http://chineseinput.net/에서 pinyin(병음)방식으로 중국어를 변환할 수 있습니다.
변환된 중국어를 복사하여 사용하시면 됩니다.
- 中文 을 입력하시려면 zhongwen을 입력하시고 space를누르시면됩니다.
- 北京 을 입력하시려면 beijing을 입력하시고 space를 누르시면 됩니다.
RISS 인기검색어
- 검색키워드
- 저자 : 김지현(Jihyun F. Kim) (검색결과 2 건)
- 무료
- 기관 내 무료
- 유료
-
총설 : 차세대 유전체 기술과 환경생물학 -환경유전체학 시대를 맞이하여
송주연 ( Ju Yeon Song ),김병권 ( Byung Kwon Kim ),권순경 ( Soon Kyeong Kwon ),곽민정 ( Min Jung Kwak ),김지현 ( Jihyun F Kim ) 한국환경생물학회 2012 환경생물 : 환경생물학회지 Vol.30 No.2
With the advent of the genomics era powered by DNA sequencing technologies, life science is being transformed significantly and biological research and development have been accelerated. Environmental biology concerns the relationships among living organisms and their natural environment, which constitute the global biogeochemical cycle. As sustainability of the ecosystems depends on biodiversity, examining the structure and dynamics of the biotic constituents and fully grasping their genetic and metabolic capabilities are pivotal. The high-speed highthroughput next-generation sequencing can be applied to barcoding organisms either thriving or endangered and to decoding the whole genome information. Furthermore, diversity and the full gene complement of a microbial community can be elucidated and monitored through metagenomic approaches. With regard to human welfare, microbiomes of various human habitats such as gut, skin, mouth, stomach, and vagina, have been and are being scrutinized. To keep pace with the rapid increase of the sequencing capacity, various bioinformatic algorithms and software tools that even utilize supercomputers and cloud computing are being developed for processing and storage of massive data sets. Environmental genomics will be the major force in understanding the structure and function of ecosystems in nature as well as preserving, remediating, and bioprospecting them.
-
향상된 미생물 유전체 주석 처리를 위한 단백질 발현 유전자 및 위유전자 판별 알고리즘
유동수(Dong Su Yu),정해영(Haeyoung Jeong),김병권(Byung Kwon Kim),송주연(Ju Yeon Song),이대희(Dae-Hee Lee),공은배(Eun Bae Kong),김지현(Jihyun F. Kim) 한국정보과학회 2012 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 Vol.39 No.2
차세대 염기서열 해독 기술에 의해 해독되는 미생물 유전체의 수가 급증하고 있는 가운데, 자동화된 주석 처리 시스템은 수많은 유전체 정보를 처리하는 점에서 더욱 더 주목되고 있다. 해독된 미생물 유전체를 주석 처리하는 과정에서 주석 처리 결과의 민감도(sensitivity) 향상을 위하여 두 개 이상의 유전자 예측 프로그램을 사용하는 것이 효과적이지만, 잘못 예측된 유전자의 수가 증가하여 낮은 특이도(specificity)와 정확도(accuracy)를 보이는 문제가 있다. 많은 주석 처리 시스템은 예측된 유전자로부터 단백질을 암호화하는 유전자(coding sequence)와 위유전자(pseudogene)를 구분하지 않기 때문에 주석 처리 결과의 질적 향상을 위해 전문가들이 수작업으로 주석 내용을 수정하고 있는 것이 현실이다. 본 논문에서는 두 개 이상의 프로그램에 의해 예측된 유전자들 중에서 정확한 유전자를 구분하고, 위유전자를 예측하여 미생물 유전체 주석 처리 결과의 질적인 향상에 기여할 수 있는 GeneCuraid 알고리즘을 소개한다. 대장균 K-12 MG1666 유전체 염기서열을 대상으로 GeneCuraid 알고리즘을 시험한 결과, 98.09% 민감도, 24.33% 특이도 그리고 91.90%의 정확도를 보임으로써, CRITICA, GLIMMER, GeneMarkS, 그리고 AutoFACT 프로그램으로 구성한 주석 시스템의 결과보다 더 높게 나타났다. 따라서 GeneCuraid 알고리즘은 정확한 단백질 발현 유전자를 구분하고 위유전자를 예측함으로써 해독된 유전체 주석의 질을 더욱 향상시키고, 정확한 단백질 발현 유전자 및 위유전자를 수작업으로 결정하는데 소비되는 많은 시간과 비용을 절감시킬 것으로 기대된다. As more and more microbial genomes are being sequenced by next-generation sequencing technologies, automated genome annotation systems have become more important to process a vast amount of genome sequence information. The usage of multiple gene prediction programs warrants higher sensitivity, but this approach is ineffective in terms of specificity and accuracy because of increasing false positives. Furthermore, since many automated genome annotation systems do not distinguish pseudogenes from functional genes, manual curation is necessary to ensure high-quality annotation which is time-consuming and not always feasible. We developed GeneCuraid that aids the high confidence curation of protein-coding sequences and pseudogenes from genes predicted by automatic annotation tools. When the genome sequence of Escherichia coli K-12 MG1666 was used as a test data set, the algorithm improved specificity and accuracy of the annotation results were 24.33% and 91.90%, while maintaining sensitivity as high as 98.09%. Therefore, we expect that GeneCuraid algorithm would attain the high-quality genome annotation and help to reduce time and cost in manually determining correct protein-coding genes and pseudogenes.
ScienceON
코리아스칼라연관 검색어 추천
이 검색어로 많이 본 자료
활용도 높은 자료
