월령 체중(P<.05), 12개월령 체중(P<.01) 및 18개월령 체중(P<.05)에 유의적인 영향을 미쳐 각각 IGF-1 AA, AA 및 AB 유전자형의 한우가 BB 유전자형의 한우에 비해 높았다. 그리고 ATRN 좌위는 도체중(P<.05)에 유의적인 영향을 미쳐 ATRN AA 유전자형의 한우가 AB 유전자형의 한우에 비해 높은 것으로 나타났다.
3. 경제형질 관련 후보유전자 좌위의 상호작용 효과는 MC4R×Leptin 조합형이 도체율(P<.05)에 유의적인 영향을 미쳐 GG×AB 조합형이 AA×AB 조합형에 비해 높았고 MC4R×MYF5 조합형은 도체율과 등지방두께(P<.05)에 유의적인 영향을 미쳐 각각 BB×GG 조합형과 AA×AG 조합형이 AA×AG 조합형과 AB×AG 조합형에 비해 높았으며 IGF-1×ATRN 조합형은 배장근단면적(P<.05)에 유의적인 영향을 미쳐 AA×AB 조합형이 BB×AA 조합형에 비해 높았고 PIT-1×ATRN 조합형은 등지방두께(P<.05)에 유의적인 영향을 미쳐 AB×AA 조합형이 BB×AB 조합형에 비해 높았으며 CALP×Leptin 조합형은 18개월령 체중(P<.05)에 유의적인 영향을 미쳐 AA×AA 조합형이 BB×BB 조합형에 비해 높았다. 그리고 MC4R×CALP 조합형은 일당증체량에 유의적(P<.05)인 영향을 미쳐 AA×BB 조합형이 AB×AB 조합형에 비해 높은 것으로 나타났다.
제2장. Microsatellite marker를 이용한 한우의 유전적다형성 및 경제형질간의 관련성분석
본 연구는 육우의 경제형질에 영향을 미치는 총 11종류의 microsatellite 좌위(ETH3, ETH10, ETH225, BM1824, BM2113, TGLA122, TGLA126, TGLA227, Leptin, IGF-1 and Calpastatin)를 대상으로 국내 한우집단에서 경제형질에 영향을 미치고 있는 DNA marker를 개발하기 위해 microsatellite 좌위의 DNA 다형성을 분석하고 PAGE gel 전기영동법을 이용하여 유전자형 빈도 및 통계분석을 수행하였다.
1. microsatellte 좌위별 고급육 및 저급육 선발집단의 유전자형 출현빈도는 ETH3 좌위의 경우 117/ 119, 119/119, 119/ 127, 121/ 123, 123/127, 125/ 125 및 127/ 127형에서 각각 0.148, 0.105, 0.185, 0.182, 0.188, 0.126 및 0.063과 0.191, 0.177, 0.130, 0.214, 0.116, 0.107 및 0.060, ETH10 좌위의 경우 209/209, 209/211, 213/213, 217/217, 217/219, 219/223, 221/223 및 221/225형에서 각각 0.074, 0.188, 0.126, 0.145, 0.107, 0.170, 0.112 및 0.074와 0.238, 0.037, 0.038, 0.068, 0.148, 0.195, 0.029 및 0.247, ETH225 좌위의 경우 140/ 148, 144/ 144, 146/146, 146/ 152, 148/ 148, 150/ 154 및 154/ 158형에서 각각 0.166, 0.107, 0.091, 0.264, 0.060, 0.030 및 0.277과 0.158, 0.084, 0.063, 0.244, 0.044, 0.072 및 0.244, TGLA122 좌위의 경우 135/ 145, 141/151, 143/ 161, 143/171, 145/ 145, 151/163, 161/ 163 및 161/ 181형에서 각각 0.060, 0.056, 0.107, 0.102, 0.149, 0.084, 0.331 및 0.107과 0.079, 0.179, 0.168, 0.184, 0.097, 0.163, 0.060 및 0.065, TGLA126 좌위의 경우 113/ 113, 115/ 115, 115/ 127, 119/ 121, 121/ 125 및 125/ 125형에서 각각 0.072, 0.094, 0.184, 0.143, 0.263 및 0.095와 0.084, 0.163, 0.250, 0.194, 0.172 및 0.044, TGLA227 좌위의 경우 79/85, 79/ 105, 81/83, 85/91, 85/93, 91/91, 91/93, 93/95, 95/97 및 99/ 105형에서 각각 0.158, 0.079, 0.079, 0.079, 0.168, 0.084, 0.060, 0.163, 0.060 및 0.065와 0.084, 0.113, 0.100, 0.144, 0.122, 0.144, 0.079, 0.118, 0.021 및 0.115, BM1824 좌위의 경우 178/182, 180/ 182, 180/ 188, 180/ 190, 182/ 182 및 182/ 184형에서 각각 0.168, 0.126, 0.191, 0.186, 0.140 및 0.186과 0.257, 0.191, 0.117, 0.117, 0.182 및 0.136, BM2113 좌위의 경우 125/ 125, 127/ 131, 127/135, 133/ 135, 133/ 139, 135/ 139 및 137/ 139형에서 각각 0.093, 0.144, 0.098, 0.219, 0.140, 0.177 및 0.126과 0.193, 0.040, 0.119, 0.194, 0.148, 0.176 및 0.117, Leptin 좌위의 경우 177/ 184, 177/ 186, 177/ 190, 177/209, 186/186 및 184/ 192형에서 각각 0.117, 0.182, 0.167, 0.136, 0.207 및 0.190과 0.211, 0.139, 0.145, 0.107, 0.215 및 0.182, IGF-1좌위의 경우 126/ 126, 126/ 128 및 128/130형에서 각각 0.304, 0.439 및 0.257과 0.367, 0.285 및 0.348 그리고 Calpastatin 좌위의 경우 126/132, 132/ 136, 132/ 152, 146/ 146, 146/150, 148/ 150 및 152/154형에서 각각 0.088, 0.182, 0.144, 0.200, 0.107, 0.130 및 0.144와 0.253, 0.034, 0.185, 0.065, 0.244, 0.167 및 0.033으로 추정되었다.
