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유전자 데이터베이스의 설계 및 구현 : streptomyces data를 예로
김진(Jin Kim),김범준(Bum-Joon Kim),김정미(Jeongmi Kim),김동회(Donghoi Kim) 한국정보과학회 2001 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.28 No.1B
유전자의 서열 및 관련 정보가 폭발적으로 증가함에 따라, 사용자들에 대한 유전자정보 서비스, 온라인 상에서의 효율적인 서열정보 분석, 서열정보에 대한 효율적인 관리, 관련된 연구자들과의 정보공유 등이 필요하게 되었다. 본 논문에서는 인터넷 상에서 streptomyces 유전자 data를 효율적으로 관리하는 한편, 사용자들에게 유용한 서비스를 제공하는 시스템의 설계 및 구현에 관하여 논의하였다. 사용자는 본 시스템으로부터 원하는 유전자 정보를 다운로드 받을 수 있다. 또한 분석을 원하는 유전자를 streptomyces database내의 유전자들과 비교하여 유용한 정보를 추론할 수 있다.
Kim, Hwa Seob,Lee, Hyunkyu,Jang, Dongsoo,Kim, Donghoi,Kim, Chinkyo International Union of Crystallography 2018 Journal of applied crystallography Vol.51 No.6
<P>During epitaxial lateral overgrowth, the lateral polarity inversion of <I>c</I>-GaN domains from Ga to N polarity, triggered at the boundary of an SiO2 mask pattern, resulted in inversion domain boundaries (IDBs) forming preferentially on the \{11{\overline 2}0\} plane, although the formation energy of IDBs on the \{1{\overline 1}00\} plane is known to be lower than that on the \{11{\overline 2}0\} plane. A model that takes a geometrical factor into consideration can explain this preferential tendency of IDB formation on the \{11{\overline 2}0\} plane, and computational simulations based on the proposed model are consistent with experimental results. In contrast with the vertically upright IDBs observed in N-to-Ga polarity inversion, vertically slanted IDBs were formed in some samples during the inversion from Ga to N polarity. These polarity inversions, which appeared to randomly occur on the mask pattern, turned out to be triggered at the mask pattern boundaries.</P>
MSMP 알고리즘과 RIFLE 알고리즘의 구현 및 성능비교 평가
김동회(Donghoi Kim),원영상(YoungSang Won),고영웅(YoungWoong Ko),김진(Jin Kim) 한국정보과학회 2004 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.31 No.2Ⅱ
생물정보학에서 서열의 유사성을 예측하는 것은 가장 중요한 문제 증의 하나이다. 염기 서열의 유사성을 검색하는 유용한 검색도구들에는 BLAST와 FASTA 등이 있으며 이러한 도구들은 새로운 유기체에 대한 실제 염기 서열을 필요로 한다. 이 경우 서열을 얻기 위한 sequencing 작업이 필요로 하며 시간적인 면에 있어서 상당한 비용을 요구한다. 본 논문에서는 sequencing 작업을 하지 않고 간단한 실험에서 얻을 수 있는 부분적인 sequence 정보만을 대상으로 데이터베이스에서 검색을 할 수 있는 두 개의 RIFLE(Rapid Identification of Microorganisms by Fragment Length Evaluation), MSMP(Maximum Site Matching Problem) 알고리즘을 구현하고 실험을 통해 두 알고리즘을 비교 평가한다. 실험결과 RIFLE 알고리즘이 수행 속도 면에서 빠른 반면 MSMP가 산출한 결과에 비해서 신뢰성이 떨어짐을 확인하였다.
