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JProtein : Java3D 기법을 이용한 단백질 구조 뷰어
문남두,변상희,김진홍,한인섭,이명준,Moon Nam-Doo,Byun Sang-Hee,Kim Jin-Hong,Han In-Seob,Lee Myung-Joon 한국정보처리학회 2004 정보처리학회논문지D Vol.11 No.7
공공 데이터베이스의 이용 가능한 단백질 데이터의 양적 증가와 함께 포스트지놈 시대가 도래되면서, 단백질의 3차 구조에 대한 연구가 활발하게 진행되고 있다. 단백질의 구조를 효과적으로 파악하기 위해서 단백질의 3차 구조를 시각화할 필요가 있다. 최근 많은 시각화 도구들이 이미 그 구조가 알려진 단백질을 시각화하기 위해 Java 기술을 이용하여 개발되었다. 본 논문에서는 새로운 단백질 시각화 도구인 JProtein 시스템은 Java3D 기법을 이용하여 개발되었다. Java3D 3D 표현을 위한 프로그래밍 인터페이스를 제공하는 APIdl다. JProtein 시스템은 시각화된 아미노산 내의 원자들간의 각도 및 거리 정보를 제공하며, 단백질 분자구조에 대해 여러 가지 3차원 표현 모델을 지원한다. 특히, JProtein 시스템은 비동기식 스테레오 뷰와 함께 동기식 스테레오 뷰를 지원한다. Entering the post genome era with an increasing amount of protein data available in public databases, the study of tertiary structure of pro-teins has been artively in progress. To analyze the structure of a protein effectively, it is necessary to visualize the tertiary structure of a protein. Rececntly, many visualization tools based on Java technology have been developed to visualize a protein whose structure has been known. In this paper, we describe a new protein visualization system, named JProtein. It is designed to be an easy-to-use, platform neutral melocular visualization tool. The JProtein system is developed using Java3D technology. Java3D is an API providing a programming interface for 3D representations. The system informs us the angle and the distance of the interacting atoms in amino acids which are visualized, providing several 3D representation models of a protein molecule. In particular, the JProtein system presents synchronous stereo view as well as asynchronous one.
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문남두,안건태,박양수,이명준,Moon, Nam-Doo,Ahn, Geon-Tae,Park, Yang-Soo,Lee, Myung-Joon 한국정보처리학회 2003 정보처리학회논문지 C : 정보통신,정보보안 Vol.10 No.2
LDAP(Lightweight Directory Access Protocol) 디렉토리 서비스는 인터넷이나 인트라넷 등 네트워크 상에 있는 파일이나 장치들과 같은 자원의 위치를 찾을 수 있도록 정보를 제공한다. LDAP는 인터넷에서 표준 디렉토리 서비스 구조로 폭넓게 받아들여지고 있으므로, 다수의 LDAP 서버들 사이에 디렉토리 정보를 중복하여 유지함으로써 특정 서버와의 네트워크 단절(Partition)과 같은 결함이 발생되는 상황에서도 투명하고 지속적으로 서비스를 제공하는 것이 바람직하다. 본 논문에서는 JACE 그룹통신 시스템의 프로세스 그룹으로 동작하는 견고한 LDAP 서버 시스템과 자바 응용 프로그램에서 서비스를 사용할 수 있도록 그룹통신을 이용하는 LDAP 서비스 제공자의 설계와 구현에 대하여 기술한다. LDAP (Lightweight Directory Access Protocol) Directory Service provides information for locating resources like files and devices over the network such as Internet or Intranet. Since LDAP is widely accepted as one of the standard directory service structure for the Internet, it is desirable that a group of LDAP servers works transparently and continuously even if the related network partitions temporally, through maintaining replicated directory information among those LDAP servers. In this paper, we describe the design and implementation of a robust LDAP sewer, which runs as a process group in JACE group communication system, and the associated LDAP service provider which enables Java applications to use the developed LDAP directory service.
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문남두(Nam-Doo Moon),김진홍(Jin-Hong Kim),안건태(Geon-Tae Ahn),박양수(Yang-Su Park),이명준(Myung-Joon Lee) 한국정보과학회 2000 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.27 No.2Ⅲ
명명(Naming) 서비스 및 디렉토리(Directory) 서비스는 네트워크에 연결된 사용자 PC, 서버, palm, 인터넷 응용서비스, 네트워크 장치, 자바 객체 등에 표준 이름을 부여하고 관련된 다양한 정보를 논리적으로 접근할 수 있도록 지원하는 서비스이다. JNDI(Java Naming and Directory Interface)는 기업 내에서 사용되는 다양한 명명 서비스와 디렉토리 서비스에 대하여 단일의 인터페이스를 사용하여 관리할 수 있도록 지원한다. 본 논문에서는 그룹통신 시스템인 JACE 시스템을 이용하여 동일한 서비스를 제공하는 분산된 명명 서비스와 디렉토리 서비스가 프로세스 그룹으로 동작될 수 있는 JNDS(Java Naming and Diretory System)의 설계에 관하여 기술한다.