2. 한우의 유전적 다양성을 측정하기 위하여 각 좌위별 유전자형 빈도를 산출하였으며 이를 기초로 고급육 및 저급육 선발집단의 heterozygosity값을 산출한 결과 ETH3, ETH10, ETH225, TGLA 122, TGLA 126, TGLA 227, BM1824, BM2113, Leptin, IGF-1 및 CAST 좌위에서 각각 0.706과 0.716, 0.655와 0.656, 0.742와 0.737, 0.851과 0.903, 0.739와 0.709, 0.916과 0.856, 0.860과 0.818, 0.907과 0.807, 0.793과 0.785, 0.696과 0.633 그리고 0.800과 0.856으로 추정되었다. 또한, homozygosity 값은 각각 0.294와 0.284, 0.345와 0.344, 0.258과 0.263, 0.149와 0.097, 0.261과 0.291, 0.084와 0.144, 0.140과 0.182, 0.093과 0.193, 0.207과 0.215, 0.304와 0.367 그리고 0.200과 0.144로 추정되었다. 그리고, PIC값은 각각 0.676과 0.636, 0.633과 0.659, 0.534와 0.568, 0.821과 0.882, 0.711과 0.691, 0.858과 0.815, 0.734와 0.649, 0.858과 0.701, 0.693과 0.630, 0.379과 0.371 그리고 0.743과 0.776으로 추정되었다. 한편, 이들 유전자형 빈도에 기초하여 두 선발집단간의 유의성 여부를 확인한 결과 ETH10, BM1824, Leptin 및 CAST 좌위에서 유의적(P<.05)인 관계가 관찰되었다.
3. 경제형질 관련 microsatellite 좌위의 유전자형을 유전적 표지인자로 하여 생시체중, 6개월령 체중, 12개월령 체중, 18개월령 체중, 일당증체량, 도체중, 도체율, 등지방두께, 배장근단면적 및 근내지방도 점수의 경제형질들과 관련성을 분석하였다. 분만년도 및 계절, 성(거세) 그리고 일부 다형좌위는 한우의 경제형질에 유의적인 영향을 나타내고 있었다. ETH3 좌위는 6개월령 체중, 12개월령 체중 및 18개월령 체중, 도체중, 등지방두께 및 배장근단면적에 유의적(P<.05)인 영향을 미쳐 각각 117/ 119, 119/ 119, 119/119, 125/ 125, 123/ 127 및 117/ 119 유전자형을 가진 한우가 127/ 129, 121/123, 127/129, 121/ 123, 117/ 119 및 123/ 127 유전자형을 가진 한우에 우수하였고 ETH 10 좌위는 생시체중, 6개월령체중, 12개월령 체중, 도체중 및 근내지방도 점수에 유의적(P<.05)인 영향을 미쳐 각각 217/219, 209/209, 213/213, 217/219 및 217/217 유전자형을 가진 한우가 221/223, 217/217, 217/219, 213/213 및 221/223 유전자형을 가진 한우에 비해 우수하였으며 ETH225 좌위는 12개월령 체중, 18개월령 체중 일당증체량, 도체중 및 등지방두께에 유의적(P<.05)인 영향을 미쳐 각각 140/148, 140.148, 146/152, 154/ 158 및 146/152 유전자형을 가진 한우가 144/144, 146/ 146, 140/ 148, 148/ 148 및 144/144 유전자형을 가진 한우에 비해 우수하였다. 한편, TGLA122 좌위는 12개월령 체중, 도체중, 등지방두께 및 배장근단면적에 유의적(P<.05)인 영향을 미쳐 각각 135/ 145, 159/161, 151/ 163 및 149/ 149 유전자형을 가진 한우가 143/ 171, 135/145, 143/ 159 및 149/149 유전자형을 가진 한우에 비해 우수하였고 TGLA126 좌위는 6개월령 체중, 12개월령 체중, 도체중 및 등지방두께에 유의적(P<.05)인 영향을 미쳐 각각 126/126, 124/126, 126/126 및 124/126 유전자형을 가진 한우가 116/116, 116/ 116, 118/ 118 및 116/ 116 유전자형을 가진 한우에 비해 우수하였으며 TGLA227 좌위는 6개월령 체중, 18개월령 체중, 도체중 및 근내지방도 점수에 유의적(P<.05)인 영향을 미쳐 각각 79/105, 79/ 105, 93/95 및 95/99 유전자형을 가진 한우가 81/83, 95/99, 79/105 및 91/93 유전자형을 가진 한우에 비해 우수하였다. 그리고, BM1824 좌위는 18개월령 체중, 일당증체량 및 도체중에 유의적(P<.05)인 영향을 미쳐 각각 178/ 182, 178/ 182 및 180/ 188 유전자형을 가진 한우가 180/182, 180/ 182 및 182/ 182 유전자형을 가진 한우에 비해 우수하였고 BM2113 좌위는 6개월령 체중, 18개월령 체중, 도체중 및 등 지방두께에 유의적(P<.05)인 영향을 미쳐 각각 127/137, 127/137, 145/147 및 127/135 유전자형을 가진 한우가 127/ 135, 133/ 137, 135/141 및 135/141 유전자형을 가진 한우에 비해 우수하였다. 또한, Leptin 좌위는 6개월령 체중, 도체중 및 배장근 단면적에 유의적(P<.05)인 영향을 미쳐 각각 177/184, 177/ 190 및 177/ 190 유전자형을 가진 한우가 184/ 190, 177/ 186 및 184/190 유전자형을 가진 한우에 비해 우수하였고 CAST 좌위는 6개월령 체중, 도체중 및 등지방두께에 유의적(P<.05)인 영향을 미쳐 각각 146/150, 132/ 150 및 126/132 유전자형을 가진 한우가 150/ 154, 126/ 132 및 150/ 154 유전자형을 가진 한우에 비해 우수하였다.
제3장. AFLP Marker를 이용한 한우경제형질관련 DNA marker 분석
본 연구는 새로운 DNA 지문분석 기술인 AFLP(amplified fragment length polymorphism) 기법을 이용하여 AFLP 다형성을 분석하고 이를 유전적 표지인자로하여 한우의 주요 경제형질로서 일당증체량, 배장근단면적 및 근내지방도에 관여하는 DNA marker를 확인하기 위하여 수행하였다.
