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노강호(Kangho Roh),김진욱(Jin Wook Kim),김은상(Eunsang Kim),박근수(Kunsoo Park),조환규(Hwan-Gue Cho) 한국정보과학회 2010 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 Vol.37 No.2
문자열에 대한 편집 거리 문제는 하나의 문자열을 다른 문자열로 변환할 때 필요한 최소한의 연산의 개수를 구하는 문제이다. 편집 거리 문제는 오랫동안 연구가 진행되어 왔으며, 영어와 같이 1차원 문자열에 대해서는 최적해를 찾는 여러 가지 알고리즘이 개발되어 왔다. 그러나 한글 또는 한자와 같이 좀 더 복잡한 언어에 대한 편집 거리에 대해서는 많은 연구가 진행되지 못했다. 본 논문에서는 한글이 갖는 특징을 반영한 편집 거리를 정의하고, 한글 문자열에 대한 편집 거리를 구하는 알고리즘을 제안한다. The edit distance problem is finding the minimum number of edit operations to transform a string into another one. It is one of the important problems in algorithm research and there are some algorithms that compute an optimal edit distance for the one-dimensional languages such as the English alphabet. However, there are a few researches to find the edit distance for the more complicated language such as the Korean or Chinese alphabet. In this paper, we define the measure of the edit distance for the Korean alphabet and present an algorithm for the edit distance problem for the Korean alphabet.
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품질 정보를 이용한 서열 배치 알고리즘 (pp.730-732)
노강호(Kangho Roh),박근수(Kunsoo Park) 한국정보과학회 2002 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.29 No.2Ⅰ
서열 배치 문제는 두 개의 서연에서 가장 유사한 부분을 찾는 문제이다. 이 문제를 푸는 알고리즘으로 가장 많이 쓰이는 것은 Smith-Waterman 알고리즘이다. Smith-Waterman 알고리즘은 동적 프로그래밍을 이용하여 두 서열에서 유사한 부분을 찾아낸다. 그러나 Smith-Waterman 알고리즘은 서열을 이루는 문자들의 품질 정보를 사용하지는 않는다. 각 문자가 얼마 정도의 신뢰도를 가지고 있는지를 나타내는 품질 정보는 생물학에서는 중요한 정보이다. 본 논문에서는 각 문자에 주어지는 품질이 서로 다를 때에, 품질 정보를 이용하여 가장 적합한 부분 배치를 찾아내는 알고리즘을 제시한다. 실제로 현재 서열 배치에 가장 많이 사용되고 있는 프로그램 중 하나인, Phred/Phrap에서 사용하는 LLR 값을 이용해서 비교했을 때, 본 논문에서 제시한 알고리즘은 기존의 Smith-Waterman 알고리즘보다 더 좋은 결과를 얻었다.
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음소의 1차원 배열을 이용한 한글 유사도 및 편집거리 알고리즘
노강호(Kangho Roh),박근수(Kunsoo Park),조환규(Hwan-Gue Cho),장소원(Sowon Chang) 한국정보과학회 2011 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.17 No.10
문자열에 대한 편집 거리 문제는 하나의 문자열을 다른 문자열로 변환할 때 필요한 최소한의 연산의 개수를 구하는 문제이다. 영어와 같은 1차원 문자열에 대한 최적해에 대해서는 오랫동안 연구가 진행되어 왔으나, 한글과 같이 좀 더 복잡한 언어에 대한 편집 거리에 대해서는 많은 연구가 진행되지 못했다. 본 논문에서는 음소와 음절의 특징과 음소 분류 체계를 이용하여 편집거리를 구하는 기존 연구를 확장하여, 음소의 1차원 배열을 사용하는 2가지 유사도 알고리즘을 제안한다. 본 논문에서 제안한 알고리즘은 오타와 같은 유사단어들과 비속어들에 대한 실험에서 기존의 알고리즘보다 더 좋은 성능을 보여주었다. The edit distance problem is finding the minimum number of edit operations to transform a string into another one. There are some algorithms that compute an optimal edit distance for one-dimensional languages such as the English language. However, there was little research to find the edit distance for more complicated languages such as the Korean. In this paper, we define two measures of similarity using one dimensional array of phonemes by extending previous edit-distance algorithms for the Korean alphabet based on the properties of syllables and phonemes, and the phoneme classification system. The algorithms presented in this paper, show better experimental results than the previous algorithms for the data of similar words and Korean slang.
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노강호(Kangho Roh),박근수(Kunsoo Park),조환규(Hwan-Gue Cho),장소원(Sowon Chang) 한국정보과학회 2010 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 Vol.37 No.6
문자열에 대한 편집 거리 문제는 하나의 문자열을 다른 문자열로 변환할 때 필요한 최소한의 연산의 개수를 구하는 문제이다. 영어와 같은 1차원 문자열에 대한 최적해에 대해서는 오랫동안 연구가 진행되어 왔으나, 한글과 같이 좀 더 복잡한 언어에 대한 편집 거리에 대해서는 많은 연구가 진행되지 못했다. 본 논문에서는 음소와 음절을 구분하여 편집거리를 구하는 기존 연구를 확장하여, 음소간의 유사도를 정의하고 이를 이용하여 유사한 단어를 더 정확하게 구분해 내는 알고리즘을 제안한다. The edit distance problem is finding the minimum number of edit operations to transform a string into another one. It is one of the important problems in algorithm research and there are some algorithms that compute an optimal edit distance for the one-dimensional languages such as the English alphabet. However, there are a few researches to find the edit distance for the more complicated language such as the Korean or Chinese alphabet. In this paper, we define the measure of the edit distance for the Korean alphabet with the phoneme classification system to improve the previous edit distance algorithm and present an algorithm for the edit distance problem for the Korean alphabet
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품질 정보를 이용한 서열 배치 알고리즘 (pp.578-587)
나중채(Joong Chae Na),노강호(Kangho Roh),박근수(Kunsoo Park) 한국정보과학회 2005 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 Vol.32 No.11·12
본 논문에서 다루는 문제는 품질 정보를 가지는 서열을 배치(alignment)하는 알고리즘이다. 시퀀싱(sequencing) 작업의 일부인 염기 결정 프로그램(base-calling program)에 의해서 생성되는 DNA 서열은 각 염기가 어느 정도 신뢰할 수 있는 가를 나타내는 품질 정보를 가진다. 그러나 지금까지 개발된 서열 배치 알고리즘들은 이러한 품질 정보를 고려하지 않았다. 본 논문에서는 품질 정보를 가지는 두 서열의 배치를 평가하는 기준을 제시한다. 이 평가 기준에 의한 최적의 서열 배치는 동적 프로그래밍(dynamic programming) 기법에 의해서 찾을 수 있다. In this paper we consider the problem of sequence alignment with quality scores. DNA sequences produced by a base-calling program (as part of sequencing) have quality scores which represent the confidence level for individual bases. However, previous sequence alignment algorithms do not consider such quality scores. To solve sequence alignment with quality scores, we propose a measure of an alignment of two sequences with quality scores. We show that an optimal alignment in this measure can be found by dynamic programming.
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