Single Nucleotide Polymorphism(SNP) 데이타와 Support Vector Machine(SVM)을 이용한 만성 간염 감수성 예측
김동회(Donghoi Kim),엄상용(Saangyong Uhmn),함기백(Kibaik Hahm),김진(Jin Kim) 한국정보과학회 2007 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 Vol.34 No.7·8
본 논문에서는 한국인의 대표질환 중 하나인 만성 간염에 대한 질환 감수성을 예측하기 위해서 Single Nucleotide Polymorphism 데이타와 대표적인 기계학습 기술인 Support Vector Machine을 이용하였다. 실험을 위한 데이타로 만성간염 환자 173명과 정상인 155명의 SNP 데이타를 사용하였으며, 평가를 위한 방법으로는 Leave-One-Out Cross Valication을 사용하였다. 실험결과 SNP 데이타만으로는 67.1%의 예측 결과를 얻었으며 기본적인 건강요소인 나이와 성별을 특징요소로 사용함으로서 74.9%의 예측 결과를 보였다. 향후 보다 많은 SNP 데이타와 건강관련정보 그리고 생활패턴에 대한 요소들을 특징요소로 감수성 예측에 함께 사용한다면, SVM은 만성 간염 예측을 위한 보다 효과적인 도구가 될 것이다. In this paper, we use Support Vector Machine to predict the susceptibility of chronic hepatitis from single nucleotide polymorphism data. Our data set consists of SNP data for 328 patients based on 28 SNPs and patients classes(chronic hepatitis, healthy). We use leave-one-out cross validation method for estimation of the accuracy. The experimental results show that SVM with SNP is capable of classifying the SNP data successfully for chronic hepatitis susceptibility with accuracy value of 67.1%. The accuracy of all SNPs with health related feature(sex, age) is improved more than 7%(accuracy 74.9%). This result shows that the accuracy of predicting susceptibility can be improved with health related features. With more SNPs and other health related features, SVM prediction of SNP data is a potential tool for chronic hepatitis susceptibility.
Lee, Hyunkyu,Jang, Dongsoo,Kim, Donghoi,Kim, Hwa Seob,Kim, Chinkyo The Royal Society of Chemistry 2018 Journal of Materials Chemistry C Vol.6 No.23
<P>The polarity and threading dislocation dependence of the surface morphology of <I>c</I>-GaN films exposed to HCl vapor at temperatures of 750 and 810 °C was investigated. For N-polar GaN, some regions were severely etched in such a way that vertically-aligned nanopipes were formed while areas other than those occupied by the nanopipes were barely etched. A cross-sectional transmission electron microscopy analysis revealed that the bottom of the nanopipes was observed to be connected to threading dislocation(s) while no threading-dislocation was observed beneath the unetched surface of N-polar GaN. In comparison, the threading-dislocation-free region in Ga-polar GaN domains was heavily etched, and GaN nanoneedles were formed on a relatively flat surface at temperatures as low as 750 °C. In order to understand the etched surface morphology of Ga-polar GaN (nanoneedles on a relatively flat surface), we proposed a physical model to describe this etching behavior, and a computational simulation based on our proposed model could explain the etched surface morphology of a Ga-polar GaN film exposed to HCl vapor.</P>
효율적인 복수서열정렬 최적화기법 및 서열 분석 소프트웨어 개발
황재준(JaeJun Hwang),김동희(DongHoi Kim),엄상용(SaangYong Uhmn),김진(Jin Kim) 한국정보과학회 2003 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.30 No.2Ⅱ
단백질들의 복수서열정렬은 단백질 서열간의 관계를 유추할 수 있는 유용한 도구이다. 최적화된 복수서열 정렬을 얻기 위해 사용되는 가장 유용한 방법인 dynamic programming은 특정한 비용함수를 사용할 수 없기 때문에 특별한 경우 최적의 복수서열정렬을 제공하지 못하는 문제점이 있어 이를 해결하기 위하여 이 논문에서는 부분정렬 개선 기법을 사용한 알고리즘을 제안하였으며, 서열정렬을 하는 사용자가 윈도우 시스템의 GUI환경을 사용하여 서열정렬을 보다 편하게 할 수 있도록 우리가 제안한 알고리즘과 다양한 서열정렬 알고리즘을 및 여러 개의 서열포맷형식을 하나의 프로그램으로 통합한 서열정렬 및 편집 프로그램을 Visual C++ 사용하여 개발하였다.