1. Genomic DNA를 Mse I, Taq I, EcoR I 및 Hind III 4종류의 재한효소와 primer 조합을 이용하여 절단하고 제한효소 특이적 adapter로 연결한 후 selective primer를 이용하여 증폭하였다. 9종류의 selective primer 조합형을 이용하여 분석한 결과 총 AFLP 밴드의 수는 37-102개의 범위로 평균 66.1개였으며 총 859개의 밴드 가운데 다형성 밴드가 568개로서 다형성 수준은 약 66%였다. 또한, 두 선발집단의 유의성 여부를 확인하기 위하여 T 검정을 수행한 결과 M12/H14(HGM6) primer 조합형에서 0.1% 수준에서 유의적인 관계가 확인되었고 나머지 조합형에서는 유의적인 관계가 확인되지 않았다.
2. AFLP 표지유전자와의 관련성 분석에서는 HGM2 표지유전자가 일당증체량에 유의적(P<.05)인 영향을 미치는 것으로 확인되었고 HGM4 표지유전자는 배장근단면적(P<.05)에 유의적인 영향을 미치는 것으로 확인되었으며 HGM6 표지유전자는 배장근단면적(P<.01)과 근내지방도(P<.01)에 유의적인 영향을 미치고 있는 것으로 확인되었다.
3. AFLP 표지유전자와 형질들간의 관련성을 통계분석한 결과 HGM2 좌위에서 일당증체량은 B형(203bp)이 1.32kg으로 A형(278bp)의 0.98kg에 비해 약 0.34kg 정도 유의적(P<.05)으로 높았고 배장근단면적은 B형(203bp)이 96.33㎠로 A형(278bp)의 88.90㎠에 비해 약 7.43㎠정도 유의적(P<.05)으로 넓었다. HGM4 좌위에서 배장근단면적은 C형(none marker)이 91.09㎠로 A형(106bp)과 B형(625bp)의 87.01㎠와 84.74㎠에 비해 약 4.08㎠와 5.35㎠정도 유의적(P<.05)으로 넓었다. HGM6 좌위에서 배장근단면적과 근내지방도 점수는 각각 A형(205bp)이 96.67㎠와 3.73으로 B형(none marker)의 82.14㎠와 2.09에 비해 배장근단면적은 14.53㎠정도 넓었고 근내지방도 점수는 다소 높은 경향을 나타내었다.
4. 통계적 유의성이 인정된 표지유전자들을 조합하여 이들 형질들과의 관련성을 분석한 결과 HGM4와 HGM6 조합형이 일당증체량에 유의적(P<.05)인 영향을 미치고 있었는데, A×A 조합형의 일당증체량이 1.131kg으로 가장 우수한 반면 A×C 조합형은 1.084kg으로 가장 낮은 것으로 추정되었다.
제4장. 한우 Mitochondrial DNA D-loop 영역의 다형현상 및 경제형질간의 관련성분석
본 연구는 우리나라에서 경제적으로 중요한 축우품종인 한우에서 세포질내유전정보원으로서 mitochondrial DNA(mt DNA)의 유전적 다형현상과 RFLP 및 SSCP marker를 확인하기 위하여 먼저, PCR 기법을 이용하여 mt DNA의 D-loop영역내 404번부터 15061까지 1142bp 크기의 핵산 염기서열 부위를 특정 염기서열을 갖는 한쌍의 primer를 이용하여 증폭한 후 PCR 산물을 Hpa II와 Rsa I 두 종류의 제한효소로 각각 소화 절단하였고 두 번째 mtDNA D-loop 영역내 245bp크기의 염기서열 부위를 PCR로 증폭한 후 증폭산물을 96℃엣 5분간 열번성 시켰다.
1. mt DNA내 D-loop 영역의 1142bp의 단편을 PCR 기법으로 증폭한 후 Hpa II와 Rsa I 두종류의 제한효소로 각각 절단했을 때 각각 A와 B형 2종류의 type이 각각 검출되었다. Hpa II와 Rsa I 제한효소 절단형에서 고급육 선발집단의 A와 B형 출현빈도는 80.9%와 43.2% 및 53.3%와 65.2% 그리고 저급육 선발집단에서는 29.1%와 56.80% 및 46.7%와 34.8%로 나타났다. 특히, Hpa II 제한효소에서 A 형은 고급육 선발집단이 70.9%로 저급육 선발집단의 29.1%에 비해 약 2.5배 정도 높은 출현율을 나타냈으나 이와 반대로 B형에 있어서는 저급육선발집단이 56.8%로 고급육 선발집단의 43.2%에 비해 다소 높은 경향을 보였다.
2. SSCP 분석에서는 mtDNA D-loop 영역내 15,916번부터 16,160까지 245bp크기의 핵산 염기서열 부위를 특정 염기서열을 갖는 한쌍의 primer를 이용하여 증폭한 후 PCR 산물을 열변성을 시킨 후 비변성 polyacrylamide gel에서 이동도의 차이로 기인된 유전자 다형성을 검출한 결과 A, B, C, D, E, F 및 G 7개의 대립유전자에 의하여 지배되는 AE, BC, BD, BF, BG 및 EE 6종류의 유전자형이 각각 검출되었다. 유전자형 빈도는 고급육 선발집단에서 BC, EE, BF, BD, BG 및 AE 유전자형의 출현율은 각각 40.8%, 19.0%, 16.8%, 12.5%, 5.4% 및 5.4%였고 A, B, C, D, E, F 및 G 대립유전자 빈도는 각각 0.027, 0.394, 0.204, 0.063, 0.190, 0.095 및 0.027로 추정되었다. 한편 저급육 선발집단에서 BC, EE, BF, BD, BG 및 AE 유전자형의 출현율은 각각 46.6%, 16.8%, 14.3%, 13.7%, 9.3% 및 2.3%였고, A, B, C, D, E, F 및 G 대립유전자 빈도는 각각 0.012, 0.399, 0.233, 0.072, 0.168, 0.069 및 0.047로 추정되었다.