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UDDI 복제 명세를 지원하는 그룹통신 기반의 UDDI 레지스트리의 설계
문남두(Nam-Doo Moon),김진홍(Jin-Hong Kim),이명준(Myung-Joon Lee) 한국정보과학회 2003 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.30 No.1C
UDDI는 웹 서비스를 위한 웹 기반 분산 레지스트리의 표준이며, 또한 비즈니스들이 제공하는 웹 서비스에 대한 정보를 등록하고 다른 비즈니스들이 이를 검색하고 이용할 수 있도록 구현한 시스템이다. OASIS(Organization for the Advancement of Structured Information Standards)는 UDDI 서비스에 참여하는 개별 노드들의 레지스트리 변경을 모든 노드에서 인지하고, 노드간의 레지스트리 상태를 일관성 있게 유지시킬 목적으로 UDDI 복제 명세를 제안하였다. 본 논문에서는 OASIS UDDI 복제 명세를 만족하는 그룹통신 기반의 UDDI 레지스트리 설계에 관하여 기술한다. 제안된 시스템은 신뢰성 있는 그룹통신 시스템을 이용하여 일시적인 네트워크 단절이나 프로세스의 실패가 일어나는 상황에서도 UDDI 서비스에 참여하는 개별 노드들의 레지스트리 상태를 일관성 있게 유지할 수 있다.
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그룹통신 시스템을 이용한 복제 JavaSpace의 설계
문남두(Nam-Doo Moon),이근웅(Keun-Woong Lee),구형서(Hyeong-Seo Koo),박양수(Yang-Soo Park),이명준(Myung-Joon Lee) 한국정보과학회 2002 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.29 No.1A
JavaSpace는 쉽고 단일화된 방식으로 분산 어플리케이션간의 객체공유, 중재 및 동적인 통신서비스를 제공한다. 현재 JavaSpace를 이용한 응용 프로그램들이 계속적으로 등장하고 있다. 기존의 JavaSpace는 중앙 집중적인 클라이언트/서버 방식으로 구현되었기 때문에 성능이 제한적이다. 본 논문에서는 그룹 참여자들간의 상태를 일관성 있게 유지시켜주는 그룹통신 시스템을 이용하여 분할 가능한 분산환경에 적합한 복제된 JavaSpace 시스템을 설계하였다. 복제된 JavaSpace 시스템을 이용하는 응용 프로그램들은 효율성과 확장성을 증대시킬 수 있다.
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분할 가능한 분산환경에서 견고한 자바 객체 그룹을 지원하는 그룹통신 모델의 설계
문남두(Nam-Doo Moon),이근웅(Keun-Woong Lee),구형서(Hyeong-Seo Koo),박양수(Yang-Su Park),이명준(Myung-Joon Lee) 한국정보과학회 2001 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.28 No.2Ⅲ
지난 수년간 인터넷의 대중화와 급속한 성장으로 분산 애플리케이션에 대한 관심이 증대되었다. 오늘날 분산 애플리케이션을 보다 쉽게 개발하기 위한 미들웨어로 CORBA와 Java RMI가 널리 사용되고 있다. 기존의 이러한 객체지향 미들웨어 환경은 분산 소프트웨어 컴포넌트와 분산 애플리케이션의 향상된 이식성, 상호운용성 그리고 재사용성 등을 제공하지만, 신뢰성과 고가용성의 지원은 이루어지고 있지 않다. 본 논문에서는 견고한 자바 서버 객체 그룹을 지원하는 그룹통신 모델을 설계하여 분할 가능한 분산환경에서 신뢰성과 고가용성이 요구되는 분산 애플리케이션의 개발을 지원하고자 한다. 제안된 시스템은 중복된 서버 객체로 구성된 그룹을 다루는 분할가능 그룹통신 서비스와 서버 객체 그룹을 단일 서버 객체처럼 그룹의 메소드를 호출하는 투명한 클라이언트 호출 기법으로 구성된다.
