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클러스터 환경에서의 MPI 기반 병렬 서열 유사성 검색에 관한 연구
홍창범(Chang-Bum Hong),차정호(Jeoung-Ho Cha),이성훈(Sung-Hoon Lee),신승우(Seung-Woo Shin),박근준(Keun-Joon Park),박근용(Keun-Young Park) 한국컴퓨터정보학회 2006 韓國컴퓨터情報學會論文誌 Vol.11 No.6
생물정보학 연구 있어서 아미노산이나 염기서열에 대한 유사성이나 상동성을 찾아내는 작업은 유전자의 기능에 대한 예측이나 단백질 구조를 예측하는 연구의 기반이 된다. 이러한 서열 데이터는 컴퓨터의 도입으로 매우 빠르게 증가하고 있다. 이러한 시점에서 서열에 대한 검색 속도는 매우 중요한 요소이기 때문에 대량의 서열정보를 다루기 위해서는 SMP(Sysmmetric Multi-Processors) 컴퓨터나 클러스터를 이용하고 있다. 본 논문에서는 서열 검색에 사용되는 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)의 속도향상을 위한 방법으로 클러스터 환경에서 병렬화 하는 nBLAST 알고리즘의 병렬화에 대해 제안한다. nBLAST는 기존의 BLAST 소스코드에 대한 수정 없이 병렬라이브러리인 MPI(Message Passing Interface)를 이용하여 질의를 분할하여 병렬화 하기 때문에 환경설정 등의 복잡한 과정을 거치지 않고 손쉽게 BLAST에 알고리즘에 대한 병렬화를 할 수 있다. 또한, 실험을 통하여 28대의 리눅스 클러스터에서 nBLAST를 수행하여 노드 수의 증가에 따른 성능 향상을 확인하였다. In the field of the bioinformatics, it plays an important role in predicting functional information or structure information to search similar sequence in biological DB. Biological sequences have been increased dramatically since Human Genome Project. At this point, because the searching speed for the similar sequence is highly regarded as the important factor for predicting function or structure, the SMP(Sysmmetric Multi-Processors) computer or cluster is being used in order to improve the performance of searching time. As the method to improve the searching time of BLAST(Basic Local Alighment Search Tool) being used for the similarity sequence search, We suggest the nBLAST algorithm performing on the cluster environment in this paper. As the nBLAST uses the MPI(Message Passing Interface), the parallel library without modifying the existing BLAST source code, to distribute the query to each node and make it performed in parallel, it is possible to easily make BLAST parallel without complicated procedures such as the configuration. In addition, with the experiment performing the nBLAST in the 28 nodes of LINUX cluster, the enhanced performance according to the increase in the number of the nodes has been confirmed.
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안우영(Woo-Young Ahn),홍창범(Chang-Bum Hong) 한국컴퓨터정보학회 2004 韓國컴퓨터情報學會論文誌 Vol.9 No.1
XML을 핵심 기술로 사용하는 RosettaNet이나 BizTalk 등의 다양한 전자상거래 프레임워크들이 생겨나기 시작하면서 프레임워크들은 각자의 표준에 따라 파트너 간에 비즈니스 프로세스를 수행하게 된다. 이러한 프레임워크간의 상이함은 전자상거래시 기업 간의 문서의 다양성으로 인하여 문서 교환에 어려움이 따르게 된다. 본 논문에서는 XML 문서의 정보를 추출 단계를 거쳐 문서정보를 기반으로 매핑 정보를 생성한 후 문서간의 매핑룰을 적용하여 변환할 수 있도록 설계하였다. 따라서 전자상거래 프레임워크 간정보의 손실 없이 상호 문서 교환이 가능할 뿐만 아니라 신뢰할 수 있는 교환이 가능하다. XML is becoming the standard of the new document exchanging. Due to the ablility expressing various types of document structure through XML, RosettaNet and BizTalk are using XML as a core technology in the part of e-Business. Framework is running Business process each other different standard. Internal documents in each company should be transformed differently without any loss to work with other companies. In this paper, transforming processor based on XML mapping information from XML document information.
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오대균 ( Dae-gyun Oh ),홍창범 ( Chang-bum Hong ),송정길 ( Jung-gil Song ) 한국인터넷정보학회 2002 인터넷정보학회논문지 Vol.3 No.4
XML 스키마가 2001년 5월 W3C의 공식 표준안으로 확정되고, XSL과 Xpath, Namespace등의 XML 관련 기술이 발전됨에 따라 XML은 새로운 문서교환의 표준이 되어가고 있다. XML은 다양한 문서의 구조를 표현할 수 있기 때문에 ebXML, RosettaNet, BizTalk들이 e-Business 부분에서 XML을 핵심기술로 사용하고 있다. B2B 전자상거래 시스템에서 업무를 자동화하기 위해서는 표준의 XML 문서가 필요하다. 각 기업들의 내부 문서를 외부기업의 자동화 시스템에서 처리하기 위해서는 문서의 정보손실 없이 외부기업의 문서 형태로 변환하여야 한다. 본 논문에서는 자바 서블릿을 기반으로 XML 문서의 변환하여, 안전한 문서교환을 제공하는 XML 시스템을 설계 구현하였다. As a XML Schema has been settled to W3C as official standard at May. 2001 and technologies like as XSL, Xpath and NameSpace related with XML has been developing, XML is becoming the standard of the new document exchanging. Due to the ability expressing various types of documentstructure through XML, ebXML, RosettaNet, and BizTalk are using XML as a core technology in the part of e-Business, To make the task automatically in the B2B EC now, a standard XML document is needed. Internal documents in each company should be transformed differently without any loss to work with other companies. In this paper, transforming XML document based on JAVA servlet is considered as realization of a XML system to exchange documents safely.
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