3. 경제형질 관련 mtDNA D-loop region의 다형성을 유전적 표지인자로 하여 생시체중, 6개월령 체중, 12개월령 체중, 18개월령 체중, 일당증체량, 도체중, 도체율, 등지방두께, 배장근단면적 및 근내지방도 점수의 경제형질들과 관련성을 분석하였다. 분만년도 및 계절, 성(거세) 그리고 일부 다형좌위는 한우의 경제형질에 유의적인 영향을 나타내고 있었다. SSCP marker는 생시체중(P<.01), Hpa II 제한효소 절단형은 등지방두께와 근내지방도(P<.05) 그리고 Rsa I 제한효소 절단형은 6개월령 체중과 근내지방도(P.05)에 유의적인 영향을 미치고 있었다. 또한, SSCP 유전자형과 Hpa II 제한효소 조합형은 18개월령 체중(P<.05)에서 그리고 SSCP 유전자형과 Rsa I 제한효소 조합형은 6개월령 체중과 도체중에 유의적(P<.05)인 영향을 미치고 있는 것으로 확인되었다.
4. mtDNA D-loop 영역의 RFLP와 SSCP 유전자형과 경제형질들간의 관련성 분석에서 mtDNA SSCP CC 유전자형은 BB 유전자형에 비해 생시체중이 우수하였고 Rsa I 제한효소 절단형에서 A형은 B형에 비해 6개월령 체중과 근내지방도 점수가 우수하였으며 Hpa II 제한효소 절단형에서 A형은 B형에 비해 등 지방두께와 근내지방도 점수가 우수하였다. 그리고 상호작용 효과는 SSCP 유전자형과 Hpa II 제한효소 조합에서 CC×AA 조합형이 AC×AA 조합형에 비해 18개월령 체중이 우수하였고 SSCP 유전자형과 Rsa I 제한효소 조합에서는 6개월령 체중과 도체중에 유의적(P<.05)인 영향을 미쳐 CC×AA 조합형과 AC×AA 조합형이 AB×AB 조합형과 CC×AA 조합형에 비해 우수하였다.
5. 본 연구에서 확인된 RFLP, SSCP, microsatellite 및 AFLP marker는 한우의 유전적 표지로서 한우에서 경제적으로 중요한 경제형질들과의 관련성 분석에 유용한 도구로 활용할 수 있을 것으로 기대된다.

다국어 초록 (Multilingual Abstract)

In animal genetics and breeding programs, DNA polymorphism such as RAPD(random amplified polymorphic DNA), RFLP (restriction fragment length polymorphism), DAF(DNA amplified fingerprinting), SSCP(single strand conformation polymorphism), Microsatellite and AFLP(amplified fragment length polymorphism) are useful as genetic markers for pedigree registration and preservation, parentage control, proof of identify of animals, analysis of population structure, degree of homogeneity and phylogenetic relationships. Recently, there are many reports which give relationships between economic traits and DNA polymorphism.
Especially, many workers reported the statistically significant associations between candidate gene genotypes influence on meat quality and economically important traits such as growth and carcass composition in beef cattle. However, a limited number of studied have reported on the genetic polymorphism of korean meat quality.
This study was undertaken to determine DNA polymorphisms of korean cattle by molecular genetic techniques, to investigate genetic difference among korean cattle, based on phenotype, genotypes and gene frequencies for each marker loci, and to get foundamental data on the relationships between genetic markers of candidate genes polymorphism and economic traits of cattles in future.
PART 1. Associations of RFLP and SSCP Markers with Economic Traits in Korean Cattle
The objective of the present study was to analyze genetic variation of candidate genes such as Leptin, MYF5(Myogenic factor 5), H-FABP(Heart- fatty acid binding protein), MC4R(Melanocortin 4 receptor), Calpain, Calpastatin, GH(Growth hormone), GHR(Growth hormone receptor), PIT-1 (Pituitary-specific tranccription factor), IGF-1(Insulin-like growth factor 1), Attractin and ADRB2(1i2-Androgenic receptor) influence on economic traits using the PCR-RFLP and SSCP techniques, to analyze associations between RFLP and SSCP markers and economic traits such as growth traits(birth weight, 6 month weight, 12 month weight, 18 month weight and daily gain) and carcass traits(carcass weight, carcass percentage, backfat thickness, eye muscle area and marbling score) and to develop genetic markers affecting economic traits in Korean cattle. Preliminary data analysis was performed using the GLM procedure of SAS computer program with a linear model.
1. Three different genotypes AA, AB and BB were observed in Leptin, MYF5, MC4R, CALP, CAST, GH(RFLP), GHR, PIT-1 and IGF-1 loci, respectively. Two different genotypes, AA and AB were observed in H-FABP and ATRN loci, respectively. Six different genotypes, AA, AB, AC, BB, BC and CC were observed in bGH loci. Gene frequencies at the various loci were as follows : Lep^A and Lep^B, 0.510 and 0.490 and 0.620 and 0.380 ; MYF5^A and MYF5^G, 0.530 and 0.470 and 0.570 and 0.430 ; HFABP^A and HFABP^B, 0.960 and 0.040 and 0.900 and 0.100 ; MC4R^A and MC4R^B, 0.880 and 0.120 and 0.720 and 0.280 ; CALP^A and CALP^B, 0.580 and 0.420 and 0.730 and 0.270 ; CAST^A and CAST^E, 0.590 and 0.4 10 and 0.6 10 and 0.390 ; GH^A and GH^B, 0.880 and 0. 120 and 0.720 and 0.280 ; GHR^A and GHR^B, 0.580 and 0.420 and 0.730 and 0.270 ; PIT^A and PIT^S, 0.580 and 0.420 and 0.440 and 0.560 ; IGF^A and IGF^B, 0.670 and 0.330 and 0.650 and 0.350 ; ATRN^A and ATRN^B, 0.720 and 0.280 and 0.560 and 0.440 ; GH^A, GH^B and GH^C, 0.340, 0.430 and 0.230 and 0.270, 0.540 and 0.190 in high and low grade meat group, respectively. Differences in frequencies of these alleles were significant between high and low grade meat groups at Leptin and MC4R genes had a significant effects on 1% level and MYF5, HFABP, GH(RFLP), GHR and ATRN genes had a significant effects on 5% level and CALP genes had a significant effect on 0.1% level.