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자바를 이용한 Extended Virtual Synchrony의 지원
문남두(Nam-Doo Moon),최혁재(Hyukjae Choi),유양우(Yang-Woo Eu),박양수(Yang-Su Park),이명준(Myung-Joon Lee) 한국정보과학회 1998 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.25 No.2Ⅲ
자바는 분산환경에 적합하고, 이식성이 높으며, 코드 재사용이 용이하다는 장점을 가지고 있다. 이러한 이유로 다양한 분야에서 자바로 구현된 응용서비스를 제공하고 있다. 현재와 같은 정보중심사회에서 이러한 자바응용서비스는 서버의 실패(crash)나 네트워크 분할(partition)과 같은 결함이 발생되더라도 투명하고, 안정적이며, 지속적인 서비스를 제공하는 것이 바람직하다. 이러한 요구사항은 이기종 분산환경에서 동일한 서비스를 제공하는 자바응용서비스를 그룹으로 동작하게 함으로써 해결될 수 있다. 본 논문에서는 자바응용서비스 그룹이 네트워크의 분할로 상호 통신할 수 없는 두 개 이상의 구성요소로 분리되더라도 지속적인 서비스를 제공하고, 네트워크가 복구(merge)되면 이전과 같이 하나의 그룹으로서 동작할 수 있도록 그룹구성원의 일관성을 유지하는 EVS(Extended Virtual Synchrony) 모델을 구현함으로써 자바응용서비스의 신뢰성과 고가용성(high availability)을 지원하고자 한다.
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문남두(Nam-Doo Moon),정혜영(Hye-Young Jung),김영곤(Young-Gon Kim),구자록(Ja-Rok Koo),이명준(Myung-Joon Lee) 한국정보과학회 1997 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.24 No.2Ⅲ
분산 컴퓨팅 환경에서 응용 프로그램들 사이의 상호운용성과 오퍼레이션의 투명성을 제공하기 위하여 OMG에서 CORBA를 제안하였다. 그러나 CORBA 명세만으로는 분산 환경에서 발생할 수 있는 이벤트의 순서화, 시간에 기반을 둔 이벤트의 발생과 관리 등이 필요한 응용 프로그램을 작성하기에는 충분하지 않다. OMG에서는 이러한 필요성에 의해 객체 시간 서비스(Object Time Service)를 명세하였다. 본 논문에서는 OMG에서 제안된 객체시간 서비스 명세를 따른 객체 시간 서비스를 설계하고 이의 구현에 대하여 기술한다. 이를 위하여 이벤트의 순서화를 위한 시간의 동기화, 시간에 관련된 이벤트의 발생을 유지하고 관리하기 위한 타이머 이벤트 핸들러의 구현 모형과 실제 구현 과정을 제시한다.
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인터넷 환경을 지원하는 신뢰성 있는 그룹통신 시스템의 설계
문남두(Nam-Doo Moon),최혁재(Hyukjae Choi),유양우(Yang-Woo Eu),이명준(Myung-Joon Lee) 한국정보과학회 1999 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.26 No.1A
인터넷의 급속한 성장과 정보화 사회로의 이행으로 인하여 오늘날의 다양한 분야에서 제공되는 응용서비스들을 서버의 실패(crash)나 네트워크 분할(partition)과 같은 결함이 발생되더라도 투명하고, 안정적이며, 지속적인 서비스의 제공이 요구된다. 이러한 요구사항을 만족시키기 위해 그룹통신 시스템에 관한 연구가 활발히 진행되고 있다. 그러나 기존의 개발된 그룹통신 시스템들은 단일 LAN 환경에 국한되거나 직접적으로 상호 연결된 LAN 환경으로 지리적 제약을 가함으로써 확장성이 용이하지 않다. 따라서 본 논문에서는 이러한 지리적 제약을 해결하기 위한 시스템을 설계하고 효율적인 그룹통신을 제공하기 위한 그룹별 동적 멤버십 알고리즘을 제안함으로써 인터넷 환경을 지원하는 신뢰성 있는 그룹통신 시스템 모델을 제시한다.
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그룹통신을 이용한 견고한 LDAP 서버의 설계 및 구현
문남두(Nam-Doo Moon),안건태(Geon-Tae Ahn),김진홍(Jin-Hong Kim),이명준(Myung-Joon Lee) 한국정보과학회 2001 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.28 No.1A
LDAP 디렉토리(Directory) 서비스는 인터넷이나 인트라넷 등 네트워크 상에 있는 파일이나 장치들과 같은 자원 등의 위치를 찾을 수 있도록 정보를 제공한다. 따라서 다수의 LDAP 서버들 사이에 디렉토리 정보를 중복하여 유지함으로써 특정 서버와의 네트워크 단절(partition)과 같은 결함이 발생되는 상황에서도 투명하고 지속적으로 서비스를 제공하는 것이 바람직하다. 본 논문에서는 JACE 그룹통신 시스템을 이용하여 프로세서 그룹으로 동작하는 LDAP 서버와 자바 응용프로그램에서 서비스를 사용할 수 있도록 그룹 통신을 이용한 LDAP 서비스 프로바이더를 설계하고 구현하였다.
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