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Activation of Silent Biosynthetic Gene Clusters through in vitro CRISPR/Cas9 Refactoring
Boncheol GU,Min-Kyu OH 한국생물공학회 2021 한국생물공학회 학술대회 Vol.2021 No.10
Natural products (NPs) are important for drug discovery and development; however their discovery is challenged by the wide inactivation or silence of microbial biosynthetic pathways. Currently strategies targeting this problem are mainly concentrated on chromosome dissembling, transcription, and translation-stage regulations as well as chemical stimulation. In this study, we applied to in vitro CRISPR/Cas9 to awake cryptic/silenced microbial biosynthetic genes, which show the low expression level, ovmF gene, through refactoring of the strong promoter. Streptomyces antibioticus NRRL3238 has a minimum BGC to produce an unusual angucyclinone polyketide, oviedomycin, which has a anti-cancer effect with red-brown color. The novel natural product was produced using Streptomyces coelicolor M1152 as a host strain, into a plasmid containing the oviedomycin gene cluster was transformed. This study provides a novel approach to efficiently activate cryptic/silenced biosynthetic pathways which will be useful for natural products discovery.
센서 운영 체제를 위한 공유 스택 기법의 성능 분석 (pp.53-59)
구본철(Boncheol Gu),허준영(Junyoung Heo),홍지만(Jiman Hong),조유근(Yookun Cho) 한국정보과학회 2008 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 Vol.35 No.1·2
무선 센서 네트워크의 발달에 따라 그 응용분야는 점점 더 복잡해져 가고 있음에도 불구하고, 대부분의 센서 노드 플랫폼은 여전히 심각한 자원 제약을 가지고 있다. 특히 적은 메모리 공간과 메모리 관리 유닛(MMU)의 부재는 스레드의 스택 관리에 있어 메모리 공간 낭비, 스택 오버플로우와 같은 문제를 야기해왔다. 이에 다 수의 스레드가 하나의 스택을 공유 함으로써 기존의 고정 크기 스택에 의해 낭비되는 메모리의 양을 최소화 시킬 수 있는 공유 스택 기법이 제안되었다. 본 논문에서는, 고정 크기 스택기법과 공유 스택 기법의 수학적 분석 모델을 제시하였다. 그 모델을 바탕으로 각각의 스택 오버플로우 확률을 계산하고 공유 스택 기법이 고정 크기 스택보다 더 안정적임을 확인하였다. In spite of increasing complexity of wireless sensor network applications, most of the sensor node platforms still have severe resource constraints. Especially a small amount of memory and absence of a memory management unit (MMU) cause many problems in managing application thread stacks. Hence, a shared-stack was proposed, which allows several threads to share one single stack for minimizing the amount of memory wasted by fixed-size stacks. In this paper, we present the memory usage models for thread stacks by deriving the overflow probability of the fixed-size stack and the shared-stack and also show that the shared-stack is more reliable than the fixed-size stack.
구본철(Boncheol Gu),박학봉(Xuefeng Piao),허준영(Junyoung Heo),전광일(Gwangil Jeon),조유근(Yookun Cho) 한국정보과학회 2010 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.16 No.11
소프트웨어 라디오는 기존에 특화된 하드웨어칩으로 구현되던 무선 통신 프로토콜을 소프트웨어로 구현하여 실행하는 기술이다. 새로운 프로토콜의 적용과 기존 프로토콜의 수정이 동적인 프로그래밍만으로 가능해지기 때문에 무선 통신 기술의 새로운 패러다임의 변화를 가져왔다. 하지만, 소프트웨어 라디오 시스템은 범용 프로세서와 통신 하드웨어를 동시에 장착하고 있기 때문에 그만큼 전력 소모가 크다. 본 논문에서는 이러한 소프트웨어 라디오 시스템을 위한 전력 관리 기법인 복합 변조/전압 스케일링 기법을 제안한다. 그리고 제안된 기법의 전력 절감 효과를 수치적인 결과를 통해 분석한다. 결과적으로 복합 변조/전압 스케일링 기법은 주어진 데이터 전송률을 충족시키면서 무선 통신의 변조 레벨과 프로세서의 전압을 효율적으로 조절하여 전력 소모를 최소화시킨다. Software defined radio(SDR) technology implements wireless communication protocols as software instead of dedicated hardware. SDR enables reconfiguration of wireless communication protocols without expensive hardware modification. However, as the SDR systems are equipped with additional programmable processors, they suffer significant power dissipation. This paper proposes a novel power management technique for SDR systems, called the combined modulation and voltage scaling (CMVS). Numerical analyses were performed to evaluate the effectiveness of CMVS. The results show that CMVS minimizes power dissipation while satisfying the given data transfer rate.