2. Effects of each candidate genes on birth weight, 6 month weight, 12 month weight, 18 month weight, daily gain, carcass weight, carcass percentage, backfat thickness, eye muscle area and marbling score were analyzed by a least squares analysis of variance which included genotypes as a main effect. Least squares analysis of the data indicated that year and seasons of calving, sex(steer) and certain candidate gene had significant effects on economic traits. Of the twelve candidate gene examined, the Leptin genes had a significant effects on 18 month weight(P<.05), hanwoos with the BB genotypes of Leptin had higher 18 month weight than those with the AB genotype and the MYF5 genes had a significant effects on carcass percentage(P<.01), hanwoos with the AA genotypes of Leptin had higher carcass percentage than those with the AG genotype and the MC4R genes had a significant effects on daily gain(P<.05), hanwoos with the AA genotypes of MC4R had higher daily gain than those with the BB genotype and the CALP genes had a significant effects on daily gain(P<.01), carcass percentage(P<.05) and eye muscle area(P<.O 1), hanwoos with the BB, AA and AA genotypes of CALP had higher daily gain, carcass percentage and eye muscle area than those with the AB, AB and BB genotype, respectively. The GH(SSCP) genes had a significant effects on birth weight(P<.O 1), hanwoos with the BC genotypes of GH(SSCP) had higher birth weight than those with the AA genotype and the PIT-1 genes had a significant effects on eye muscle area(P<.05), hanwoos with the AA genotypes of PIT-1 had higher eye muscle area than those with the AB genotype and the IGF-1 genes had a significant effects on 6 month weight(P<.05), 12 month weight(P<.O1) and 18 month weight(P<.05), hanwoos with the AA, AA and AB genotypes of IGF-1 had higher 6 month weight, 12 month weight and 18 month weight than those with the BB genotype and the ATRN genes had a significant effects on carcass weight(P<.05), hanwoos with the AA genotypes of ATRN had higher carcass weight than those with the AB genotype.
3. The interaction between the MC4R×Leptin combinations had a significant effects on carcass percentage(P<.05), hanwoos with the BB×AB combinations of MC4R×Leptin had higher carcass percentage than those with the AA×AB combinations and the MC4R×MYF5 combinations had a significant effects on carcass percentage and backfat thickness(P<.05), hanwoos with the BB×GG and AA×AG combinations of MC4R×MYF5 had higher carcass percentage and backfat thickness than those with the AA×AG and AB×AG combinations, respectively. The IGF-l×ATRN combinations had a significant effects on eye muscle area(P<.05), hanwoos with the AA×AB combinations of IGF-l×ATRN had higher eye muscle area than those with the BB×AA combinations and the PIT-l×ATRN combinations had a significant effects on backfat thickness(P<.05), hanwoos with the AB×AA combinations of PIT-l×ATRN had higher eye muscle area than those with the BB×AB combinations and the CALP×Leptin combinations had a significant effects on 18 month weight(P<.05), hanwoos with the AA×AA combinations of CALP> Leptin had higher 18 month weight than those with the BB×BB combinations and the MC4R×CALP combinations had a significant effects on daily gain(P<.05), hanwoos with the AA×BB combinations of MC4R×CALP had higher daily gain than those with the AB×AB combinations.
4. Therefore, The PCR-RFLP and SSCP method used in this study could be used as a valuable tool for early selection of bulls and calves with the most desirable candidate genes related to meat quality genotypes. Molecular breeding method using candidate genes related to meat quality genotypes as genetic marker is recommended for the sire selection programs.
PART 2. Associations between Microsatellite Markers and Economic Traits in Korean Cattle
The objective of the present study was to develop DNA markers associated with growth and carcass composition using the PCR method, to analyzed associations between microsatellite markers and quantitative traits such as carcass traits(carcass weight, carcass percentage, backfat thickness, eye muscle area and marbling score) and to develop genetic markers influencing economic traits in Korean Cattle. The microsatellite locus(ETH3, ETH 10, ETH225, TGLA 122, TGLA 126, TGLA227, BM1824, BM2113, Leptin, IGF-1 and Calpastatin) were evaluated by microsatellite method, respectively. Preliminary data analysis was performed using the GLM procedure of SAS computer program with a linear model.
