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- 저자 : 라상복 ( Sang Bog Ra ) (검색결과 2 건)
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국화 SSR-enriched Library에서 SSR 반복염기의 분포 및 빈도
( Kyaw Thu Moe ),라상복 ( Sang Bog Ra ),이기안 ( Gi An Lee ),이명철 ( Myung Chul Lee ),박하승 ( Ha Seung Park ),김동찬 ( Dong Chan Kim ),이철휘 ( Cheol Hwi Lee ),최현구 ( Hyun Gu Choi ),전낙범 ( Nak Beom Jeon ),최병준 ( Byung J 한국국제농업개발학회 2011 韓國國際農業開發學會誌 Vol.23 No.5
Chrysanthemums, often called mums or chrysanths, belong to the genus Chrysanthemum, which includes about 30 species of perennial flowering plants in the family Asteraceae. We extracted DNA from Dendranthema grandiflorum (``Smileball``) to construct a simple sequence repeat (SSR)- enriched library, using a modified biotin-streptavidin capture method. GS FLX (Genome Sequencer FLX System which provides the flexibility to perform the broad range of applications) sequencing (at the 1/8 run specification) resulted in 18.83 mega base pairs (Mbp) with an average read length of 280.06 bp. Sequence analyses of all SSR-containing clones revealed a predominance of di-nucleotide motifs (16,375, 61.5%) followed by tri-nucleotide motifs (6,616, 24.8%), tetra-nucleotide motifs (1,674, 6.3%), pentanucleotide motifs (1,283, 4.8%), and hexa-nucleotide motifs (693, 2.6%). Among the di-nucleotide motifs, the AC/CA class was the most frequently identified (93.5% of all di-nucleotide types), followed by the GA/AG class (6.1%), the AT/TA class (0.4%), and the CG/GC class (0.03%). When we analyzed the distribution of different repeat motifs and their respective numbers of repeats, regardless of the motif class, of 100 SSR markers, we found a higher number of di-nucleotide motifs with 70 to 80 repeats; we also found two di-nucleotide motifs with 83 and 89 repeats, respectively, but their product lengths were within optimum size (297 and 300 bp). In future work, we will screen for polymorphisms of possible primer pairs. The results will provide a useful tool for assessing molecular diversity and investigating the population structure among and within Chrysanthemum species.
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( Kyaw Thu Moe ),( Hao Cui ),정종욱 ( Jong Wook Chung ),라상복 ( Sang Bog Ra ),권순욱 ( Soon Wook Kwon ),박용진 ( Yong Jin Park ) 한국국제농업개발학회 2011 韓國國際農業開發學會誌 Vol.23 No.3
본 연구는 강화도에서 수집한 샤레벼 자원의 유전적 다양성 수준과 집단의 특성을 구명하기 위해 몇몇 Indica(5점), Japonica(8점) 및 통일형(2점) 품종과 재래종(10점) 및 강화도 수집 샤레벼 89점을 포함한 총 114개 벼 자원에 대하여 유전적 다양성과 집단의 구조 분석을 수행하였으며, 이를 통하여 향후 육종을 위한 소재로 활용할 수 있는 기초 정보를 제공하고자 본 실험을 수행하였다. 1. 114점의 벼 자원에 대하여 29개 SSR 마커에 의해 얻어진 allele는 총 243개이고, 마커당 평균 allele 수는 8.4개를 보였다. 유전적 다양성을 나타내는 genetic diversity와 PIC 값의 범위는 각각 0.04~0.87, 0.04~0.86 이였으며, 평균은 각각 0.61, 0.57로 관찰되었다. 2. 유전적 거리와 STURUCTURE를 이용하여 집단의 구조를 분석한 결과 70% 확률로 5개의 subpopulation으로 나눌 수 있었으며, 9.6%는 유전적으로 혼입된 형태를 나타냈다. 3. 강화도에서 수집된 샤레벼 89점 중 11개 자원은 japonica형의 국내육성품종 (8점) 및 재래벼(10점)와 POP4에 속했고, 11개 자원은 혼입된 형태이며, 67개 자원은 POP2(20점), POP3(17점), POP5(30점)에 포함되었다. 강화 수집 샤레벼는 차후 국내 벼 품종의 유전적 다양성을 확대하고, 육종 소재로 활용할 수 있는 중요한 재료가 될 것이다. A total of 29 simple sequence repeat (SSR) markers were used to analyze the genetic diversity and population structure of Korea weedy rice (Oryza sativa L.). A total of 243 alleles were detected with an average of 8.4 per locus among 114 rice accessions. Major allele frequency (MAF) ranged from 0.22 to 0.98 and the average is 0.52. The averages of gene diversity and polymorphic information content (PIC) values were 0.61 and 0.57, with a range from 0.04 (SSS) to 0.87 (RM241) and from 0.04 (SSS) to 0.86 (RM241), respectively. In cluster analysis, 90.4% of accessions (shared > 70% membership with one of five clusters) were classified as members of each cluster, whereas 9.6% accessions showed evidence of mixed population ancestry. The Korea weedy rice, ``Sharei rice`` collected from isolated island, ``Ganghwa`` appears to be a very primitive rice cultivar for being separately grouped from indica and japonica. It might have changed its genetic background along with adaptation to such an isolated region. This result showed that the collected weedy rice accessions have valuable sources of gene diversity for future rice improvement breeding programs.
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