1. Seven genotypes of 117/119, 119/119, 119/127, 1211123, 123/127, 125/125 and 127/127 type were detected in ETH3 locus and then the genotype frequencies of high and low groups were estimated to be 0.148, 0.105, 0.185, 0.182, 0.188, 0.126 and 0.063 and 0.191, 0.177, 0.130, 0.214, 0.116, 0.107 and 0.060, respectively. eight genotypes of 209/209, 209/2 11, 2 13/2 13, 2 17/2 17, 2 17/2 19, 2 19/223, 221/223 and 221/225 type were detected in ETH 10 locus and then the genotype frequencies of high and low groups were estimated to be 0.074, 0.188, 0.126, 0.145, 0.107, 0.170, 0.112 and 0.074 and 0.238, 0.037, 0.038, 0.068, 0.148, 0.195, 0.029 and 0.247, respectively. seven genotypes of 140/148, 144/144, 146/146, 146/152, 148/148, 150/ 154 and 154/ 158 type were detected in ETH225 locus and then the genotype frequencies of high and low groups were estimated to be 0.166, 0.107, 0.091, 0.264, 0.060, 0.030 and 0.277 and 0.158, 0.084, 0.063, 0.244, 0.044, 0.072 and 0.244, respectively. eight genotypes of 135/145, 141/151, 143/161, 143/171, 145/145, 151/163, 161/163 and 161/181 type were detected in TGLA 122 locus and then the genotype frequencies of high and low groups were estimated to be 0.060, 0.056, 0.107, 0.102, 0.149, 0.084, 0.331 and 0.107 and 0.079, 0.179, 0.168, 0.184, 0.097, 0.163, 0.060 and 0.065, respectively. six genotypes of 113/113, 115/ 115, 115/127, 119/121, 121/125 and 125/125 type were detected in TGLA 126 locus and then the genotype frequencies of high and low groups were estimated to be 0.072, 0.094, 0.184, 0.143, 0.263 and 0.095 and 0.084, 0.163, 0.250, 0.194, 0.172 and 0.044, respectively. ten genotypes of 79/85, 79/105, 81/83, 85/91, 85/93, 91/91, 91/93, 93/95, 95/97 and 99/ 105 type were detected in TGLA227 locus and then the genotype frequencies of high and low groups were estimated to be 0.158, 0.079, 0.079, 0.079, 0.168, 0.084, 0.060, 0.163, 0.060 and 0.065 and 0.084, 0.113, 0.100, 0.144, 0.122, 0.144, 0.079, 0.118, 0.021 and 0.115, respectively. six genotypes of 178/182, 180/182, 180/188, 180/190, 182/ 182 and 182/ 184 type were detected in BM 1824 locus and then the genotype frequencies of high and low groups were estimated to be 0.168, 0.126, 0.191, 0.186, 0.140 and 0.186 and 0.257, 0.191, 0.117, 0.117, 0.182 and 0.136, respectively. seven genotypes of 125/125, 127/131, 127/135, 133/135, 133/139, 135/ 139 and 137/ 139 type were detected in BM2113 locus and then the genotype frequencies of high and low groups were estimated to be 0.093, 0.144, 0.098, 0.219, 0.140, 0.177 and 0.126 and 0.193, 0.040, 0.119, 0.194, 0.148, 0.176 and 0.117, respectively. six genotypes of 177/184, 177/186, 177/190, 177/209, 186/ 186 and 184/ 192 type were detected in Leptin locus and then the genotype frequencies of high and low groups were estimated to be 0.117, 0.182, 0.167, 0.136, 0.207 and 0.190 and 0.211, 0.139, 0.145, 0.107, 0.215 and 0.182, respectively. three genotypes of 126/126, 126/128 and 128/ 130 type were detected in IGF-1 locus and then the genotype frequencies of high and low groups were estimated to be 0.304, 0.439 and 0.257 and 0.367, 0.285 and 0.348, respectively. seven genotypes of 126/132, 132/136, 132/152, 146/146, 146/150, 148/ 150 and 152/ 154 type were detected in CAST locus and then the genotype frequencies of high and low groups were estimated to be 0.088, 0.182, 0.144, 0.200, 0.107, 0.130 and 0.144 and 0.253, 0.034, 0.185, 0.065, 0.244, 0.167 and 0.033, respectively.
2. The heterozygosities of 11 microsatellite loci were estimated based on genotype frequencies in high and low grade meat groups. ETH3, ETH 10, ETH225, TGLA 122, TGLA 126 TGLA 227, BM1824, BM2113, Leptin, IGF-1 and CAST were estimated to be 0.706 and 0.716, 0.655 and 0.656, 0.742 and 0.737, 0.851 and 0.903, 0.739 and 0.709, 0.916 and 0.856, 0.860 and 0.818, 0.907 and 0.807, 0.793 and 0.785, 0.696 and 0.633 and 0.800 and 0.856, respectively. Also, the Homozygosities of 11 microsatellite loci were estimated based on genotype frequencies in high and low grade meat groups. ETH3, ETH 10, ETH225, TGLA 122, TGLA 126, TGLA 227, BM 1824, BM2113, Leptin, IGF-1 and CAST were estimated to be 0.294 and 0.284, 0.345 and 0.344, 0.258 and 0.263, 0.149 and 0.097, 0.261 and 0.291, 0.084 and 0.144, 0.140 and 0.182, 0.093 and 0.193 and 0.207 and 0.215 and 0.304 and 0.367 and 0.200 and 0.144, respectively. Polymorphic information contents(PIC) were estimated in 11 microsatellite markers of high and low grade meat groups. ETH3, ETH 10, ETH225, TGLA 122, TGLA 126, TGLA 227, BM 1824, BM2113, Leptin, IGF-1 and CAST were estimated to be 0.676 and 0.636, 0.633 and 0.659, 0.534 and 0.568, 0.821 and 0.882, 0.711 and 0.691, 0.858 and 0.815, 0.734 and 0.649, 0.858 and 0.701 and 0.693 and 0.630 and 0.379 and 0.371 and 0.743 and 0.776, respectively. Differences in frequencies of these genotypes were significant between high and low grade meat groups at ETH 10, BM 1824, Leptin and CAST loci.
3. Effects of each microsatellite loci on birth weight, 6 month weight, 12 month weight, 18 month weight, daily gain, carcass weight, carcass percentage, backfat thickness, eye muscle area and marbling score were analyzed by a least squares analysis of variance which included genotypes as a main effect. Least squares analysis of the data indicated that year and seasons of calving, sex(steer) and certain candidate gene had significant effects on economic traits. Of the eleven candidate gene examined, the ETH3 locus had a significant effects on 6 month weight, 12 month weight, 18 month weight, carcass weight, backfat thickness and eye muscle area(P<.05), hanwoos with the 117/119, 119/119, 119/119, 125/125, 123/127 and 117/ 119 genotypes of ETH3 had higher 6 month weight, 12 month weight, 18 month weight, carcass weight, backfat thickness and eye muscle area than those with the 127/129, 121/123, 127/129, 121/123, 117/ 119 and 123/127 genotype, respectively, the ETH 10 locus had a significant effects on birth weight, 6 month weight, 12 month weight, carcass weight and marbling score(P<.05), hanwoos with the 217/219, 209/209, 213/213, 217/219 and 217/217 genotypes of ETH 10 had higher birth weight, 6 month weight, 12 month weight, carcass weight and marbling score than those with the 221/223, 217/217, 217/219, 213/213 and 221/223 genotype, respectively, the ETH225 locus had a significant effects on 12 month weight, 18 month weight, daily gain, carcass weight and backfat thickness(P<.05), hanwoos with the 140/148, 140.148, 146/152, 154/ 158 and 146/ 152 genotypes of ETH225 had higher 12 month weight, 18 month weight, daily gain, carcass weight and backfat thickness than those with the 144/144, 146/146, 140/148, 148/ 148 and 144/ 144 genotype, respectively, the TGLA 122 locus had a significant effects on 12 month weight, carcass weight, backfat thickness and eye muscle area(P<.05), hanwoos with the 135/145, 159/161, 151/163 and 149/ 149 genotypes of TGLA 122 had higher 12 month weight, carcass weight, backfat thickness and eye muscle area than those with the 143/171, 135/145, 143/ 159 and 149/ 149 genotype, respectively, the TGLA 126 locus had a significant effects on 6 month weight, 12 month weight, carcass weight and backfat thickness(P<.05), hanwoos with the 126/126, 124/126, 126/126 and 124/126 genotypes of TGLA 126 had higher 6 month weight, 12 month weight, carcass weight and backfat thickness than those with the 116/116, 116/116, 118/ 118 and 116/ 116 genotype, respectively, the TGLA227 locus had a significant effects on 6 month weight, 18 month weight, carcass weight and marbling score(P<.05), hanwoos with the 79/105, 79/105, 93/95 and 95/99 genotypes of TGLA227 had higher 6 month weight, 18 month weight, carcass weight and marbling score than those with the 81/83, 95/99, 79/ 105 and 91/93 genotype, respectively, the BM 1824 locus had a significant effects on 18 month weight, daily gain and carcass weight(P<.05), hanwoos with the 178/182, 178/ 182 and 180/ 188 genotypes of BM 1824 had higher 18 month weight, daily gain and carcass weight than those with the 180/182, 180/ 182 and 182/ 182 genotype, respectively, the BM2113 locus had a significant effects on 6 month weight, 18 month weight, carcass weight and backfat thickness(P<.05), hanwoos with the 127/137, 127/137, 145/ 147 and 127/ 135 genotypes of BM2113 had higher 6 month weight, 18 month weight, carcass weight and backfat thickness than those with the 127/135, 133/137, 135/ 141 and 135/ 141 genotype, respectively, the Leptin locus had a significant effects on 6 month weight, carcass weight and eye muscle area(P<.05), hanwoos with the 177/184, 177/ 190 and 177/ 190 genotypes of Leptin had higher 6 month weight, carcass weight and eye muscle area than those with the 184/190, 177/ 186 and 184/ 190 genotype, respectively, the CAST locus had a significant effects on 6 month weight, carcass weight and backfat thickness(P<.05), hanwoos with the 146/150, 132/ 150 and 126/ 132 genotypes of CAST had higher 6 month weight, carcass weight and backfat thickness than those with the 150/154, 126/ 132 and 150/ 154 genotype, respectively.
4. Therefore, if the genetic markers of microsatellite loci are linked with maj or economic traits, these could be used as a marker assisted selection for the genetic improvement of Korean cattle.
PART 3. Association between AFLP DNA Marker and Economic Traits in Korean Cattle
The objective of the present study was to develop DNA markers associated with economic traits using the AFLP markers as a new DNA fingerprinting technique. Genomic DNA was digested with a particular combination of two restriction enzymes with 4 base(Mse I and Taq I) and 6 base(EcoR I and Hind III) recognition sites, ligated to restriction specific adapters and amplified using the selective primer combinations.
1. The number of scorable AFLP bands detected per primer combination varied from 37 to 102, with an average of 66.1 using 9 primer combinations. A total of 859 markers were generated and 568 bands were polymorphic (66%). Among the primer combinations, E35/H12, M l1/T32, E38/H 13 and E32/H 11 primer combinations showed a high level of polymorphism with 0.93, 0.89, 0.86 and 0.83, respectively. Differences in frequencies of these marker genes were significant between high and low grade meat groups at M 12/H 14(HGM6)(P<.001) marker.
2. According to the results of analysis of variance for the association of genotypes of EGM 1, EGM2, EGM3, EGM4, EGM5 and EGM6 marker with daily gain, eye muscle area and marbling score, The effect of HGM2 marker gene was significant for daily gain(P<.05) and the effect of HGM4 marker gene was significant for eye muscle area(P<.05) and the effect of HGM6 marker gene was significant for eye muscle area and marbling score(P<.05).
3. B type of 203bp Hanwoos of HGM2 locus showed higher daily gain and eye muscle area than those with A type of 278bp (P<.05). C type of none marker Hanwoos of HGM4 locus showed higher eye muscle area than those with A type of 106bp and B type of 625bp(P<.05). A type of 205bp Hanwoos of HGM6 locus showed higher eye muscle area and marbling score than those with B type of none marker(P<.05).
4. The effect of HGM4×HGM6 marker combination was significant for daily gain(P<.05) A×A combination type of Hanwoos showed higher daily gain than those with A×C combination type(P<.05). Therefore, if the genetic markers defined relationship between AFLP marker and economic traits, these could be used as a selection assisted tool for the genetic improvement in Korean cattle.
PART 4. Association Between RFLP and SSCP Markers of mt DNA D-loop region and Economic Traits in Hanwoo
The objective of the present study was to analyze genetic variation of mtDNA D-loop region associated with economically important traits using the PCR method, to analyze associations between PCR-RFLP and SSCP markers and economic traits such as eye muscle area and marbling score and to develop genetic markers influencing economic traits in Korean Cattle. The mtDNA D-loop region were evaluated by PCR-RFLP and SSCP techniques, respectively.
1. The PCR was used to amplify an 1142bp fragment between nucleotides 404 to 15601 within the D-loop region of mt DNA using specific primers. PCR products were digested with Hpa II and Rsa I enzymes, respectevely. Two different RFLP types, A and B were observed in mt DNA D-loop region. The frequencies of the A and B types for Hpa II and Rsa I were 80.9% and 43.2% and 53.3% and 65.2% in High groups and 29.1% and 56.80% and 46.7% and 34.8% in low group, respectively.
2. The PCR was used to amplify an 245bp fragment between nucleotides 15,916 to 16,160 within the D-loop region of mt DNA using specific primers. PCR products were heat denaturation in 96-C for 5 min. Seven alleles were identified at mtDNA D-loop loci, designated as AE, BC, BD, BF, BG and EE, Seven alleles A, B, C, D, E, F and G were observed in PCR-SSCP of mtDNA-D-loop region. Genotype frequencies of the BC, EE, BF, BD, BG and AE genotypes were 40.8%, 19.0%, 16.8%, 12.5%, 5.4% and 5.4% for mtDNA D-loop locus high grade in Hanwoo population and 46.6%, 16.8%, 14.3%, 13.7%, 9.3% and 2.3% for mtDNA D-loop locus low grade in Hanwoo population, respectively.
3. Effects of mtDNA D-loop regions on birth weight, 6 month weight, 12 month weight, 18 month weight, daily gain, carcass weight, carcass percentage, backfat thickness, eye muscle area and marbling score were analyzed by a least squares analysis of variance which included genotypes as a main effect. Least squares analysis of the data indicated that year and seasons of calving, sex(steer) and certain marker had significant effects on economic traits. The SSCP markers had a significant effects on birth weight(P<.01) and the RFLP(Hpa II) markers had a significant effects on birth backfat thickness and marbling score(P<.05) and the RFLP(Rsa I) markers had a significant effects on 6 month weight and marbling score(P<.05) and the SSCP> RFLP(Hpa II)markers had a significant effects on 18 month weight(P<.05) and the SSCP×RFLP(Rsa I)markers had a significant effects on 6 month weight and carcass weight(P<.05)
4. The interaction between the SSCP×RFLP(Hpa II) combinations had a significant effects on 18 month weight(P<.05), hanwoos with the CC×AA combinations of SSCP×RFLP(Hpa II) had higher 18 month weight than those with the AC×AA combinations and the SSCP×RFLP(Rsa I) combinations had a significant effects on 6 month weight and carcass weight(P<.05), hanwoos with the CC×AA and AC×AA combinations of SSCP×RFLP(Rsa I) had higher 6 month weight and carcass weight than those with the AB×AB and AC×AA combinations.
5. Therefore, if the genetic markers defined relationship between the RFLP and SSCP types of mt DNA and major economic traits, these could be used as a selection assisted tool for the genetic improvement in Korean cattle.

목차 (Table of Contents)

• 목차 = xi
• 국문요약 = i
• List of Table = xv
• List of Figure = xviiii
• I. 서론 = 1
• II. 연구사 = 5
• 제1장. 한우에서 육질관련 후보유전자의 RFLP 및 SSCP Marker와 경제형질간의 관련성 분석 = 17
• I. 서론 = 17
• II. 재료 및 방법 = 19
• 1. 공시축 및 검정자료 = 19
• 2. Genomic DNA의 분리 및 정제 = 21
• 3. Primer의 설계 및 PCR 반응조건 = 21
• 4. PCR 증폭 및 DNA 전기영동 = 21
• 5. RFLP와 SSCP marker 분석 = 23
• 6. 통계분석 = 24
• III. 결과 및 고찰 = 25
• 1. 근내지방 관련 후보유전자의 DNA 다형성 및 경제형질간의 관련성 분석 = 26
• 1) Leptin, MYF5, H-FABP 및 MC4R 유전자의 다형현상 = 26
• 2. 육의 연도 관련 후보유전자의 DNA 다형성 및 경제형질간의 관련성 분석 = 30
• 1) CALP와 CAST 유전자의 다형현상 = 30
• 3. 지방대사 조절 관련 후보유전자의 DNA 다형성 및 경제형질간의 관련성 분석 = 33
• 1) bGH, bGHR, PIT-1, IGF-1 및 ATRN 유전자의 다형현상 = 33
• 4. PCR-RFLP와 SSCP 유전자형과 경제형질간의 관련성 분석 = 48
• IV. 적요 = 71
• 제2장. Microsatellite marker를 이용한 한우의 유전적 다형성과 경제형질간의 관련성 분석 = 75
• I. 서론 = 75
• II. 재료 및 방법 = 78
• 1. 공시축 및 검정자료 = 78
• 2. Genomic DNA의 분리 및 정제 = 79
• 3. Microsatellite primer의 설계 및 합성 = 79
• 4. PCR 기법에 의한 DNA의 증폭 = 79
• 5. Microsatellite DNA marker 검출 = 81
• 6. 통계분석 = 81
• III. 결과 및 고찰 = 82
• 1. Microsatellite 좌위의 DNA 다형현상 = 83
• 1) Microsatellite 좌위의 대립유전자 빈도, PIC, 이형접합성 및 동형접합성 = 83
• 2) Microsatellite 좌위의 표지유전자형과 경제형질간의 관련성 분석 = 104
• IV. 적요 = 114
• 제3장. AFLP 표지인자를 이용한 한우 경제형질 관련 DNA marker 분석 = 118
• I. 서론 = 118
• II. 재료 및 방법 = 120
• 1. 공시축 및 검정자료 = 120
• 2. Genomic DNA의 분리 및 정제 = 121
• 3. DNA 절단 및 Adapter ligation = 122
• 4. DNA 증폭 및 전기영동 = 123
• 5. 통계 분석 = 123
• III. 결과 및 고찰 = 124
• 1. 한우의 유전적 다양성 분석 = 124
• 2. 선발집단 특이적 AFLP marker 분석 = 129
• IV. 적요 = 140
• 제4장. 한우 Mitochondrial DNA D-loop 영역의 다형현상 및 경제형질간의 관련성 분석 = 143
• I. 서론 = 143
• II. 재료 및 방법 = 145
• 1. 공시축 및 검정자료 = 145
• 2. DNA의 분리 및 정제 = 146
• 3. mtDNA primer 합성 및 PCR 증폭 = 146
• 4. PCR-RFLP와 SSCP marker 분석 = 147
• 5. 통계분석 = 148
• III. 결과 및 고찰 = 148
• 1. MtDNA D-loop 영역의 RFLP 및 SSCP 분석 = 148
• 2. MtDNA D-loop 영역의 RFLP 및 SSCP marker와 경제형질간의 관련성 분석 = 153
• IV. 적요 = 160
• VI. 참고문헌 = 163
• V. ABSTRACT = 186